162 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_1239 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_1239  anti-sigma-factor antagonist  100 
 
 		 314 aa  615  1e-175  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.974707  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0787  anti-sigma-factor antagonist  61.54 
 
 		 317 aa  292  5e-78  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.135868 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0092  anti-sigma-factor antagonist  52.4 
 
 		 317 aa  290  2e-77  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.896141  normal  0.463616 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1710  anti-sigma-factor antagonist  40.69 
 
 		 324 aa  187  2e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3857  anti-sigma-factor antagonist  44.14 
 
 		 316 aa  182  5.0000000000000004e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2000  anti-sigma-factor antagonist  38.44 
 
 		 321 aa  180  2e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.18395  normal  0.875312 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1936  anti-sigma-factor antagonist  43.89 
 
 		 314 aa  175  7e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.729747  normal  0.557199 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2503  anti-sigma-factor antagonist  41.61 
 
 		 314 aa  170  2e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.244324 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2689  anti-sigma-factor antagonist  42.55 
 
 		 314 aa  160  2e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.958123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2646  anti-sigma-factor antagonist  47.47 
 
 		 261 aa  155  1e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0621  anti-sigma-factor antagonist  51.72 
 
 		 377 aa  148  9e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0312248 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2715  anti-sigma-factor antagonist  58.73 
 
 		 341 aa  148  1.0000000000000001e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1835  anti-sigma-factor antagonist  38.81 
 
 		 331 aa  145  7.0000000000000006e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3508  anti-sigma-factor antagonist  45.76 
 
 		 359 aa  142  8e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2424  anti-sigma-factor antagonist  33.54 
 
 		 317 aa  137  2e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2635  anti-sigma-factor antagonist  50.35 
 
 		 355 aa  125  1e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3278  anti-sigma-factor antagonist  30.84 
 
 		 318 aa  120  1.9999999999999998e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2986  anti-sigma-factor antagonist  38.3 
 
 		 341 aa  105  1e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0116  anti-sigma-factor antagonist  33.21 
 
 		 357 aa  101  1e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00357246  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2751  anti-sigma-factor antagonist  43.62 
 
 		 357 aa  95.1  1e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4193  anti-sigma-factor antagonist  34.74 
 
 		 388 aa  94  3e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.512657  hitchhiker  0.00496827 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0350  anti-sigma-factor antagonist  37.07 
 
 		 385 aa  93.6  4e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.341427 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2509  anti-sigma-factor antagonist  43.92 
 
 		 388 aa  91.3  2e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.840655 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0550  anti-sigma-factor antagonist  29.7 
 
 		 372 aa  91.3  2e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2667  putative PAS/PAC sensor protein  40 
 
 		 653 aa  90.5  3e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000189051 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0604  putative PAS/PAC sensor protein  42.38 
 
 		 428 aa  90.1  4e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0938215  hitchhiker  0.000133748 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2307  anti-sigma-factor antagonist  41.01 
 
 		 439 aa  89.7  6e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2659  anti-sigma-factor antagonist  52.31 
 
 		 342 aa  88.2  2e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.629784 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2322  anti-sigma-factor antagonist  44.03 
 
 		 521 aa  88.2  2e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3158  anti-sigma-factor antagonist  40.88 
 
 		 445 aa  87.4  3e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4199  putative PAS/PAC sensor protein  41.82 
 
 		 562 aa  86.3  7e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00362058 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0221  anti-sigma-factor antagonist  33.51 
 
 		 366 aa  85.9  8e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0053  anti-sigma-factor antagonist  33.91 
 
 		 377 aa  85.5  0.000000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0493156  normal  0.337885 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2566  anti-sigma-factor antagonist  36.36 
 
 		 362 aa  85.5  0.000000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2805  anti-sigma-factor antagonist  44.76 
 
 		 275 aa  85.1  0.000000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0128  putative PAS/PAC sensor protein  39.84 
 
 		 433 aa  84  0.000000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3404  anti-sigma-factor antagonist  29.37 
 
 		 361 aa  84  0.000000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4189  putative PAS/PAC sensor protein  43.38 
 
 		 428 aa  83.6  0.000000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000679447 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2953  putative PAS/PAC sensor protein  36.91 
 
 		 549 aa  83.6  0.000000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0195  putative PAS/PAC sensor protein  37.8 
 
 		 255 aa  83.2  0.000000000000005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.1074  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0179  anti-sigma-factor antagonist  37.66 
 
 		 359 aa  82.8  0.000000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.000000362321  hitchhiker  0.00135922 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2296  anti-sigma-factor antagonist  25.53 
 
 		 342 aa  83.2  0.000000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0948081  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4490  anti-sigma-factor antagonist  38.41 
 
 		 511 aa  82.8  0.000000000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.30603  decreased coverage  0.000741245 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2460  putative PAS/PAC sensor protein  37.69 
 
 		 306 aa  82.8  0.000000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0675728  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0451  anti-sigma-factor antagonist  36.81 
 
 		 312 aa  82.4  0.000000000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2421  anti-sigma-factor antagonist  36.73 
 
 		 523 aa  82.4  0.000000000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2851  putative PAS/PAC sensor protein  38.1 
 
 		 315 aa  82.4  0.00000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3800  putative PAS/PAC sensor protein  41.84 
 
 		 430 aa  82  0.00000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0052  anti-sigma-factor antagonist  32.68 
 
 		 350 aa  82  0.00000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1962  putative PAS/PAC sensor protein  34.81 
 
