More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_0559 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_3859  AMP-dependent synthetase and ligase  83.03 
 
 
504 aa  839    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.447607  hitchhiker  0.00632845 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0559  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
507 aa  1032    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3776  AMP-dependent synthetase and ligase  58.67 
 
 
502 aa  563  1.0000000000000001e-159  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.597037  normal  0.34641 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2790  malonyl-CoA synthase  46.28 
 
 
512 aa  390  1e-107  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000139685  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0876  malonyl-CoA synthase  46.15 
 
 
510 aa  389  1e-107  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0768548 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0836  malonyl-CoA synthase  45.74 
 
 
510 aa  388  1e-106  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.141452  normal  0.0577882 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2999  malonyl-CoA synthase  45.9 
 
 
506 aa  385  1e-106  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0574  malonyl-CoA synthase  43.45 
 
 
504 aa  384  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5138  malonyl-CoA synthase  44.14 
 
 
510 aa  382  1e-105  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.809655  normal  0.695279 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3834  malonyl-CoA synthase  44.1 
 
 
504 aa  380  1e-104  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.610168  normal  0.151644 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7251  malonyl-CoA synthase  47.05 
 
 
507 aa  379  1e-104  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6034  malonyl-CoA synthase  47.74 
 
 
507 aa  380  1e-104  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.224104  normal  0.165563 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5371  malonyl-CoA synthase  42.77 
 
 
504 aa  382  1e-104  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.132829  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0422  malonyl-CoA synthase  45 
 
 
526 aa  377  1e-103  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.149212  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0802  malonyl-CoA synthase  44.56 
 
 
510 aa  378  1e-103  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.756606  normal  0.0286315 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1041  malonyl-CoA synthase  44.6 
 
 
501 aa  370  1e-101  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.200492  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3408  malonyl-CoA synthase  43.35 
 
 
504 aa  372  1e-101  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.787784 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0616  malonyl-CoA synthase  42.74 
 
 
504 aa  370  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.562715  normal  0.268093 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2702  malonyl-CoA synthase  44.38 
 
 
501 aa  369  1e-101  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0670195 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1586  malonyl-CoA synthase  42.89 
 
 
506 aa  367  1e-100  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1719  malonyl-CoA synthase  43.8 
 
 
503 aa  367  1e-100  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.982236 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2870  malonyl-CoA synthase  42.86 
 
 
506 aa  366  1e-100  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.689672  normal  0.236454 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0770  AMP-dependent synthetase and ligase  43.79 
 
 
501 aa  367  1e-100  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0518  malonyl-CoA synthase  44.12 
 
 
509 aa  365  1e-99  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2094  malonyl-CoA synthase  42.65 
 
 
506 aa  361  1e-98  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0754737  normal  0.347898 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0226  malonyl-CoA synthase  43.78 
 
 
508 aa  360  3e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0526846  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2538  malonyl-CoA synthase  43.44 
 
 
511 aa  360  4e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2492  malonyl-CoA synthase  44.85 
 
 
504 aa  360  4e-98  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.318474  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0329  malonyl-CoA synthase  41.77 
 
 
511 aa  358  9.999999999999999e-98  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0631  malonyl-CoA synthase  40.04 
 
 
507 aa  355  1e-96  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2794  malonyl-CoA synthase  41.97 
 
 
517 aa  354  2e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.71549  normal  0.398408 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2771  malonyl-CoA synthase  42.13 
 
 
536 aa  353  4e-96  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.594073  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0996  malonyl-CoA synthase  41.39 
 
 
519 aa  352  8e-96  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0245  malonyl-CoA synthase  43 
 
 
504 aa  352  1e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0395238 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0220  malonyl-CoA synthase  41.79 
 
 
503 aa  351  2e-95  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.601636  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3600  malonyl-CoA synthase  41.98 
 
 
505 aa  349  5e-95  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0483  malonyl-CoA synthase  42.29 
 
 
503 aa  349  8e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0648  malonyl-CoA synthase  43.57 
 
 
517 aa  348  9e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1080  malonyl-CoA synthase  41.19 
 
 
519 aa  348  9e-95  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.261639  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0079  AMP-dependent synthetase and ligase  43.02 
 
 
553 aa  348  1e-94  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.737985 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3566  malonyl-CoA synthase  44.08 
 
 
503 aa  348  2e-94  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.676985  normal  0.895128 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2797  malonyl-CoA synthase  41.49 
 
 
518 aa  342  8e-93  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.676577 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2752  malonyl-CoA synthase  42.24 
 
 
547 aa  341  1e-92  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0433908 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1515  malonyl-CoA synthase  41.99 
 
 
539 aa  340  4e-92  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.624521  normal  0.177064 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1480  malonyl-CoA synthase  44.17 
 
 
509 aa  339  7e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000189244 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1101  malonyl-CoA synthase  42.77 
 
 
530 aa  337  2.9999999999999997e-91  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  39.19 
 
