More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_0552 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_0352  RNA methyltransferase  80.37 
 
 
434 aa  655    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.321717 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0552  RNA methyltransferase  100 
 
 
439 aa  878    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2200  RNA methyltransferase, TrmA family  48.1 
 
 
414 aa  368  1e-100  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0615  RNA methyltransferase  42.59 
 
 
423 aa  305  2.0000000000000002e-81  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.13964  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0241  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  35.63 
 
 
455 aa  237  3e-61  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.468571  normal  0.547918 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3305  RNA methyltransferase, TrmA family  34.01 
 
 
460 aa  236  5.0000000000000005e-61  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03000  RNA methyltransferase, TrmA family  32.66 
 
 
453 aa  232  9e-60  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1912  RNA methyltransferase  36.03 
 
 
473 aa  231  1e-59  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000182205  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2704  RNA methyltransferase, TrmA family  34.83 
 
 
397 aa  230  3e-59  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.0000000000380281  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3654  TrmA family RNA methyltransferase  33.41 
 
 
455 aa  221  1.9999999999999999e-56  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.412422  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3634  23S rRNA methyltransferase/RumA  33.41 
 
 
460 aa  217  4e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.226718 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1751  RNA methyltransferase  31.89 
 
 
453 aa  216  5.9999999999999996e-55  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00216476  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2225  tRNA (uracil-5-) -methyltransferase  33.49 
 
 
419 aa  216  8e-55  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2261  RNA methyltransferase  31.95 
 
 
457 aa  214  1.9999999999999998e-54  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000592232  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1971  23S rRNA methyltransferase/RumA  33.26 
 
 
493 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.209828  normal  0.0836094 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0170  RNA methyltransferase, TrmA family  32.94 
 
 
405 aa  212  1e-53  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1295  RNA methyltransferase, TrmA family  34.48 
 
 
436 aa  209  1e-52  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0703  RNA methyltransferase, TrmA family  28.06 
 
 
448 aa  207  2e-52  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2868  RNA methyltransferase, TrmA family  30.72 
 
 
460 aa  206  5e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00253017  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1783  RNA methyltransferase  32.43 
 
 
446 aa  206  6e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1197  RNA methyltransferase  30.7 
 
 
454 aa  204  2e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000142692  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0391  RNA methyltransferase, TrmA family  32.65 
 
 
457 aa  204  4e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4802  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  28.78 
 
 
485 aa  203  5e-51  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.810738  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0963  RNA methyltransferase, TrmA family  32.15 
 
 
457 aa  200  3.9999999999999996e-50  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.128465  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2369  RNA methyltransferase  31.03 
 
 
489 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.1321200000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1551  RNA methyltransferase  31.86 
 
 
434 aa  196  5.000000000000001e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000011157  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2801  RNA methyltransferase  31.22 
 
 
470 aa  196  5.000000000000001e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0232  RNA methyltransferase, TrmA family  27.55 
 
 
419 aa  196  8.000000000000001e-49  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000193721  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1134  23S rRNA methyltransferase/RumA  31.63 
 
 
469 aa  192  7e-48  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0412  RNA methyltransferase  28.92 
 
 
458 aa  192  1e-47  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2909  RNA methyltransferase, TrmA family  30.66 
 
 
488 aa  191  2e-47  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.501194  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0535  RNA methyltransferase  34.87 
 
 
465 aa  191  2e-47  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0337  RNA methyltransferase, TrmA family  26.9 
 
 
459 aa  191  2.9999999999999997e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.95395  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4083  RNA methyltransferase, TrmA family  30.67 
 
 
461 aa  191  2.9999999999999997e-47  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4122  RNA methyltransferase, TrmA family  30.67 
 
 
461 aa  191  2.9999999999999997e-47  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.840048 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0348  RNA methyltransferase  29.07 
 
 
455 aa  190  4e-47  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.359971  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1452  RNA methyltransferase  32.15 
 
 
495 aa  190  5.999999999999999e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0363  RNA methyltransferase  27.09 
 
 
460 aa  189  5.999999999999999e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1583  RNA methyltransferase, TrmA family  29.22 
 
 
446 aa  188  2e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000730131  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0301  RNA methyltransferase  27.09 
 
 
458 aa  187  2e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0305  RNA methyltransferase  27.21 
 
 
458 aa  187  2e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0517475  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1340  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  32.38 
 
 
465 aa  187  2e-46  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.308627 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0542  RNA methyltransferase  28.16 
 
 
459 aa  187  3e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.016081  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0357  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  28.63 
 
 
455 aa  187  3e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.820235  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0365  RNA methyltransferase, TrmA family  27.21 
 
 
458 aa  187  3e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2249  RNA methyltransferase, TrmA family  29.36 
 
 
458 aa  187  3e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.79134  hitchhiker  0.00749966 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0404  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  28 
 
 
459 aa  187  4e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.039244  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0400  RNA methyltransferase  28 
 
 
459 aa  187  4e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.955809  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0467  RNA methyltransferase, TrmA family  29.12 
 
 
454 aa  187  4e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0491  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  28 
 