 		 538 aa  82  0.00000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.118262  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2483  anti-sigma-factor antagonist  37.58 
 
 		 291 aa  81.3  0.00000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.872627  normal  0.455884 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1662  anti-sigma-factor antagonist  40.46 
 
 		 290 aa  81.6  0.00000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80194  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2651  putative PAS/PAC sensor protein  44.55 
 
 		 653 aa  80.9  0.00000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4067  putative PAS/PAC sensor protein  42.73 
 
 		 429 aa  80.9  0.00000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.220594 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2484  anti-sigma-factor antagonist  40.17 
 
 		 281 aa  80.1  0.00000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.817104  normal  0.435935 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3688  anti-sigma-factor antagonist  34.78 
 
 		 350 aa  80.5  0.00000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0109455  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3476  anti-sigma-factor antagonist  34.9 
 
 		 380 aa  80.5  0.00000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.837777  normal  0.282412 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1372  putative PAS/PAC sensor protein  41.82 
 
 		 655 aa  80.1  0.00000000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32020  anti-anti-sigma regulatory factor (antagonist of anti-sigma factor)  40.65 
 
 		 283 aa  80.1  0.00000000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.16584  normal  0.174453 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0135  anti-sigma-factor antagonist  29.27 
 
 		 371 aa  78.6  0.0000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.167444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0868  anti-sigma-factor antagonist  36.23 
 
 		 506 aa  78.2  0.0000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000121741 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2482  anti-sigma-factor antagonist  39.32 
 
 		 293 aa  77.8  0.0000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.700951  normal  0.474316 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3437  anti-sigma-factor antagonist  32.75 
 
 		 315 aa  77.4  0.0000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0379355  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2269  anti-sigma-factor antagonist  35.88 
 
 		 291 aa  77.4  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.169794 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2210  anti-sigma-factor antagonist  38.79 
 
 		 580 aa  77.4  0.0000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2970  anti-sigma-factor antagonist  38.58 
 
 		 285 aa  77  0.0000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.528649 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4411  anti-sigma-factor antagonist  38.21 
 
 		 280 aa  77  0.0000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.118778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1317  anti-sigma-factor antagonist  42.42 
 
 		 286 aa  77  0.0000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4771  anti-sigma-factor antagonist  36.67 
 
 		 231 aa  77  0.0000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0474  anti-sigma-factor antagonist  35.11 
 
 		 279 aa  76.6  0.0000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4421  anti-sigma-factor antagonist  36.07 
 
 		 271 aa  76.6  0.0000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0373  anti-sigma-factor antagonist  32.93 
 
 		 365 aa  76.3  0.0000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3536  putative PAS/PAC sensor protein  40 
 
 		 653 aa  75.9  0.0000000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0821285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1856  anti-sigma-factor antagonist  33.16 
 
 		 365 aa  75.9  0.0000000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.616563 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1492  anti-sigma-factor antagonist  36.3 
 
 		 282 aa  75.9  0.0000000000009  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0622527 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2789  putative PAS/PAC sensor protein  42.73 
 
 		 323 aa  75.9  0.0000000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0148  putative PAS/PAC sensor protein  33.64 
 
 		 299 aa  75.5  0.000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1270  anti-sigma-factor antagonist  31.79 
 
 		 325 aa  75.5  0.000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4970  Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  38.84 
 
 		 284 aa  74.7  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0410  anti-sigma-factor antagonist  32.54 
 
 		 361 aa  74.3  0.000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695022  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3339  anti-sigma-factor antagonist  40.57 
 
 		 292 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.123389  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0903  anti-sigma-factor antagonist  41 
 
 		 376 aa  74.7  0.000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000110303  hitchhiker  0.00000527056 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1894  anti-sigma-factor antagonist  28.5 
 
 		 344 aa  74.7  0.000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1475  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  39.29 
 
 		 272 aa  73.9  0.000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000603056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0963  anti-sigma-factor antagonist  37.5 
 
 		 308 aa  73.9  0.000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3744  anti-sigma-factor antagonist  37.14 
 
 		 288 aa  74.3  0.000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0512  anti-sigma-factor antagonist  40.57 
 
 		 292 aa  74.3  0.000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3162  putative PAS/PAC sensor protein  33.33 
 
 		 638 aa  74.3  0.000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.13851  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3527  putative PAS/PAC sensor protein  41.18 
 
 		 667 aa  73.9  0.000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1810  anti-sigma-factor antagonist  34.56 
 
 		 252 aa  73.9  0.000000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2716  anti-sigma-factor antagonist  36.84 
 
 		 559 aa  73.6  0.000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4325  anti-sigma-factor antagonist  25.94 
 
 		 359 aa  73.6  0.000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0978917  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5229  anti-sigma-factor antagonist  39.62 
 
 		 291 aa  73.6  0.000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4420  anti-sigma-factor antagonist  38.1 
 
 		 271 aa  73.2  0.000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2793  anti-sigma-factor antagonist  39.09 
 
 		 272 aa  73.2  0.000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5779  anti-sigma-factor antagonist  37.4 
 
 		 288 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1316  anti-sigma-factor antagonist  35.21 
 
 		 284 aa  73.2  0.000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2373  putative PAS/PAC sensor protein  35.76 
 
 		 424 aa  72.8  0.000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0322633  normal  0.629706 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1921  putative PAS/PAC sensor protein  45.56 
 
 		 295 aa  72.8  0.000000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.134745  hitchhiker  0.0000024656 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0268  anti-sigma-factor antagonist  28.57 
 
 		 363 aa  72.8  0.000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0598617 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>