 
520 aa  336  7e-91  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  38.62 
 
 
539 aa  333  5e-90  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  40.32 
 
 
525 aa  331  2e-89  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1867  AMP-dependent synthetase and ligase  41.18 
 
 
507 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1925  malonyl-CoA synthase  41.55 
 
 
500 aa  328  2.0000000000000001e-88  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1293  malonyl-CoA synthase  41.77 
 
 
510 aa  327  3e-88  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00112545 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1062  AMP-dependent synthetase and ligase  36.88 
 
 
490 aa  323  6e-87  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0978563  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1593  AMP-dependent synthetase and ligase  37.97 
 
 
559 aa  321  1.9999999999999998e-86  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0495218 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1884  AMP-dependent synthetase and ligase  39.08 
 
 
495 aa  320  3e-86  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  37.98 
 
 
662 aa  318  1e-85  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.16 
 
 
514 aa  318  2e-85  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0827  AMP-dependent synthetase and ligase  37.04 
 
 
566 aa  317  3e-85  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3969  AMP-dependent synthetase and ligase  41 
 
 
500 aa  316  6e-85  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.130763  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0503  AMP-dependent synthetase and ligase  38.14 
 
 
492 aa  313  5.999999999999999e-84  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  38.81 
 
 
549 aa  313  6.999999999999999e-84  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000318079  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1592  AMP-dependent synthetase and ligase  36.64 
 
 
561 aa  312  7.999999999999999e-84  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185317  normal  0.745369 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3455  AMP-dependent synthetase and ligase  35.95 
 
 
583 aa  312  1e-83  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.71 
 
 
512 aa  312  1e-83  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3119  malonyl-CoA synthase  43.72 
 
 
485 aa  311  2e-83  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.646837  normal  0.278949 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  37.84 
 
 
521 aa  311  2e-83  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  37.06 
 
 
512 aa  308  1.0000000000000001e-82  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  37.57 
 
 
565 aa  308  1.0000000000000001e-82  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0635723  normal  0.557335 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4702  AMP-dependent synthetase and ligase  40.4 
 
 
506 aa  306  5.0000000000000004e-82  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2963  AMP-dependent synthetase and ligase  34.15 
 
 
551 aa  306  6e-82  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000191926  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4238  AMP-dependent synthetase and ligase  36.24 
 
 
527 aa  306  8.000000000000001e-82  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3115  AMP-dependent synthetase and ligase  37.59 
 
 
584 aa  305  9.000000000000001e-82  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3097  AMP-dependent synthetase and ligase  36.73 
 
 
536 aa  305  9.000000000000001e-82  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.329407  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4160  AMP-dependent synthetase and ligase  40.56 
 
 
499 aa  304  3.0000000000000004e-81  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.365856  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2629  AMP-dependent synthetase and ligase  35.19 
 
 
557 aa  303  4.0000000000000003e-81  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0494506  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4653  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.57 
 
 
561 aa  303  5.000000000000001e-81  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0108  AMP-dependent synthetase and ligase  35.11 
 
 
569 aa  302  8.000000000000001e-81  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.824706  normal  0.320607 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01070  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  39.09 
 
 
516 aa  302  9e-81  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4634  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.64 
 
 
582 aa  302  9e-81  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.188142  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1756  AMP-dependent synthetase and ligase  34.9 
 
 
564 aa  302  1e-80  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.598576 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1423  AMP-dependent synthetase and ligase  41.93 
 
 
510 aa  302  1e-80  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1569  long-chain fatty-acid-CoA ligase, putative  39.53 
 
 
510 aa  301  2e-80  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.890411  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4654  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.58 
 
 
561 aa  301  2e-80  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1998  putative acyl-CoA synthetase, long-chain fatty acid:CoA ligase  39.65 
 
 
508 aa  300  6e-80  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.222529  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0601  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.29 
 
 
561 aa  299  6e-80  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.17 
 
 
510 aa  299  7e-80  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.17 
 
 
510 aa  299  7e-80  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4261  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.2 
 
 
563 aa  299  7e-80  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1091  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.17 
 
 
510 aa  299  7e-80  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1003  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.17 
 
 
510 aa  299  8e-80  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.53 
 
 
561 aa  299  9e-80  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.180837  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1169  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.17 
 
 
510 aa  299  9e-80  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4273  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.2 
 
 
563 aa  298  1e-79  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3226  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.6 
 
 
561 aa  298  1e-79  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.98 
 
 
510 aa  298  2e-79  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0866  AMP-dependent synthetase and ligase  40.08 
 
 
509 aa  298  2e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1725  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.66 
 
 
585 aa  297  2e-79  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00134138  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.98 
 
 
510 aa  297  2e-79  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21680  acyl-CoA synthetase  42 
 
 
480 aa  297  3e-79  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.656623 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.98 
 
 
510 aa  296  4e-79  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>