More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_1545 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013525  Tter_1003  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.06 
 
 		 960 aa  714    Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2156  DNA polymerase III, epsilon subunit  60.13 
 
 		 934 aa  1097    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.814989  hitchhiker  0.00934468 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1545  DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 		 944 aa  1912    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.676592  decreased coverage  0.000191845 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3224  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.53 
 
 		 927 aa  924    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00101103  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1899  DNA polymerase III, epsilon subunit  85.94 
 
 		 956 aa  1645    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0589249 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1743  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.88 
 
 		 930 aa  535  1e-150  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.23026  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0562  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.95 
 
 		 921 aa  505  1e-141  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1347  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.45 
 
 		 957 aa  499  1e-140  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.579486 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1651  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.81 
 
 		 952 aa  485  1e-135  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3029  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  34.11 
 
 		 929 aa  471  1.0000000000000001e-131  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3621  helicase c2  38.78 
 
 		 838 aa  468  9.999999999999999e-131  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1154  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.35 
 
 		 921 aa  461  9.999999999999999e-129  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1452  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  31.77 
 
 		 934 aa  454  1.0000000000000001e-126  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1424  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  31.89 
 
 		 934 aa  455  1.0000000000000001e-126  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1565  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  31.77 
 
 		 934 aa  454  1.0000000000000001e-126  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.554006  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1636  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  31.89 
 
 		 934 aa  455  1.0000000000000001e-126  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00174148 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1425  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  31.77 
 
 		 934 aa  452  1e-125  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.446116  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3747  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  32.38 
 
 		 934 aa  446  1.0000000000000001e-124  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.739451  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1598  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  32.38 
 
 		 934 aa  447  1.0000000000000001e-124  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.00523268  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4122  helicase c2  37.87 
 
 		 843 aa  443  1e-123  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000977416  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1709  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  31.9 
 
 		 934 aa  445  1e-123  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000649538  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1467  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  31.7 
 
 		 934 aa  445  1e-123  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.533097  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1671  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  31.69 
 
 		 934 aa  442  9.999999999999999e-123  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.697043  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3770  helicase c2  37.73 
 
 		 830 aa  434  1e-120  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0504  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  34.41 
 
 		 909 aa  430  1e-119  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3854  helicase c2  37.14 
 
 		 830 aa  430  1e-119  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000920192 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0363  ATP-dependent helicase DinG  39.46 
 
 		 840 aa  429  1e-118  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.01237  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0509  helicase c2  37.11 
 
 		 843 aa  427  1e-118  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3167  helicase c2  37.65 
 
 		 876 aa  425  1e-117  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000644587  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0023  Rad3-related DNA helicases  37.88 
 
 		 851 aa  411  1e-113  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000466591  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07920  helicase c2  33.1 
 
 		 822 aa  396  1e-108  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0024  helicase c2  31.63 
 
 		 846 aa  387  1e-106  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1942  helicase c2  32.27 
 
 		 832 aa  383  1e-105  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.357662  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6611  helicase c2  37.52 
 
 		 729 aa  381  1e-104  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0933933 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3112  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.62 
 
 		 966 aa  370  1e-101  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.0000116759  hitchhiker  0.000000000648685 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0997  helicase c2  35.95 
 
 		 643 aa  362  2e-98  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.179863 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1990  ATP-dependent helicase DinG  32.16 
 
 		 709 aa  361  5e-98  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1412  helicase c2  34.17 
 
 		 658 aa  358  2.9999999999999997e-97  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.102914  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1359  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.57 
 
 		 978 aa  355  2e-96  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.838712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1364  helicase c2  35.48 
 
 		 640 aa  350  9e-95  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4634  helicase c2  34.63 
 
 		 674 aa  349  1e-94  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_14100  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  28.84 
 
 		 1043 aa  347  4e-94  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0636  helicase c2  35.83 
 
 		 660 aa  346  1e-93  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0411  helicase c2  33.72 
 
 		 646 aa  343  5.999999999999999e-93  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0188  helicase c2  34.47 
 
 		 659 aa  342  2e-92  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00148037  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0897  helicase c2  33.82 
 
 		 647 aa  337  5.999999999999999e-91  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2147  helicase c2  35.63 
 
 		 641 aa  335  3e-90  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0303331  hitchhiker  0.00135971 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2517  ATP-dependent helicase, DEXD family  35.63 
 
 		 641 aa  335  3e-90  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.764826  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1779  helicase c2:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  34.38 
 
 		 641 aa  333  6e-90  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1409  helicase c2  35.43 
 
 		 651 aa  331  4e-89  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1132  hypothetical protein  31.39 
 
 		 681 aa  327  5e-88  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01778  conserved protein with nucleoside triphosphate hydrolase domain  32.64 
 
 		 636 aa  327  8.000000000000001e-88  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.548012  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2535  hypothetical protein  32.64 
 
