More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_0128 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_0128  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
433 aa  872    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2373  putative PAS/PAC sensor protein  34.2 
 
 
424 aa  203  4e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0322633  normal  0.629706 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2789  putative PAS/PAC sensor protein  38.6 
 
 
323 aa  182  1e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0604  putative PAS/PAC sensor protein  33.33 
 
 
428 aa  181  2e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0938215  hitchhiker  0.000133748 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2851  putative PAS/PAC sensor protein  37.18 
 
 
315 aa  179  8e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2460  putative PAS/PAC sensor protein  36.73 
 
 
306 aa  177  3e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0675728  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2651  putative PAS/PAC sensor protein  33.84 
 
 
653 aa  172  1e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2605  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.56 
 
 
1453 aa  169  7e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4067  putative PAS/PAC sensor protein  30.86 
 
 
429 aa  167  4e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.220594 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2225  putative PAS/PAC sensor protein  33.42 
 
 
509 aa  166  1.0000000000000001e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00360384  normal  0.281465 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3536  putative PAS/PAC sensor protein  36.48 
 
 
653 aa  157  3e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0821285  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2216  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36 
 
 
812 aa  157  4e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.368148  normal  0.0314025 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3094  putative PAS/PAC sensor protein  33.7 
 
 
519 aa  152  8e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.259313 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2762  PAS sensor protein  32.36 
 
 
1135 aa  150  6e-35  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.449168  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1372  putative PAS/PAC sensor protein  32.91 
 
 
655 aa  149  7e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2953  putative PAS/PAC sensor protein  33.13 
 
 
549 aa  148  2.0000000000000003e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2667  putative PAS/PAC sensor protein  34.51 
 
 
653 aa  147  5e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000189051 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4199  putative PAS/PAC sensor protein  31.47 
 
 
562 aa  146  8.000000000000001e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00362058 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1662  anti-sigma-factor antagonist  51.02 
 
 
290 aa  144  2e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80194  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3527  putative PAS/PAC sensor protein  33.22 
 
 
667 aa  142  9.999999999999999e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0601  Signal transduction histidine kinase-like protein  31.89 
 
 
1442 aa  142  9.999999999999999e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5198  putative PAS/PAC sensor protein  28.74 
 
 
694 aa  138  2e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1962  putative PAS/PAC sensor protein  31.66 
 
 
538 aa  137  6.0000000000000005e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.118262  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1475  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  34.69 
 
 
272 aa  136  7.000000000000001e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000603056  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2336  signal transduction histidine kinase  36.32 
 
 
3706 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4189  putative PAS/PAC sensor protein  48.94 
 
 
428 aa  133  7.999999999999999e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000679447 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3800  putative PAS/PAC sensor protein  34.47 
 
 
430 aa  131  3e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2484  anti-sigma-factor antagonist  50.72 
 
 
281 aa  129  1.0000000000000001e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.817104  normal  0.435935 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1218  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.46 
 
 
933 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.493639  hitchhiker  0.0000319453 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2554  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.04 
 
 
844 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2482  anti-sigma-factor antagonist  47.06 
 
 
293 aa  127  3e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.700951  normal  0.474316 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2751  anti-sigma-factor antagonist  39.8 
 
 
357 aa  127  4.0000000000000003e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4158  anti-sigma-factor antagonist  45.75 
 
 
556 aa  125  1e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.6446  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1921  putative PAS/PAC sensor protein  38.5 
 
 
295 aa  124  2e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.134745  hitchhiker  0.0000024656 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4420  anti-sigma-factor antagonist  46.27 
 
 
271 aa  125  2e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2483  anti-sigma-factor antagonist  48.55 
 
 
291 aa  124  3e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.872627  normal  0.455884 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0903  anti-sigma-factor antagonist  34.44 
 
 
376 aa  124  4e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000110303  hitchhiker  0.00000527056 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2509  anti-sigma-factor antagonist  39 
 
 
388 aa  123  5e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.840655 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0451  anti-sigma-factor antagonist  44.06 
 
 
312 aa  123  6e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0590  anti-sigma-factor antagonist  50.78 
 
 
549 aa  123  7e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.641897 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3858  anti-sigma-factor antagonist  45.22 
 
 
357 aa  122  9.999999999999999e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2307  anti-sigma-factor antagonist  47.18 
 
 
439 aa  122  9.999999999999999e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.67 
 
 
1078 aa  121  1.9999999999999998e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3158  anti-sigma-factor antagonist  47.52 
 
 
445 aa  120  3e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4858  anti-sigma-factor antagonist  47.93 
 
 
295 aa  120  3.9999999999999996e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4421  anti-sigma-factor antagonist  44.7 
 
 
271 aa  120  3.9999999999999996e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2716  anti-sigma-factor antagonist  44.37 
 
