More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_0934 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_0934  RNA-binding S1 domain-containing protein  100 
 
 		 388 aa  775    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000731277  normal  0.167396 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4287  RNA-binding S1 domain-containing protein  96.36 
 
 		 393 aa  736    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000310337  normal  0.0146408 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1112  RNA binding S1 domain protein  77.32 
 
 		 397 aa  614  1e-175  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000019918  unclonable  0.0000000535173 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3713  RNA-binding S1 domain-containing protein  66.86 
 
 		 397 aa  474  1e-133  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000276005  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2015  RNA-binding S1 domain-containing protein  46.41 
 
 		 411 aa  339  4e-92  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0652883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1730  RNA-binding S1 domain-containing protein  45.83 
 
 		 403 aa  335  7e-91  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0218599  normal  0.469855 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1437  RNA binding S1 domain protein  46.44 
 
 		 400 aa  323  4e-87  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.245145  normal  0.159598 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0502  RNA-binding S1 domain-containing protein  44.09 
 
 		 415 aa  301  2e-80  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1350  RNA binding S1 domain protein  47.58 
 
 		 431 aa  289  7e-77  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1329  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  41.99 
 
 		 736 aa  263  6e-69  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000119457  normal  0.0289615 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1079  RNA binding S1 domain protein  41.42 
 
 		 427 aa  260  3e-68  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1477  RNA binding S1 domain-containing protein  41.12 
 
 		 480 aa  255  9e-67  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.22973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2850  RNA binding S1 domain protein  41.12 
 
 		 487 aa  254  2.0000000000000002e-66  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000968936  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5672  30S ribosomal protein S1  40.41 
 
 		 493 aa  254  3e-66  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.457368 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2968  Ribosomal protein S1-like protein  40.53 
 
 		 500 aa  253  4.0000000000000004e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1229  30S ribosomal protein S1  39.49 
 
 		 488 aa  252  6e-66  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.964467  normal  0.190984 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1960  RNA binding S1 domain protein  39.88 
 
 		 492 aa  252  8.000000000000001e-66  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1089  30S ribosomal protein S1  40.53 
 
 		 515 aa  251  1e-65  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0119116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1154  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  37.19 
 
 		 672 aa  250  2e-65  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.225673  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14990  30S ribosomal protein S1  38.81 
 
 		 493 aa  251  2e-65  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0409109  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12990  30S ribosomal protein S1  40.47 
 
 		 492 aa  251  2e-65  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.927286 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1515  RNA binding S1 domain protein  38.92 
 
 		 490 aa  251  2e-65  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.906108  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2989  30S ribosomal protein S1  39.64 
 
 		 490 aa  251  2e-65  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0790572  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20190  SSU ribosomal protein S1P  39.59 
 
 		 496 aa  250  4e-65  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.287124 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1191  30S ribosomal protein S1  40 
 
 		 485 aa  249  6e-65  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00406916  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0961  RNA binding S1 domain protein  40.23 
 
 		 496 aa  248  9e-65  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0745  30S ribosomal protein S1  38.35 
 
 		 491 aa  248  1e-64  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.146171  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2065  30S ribosomal protein S1  39.05 
 
 		 491 aa  248  1e-64  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00632138  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1804  30S ribosomal protein S1  39.05 
 
 		 491 aa  248  1e-64  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000000161597 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3005  30S ribosomal protein S1  39.07 
 
 		 479 aa  247  2e-64  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3020  30S ribosomal protein S1  39.07 
 
 		 479 aa  247  2e-64  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.156856  normal  0.0844361 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3051  30S ribosomal protein S1  39.07 
 
 		 479 aa  247  2e-64  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5522  30S ribosomal protein S1  39.35 
 
 		 495 aa  246  4.9999999999999997e-64  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5494  30S ribosomal protein S1  38.76 
 
 		 493 aa  245  9.999999999999999e-64  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.117184  normal  0.159849 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11140  30S ribosomal protein S1  38.42 
 
 		 485 aa  245  9.999999999999999e-64  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.28152  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10450  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase  38.92 
 
 		 678 aa  245  9.999999999999999e-64  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000887819  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2860  ribosomal protein S1  36.87 
 
 		 557 aa  244  1.9999999999999999e-63  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.105288 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1057  30S ribosomal protein S1  38.76 
 
 		 492 aa  244  1.9999999999999999e-63  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.960366 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1146  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  40.17 
 
 		 654 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.778055  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3561  30S ribosomal protein S1  38.78 
 
 		 481 aa  244  1.9999999999999999e-63  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0469219  normal  0.360425 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3356  30S ribosomal protein S1  38.78 
 
 		 481 aa  244  1.9999999999999999e-63  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0698685  normal  0.453235 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2102  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  36.78 
 
 		 676 aa  243  3e-63  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.573374 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11646  30S ribosomal protein S1  38.78 
 
 		 481 aa  243  3e-63  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.75465 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2435  RNA binding S1 domain protein  38.55 
 
 		 499 aa  243  3.9999999999999997e-63  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25930  30S ribosomal protein S1  37.96 
 
 		 495 aa  243  3.9999999999999997e-63  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2193  30S ribosomal protein S1  38.42 
 
 		 488 aa  242  6e-63  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.210966  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2872  RNA binding S1 domain protein  38.26 
 
 		 487 aa  243  6e-63  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3198  RNA binding S1 domain protein  39.88 
 
 		 488 aa  240  2.9999999999999997e-62  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.565242  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2523  RNA binding S1 domain protein  36.27 
 
