More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSp1556 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RSp1556  putative transcription regulation repressor HEXR transcription regulator protein  100 
 
 
277 aa  543  1e-154  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.889642  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4864  transcriptional regulator, RpiR family  78.85 
 
 
280 aa  387  1e-106  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.403808 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3787  transcriptional regulator, RpiR family  78.85 
 
 
280 aa  387  1e-106  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.925929  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0837  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  43.68 
 
 
642 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0825  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  43.68 
 
 
642 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.125163  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2433  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  43.8 
 
 
642 aa  211  1e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.399098  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0625  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  44.14 
 
 
639 aa  210  2e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0926  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  43.3 
 
 
642 aa  210  2e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.789642  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4068  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  43.3 
 
 
642 aa  210  2e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0150237  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0486  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  43.3 
 
 
642 aa  210  2e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0965  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  43.3 
 
 
642 aa  210  2e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0899614  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1550  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  43.41 
 
 
641 aa  208  7e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3454  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  43.75 
 
 
638 aa  208  9e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0454105  normal  0.179776 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1025  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  43.75 
 
 
638 aa  208  9e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.745776  normal  0.175715 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2132  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  43.36 
 
 
641 aa  207  1e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2002  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  43.36 
 
 
620 aa  207  2e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0778  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  43.36 
 
 
620 aa  207  2e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3055  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  43.36 
 
 
641 aa  207  2e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.570164  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3090  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  43.36 
 
 
641 aa  207  2e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3001  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  43.36 
 
 
641 aa  207  2e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2612  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  43.36 
 
 
620 aa  207  2e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.85018  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0176  RpiR family transcriptional regulator  41.86 
 
 
282 aa  178  7e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0659  RpiR family transcriptional regulator  41.86 
 
 
282 aa  178  7e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.78991  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0626  RpiR family transcriptional regulator  41.86 
 
 
282 aa  178  7e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3745  RpiR family transcriptional regulator  41.86 
 
 
282 aa  177  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.767556 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1216  RpiR family transcriptional regulator  41.67 
 
 
334 aa  177  1e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.3152  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1080  RpiR family transcriptional regulator  40.89 
 
 
318 aa  177  2e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0801962  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0580  RpiR family transcriptional regulator  41.47 
 
 
282 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.658912  normal  0.89076 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0554  RpiR family transcriptional regulator  41.47 
 
 
282 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.335525  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1223  RpiR family transcriptional regulator  40.53 
 
 
339 aa  175  8e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.809611  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3444  RpiR family transcriptional regulator  40.91 
 
 
339 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2634  RpiR family transcriptional regulator  41.18 
 
 
332 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3409  RpiR family transcriptional regulator  41.57 
 
 
332 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.977628  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2447  RpiR family transcriptional regulator  41.18 
 
 
332 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0365  RpiR family transcriptional regulator  41.18 
 
 
332 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3444  RpiR family transcriptional regulator  41.57 
 
 
332 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2724  RpiR family transcriptional regulator  41.47 
 
 
282 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1044  RpiR family transcriptional regulator  40.68 
 
 
338 aa  172  5e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408154  normal  0.734102 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71780  RpiR family transcriptional regulator  37.21 
 
 
293 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6227  putative transcriptional regulator  37.21 
 
 
293 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  39.37 
 
 
278 aa  171  1e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3388  RpiR family transcriptional regulator  41.95 
 
 
284 aa  171  1e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0750  RpiR family transcriptional regulator  40.91 
 
 
281 aa  170  3e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.414867  normal  0.513903 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5350  RpiR family transcriptional regulator  36.82 
 
 
288 aa  169  4e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.767126  hitchhiker  0.00410686 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5258  RpiR family transcriptional regulator  36.82 
 
 
288 aa  169  4e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.658899 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02030  transcriptional regulatory protein HexR  37.98 
 
 
288 aa  169  4e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5127  RpiR family transcriptional regulator  36.82 
 
 
288 aa  169  4e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.334763 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5399  RpiR family transcriptional regulator  36.82 
 
 
288 aa  169  5e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0126961 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4485  RpiR family transcriptional regulator  37.21 
 
 
288 aa  169  7e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5642  RpiR family transcriptional regulator  36.82 
 
 
288 aa  166  5e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.118263 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3272  RpiR family transcriptional regulator  38.93 
 
 
289 aa  165  5.9999999999999996e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.854433  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  40.4 
 
 
273 aa  165  9e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5515  transcriptional regulator, RpiR family  36.43 
 
 
288 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5064  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  36.43 
 
