More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSp1633 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RSp1633  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  100 
 
 
339 aa  679    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4913  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  92.92 
 
 
335 aa  590  1e-168  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00296988  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3836  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  92.92 
 
 
335 aa  590  1e-168  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.607275 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2341  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  69.12 
 
 
342 aa  473  1e-132  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal  0.0483299 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6738  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  72.67 
 
 
342 aa  471  1e-132  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0274139  normal  0.535466 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6327  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  72.67 
 
 
342 aa  471  1e-132  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.446437  normal  0.888302 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2621  ABC xylose transporter, periplasmic ligand binding protein  69.28 
 
 
342 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.935077 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6504  D-xylose ABC transporter, substrate-binding protein  72.67 
 
 
365 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0443872  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6632  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  68.98 
 
 
342 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6034  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  72.17 
 
 
342 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.715776  normal  0.5888 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6334  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  72.17 
 
 
342 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4209  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  72.26 
 
 
342 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.112586  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3003  D-xylose ABC transporter, periplasmic-D xylose binding protein  71.11 
 
 
333 aa  461  1e-129  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0589453  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2884  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  70.79 
 
 
333 aa  462  1e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.102429  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4074  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  66.96 
 
 
342 aa  460  9.999999999999999e-129  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.809759  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2302  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  69.84 
 
 
333 aa  458  9.999999999999999e-129  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.288847  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2339  D-xylose ABC transporter, periplasmic-D xylose binding protein  70.32 
 
 
342 aa  458  9.999999999999999e-129  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.975392  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4186  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  66.96 
 
 
342 aa  460  9.999999999999999e-129  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0776  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  66.47 
 
 
350 aa  459  9.999999999999999e-129  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1150  D-xylose ABC transporter, periplasmic D-xylose-binding protein  67.29 
 
 
339 aa  452  1.0000000000000001e-126  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0756849  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3414  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  65.24 
 
 
339 aa  450  1e-125  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.443639  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0155  D-xylose transporter subunit XylF  60.19 
 
 
330 aa  399  9.999999999999999e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0057  D-xylose transporter subunit XylF  59.7 
 
 
331 aa  388  1e-107  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4154  D-xylose transporter subunit XylF  59.7 
 
 
332 aa  388  1e-107  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4101  D-xylose transporter subunit XylF  59.7 
 
 
331 aa  388  1e-107  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0099  D-xylose transporter subunit XylF  61.2 
 
 
331 aa  384  1e-106  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4436  D-xylose transporter subunit XylF  59.7 
 
 
332 aa  387  1e-106  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03418  D-xylose transporter subunit  61.39 
 
 
330 aa  383  1e-105  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0144  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  61.39 
 
 
330 aa  382  1e-105  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3889  D-xylose transporter subunit XylF  61.06 
 
 
330 aa  382  1e-105  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0148  D-xylose transporter subunit XylF  61.39 
 
 
330 aa  383  1e-105  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4062  D-xylose transporter subunit XylF  61.06 
 
 
330 aa  382  1e-105  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3769  D-xylose transporter subunit XylF  61.39 
 
 
330 aa  383  1e-105  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.723738  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0586  D-xylose transporter subunit XylF  60.2 
 
 
333 aa  381  1e-105  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03369  hypothetical protein  61.39 
 
 
330 aa  383  1e-105  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4942  D-xylose transporter subunit XylF  61.06 
 
 
330 aa  381  1e-105  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0258127 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1865  D-xylose transporter subunit XylF  57.49 
 
 
333 aa  379  1e-104  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.30323 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0079  D-xylose transporter subunit XylF  59.24 
 
 
332 aa  379  1e-104  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0061  D-xylose transporter subunit XylF  57.57 
 
 
331 aa  379  1e-104  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19500  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  55.76 
 
 
344 aa  378  1e-104  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.497232  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3042  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  60.13 
 
 
347 aa  380  1e-104  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2022  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  60.74 
 
 
381 aa  374  1e-103  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3956  D-xylose transporter subunit XylF  60.4 
 
 
335 aa  369  1e-101  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0155  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  57.57 
 
 
368 aa  352  4e-96  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0105  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  52.23 
 
 
351 aa  327  1.0000000000000001e-88  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0907  ABC sugar transporter, periplasmic binding protein  54.05 
 
 
352 aa  324  1e-87  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.40288  normal  0.0322478 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0225  monosaccharide-transporting ATPase  43.75 
 
 
360 aa  266  2.9999999999999995e-70  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0101  Monosaccharide-transporting ATPase  40.62 
 
 
362 aa  249  7e-65  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0054  periplasmic sugar-binding protein  39.4 
 
 
352 aa  244  9.999999999999999e-64  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000350797  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3114  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  43.32 
 
