More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_0091 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_0091  shikimate kinase  100 
 
 
173 aa  340  5e-93  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.10625 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4543  shikimate kinase  67.26 
 
 
176 aa  221  3e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.715983  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0266  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  47.56 
 
 
539 aa  130  7e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1591  Shikimate kinase  47.59 
 
 
175 aa  129  2e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  46.47 
 
 
177 aa  129  3e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0839  shikimate kinase  41.46 
 
 
176 aa  127  5e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.657447  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0768  Shikimate kinase  50.61 
 
 
177 aa  127  5e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.694283 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  40.85 
 
 
186 aa  127  9e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  44.65 
 
 
184 aa  125  2e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  41.57 
 
 
174 aa  126  2e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  45.18 
 
 
179 aa  125  3e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  42.42 
 
 
181 aa  125  3e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  40.85 
 
 
186 aa  125  4e-28  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  46.67 
 
 
190 aa  124  8e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  42.68 
 
 
195 aa  123  1e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  42.77 
 
 
190 aa  122  2e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  42.24 
 
 
172 aa  122  3e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1899  Shikimate kinase  41.67 
 
 
184 aa  121  4e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.31404e-15 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4117  shikimate kinase  44.12 
 
 
182 aa  121  5e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  hitchhiker  6.85723e-07 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  41.61 
 
 
181 aa  120  6e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1002  shikimate kinase  44.23 
 
 
183 aa  121  6e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  47.3 
 
 
182 aa  120  1e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  42.35 
 
 
179 aa  118  3e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  41.46 
 
 
169 aa  119  3e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3248  shikimate kinase  46.85 
 
 
179 aa  118  5e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1804  Shikimate kinase  42.07 
 
 
172 aa  118  5e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0165  Shikimate kinase  40.99 
 
 
172 aa  117  6e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  43.29 
 
 
552 aa  117  6e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0859  shikimate kinase II  42.94 
 
 
174 aa  117  7e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.386804 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  46.98 
 
 
199 aa  117  8e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1018  shikimate kinase II  38.24 
 
 
174 aa  117  9e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.891294 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  38.46 
 
 
180 aa  117  1e-25  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  43.12 
 
 
190 aa  117  1e-25  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  46.98 
 
 
184 aa  117  1e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  46.98 
 
 
177 aa  117  1e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3108  shikimate kinase  44.59 
 
 
184 aa  116  1e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0973333 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  46.98 
 
 
177 aa  117  1e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  46.98 
 
 
177 aa  117  1e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  46.98 
 
 
209 aa  117  1e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2901  shikimate kinase  46.15 
 
 
179 aa  117  1e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.12691 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  46.98 
 
 
177 aa  117  1e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  46.98 
 
 
177 aa  117  1e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3143  shikimate kinase II  40.46 
 
 
174 aa  115  2e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.770724  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3282  shikimate kinase II  40.46 
 
 
174 aa  115  2e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.970543  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3293  shikimate kinase II  41.04 
 
 
174 aa  115  2e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.431512  normal  0.133035 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  42.68 
 
 
229 aa  116  2e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2728  shikimate kinase II  44.23 
 
 
180 aa  115  3e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.255147  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  44.59 
 
 
182 aa  115  4e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  43.03 
 
 
190 aa  114  5e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  45.27 
 
 
183 aa  114  6e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0111  shikimate kinase  36.59 
 
 
185 aa  114  8e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  41.46 
 
 
191 aa  114  1e-24  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  42.07 
 
 
174 aa  114  1e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  40.85 
 
 
192 aa  113  1e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  40.85 
 
 
199 aa  113  1e-24  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  43.29 
 
 
172 aa  113  2e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0997  shikimate kinase II  40 
 
 
173 aa  112  2e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.287041  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  42.68 
 
 
172 aa  112  2e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0977  shikimate kinase  42.17 
 
 
168 aa  112  2e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.937224  normal  0.13223 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1609  shikimate kinase  41.46 
 
 
185 aa  112  2e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.451303 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0952  Shikimate kinase  37.2 
 
 
187 aa  112  3e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0418  shikimate kinase II  40.59 
 
 
174 aa  112  3e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00339  hypothetical protein  40.59 
 
 
174 aa  112  3e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0462  shikimate kinase II  40.59 
 
 
174 aa  112  3e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00335  shikimate kinase II  40.59 
 
 
174 aa  112  3e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3244  shikimate kinase II  40.59 
 
 
174 aa  112  3e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0812303 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0456  shikimate kinase II  40.59 
 
 
174 aa  112  3e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0426  shikimate kinase II  40.59 
 
 
181 aa  112  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.992434  normal  0.531253 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0415  shikimate kinase II  40.59 
 
 
174 aa  112  3e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  39.41 
 
 
183 aa  112  3e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3220  Shikimate kinase  40.59 
 
 
174 aa  112  3e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0013  shikimate kinase  45.1 
 
 
175 aa  112  4e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.668155  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01241  shikimate kinase  35.98 
 
 
185 aa  111  5e-24  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3313  shikimate kinase II  39.41 
 
 
173 aa  111  5e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0979  Shikimate kinase  37.2 
 
 
187 aa  111  5e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0506883 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0734  shikimate kinase  42.77 
 
 
179 aa  111  6e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0882  Shikimate kinase  42.77 
 
 
179 aa  111  6e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.314525  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3113  shikimate kinase II  42.07 
 
 
173 aa  110  7e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.907983  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0150  shikimate kinase  46.98 
 
 
178 aa  110  7e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.999623  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0425  shikimate kinase II  40 
 
 
181 aa  110  8e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0168  shikimate kinase  43.64 
 
 
178 aa  110  9e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00656319  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  42.57 
 
 
170 aa  110  1e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2026  shikimate kinase  43.2 
 
 
175 aa  109  1e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  38.82 
 
 
172 aa  110  1e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02051  shikimate kinase  37.89 
 
 
192 aa  109  2e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3489  shikimate kinase  43.92 
 
 
184 aa  109  2e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0441  shikimate kinase  35.29 
 
 
176 aa  109  2e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.567872  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01231  shikimate kinase  35.37 
 
 
185 aa  109  2e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3598  shikimate kinase  45.64 
 
 
183 aa  109  2e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000887516  hitchhiker  2.52706e-08 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0444  shikimate kinase II  39.41 
 
 
181 aa  109  2e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.647174  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0486  shikimate kinase II  39.41 
 
 
181 aa  109  2e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_407  shikimate kinase  34.71 
 
 
176 aa  109  2e-23  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0431  shikimate kinase II  39.41 
 
 
181 aa  109  2e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.969771  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0505  shikimate kinase  40.24 
 
 
200 aa  109  2e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  40.99 
 
 
167 aa  108  3e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  35.4 
 
 
166 aa  108  3e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0658  shikimate kinase  36.59 
 
 
178 aa  108  3e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02182  shikimate kinase  37.27 
 
 
180 aa  108  4e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0305  shikimate kinase II  40 
 
 
174 aa  108  5e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  43.92 
 
 
184 aa  107  6e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>