More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_1255 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_0500  hypothetical protein  75.89 
 
 
491 aa  733  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.496593  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1255  hypothetical protein  100 
 
 
507 aa  1014  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2945  domain of unknown function DUF1727  54.33 
 
 
474 aa  495  1e-139  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.833945  hitchhiker  0.00605856 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3614  hypothetical protein  49.9 
 
 
463 aa  439  1e-122  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.529006  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1627  domain of unknown function DUF1727  41.26 
 
 
462 aa  402  1e-111  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3270  domain of unknown function DUF1727  42.54 
 
 
458 aa  355  1e-96  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.704416  normal  0.0775739 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3016  hypothetical protein  42.95 
 
 
436 aa  318  1e-85  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0514  hypothetical protein  37.18 
 
 
445 aa  315  9e-85  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.265585  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2069  domain of unknown function DUF1727  33.85 
 
 
467 aa  313  6e-84  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0981076  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3012  domain of unknown function DUF1727  35.64 
 
 
448 aa  301  1e-80  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3108  domain of unknown function DUF1727  35.64 
 
 
448 aa  301  1e-80  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4285  hypothetical protein  35.67 
 
 
447 aa  297  2e-79  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1559  domain of unknown function DUF1727  34.07 
 
 
445 aa  294  2e-78  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.181708 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0008  hypothetical protein  32.05 
 
 
446 aa  290  5e-77  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0440  hypothetical protein  33.01 
 
 
467 aa  284  2e-75  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1345  domain of unknown function DUF1727  35.58 
 
 
476 aa  274  3e-72  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  6.49333e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2009  hypothetical protein  36.25 
 
 
466 aa  273  6e-72  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  9.64515e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1153  domain of unknown function DUF1727  36.86 
 
 
474 aa  272  9e-72  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0966  hypothetical protein  33.13 
 
 
464 aa  262  1e-68  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0588  hypothetical protein  37.8 
 
 
469 aa  256  7e-67  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.414158  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0443  domain of unknown function DUF1727  37.4 
 
 
463 aa  254  4e-66  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1208  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  30.89 
 
 
449 aa  226  6e-58  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.970096  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1785  domain of unknown function DUF1727  28.54 
 
 
446 aa  224  3e-57  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0144804  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0884  mur ligase family protein  31.61 
 
 
447 aa  221  3e-56  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1392  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthetase MurC-like protein  31.88 
 
 
451 aa  220  6e-56  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0524526  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1233  Mur ligase family protein  31.64 
 
 
441 aa  219  7e-56  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.198792  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1206  Mur ligase family protein  31.88 
 
 
451 aa  219  7e-56  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0554717  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1430  Mur ligase family protein  30.51 
 
 
437 aa  217  4e-55  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.67526  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3001  domain of unknown function DUF1727  33.66 
 
 
744 aa  214  2e-54  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.954679 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0996  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  34.4 
 
 
455 aa  213  9e-54  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00110541  normal  0.028804 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1250  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  29.22 
 
 
455 aa  212  1e-53  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  1.2325e-08  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1946  hypothetical protein  29.51 
 
 
437 aa  211  2e-53  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.102068  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1980  hypothetical protein  29.51 
 
 
437 aa  211  2e-53  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.270286  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1788  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  31.2 
 
 
452 aa  209  1e-52  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0013  domain of unknown function DUF1727  30.06 
 
 
444 aa  207  3e-52  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1027  domain of unknown function DUF1727  37 
 
 
456 aa  202  2e-50  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.964533  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1599  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  30.69 
 
 
445 aa  195  1e-48  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.709076  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0450  hypothetical protein  28.87 
 
 
445 aa  195  2e-48  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0985  domain of unknown function DUF1727  27.7 
 
 
443 aa  194  3e-48  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  2.65712e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1231  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  32.94 
 
 
490 aa  181  2e-44  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.661721  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0076  Mur ligase middle domain protein  30.78 
 
 
472 aa  176  7e-43  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.85492e-07 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4298  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase-like protein  31.57 
 
 
411 aa  173  6e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2036  domain of unknown function DUF1727  33.53 
 
 
430 aa  170  6e-41  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.88378e-11 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1034  domain of unknown function DUF1727  32.17 
 
 
394 aa  164  5e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17860  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  26.48 
 
 
445 aa  158  2e-37  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.934196  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0648  domain of unknown function DUF1727  31.08 
 
 
412 aa  158  2e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0913  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase-like protein  28.77 
 
 
429 aa  155  1e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.323703  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2306  hypothetical protein  32 
 
 
429 aa  154  5e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0105732  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4348  domain of unknown function DUF1727  30.43 
 
 
418 aa  153  8e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0229746  normal  0.964565 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1706  hypothetical protein  34.22 
 
 
421 aa  151  3e-35  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0418667  hitchhiker  0.00728652 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2661  hypothetical protein  32.46 
 
 
410 aa  149  8e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.857902  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0468  hypothetical protein  30 
 
 
424 aa  149  1e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.748006 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2714  putative ligase  30.13 
 
