More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_0048 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_0048  nifR3 family TIM-barrel protein  100 
 
 
335 aa  685    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.11245  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0864  nifR3 family TIM-barrel protein  87.46 
 
 
349 aa  605  9.999999999999999e-173  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0154  TIM-barrel protein, nifR3 family  71.56 
 
 
351 aa  484  1e-136  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.386223  normal  0.0859714 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1464  nifR3 family TIM-barrel protein  65.35 
 
 
362 aa  452  1.0000000000000001e-126  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00679382  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  44.83 
 
 
370 aa  282  5.000000000000001e-75  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405013  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  40 
 
 
325 aa  248  1e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.19 
 
 
324 aa  243  3.9999999999999997e-63  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.05 
 
 
321 aa  238  2e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  38.46 
 
 
342 aa  236  6e-61  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  39.38 
 
 
320 aa  234  1.0000000000000001e-60  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  38.92 
 
 
318 aa  234  2.0000000000000002e-60  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.49 
 
 
322 aa  233  4.0000000000000004e-60  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.41 
 
 
321 aa  230  2e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  38.56 
 
 
347 aa  228  1e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  38.64 
 
 
331 aa  227  2e-58  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  38.78 
 
 
347 aa  224  2e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  37.38 
 
 
319 aa  223  4e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  37.86 
 
 
317 aa  223  4.9999999999999996e-57  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.17 
 
 
320 aa  222  8e-57  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.31 
 
 
325 aa  221  1.9999999999999999e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.54 
 
 
317 aa  219  5e-56  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.9 
 
 
326 aa  219  6e-56  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.63 
 
 
328 aa  218  1e-55  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.05 
 
 
333 aa  218  1e-55  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  40.38 
 
 
322 aa  217  2e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.13 
 
 
331 aa  214  1.9999999999999998e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.05 
 
 
337 aa  214  1.9999999999999998e-54  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.7 
 
 
332 aa  213  2.9999999999999995e-54  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  39.85 
 
 
326 aa  213  3.9999999999999995e-54  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  39.85 
 
 
326 aa  213  3.9999999999999995e-54  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  37.58 
 
 
326 aa  213  4.9999999999999996e-54  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.65 
 
 
351 aa  211  1e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  37.77 
 
 
333 aa  209  4e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  38.34 
 
 
332 aa  208  1e-52  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.68 
 
 
353 aa  208  1e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  34.28 
 
 
322 aa  206  3e-52  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  39.08 
 
 
332 aa  207  3e-52  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.89 
 
 
332 aa  207  3e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2236  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  46.79 
 
 
347 aa  206  4e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.64486  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.68 
 
 
343 aa  205  7e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2884  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  43.66 
 
 
354 aa  205  9e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.423298  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  40.37 
 
 
350 aa  204  2e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2588  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  42.25 
 
 
353 aa  204  2e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.225137  hitchhiker  0.00524476 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  36.84 
 
 
324 aa  204  2e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  38.77 
 
 
332 aa  204  3e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  38.77 
 
 
332 aa  204  3e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  36.84 
 
 
332 aa  203  4e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4404  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.31 
 
 
337 aa  202  6e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.558017  normal  0.835067 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  38.77 
 
 
332 aa  202  7e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.4 
 
 
354 aa  202  7e-51  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  34.38 
 
 
333 aa  202  9e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  38.77 
 
 
332 aa  202  9e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  37.73 
 
 
332 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.88 
 
 
334 aa  201  9.999999999999999e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  38.77 
 
 
332 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  37.73 
 
 
332 aa  202  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  36.36 
 
 
332 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  36.91 
 
 
333 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1745  YjbN family TIM-barrel protein  41.98 
 
 
327 aa  200  3e-50  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.856345  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0615  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.31 
 
 
336 aa  200  3e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.150397  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.12 
 
 
346 aa  200  3e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  37.62 
 
 
332 aa  200  3e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  38.92 
 
 
324 aa  199  6e-50  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  38.92 
 
 
324 aa  199  6e-50  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  40.71 
 
 
336 aa  199  6e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  36.39 
 
 
357 aa  199  7e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  37.38 
 
 
354 aa  199  7.999999999999999e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1676  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  48.71 
 
 
362 aa  199  7.999999999999999e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.433168  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.85 
 
 
332 aa  198  1.0000000000000001e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4864  TIM-barrel protein, putative, NifR3 family  38.68 
 
 
337 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  39.43 
 
 
343 aa  197  1.0000000000000001e-49  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  40.13 
 
 
346 aa  198  1.0000000000000001e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2287  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.42 
 
 
343 aa  198  1.0000000000000001e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  38.41 
 
 
347 aa  198  1.0000000000000001e-49  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.13 
 
 
355 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.13 
 
 
355 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  41.06 
 
 
327 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.43 
 
 
343 aa  197  2.0000000000000003e-49  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  38.64 
 
 
329 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0710  nifR3 family TIM-barrel protein  39.38 
 
 
332 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  43.72 
 
 
356 aa  196  6e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  37.07 
 
 
355 aa  196  6e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  37.07 
 
 
355 aa  196  7e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2032  nifR3 family TIM-barrel protein  40.5 
 
 
353 aa  196  7e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  37.27 
 
 
334 aa  196  7e-49  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  37.07 
 
 
355 aa  195  9e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.78 
 
 
352 aa  195  1e-48  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  37.07 
 
 
355 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.07 
 
 
355 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2861  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.3 
 
 
333 aa  195  1e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  37.07 
 
 
355 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.54 
 
 
355 aa  194  2e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4695  nifR3 family TIM-barrel protein  38.44 
 
 
337 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.85 
 
 
358 aa  194  2e-48  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4873  NifR3 family TIM-barrel protein  38.75 
 
 
337 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.26 
 
 
347 aa  193  3e-48  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.51 
 
 
381 aa  194  3e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4820  NifR3 family TIM-barrel protein  38.12 
 
 
337 aa  193  4e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4131  nifR3 family TIM-barrel protein  41.61 
 
 
349 aa  193  4e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.314092  normal  0.627654 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4610  NifR3 family TIM-barrel protein  40.8 
 
 
337 aa  193  4e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51242  normal  0.0845933 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>