 
288 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  38.82 
 
 
281 aa  163  3e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1778  RpiR family transcriptional regulator  40.91 
 
 
281 aa  162  6e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.141472  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0652  RpiR family transcriptional regulator  39.55 
 
 
281 aa  160  2e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  0.0629992 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0694  RpiR family transcriptional regulator  39.62 
 
 
281 aa  156  3e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00592918 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0941  RpiR family transcriptional regulator  40.66 
 
 
281 aa  156  3e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0472093  normal  0.387072 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1124  RpiR family transcriptional regulator  38.64 
 
 
282 aa  156  4e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.673079  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0672  transcriptional regulator, RpiR family  40.67 
 
 
281 aa  155  5.0000000000000005e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.654483  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3330  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  42.08 
 
 
616 aa  155  5.0000000000000005e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2468  RpiR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
296 aa  154  2e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899807  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0423  RpiR family transcriptional regulator  37.64 
 
 
287 aa  154  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7211  transcriptional regulator, RpiR family  36.88 
 
 
287 aa  152  4e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.84474  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2742  DNA-binding transcriptional regulator HexR  37.79 
 
 
286 aa  152  5e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4054  RpiR family transcriptional regulator  37.93 
 
 
287 aa  151  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.544392  normal  0.902505 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5676  RpiR family transcriptional regulator  39.49 
 
 
323 aa  151  1e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.321786 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2245  DNA-binding transcriptional regulator HexR  37.07 
 
 
289 aa  149  6e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2046  DNA-binding transcriptional regulator HexR  37.16 
 
 
289 aa  149  6e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.45003 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2041  DNA-binding transcriptional regulator HexR  37.16 
 
 
289 aa  149  6e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2101  DNA-binding transcriptional regulator HexR  37.16 
 
 
289 aa  149  6e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.928102 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1237  DNA-binding transcriptional regulator HexR  37.16 
 
 
289 aa  149  6e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.101978  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2137  DNA-binding transcriptional regulator HexR  36.29 
 
 
289 aa  149  7e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00439922  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1361  DNA-binding transcriptional regulator HexR  37.16 
 
 
289 aa  148  9e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.812613  hitchhiker  0.000131827 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1835  DNA-binding transcriptional regulator HexR  36.26 
 
 
290 aa  147  1.0000000000000001e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01824  predicted DNA-binding transcriptional regulator  37.16 
 
 
289 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000364184  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1787  transcriptional regulator, RpiR family  37.16 
 
 
289 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000522748  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2129  DNA-binding transcriptional regulator HexR  37.16 
 
 
289 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  37.16 
 
 
289 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.90466  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01812  hypothetical protein  37.16 
 
 
289 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000387969  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1779  DNA-binding transcriptional regulator HexR  37.16 
 
 
289 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0686365  normal  0.239123 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2589  DNA-binding transcriptional regulator HexR  37.16 
 
 
289 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00161066  normal  0.817634 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1333  DNA-binding transcriptional regulator HexR  37.16 
 
 
289 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0116463  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15700  DNA-binding transcriptional regulator HexR  38.85 
 
 
288 aa  146  3e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113933  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2083  DNA-binding transcriptional regulator HexR  37.16 
 
 
289 aa  147  3e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.688583  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4653  RpiR family transcriptional regulator  40.27 
 
 
280 aa  147  3e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.562293  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27270  DNA-binding transcriptional regulator HexR  37.84 
 
 
289 aa  146  4.0000000000000006e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2280  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.36 
 
 
282 aa  145  8.000000000000001e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.499915  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02633  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.88 
 
 
284 aa  144  1e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2083  RpiR family transcriptional regulator  36.43 
 
 
285 aa  144  1e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0788875 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2023  DNA-binding transcriptional regulator HexR  36.33 
 
 
289 aa  144  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.197371  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2413  DNA-binding transcriptional regulator HexR  36.33 
 
 
301 aa  144  2e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000012699  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2135  DNA-binding transcriptional regulator HexR  36.33 
 
 
301 aa  144  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1831  DNA-binding transcriptional regulator HexR  35.66 
 
 
289 aa  143  3e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.197793  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  31.03 
 
 
280 aa  143  3e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0718  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.98 
 
 
284 aa  142  4e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2115  DNA-binding transcriptional regulator HexR  35.66 
 
 
308 aa  142  6e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2031  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.59 
 
 
284 aa  142  7e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0294963  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1019  DNA-binding transcriptional regulator HexR  36.68 
 
 
290 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.150266  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>