 
418 aa  145  1e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0282  Mur ligase  33.19 
 
 
416 aa  145  2e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0442  domain of unknown function DUF1727  29.18 
 
 
425 aa  143  6e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.624005  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13744  ligase  30.35 
 
 
413 aa  143  8e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.00431951  normal  0.370504 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5520  hypothetical protein  31.19 
 
 
425 aa  141  3e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.33342  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4002  domain of unknown function DUF1727  28.89 
 
 
412 aa  140  4e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6531  hypothetical protein  31.61 
 
 
417 aa  134  6e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.830465  normal  0.333233 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5269  hypothetical protein  29.23 
 
 
408 aa  130  6e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.235064  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4990  hypothetical protein  29.44 
 
 
408 aa  130  6e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4901  hypothetical protein  29.44 
 
 
408 aa  130  6e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1291  hypothetical protein  30.59 
 
 
406 aa  130  7e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3222  hypothetical protein  29.7 
 
 
415 aa  128  3e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0406463 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3448  hypothetical protein  29.9 
 
 
420 aa  127  4e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00766091 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1327  Mur ligase middle domain protein  27.31 
 
 
470 aa  125  2e-27  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  3.99076e-06  decreased coverage  0.000242236 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1442  domain of unknown function DUF1727  28.93 
 
 
408 aa  112  1e-23  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0977  UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide--D-alanyl-D- alanine ligase  23.42 
 
 
457 aa  73.9  7e-12  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  2.30391e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0802  UDP-N-acetylmuramate/alanine ligase  21.99 
 
 
435 aa  71.2  4e-11  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2613  UDP-N-acetylmuramate--alanine ligase  26.97 
 
 
473 aa  70.9  5e-11  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00649562  unclonable  5.96507e-12 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0671  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2, 6-diaminopimelate--D-alanyl-D-alanyl ligase  25.06 
 
 
457 aa  70.9  5e-11  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0725  UDP-N-acetylmuramate  25.48 
 
 
466 aa  70.5  7e-11  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.729179 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3416  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  27.76 
 
 
478 aa  69.7  1e-10  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.971134 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2700  UDP-N-acetylmuramate/alanine ligase  26.79 
 
 
479 aa  68.2  3e-10  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.278778  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1076  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  28.17 
 
 
467 aa  67.8  5e-10  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.345566  normal  0.594453 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2047  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  29.46 
 
 
477 aa  67.4  6e-10  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00131729  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2268  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  27.06 
 
 
475 aa  67.4  6e-10  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0144942 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2401  UDP-N-acetylmuramate/alanine ligase  21.53 
 
 
455 aa  66.2  1e-09  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1995  UDP-N-acetylmuramate/alanine ligase  28.4 
 
 
472 aa  66.6  1e-09  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.490336  normal  0.214631 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1968  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  29.34 
 
 
477 aa  66.2  1e-09  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0316215  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2872  UDP-N-acetylmuramate--alanine ligase  27.62 
 
 
468 aa  66.2  1e-09  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.647989 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0480  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2, 6-diaminopimelate/D-alanyl-D-alanyl ligase  24.04 
 
 
459 aa  66.2  1e-09  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  4.7898e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0676  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  26.39 
 
 
462 aa  65.9  2e-09  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0463  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  28.57 
 
 
469 aa  64.3  4e-09  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.132018 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0182  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  27.67 
 
 
478 aa  64.7  4e-09  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0120552  normal  0.632755 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1829  UDP-N-acetylmuramate/alanine ligase  23.83 
 
 
463 aa  64.3  4e-09  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.543551  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1214  UDP-N-acetylmuramate/alanine ligase  23.77 
 
 
454 aa  64.7  4e-09  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2723  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  27.7 
 
 
483 aa  64.3  5e-09  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0752  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  25.09 
 
 
476 aa  64.3  5e-09  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1280  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  26.09 
 
 
467 aa  63.9  7e-09  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.797916  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3973  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  23.78 
 
 
458 aa  63.9  7e-09  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2541  UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide--D-alanyl-D- alani ne ligase  27.03 
 
 
445 aa  63.5  8e-09  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2925  UDP-N-acetylmuramate/alanine ligase  26.85 
 
 
471 aa  63.5  9e-09  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000583962  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1408  UDP-N-acetylmuramate/alanine ligase  27.96 
 
 
472 aa  63.5  9e-09  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0738105 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3088  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  27.86 
 
 
483 aa  62.8  1e-08  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.47524  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0451  UDP-N-acetylmuramate/alanine ligase  25.94 
 
 
491 aa  63.2  1e-08  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.367175  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2843  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  27.36 
 
 
483 aa  62.8  2e-08  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2451  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  26.49 
 
 
481 aa  62  3e-08  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3426  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  25.27 
 
 
471 aa  61.6  3e-08  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.294637  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4067  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2, 6-diaminopimelate/D-alanyl-D-alanyl ligase  25.94 
 
 
482 aa  62  3e-08  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>