More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_0558 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_0558  Formyl-CoA transferase  100 
 
 
396 aa  802    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3860  Formyl-CoA transferase  94.19 
 
 
396 aa  732    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0478269 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0849  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.38 
 
 
433 aa  394  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4428  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.61 
 
 
407 aa  390  1e-107  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000000922953  normal  0.414571 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24920  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.35 
 
 
407 aa  388  1e-107  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534139  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0420  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  52.11 
 
 
407 aa  390  1e-107  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0176  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.36 
 
 
406 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000247826  normal  0.235552 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0796  putative transmembrane protein  50.37 
 
 
420 aa  382  1e-105  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0159  CAIB/BAIF family protein  50.12 
 
 
406 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000839359  hitchhiker  0.0000973372 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.93 
 
 
388 aa  379  1e-104  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0321  CaiB/BaiF family protein  49.39 
 
 
421 aa  379  1e-104  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.15659  normal  0.0117662 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0743  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.13 
 
 
406 aa  379  1e-104  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.542273  normal  0.492598 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0830  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.14 
 
 
406 aa  378  1e-104  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0441069  normal  0.0516739 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0846  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.64 
 
 
415 aa  380  1e-104  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0178  Formyl-CoA transferase  49.38 
 
 
406 aa  377  1e-103  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000710796  normal  0.705206 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0204  Alpha-methylacyl-CoA racemase  48.51 
 
 
435 aa  377  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491396  normal  0.983612 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6417  Formyl-CoA transferase  45.29 
 
 
418 aa  375  1e-103  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.478883  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2154  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.62 
 
 
413 aa  375  1e-103  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.575353  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5067  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.38 
 
 
406 aa  375  1e-102  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000000803065  hitchhiker  0.00823437 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0813  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.39 
 
 
406 aa  374  1e-102  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.279858  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0281  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.79 
 
 
424 aa  372  1e-102  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5460  CAIB/BAIF family protein  48.64 
 
 
406 aa  369  1e-101  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0019674  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1386  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.87 
 
 
406 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.331191  normal  0.197084 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4552  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.4 
 
 
406 aa  369  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0206  Formyl-CoA transferase  47.21 
 
 
393 aa  369  1e-101  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.640391 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1981  Formyl-CoA transferase  47.42 
 
 
425 aa  371  1e-101  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.5463  hitchhiker  0.00178281 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6129  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.53 
 
 
418 aa  367  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0118  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.64 
 
 
406 aa  367  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000440239  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5877  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.91 
 
 
422 aa  366  1e-100  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1907  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.12 
 
 
452 aa  368  1e-100  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.323218 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1408  Formyl-CoA transferase  45.91 
 
 
406 aa  368  1e-100  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0926  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.91 
 
 
406 aa  368  1e-100  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1614  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.67 
 
 
406 aa  364  1e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.553519 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1285  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.66 
 
 
426 aa  364  1e-99  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4069  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.58 
 
 
426 aa  363  2e-99  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2825  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.45 
 
 
406 aa  363  2e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0265401 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5013  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.64 
 
 
406 aa  363  3e-99  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0417063  normal  0.0551154 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1321  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.16 
 
 
406 aa  362  5.0000000000000005e-99  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.680046  normal  0.169906 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1310  Alpha-methylacyl-CoA racemase  44.72 
 
 
406 aa  362  6e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0119  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.19 
 
 
413 aa  362  7.0000000000000005e-99  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.391223  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05820  hypothetical protein  47.39 
 
 
407 aa  361  1e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7130  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.64 
 
 
434 aa  361  1e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2662  CAIB/BAIF family protein  46.44 
 
 
406 aa  361  1e-98  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000146578  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2408  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.94 
 
 
418 aa  361  1e-98  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.52 
 
 
415 aa  361  1e-98  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0548  hypothetical protein  47.15 
 
 
407 aa  360  2e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2971  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.17 
 
 
419 aa  360  2e-98  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315436  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2980  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.94 
 
 
418 aa  360  2e-98  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1635  CAIB/BAIF family protein  46.68 
 
 
406 aa  360  3e-98  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0382163  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1814  CAIB/BAIF family protein  46.68 
 
 
544 aa  360  3e-98  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00543882  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1658  CAIB/BAIF family protein  46.68 
 
 
406 aa  360  3e-98  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0837995  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0456  CAIB/BAIF family protein  46.68 
 
