More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc3397 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc3397  hypothetical protein  100 
 
 
172 aa  351  2.9999999999999997e-96  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3286  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  79.22 
 
 
159 aa  256  2e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3608  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  79.22 
 
 
159 aa  254  4e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4724  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  51.33 
 
 
156 aa  150  8.999999999999999e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5149  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  55.07 
 
 
171 aa  149  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.911409  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6231  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  52.78 
 
 
171 aa  149  1e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1848  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  52.78 
 
 
171 aa  149  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1872  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  52.08 
 
 
171 aa  149  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.628801  hitchhiker  0.000127972 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1425  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  53.15 
 
 
161 aa  149  3e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0574582  hitchhiker  0.00433375 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0101  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  54.2 
 
 
146 aa  148  3e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.464439  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1758  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  54.68 
 
 
172 aa  148  5e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.106493 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0937  transcriptional regulator, TrmB  51.06 
 
 
175 aa  147  7e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.901092 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0606  Rrf2 family protein  47.17 
 
 
165 aa  147  8e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1719  putative transcriptional regulator  47.17 
 
 
162 aa  147  8e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.149273  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1786  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  52.08 
 
 
172 aa  147  8e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2883  Rrf2 family protein  47.17 
 
 
162 aa  147  8e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2830  Rrf2 family protein  47.17 
 
 
162 aa  147  9e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2768  putative transcriptional regulator  47.17 
 
 
162 aa  147  9e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.356622  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2710  putative transcriptional regulator  47.17 
 
 
162 aa  147  9e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2406  Rrf2 family protein  47.17 
 
 
162 aa  147  9e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1790  Rrf2 family protein  45.96 
 
 
164 aa  146  1.0000000000000001e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.034935  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1327  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  49.68 
 
 
168 aa  146  1.0000000000000001e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.679067  normal  0.833541 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3071  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  52.14 
 
 
145 aa  145  2.0000000000000003e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0569291  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2014  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  52.67 
 
 
156 aa  144  8.000000000000001e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1812  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  46.15 
 
 
166 aa  142  3e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.502319  normal  0.154118 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0631  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family protein  49.65 
 
 
147 aa  141  5e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2375  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  45.73 
 
 
166 aa  140  9e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.727332 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1628  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  47.22 
 
 
147 aa  139  9.999999999999999e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1513  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  52.55 
 
 
146 aa  139  9.999999999999999e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.334315 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3286  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  50.75 
 
 
142 aa  140  9.999999999999999e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.914657  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1973  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  47.95 
 
 
150 aa  139  1.9999999999999998e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1789  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  47.52 
 
 
147 aa  139  1.9999999999999998e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3163  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  48.23 
 
 
166 aa  139  1.9999999999999998e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.878205  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2653  hypothetical protein  50.75 
 
 
142 aa  138  3.9999999999999997e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.87475  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4279  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  49.25 
 
 
153 aa  138  3.9999999999999997e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2545  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  49.31 
 
 
147 aa  138  4.999999999999999e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2510  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  49.62 
 
 
166 aa  137  1e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0028  Rrf2 family protein  47.62 
 
 
165 aa  135  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.62183  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2263  putative transcriptional regulator  47.62 
 
 
165 aa  135  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.845273  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1140  putative transcriptional regulator  47.62 
 
 
165 aa  135  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.155582  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1378  Rrf2 family protein  47.62 
 
 
165 aa  135  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0763  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  42.86 
 
 
175 aa  135  3.0000000000000003e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.897031  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2390  transcriptional regulator  47.62 
 
 
165 aa  135  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1868  Rrf2 family protein  47.62 
 
 
165 aa  135  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2225  Rrf2 family protein  47.62 
 
 
165 aa  135  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.543242  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3642  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  53.73 
 
 
163 aa  135  4e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0315634 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0412  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  46.81 
 
 
163 aa  134  8e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2401  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  48.18 
 
 
152 aa  133  9.999999999999999e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0968  rrf2 family transcriptional regulator  51.91 
 
 
157 aa  132  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.438038  normal  0.0231013 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2204  Rrf2 family protein  49.31 
 
 
180 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0131831  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0932  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  51.91 
 