 		 636 aa  327  8.000000000000001e-88  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.50615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1896  hypothetical protein  32.64 
 
 		 636 aa  327  8.000000000000001e-88  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01766  hypothetical protein  32.64 
 
 		 636 aa  327  8.000000000000001e-88  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.479225  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2034  hypothetical protein  32.64 
 
 		 636 aa  327  8.000000000000001e-88  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1825  helicase c2  32.64 
 
 		 636 aa  327  8.000000000000001e-88  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.979985  normal  0.491186 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1380  hypothetical protein  32.64 
 
 		 636 aa  326  1e-87  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.434814  normal  0.350106 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2068  hypothetical protein  32.5 
 
 		 636 aa  323  8e-87  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1835  helicase c2  32.5 
 
 		 636 aa  323  9.999999999999999e-87  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00837342  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0528  helicase c2  30.77 
 
 		 667 aa  323  9.999999999999999e-87  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1961  hypothetical protein  33.01 
 
 		 636 aa  322  3e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.915388  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1965  hypothetical protein  33.01 
 
 		 636 aa  321  3.9999999999999996e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2022  hypothetical protein  33.01 
 
 		 636 aa  321  3.9999999999999996e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.6889  normal  0.891564 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1495  hypothetical protein  33.01 
 
 		 636 aa  320  6e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2524  helicase c2  32.97 
 
 		 755 aa  320  6e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00188741  decreased coverage  0.000000000263353 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1310  hypothetical protein  33.01 
 
 		 636 aa  320  1e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.027986  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01597  ATP-dependent helicase  34.25 
 
 		 675 aa  318  4e-85  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1897  hypothetical protein  33.53 
 
 		 652 aa  318  4e-85  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2809  helicase c2  33 
 
 		 707 aa  317  5e-85  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1106  helicase c2  31.2 
 
 		 636 aa  317  5e-85  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.243566 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1886  hypothetical protein  33.43 
 
 		 652 aa  317  6e-85  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1612  putative ATP-dependent helicase  31.91 
 
 		 751 aa  317  9e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00100383  normal  0.548735 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0648  helicase c2  32.42 
 
 		 668 aa  313  1e-83  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01131  ATP-dependent helicase  32.08 
 
 		 639 aa  312  2e-83  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.625206  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0911  putative ATP-dependent helicase  32.27 
 
 		 651 aa  309  2.0000000000000002e-82  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4478  helicase c2  34.85 
 
 		 633 aa  308  2.0000000000000002e-82  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.647625  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1575  putative ATP-dependent helicase  33 
 
 		 646 aa  307  5.0000000000000004e-82  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.718112  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0733  ATP-dependent DNA helicase  31.45 
 
 		 640 aa  306  1.0000000000000001e-81  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.982369  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3486  helicase c2  32.69 
 
 		 698 aa  305  3.0000000000000004e-81  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1543  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  26.05 
 
 		 897 aa  304  7.000000000000001e-81  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.959984  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1514  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  26.05 
 
 		 897 aa  304  7.000000000000001e-81  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.103927  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1197  helicase c2  31.73 
 
 		 661 aa  303  8.000000000000001e-81  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.0000973223  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2178  helicase c2  32.97 
 
 		 685 aa  302  2e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004095  DinG family ATP-dependent helicase YoaA  31.42 
 
 		 646 aa  300  8e-80  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0916  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  27.62 
 
 		 954 aa  299  1e-79  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01374  ATP-dependent helicase  31.1 
 
 		 644 aa  298  2e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1025  DNA polymerase III, epsilon subunit/ATP-dependent helicase DinG  24.84 
 
 		 902 aa  298  3e-79  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1269  helicase c2  32.54 
 
 		 636 aa  297  6e-79  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2302  ATP-dependent helicase, DinG family protein  30.34 
 
 		 662 aa  296  1e-78  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.783815  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2013  helicase c2  32.86 
 
 		 639 aa  290  7e-77  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.479282  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1990  helicase c2  32.47 
 
 		 649 aa  289  2e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1967  ATP-dependent helicase  34.11 
 
 		 675 aa  285  4.0000000000000003e-75  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1901  helicase c2  34.11 
 
 		 675 aa  285  4.0000000000000003e-75  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6530  putative ATP-dependent helicase  31.88 
 
 		 674 aa  278  2e-73  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.290122  normal  0.0410108 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2228  helicase c2  31.44 
 
 		 639 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.232993  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1295  helicase c2  33.01 
 
 		 664 aa  271  5.9999999999999995e-71  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3345  DEAD/DEAH box helicase domain protein  31.06 
 
 		 694 aa  263  2e-68  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.127637  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1265  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  34.22 
 
 		 929 aa  261  3e-68  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00466144  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0532  helicase c2  31.73 
 
 		 649 aa  261  5.0000000000000005e-68  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>