 
406 aa  360  3e-98  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367298  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0704  CAIB/BAIF family protein  46.68 
 
 
406 aa  360  3e-98  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.504433  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0894  CAIB/BAIF family protein  46.68 
 
 
577 aa  359  5e-98  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.846716  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1851  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.21 
 
 
404 aa  359  5e-98  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.990249  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1422  CAIB/BAIF family protein  46.68 
 
 
568 aa  359  5e-98  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.498676  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.39 
 
 
413 aa  357  1.9999999999999998e-97  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0260  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.38 
 
 
392 aa  357  1.9999999999999998e-97  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0702247 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0899  Formyl-CoA transferase  44.42 
 
 
427 aa  357  2.9999999999999997e-97  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0458  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.23 
 
 
429 aa  354  1e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0937  Formyl-CoA transferase  49.23 
 
 
407 aa  353  2e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6435  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.33 
 
 
415 aa  353  2.9999999999999997e-96  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00145178 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0899  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.23 
 
 
407 aa  353  4e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4668  CAIB/BAIF family protein  44.19 
 
 
390 aa  352  5e-96  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2006  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.17 
 
 
407 aa  352  5.9999999999999994e-96  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2484  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.96 
 
 
407 aa  352  5.9999999999999994e-96  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0601081  normal  0.0181338 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0034  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.33 
 
 
409 aa  352  5.9999999999999994e-96  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1038  Alpha-methylacyl-CoA racemase  43.62 
 
 
413 aa  352  8.999999999999999e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000337447  normal  0.997405 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2206  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.43 
 
 
415 aa  350  2e-95  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0738352 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0047  Formyl-CoA transferase  46.45 
 
 
412 aa  350  3e-95  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.386629  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1735  Formyl-CoA transferase  45.68 
 
 
448 aa  350  3e-95  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.186489 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3421  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.35 
 
 
416 aa  349  4e-95  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3791  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.7 
 
 
407 aa  347  2e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0442  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.88 
 
 
387 aa  347  2e-94  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1531  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.94 
 
 
400 aa  347  2e-94  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.447397 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2142  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.44 
 
 
446 aa  347  2e-94  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0223  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.89 
 
 
415 aa  346  3e-94  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.16835 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5106  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.53 
 
 
407 aa  346  4e-94  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.912284  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0039  Formyl-CoA transferase  45.94 
 
 
406 aa  345  8.999999999999999e-94  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0905  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.16 
 
 
410 aa  345  1e-93  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.36953  normal  0.0364065 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0224  CAIB/BAIF family protein  44.42 
 
 
413 aa  344  2e-93  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0207  CAIB/BAIF family protein  44.42 
 
 
413 aa  344  2e-93  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_10503  conserved hypothetical protein  44.28 
 
 
442 aa  343  2.9999999999999997e-93  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0354311  normal  0.124736 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1900  CAIB/BAIF family protein  48.44 
 
 
401 aa  342  5.999999999999999e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.894155  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2624  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.86 
 
 
399 aa  342  7e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0642  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.56 
 
 
395 aa  342  9e-93  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.440176  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1673  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.07 
 
 
406 aa  341  1e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.147245  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4039  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.23 
 
 
407 aa  340  2e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.194141  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.15 
 
 
395 aa  340  2.9999999999999998e-92  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0244  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.81 
 
 
395 aa  338  8e-92  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04230  CAIB/BAIF family enzyme (AFU_orthologue; AFUA_1G06250)  43.35 
 
 
446 aa  338  9.999999999999999e-92  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0128507  normal  0.310252 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2771  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.58 
 
 
405 aa  338  9.999999999999999e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0409  Formyl-CoA transferase  43.83 
 
 
396 aa  338  9.999999999999999e-92  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2914  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.8 
 
 
406 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.508097  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6256  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43 
 
 
406 aa  337  2.9999999999999997e-91  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.326861  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2997  Alpha-methylacyl-CoA racemase  47.98 
 
 
419 aa  336  5e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5189  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.29 
 
 
406 aa  335  5.999999999999999e-91  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0395978  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6904  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.85 
 
 
413 aa  335  7e-91  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.733868  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1329  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.05 
 
 
423 aa  335  7.999999999999999e-91  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.94269  normal  0.646992 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0247  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.56 
 
 
382 aa  335  7.999999999999999e-91  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>