 
347 aa  237  2e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.548007  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3174  D-xylose ABC transporter, substrate-binding protein  42.16 
 
 
342 aa  233  4.0000000000000004e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.285981  normal  0.43626 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3185  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  43.32 
 
 
346 aa  232  7.000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.208726  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2925  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  42.67 
 
 
346 aa  231  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.510849 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5024  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  40.06 
 
 
340 aa  226  4e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1212  ABC transporter substrate binding protein (xylose)  41.21 
 
 
346 aa  224  2e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1584  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  40.98 
 
 
347 aa  223  4e-57  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.732832  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1180  ABC sugar (xylose) transporter, periplasmic binding protein  42.86 
 
 
341 aa  222  8e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2842  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  42.86 
 
 
341 aa  222  8e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4467  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  43.97 
 
 
345 aa  221  1.9999999999999999e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0159284  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2000  D-xylose-binding periplasmic protein xylF  39.87 
 
 
340 aa  219  3.9999999999999997e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.121993 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1751  D-xylose ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  43.75 
 
 
345 aa  219  5e-56  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.067893  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0259  xylose binding protein transport system  42.33 
 
 
370 aa  218  7.999999999999999e-56  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.465034  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2619  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  41.88 
 
 
341 aa  218  1e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.997079  normal  0.628477 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3846  hypothetical protein  37.7 
 
 
365 aa  203  4e-51  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4340  solute-binding protein  42.04 
 
 
374 aa  202  7e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5340  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  37.87 
 
 
380 aa  192  8e-48  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1186  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.93 
 
 
363 aa  191  1e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.173505 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5293  solute-binding protein  38.18 
 
 
356 aa  190  2.9999999999999997e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.460629  normal  0.133321 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4212  solute-binding protein  36.36 
 
 
366 aa  187  2e-46  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.850897  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2674  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  36.12 
 
 
358 aa  187  3e-46  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000304396  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6620  D-xylose transporter subunit XylF  34.62 
 
 
374 aa  186  5e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00486776 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1973  monosaccharide-transporting ATPase  37.64 
 
 
369 aa  183  4.0000000000000006e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4236  hypothetical protein  36.48 
 
 
365 aa  179  4.999999999999999e-44  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0383732 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4110  monosaccharide-transporting ATPase  35.26 
 
 
353 aa  178  9e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000001788 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2745  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  35.01 
 
 
354 aa  178  1e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.534464 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1126  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  36 
 
 
367 aa  177  2e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0704697 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4285  xylose binding protein transport system  36.49 
 
 
373 aa  176  4e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24390  monosaccharide-binding protein  35.55 
 
 
376 aa  176  5e-43  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.500877  normal  0.0818838 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4473  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  35.39 
 
 
355 aa  175  8e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.659853  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2274  xylose binding protein transport system  36.12 
 
 
368 aa  172  7.999999999999999e-42  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.159547 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4681  solute-binding protein  39.2 
 
 
358 aa  171  1e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3200  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  35.49 
 
 
354 aa  171  2e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.248181 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1503  Monosaccharide-transporting ATPase  38.22 
 
 
378 aa  170  4e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.576565  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0838  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  33.8 
 
 
355 aa  168  1e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0243172  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0736  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  35.33 
 
 
379 aa  168  1e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.201323  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0502  ABC transporter sugar-binding protein  33.6 
 
 
381 aa  167  2e-40  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.445823  normal  0.255997 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1922  solute-binding protein  35.6 
 
 
372 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0383  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  33.06 
 
 
361 aa  166  5e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5639  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  35.35 
 
 
369 aa  166  5.9999999999999996e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.420367  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2254  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  35.49 
 
 
356 aa  165  9e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.243206  hitchhiker  0.00000370627 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6741  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  36.11 
 
 
371 aa  164  1.0000000000000001e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.177383 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0499  multiple sugar transport system (multiple sugar- binding protein)  33.15 
 
 
379 aa  165  1.0000000000000001e-39  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.10489  normal  0.480432 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0737  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  35.33 
 
 
356 aa  164  2.0000000000000002e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.92898  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2889  xylose ABC transporter substrate-binding protein  36 
 
 
359 aa  164  2.0000000000000002e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0799239  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4719  putative sugar ABC transporter  34.93 
 
 
377 aa  163  3e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0937  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  33.62 
 
 
353 aa  162  8.000000000000001e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.4369  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0879  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  33.62 
 
 
353 aa  162  8.000000000000001e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1864  putative solute-binding component of ABC transporter  34.12 
 
 
373 aa  161  2e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1424  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  33.05 
 
 
354 aa  160  2e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.44901  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0240  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  36.1 
 
 
344 aa  161  2e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>