 		 405 aa  240  2.9999999999999997e-62  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.270612  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3034  30S ribosomal protein S1  37.54 
 
 		 485 aa  239  5.999999999999999e-62  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000095518  hitchhiker  0.00573325 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0117  RNA binding S1 domain protein  37.18 
 
 		 598 aa  238  9e-62  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1178  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  38.15 
 
 		 677 aa  238  1e-61  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.426785  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2405  30S ribosomal protein S1  33.99 
 
 		 378 aa  238  2e-61  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0962  RNA binding S1 domain protein  37.23 
 
 		 418 aa  236  5.0000000000000005e-61  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.331059  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2117  30S ribosomal protein S1  33.71 
 
 		 378 aa  236  7e-61  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05300  SSU ribosomal protein S1P  36.53 
 
 		 403 aa  235  1.0000000000000001e-60  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.467971  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3385  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  35.56 
 
 		 661 aa  234  2.0000000000000002e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000070499  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2872  RNA binding S1 domain protein  38.98 
 
 		 529 aa  233  5e-60  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.569342  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0601  30S ribosomal protein S1  37.64 
 
 		 500 aa  232  1e-59  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0763  30S ribosomal protein S1  35.73 
 
 		 416 aa  231  2e-59  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.00000000000378884  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2169  30S ribosomal protein S1  36.54 
 
 		 387 aa  231  2e-59  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000104963  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2948  30S ribosomal protein S1  39 
 
 		 505 aa  229  4e-59  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.188906 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5663  RNA binding S1 domain protein  34.92 
 
 		 595 aa  229  4e-59  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.726551  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0995  30S ribosomal protein S1  36.73 
 
 		 584 aa  229  6e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3255  30S ribosomal protein S1  36.73 
 
 		 584 aa  229  6e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000271492  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3369  30S ribosomal protein S1  38.76 
 
 		 493 aa  229  7e-59  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.412554  normal  0.0109188 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3140  30S ribosomal protein S1  38.76 
 
 		 493 aa  229  8e-59  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1025  ribosomal protein S1  36.69 
 
 		 568 aa  228  2e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  unclonable  0.000000189842  unclonable  0.0000000000588279 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0903  ribosomal protein S1  36.69 
 
 		 568 aa  228  2e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.055479  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1176  RNA binding S1 domain protein  32.42 
 
 		 644 aa  227  2e-58  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1795  SSU ribosomal protein S1P  35.83 
 
 		 539 aa  227  3e-58  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1638  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  35.81 
 
 		 705 aa  227  3e-58  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.32153 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1212  ribosomal protein S1  34.64 
 
 		 556 aa  226  7e-58  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0374524  normal  0.207409 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1543  30S ribosomal protein S1  33.99 
 
 		 558 aa  224  1e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.49794  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3478  30S ribosomal protein S1  35.24 
 
 		 598 aa  225  1e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.199022  normal  0.500407 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0850  30S ribosomal protein S1  35.33 
 
 		 562 aa  224  1e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.334273 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1019  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  34.82 
 
 		 686 aa  225  1e-57  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.901496  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0909  30S ribosomal protein S1  35.33 
 
 		 562 aa  224  2e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1376  30S ribosomal protein S1  35.65 
 
 		 558 aa  224  2e-57  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1372  30S ribosomal protein S1  35.65 
 
 		 558 aa  224  2e-57  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1198  30S ribosomal protein S1  34.39 
 
 		 557 aa  224  2e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0779  30S ribosomal protein S1  35.33 
 
 		 562 aa  224  2e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1597  30S ribosomal protein S1  36.62 
 
 		 558 aa  224  2e-57  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1540  30S ribosomal protein S1  36.62 
 
 		 558 aa  224  2e-57  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0722  30S ribosomal protein S1  35.04 
 
 		 564 aa  223  4e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.151231  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2569  30S ribosomal protein S1  35.04 
 
 		 564 aa  223  4.9999999999999996e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0644  30S ribosomal protein S1  31.94 
 
 		 611 aa  223  4.9999999999999996e-57  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.35055 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3590  30S ribosomal protein S1  32.6 
 
 		 561 aa  223  6e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.019363  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3275  30S ribosomal protein S1  32.6 
 
 		 561 aa  223  6e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.62304 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1703  RNA binding S1 domain protein  37.36 
 
 		 385 aa  222  7e-57  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000241805  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2118  ribosomal protein S1  33.51 
 
 		 596 aa  222  7e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000596679  unclonable  0.0000131367 
 
 
-
 
NC_002950  PG1297  30S ribosomal protein S1  32.81 
 
 		 599 aa  222  9e-57  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0721  30S ribosomal protein S1  32.25 
 
 		 558 aa  221  9.999999999999999e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0686992  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0714  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  32.41 
 
 		 694 aa  222  9.999999999999999e-57  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000369991  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3882  30S ribosomal protein S1  33.33 
 
 		 561 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.237416  normal  0.848573 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1467  30S ribosomal protein S1  35.84 
 
 		 584 aa  221  1.9999999999999999e-56  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000364254  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3767  RNA binding S1 domain-containing protein  38.53 
 
 		 507 aa  221  1.9999999999999999e-56  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0768989  normal  0.0130256 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0110  RNA binding S1 domain-containing protein  34.17 
 
 		 558 aa  220  3e-56  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000433742  normal  0.284586 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1292  ribosomal protein S1  31.88 
 
 		 720 aa  220  3.9999999999999997e-56  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0563  30S ribosomal protein S1  37.05 
 
 		 560 aa  220  3.9999999999999997e-56  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.647894  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>