 
459 aa  187  4e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.116806  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0472  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  28 
 
 
459 aa  187  4e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1308  RNA methyltransferase, TrmA family  29.73 
 
 
467 aa  186  6e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1748  RNA methyltransferase  34.17 
 
 
438 aa  186  7e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0364333  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0542  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  27.78 
 
 
459 aa  186  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000351254  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2893  RNA methyltransferase, TrmA family  31.25 
 
 
572 aa  185  1.0000000000000001e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0414  RNA methyltransferase  27.9 
 
 
459 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.340399  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0426  RNA methyltransferase  27.9 
 
 
459 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0407  RNA methyltransferase, TrmA family  26.98 
 
 
458 aa  185  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0428  RNA methyltransferase, TrmA family  27.45 
 
 
460 aa  184  3e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0318  RNA methyltransferase  26.98 
 
 
458 aa  184  4.0000000000000006e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.875741  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0333  RNA methyltransferase  26.98 
 
 
458 aa  184  4.0000000000000006e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0311  RNA methyltransferase  26.76 
 
 
458 aa  183  5.0000000000000004e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0652  RNA methyltransferase, TrmA family  33.63 
 
 
441 aa  183  5.0000000000000004e-45  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000483498  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0313  RNA methyltransferase  26.97 
 
 
458 aa  183  6e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0159  RNA methyltransferase  27.53 
 
 
468 aa  182  7e-45  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0406  RNA methyltransferase  27.78 
 
 
459 aa  182  1e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1332  RNA methyltransferase, TrmA family  30.94 
 
 
447 aa  182  1e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000710273 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1371  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase related enzyme  28.22 
 
 
462 aa  182  1e-44  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.000610222  hitchhiker  0.00000000411743 
 
 
-
 
NC_002936  DET1065  RNA methyltransferase  27.97 
 
 
395 aa  181  2e-44  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.929187  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0381  RNA methyltransferase, TrmA family  26.76 
 
 
454 aa  181  2e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.432112  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06020  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  32.82 
 
 
444 aa  181  2e-44  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.14779  hitchhiker  0.000000000313227 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4938  RNA methyltransferase, TrmA family  26.76 
 
 
454 aa  181  2e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0464028  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1383  RNA methyltransferase, TrmA family  33.47 
 
 
479 aa  181  2e-44  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4832  RNA methyltransferase, TrmA family  28.38 
 
 
459 aa  181  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000374128  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1225  RNA methyltransferase, TrmA family  28.42 
 
 
457 aa  180  4.999999999999999e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1849  RNA methyltransferase, TrmA family  31.84 
 
 
437 aa  179  8e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14811  SAM-dependent methyltransferase  28.51 
 
 
465 aa  179  8e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0686712 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1835  23S rRNA methyltransferase/RumA  30.96 
 
 
440 aa  178  1e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0118794  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1248  RNA methyltransferase, TrmA family  33.03 
 
 
461 aa  177  4e-43  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0455  RNA methyltransferase, TrmA family  28.7 
 
 
451 aa  176  9e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0814  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  33.26 
 
 
444 aa  175  1.9999999999999998e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.034918  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0947  (Uracil-5)-methyltransferase  28.21 
 
 
393 aa  175  1.9999999999999998e-42  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1649  RNA methyltransferase  26.42 
 
 
439 aa  174  2.9999999999999996e-42  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0850  RNA methyltransferase, TrmA family  30.47 
 
 
407 aa  174  2.9999999999999996e-42  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1048  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  30.07 
 
 
455 aa  173  5e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00366869  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1438  RNA methyltransferase  27.88 
 
 
459 aa  173  5.999999999999999e-42  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1868  RNA methyltransferase, TrmA family  29.22 
 
 
485 aa  172  1e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1985  RNA methyltransferase  26.46 
 
 
453 aa  172  1e-41  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1951  RNA methyltransferase  26.46 
 
 
453 aa  172  1e-41  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.602794  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_936  RNA methyltransferase, TrmA family  29.04 
 
 
400 aa  172  1e-41  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1989  RNA methyltransferase, TrmA family  25.65 
 
 
451 aa  171  2e-41  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0553091  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3390  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  30.21 
 
 
449 aa  171  2e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.02988  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1354  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  33.18 
 
 
445 aa  171  3e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.961347  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2158  RNA methyltransferase, TrmA family  31.42 
 
 
438 aa  171  3e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1396  RNA methyltransferase  33.65 
 
 
397 aa  171  3e-41  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.671396  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2126  23S rRNA methyltransferase  29.98 
 
 
476 aa  170  4e-41  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.965938  normal  0.654469 
 
 
-
 
NC_011697  PHATRDRAFT_16911  predicted protein  30.1 
 
 
378 aa  170  5e-41  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1286  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  30.39 
 
 
442 aa  170  5e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0270354  unclonable  0.00000000011365 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002503  23S rRNA (Uracil-5-)-methyltransferase rumA  28.64 
 
 
439 aa  170  5e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.088353  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2518  RNA methyltransferase, TrmA family  30 
 
 
482 aa  169  6e-41  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.391256  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>