48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_0606 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_0606  ribosomal protein L28  100 
 
 
68 aa  142  2e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00000986051  normal  0.618887 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3523  ribosomal protein L28  98.53 
 
 
68 aa  140  7e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.877625  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3904  ribosomal protein L28  62.12 
 
 
91 aa  87.4  6e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000260959  normal  0.15188 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0601  ribosomal protein L28  60.61 
 
 
91 aa  87  8e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.0000000015913  unclonable  0.00000708114 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1653  ribosomal protein L28  57.81 
 
 
73 aa  85.9  2e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3639  50S ribosomal protein L28  46.38 
 
 
61 aa  62.8  0.000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000267113  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0757  50S ribosomal protein L28  42.86 
 
 
62 aa  53.9  0.0000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.744153  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1883  50S ribosomal protein L28  44.44 
 
 
62 aa  53.1  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1073  50S ribosomal protein L28  39.34 
 
 
62 aa  50.8  0.000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.000000000450707  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1279  50S ribosomal protein L28  41.27 
 
 
62 aa  50.1  0.00001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0423459  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2089  50S ribosomal protein L28  39.68 
 
 
62 aa  49.3  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0729886  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4672  ribosomal protein L28  38.71 
 
 
73 aa  48.1  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1045  ribosomal protein L28  34.43 
 
 
62 aa  48.1  0.00004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000342446  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09970  LSU ribosomal protein L28P  40 
 
 
62 aa  48.1  0.00004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000000786411  hitchhiker  0.00000165787 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1024  ribosomal protein L28  41.27 
 
 
73 aa  47.4  0.00006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1262  50S ribosomal protein L28  32.79 
 
 
62 aa  47.4  0.00007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000202821  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0863  ribosomal protein L28  36.92 
 
 
62 aa  47  0.00008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.00000000649528  normal  0.761868 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1027  50S ribosomal protein L28  41.94 
 
 
70 aa  46.6  0.0001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.807018  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2893  ribosomal protein L28  37.1 
 
 
65 aa  46.2  0.0001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000000123901  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0627  50S ribosomal protein L28  37.7 
 
 
63 aa  46.6  0.0001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00471545  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0071  ribosomal protein L28  38.1 
 
 
63 aa  45.8  0.0002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2199  ribosomal protein L28  37.5 
 
 
62 aa  45.4  0.0002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000434288  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2323  50S ribosomal protein L28  38.1 
 
 
63 aa  45.1  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  9.28928e-19  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3839  50S ribosomal protein L28  36.67 
 
 
63 aa  44.7  0.0004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  2.14599e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11200  LSU ribosomal protein L28P  37.7 
 
 
63 aa  44.3  0.0005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00741345  normal  0.589072 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3158  50S ribosomal protein L28  37.1 
 
 
63 aa  44.3  0.0005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000034404  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3209  50S ribosomal protein L28  35.48 
 
 
63 aa  44.3  0.0005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000252463  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1054  50S ribosomal protein L28  35.48 
 
 
63 aa  44.3  0.0005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000960448 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2279  ribosomal protein L28  32.84 
 
 
86 aa  44.3  0.0006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1088  50S ribosomal protein L28  32.79 
 
 
64 aa  43.9  0.0007  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0368802  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2234  50S ribosomal protein L28  37.1 
 
 
63 aa  43.9  0.0008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.000532075  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0315  ribosomal protein L28  32.79 
 
 
64 aa  43.1  0.001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0997058 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0920  50S ribosomal protein L28P  34.92 
 
 
62 aa  42.4  0.002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000106918  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1367  50S ribosomal protein L28  34.43 
 
 
61 aa  42.4  0.002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.23268  normal  0.35924 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1343  LSU ribosomal protein L28P  36.67 
 
 
63 aa  42.7  0.002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.754318  normal  0.305293 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1978  ribosomal protein L28  36.51 
 
 
63 aa  42.7  0.002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2306  ribosomal protein L28  36.07 
 
 
63 aa  42  0.003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  hitchhiker  0.000277359  hitchhiker  0.00207431 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2397  50S ribosomal protein L28  35.48 
 
 
63 aa  41.6  0.003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000222806  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1744  50S ribosomal protein L28  34.92 
 
 
62 aa  41.6  0.003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000205787  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1163  50S ribosomal protein L28  36.07 
 
 
63 aa  41.6  0.003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.360169  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1676  ribosomal protein L28  36.07 
 
 
63 aa  41.6  0.004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000538501  hitchhiker  0.00422618 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1599  ribosomal protein L28  36.07 
 
 
63 aa  41.6  0.004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.118931  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3659  ribosomal protein L28  36.54 
 
 
87 aa  41.2  0.005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05560  LSU ribosomal protein L28P  43.33 
 
 
63 aa  41.2  0.005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1351  ribosomal protein L28  39.34 
 
 
63 aa  40  0.009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.0000000031136  normal  0.416635 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2281  ribosomal protein L28  34.43 
 
 
63 aa  40  0.009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.921868  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8027  50S ribosomal protein L28  32.79 
 
 
65 aa  40.4  0.009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.102567  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0861  50S ribosomal protein L28  33.33 
 
 
63 aa  40  0.01  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.582934  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>