 
559 aa  120  4.9999999999999996e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2495  anti-sigma-factor antagonist  41.24 
 
 
568 aa  120  7e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0198  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.62 
 
 
1344 aa  119  9.999999999999999e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.592297 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0281  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.62 
 
 
688 aa  119  9.999999999999999e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.113851 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1317  anti-sigma-factor antagonist  40.12 
 
 
286 aa  118  1.9999999999999998e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3623  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.96 
 
 
583 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0877329 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4771  anti-sigma-factor antagonist  40.66 
 
 
231 aa  117  3e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0053  anti-sigma-factor antagonist  50 
 
 
377 aa  117  5e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0493156  normal  0.337885 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1316  anti-sigma-factor antagonist  41.4 
 
 
284 aa  116  1.0000000000000001e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1935  anti-sigma-factor antagonist  44.14 
 
 
421 aa  115  1.0000000000000001e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.201597 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4153  anti-sigma-factor antagonist  48.99 
 
 
425 aa  115  2.0000000000000002e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.893474  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4193  anti-sigma-factor antagonist  46.9 
 
 
388 aa  114  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.512657  hitchhiker  0.00496827 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2805  anti-sigma-factor antagonist  41.13 
 
 
275 aa  115  2.0000000000000002e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1520  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.28 
 
 
777 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0135  anti-sigma-factor antagonist  45.28 
 
 
371 aa  115  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.167444  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2566  anti-sigma-factor antagonist  44.68 
 
 
362 aa  115  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2937  anti-sigma-factor antagonist  42.86 
 
 
271 aa  114  3e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000434706  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2737  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.57 
 
 
951 aa  114  3e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000925868 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4970  Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  43.18 
 
 
284 aa  114  4.0000000000000004e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3437  anti-sigma-factor antagonist  46.09 
 
 
315 aa  114  4.0000000000000004e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0379355  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0577  anti-sigma-factor antagonist  48.99 
 
 
385 aa  114  5e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1903  anti-sigma-factor antagonist  35.03 
 
 
689 aa  114  5e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0974  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.03 
 
 
916 aa  113  6e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0647  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 
1741 aa  113  7.000000000000001e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.294056 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4058  anti-sigma-factor antagonist  47.06 
 
 
370 aa  112  9e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1810  anti-sigma-factor antagonist  40.25 
 
 
252 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2322  anti-sigma-factor antagonist  41.21 
 
 
521 aa  111  2.0000000000000002e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1645  anti-sigma-factor antagonist  43.75 
 
 
358 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4411  anti-sigma-factor antagonist  40.71 
 
 
280 aa  110  3e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.118778  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1894  anti-sigma-factor antagonist  40.85 
 
 
344 aa  110  4.0000000000000004e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3133  anti-sigma-factor antagonist (STAS)  43.26 
 
 
283 aa  110  5e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0474  anti-sigma-factor antagonist  38.41 
 
 
279 aa  110  6e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0129  anti-sigma-factor antagonist  45.65 
 
 
287 aa  110  7.000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2434  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.82 
 
 
842 aa  109  8.000000000000001e-23  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.469652 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0221  anti-sigma-factor antagonist  43.36 
 
 
366 aa  109  9.000000000000001e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1808  putative PAS/PAC sensor protein  28.12 
 
 
603 aa  109  1e-22  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.268482 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1520  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.32 
 
 
1325 aa  109  1e-22  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.120961 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2356  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.96 
 
 
900 aa  109  1e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0113546  normal  0.244783 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3275  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.53 
 
 
919 aa  108  1e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2685  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.35 
 
 
660 aa  108  1e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.41147  normal  0.190122 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0462  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.96 
 
 
1138 aa  109  1e-22  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.84915  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0373  anti-sigma-factor antagonist  47.86 
 
 
365 aa  109  1e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6567  anti-sigma-factor antagonist  44.12 
 
 
286 aa  109  1e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.967653  normal  0.0460746 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2021  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.64 
 
 
1516 aa  108  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0179  anti-sigma-factor antagonist  44.68 
 
 
359 aa  108  2e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.000000362321  hitchhiker  0.00135922 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3580  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.68 
 
 
1428 aa  108  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.506123  normal  0.532587 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5779  anti-sigma-factor antagonist  44.12 
 
 
288 aa  108  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0410  anti-sigma-factor antagonist  44.44 
 
 
361 aa  108  3e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695022  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0195  putative PAS/PAC sensor protein  28.79 
 
 
255 aa  108  3e-22  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.1074  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1914  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.96 
 
 
516 aa  107  3e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.235771  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3151  putative PAS/PAC sensor protein  29.45 
 
 
1589 aa  107  3e-22  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.274524  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2383  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.97 
 
 
1177 aa  107  3e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.467753 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2590  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.7 
 
 
1959 aa  107  4e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0694001 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4442  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.19 
 
 
1267 aa  107  4e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>