 
157 aa  132  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.193956 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1523  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  39.78 
 
 
181 aa  132  1.9999999999999998e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0908  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  51.91 
 
 
160 aa  132  3e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.459375  normal  0.322179 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1690  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  49.62 
 
 
147 aa  131  5e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0968234  normal  0.880736 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3040  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  48.09 
 
 
149 aa  130  6.999999999999999e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.323158 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0226  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  46.31 
 
 
162 aa  130  9e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1064  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  48.59 
 
 
143 aa  130  1.0000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2689  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  51.41 
 
 
145 aa  130  1.0000000000000001e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3492  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  44.68 
 
 
150 aa  130  1.0000000000000001e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2918  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  43.37 
 
 
159 aa  129  2.0000000000000002e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.996999  normal  0.248939 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4881  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  44.83 
 
 
152 aa  129  2.0000000000000002e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0039  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  47.01 
 
 
151 aa  129  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.370774  hitchhiker  0.00270297 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2967  hypothetical protein  44.68 
 
 
153 aa  129  3e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00272013  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0854  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  48.87 
 
 
151 aa  129  3e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0962468 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2456  hypothetical protein  42.55 
 
 
143 aa  128  4.0000000000000003e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0047  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  46.62 
 
 
151 aa  128  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000883142 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0041  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  46.62 
 
 
151 aa  127  5.0000000000000004e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0191012  hitchhiker  0.000277794 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0437  transcriptional repressor NsrR  45.07 
 
 
141 aa  127  7.000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.900839  unclonable  0.0000000282304 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1476  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  46.27 
 
 
165 aa  127  8.000000000000001e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0550713 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4221  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  44.83 
 
 
149 aa  127  9.000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3341  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  48.15 
 
 
145 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1866  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  45.8 
 
 
154 aa  126  1.0000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4066  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  48.15 
 
 
145 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5694  transcriptional repressor NsrR  45.77 
 
 
141 aa  127  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.883582  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4785  transcriptional repressor NsrR  45.07 
 
 
141 aa  125  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.124056  normal  0.626622 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2600  hypothetical protein  41.84 
 
 
143 aa  126  2.0000000000000002e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4635  transcriptional repressor NsrR  45.07 
 
 
141 aa  125  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1883  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  50.36 
 
 
169 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00237919  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3229  hypothetical protein  47.41 
 
 
144 aa  126  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4645  transcriptional repressor NsrR  45.07 
 
 
141 aa  125  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4709  transcriptional repressor NsrR  44.37 
 
 
141 aa  125  3e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3815  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  44.37 
 
 
141 aa  124  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0743  hypothetical protein  42.55 
 
 
150 aa  125  4.0000000000000003e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.798727  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4649  transcriptional repressor NsrR  44.37 
 
 
141 aa  124  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.317237 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4336  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  46.27 
 
 
151 aa  124  5e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.312159  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0043  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  46.27 
 
 
151 aa  124  5e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0465453  unclonable  0.0000121376 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0043  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  46.27 
 
 
151 aa  124  5e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000767573 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0039  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  46.27 
 
 
151 aa  124  5e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0036  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  46.27 
 
 
151 aa  124  6e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1445  iron-responsive transcriptional regulator  44.67 
 
 
153 aa  124  6e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0328  iron-responsive transcriptional regulator  43.97 
 
 
154 aa  124  7e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.069835 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0361  transcriptional repressor NsrR  43.66 
 
 
141 aa  124  8.000000000000001e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00329253 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0045  Rrf2 family protein  45.11 
 
 
151 aa  123  1e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3810  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  43.05 
 
 
150 aa  123  1e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.209804  normal  0.479131 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2243  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  52.34 
 
 
140 aa  122  2e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3647  transcriptional repressor NsrR  43.66 
 
 
141 aa  122  2e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1572  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  49.38 
 
 
167 aa  122  2e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.336073  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4728  transcriptional repressor NsrR  44.37 
 
 
162 aa  122  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.462578  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4764  transcriptional repressor NsrR  44.37 
 
 
162 aa  122  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0252301  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1534  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  40.43 
 
 
144 aa  122  3e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.353948  normal  0.464781 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>