More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc3300 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc3300  putative amino-acid transport signal peptide protein  100 
 
 		 377 aa  764    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3170  Extracellular ligand-binding receptor  91.6 
 
 		 381 aa  691    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3495  Extracellular ligand-binding receptor  91.08 
 
 		 381 aa  702    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3339  extracellular ligand-binding receptor  77.69 
 
 		 383 aa  588  1e-167  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0137407  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3488  extracellular ligand-binding receptor  79.04 
 
 		 383 aa  580  1e-164  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.761675 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5665  extracellular ligand-binding receptor  77.16 
 
 		 380 aa  570  1e-161  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0113  extracellular ligand-binding receptor  71.12 
 
 		 379 aa  535  1e-151  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0104  extracellular ligand-binding receptor  71.12 
 
 		 379 aa  535  1e-151  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0129  extracellular ligand-binding receptor  71.12 
 
 		 379 aa  533  1e-150  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.212558  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3295  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  71.39 
 
 		 379 aa  533  1e-150  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0114756  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2941  extracellular ligand-binding receptor  71.12 
 
 		 379 aa  533  1e-150  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.70065  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0114  extracellular ligand-binding receptor  71.12 
 
 		 379 aa  533  1e-150  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1575  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  71.12 
 
 		 379 aa  530  1e-149  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3027  putative periplasmic substrate-binding protein  71.12 
 
 		 379 aa  530  1e-149  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4031  putative periplasmic substrate-binding protein  71.12 
 
 		 379 aa  530  1e-149  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0115  extracellular ligand-binding receptor  70.3 
 
 		 379 aa  530  1e-149  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2966  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  71.12 
 
 		 375 aa  530  1e-149  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0165  outative extracellular ligand binding protein  71.12 
 
 		 379 aa  530  1e-149  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3344  putative periplasmic substrate-binding protein  71.12 
 
 		 379 aa  530  1e-149  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3300  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  71.12 
 
 		 379 aa  530  1e-149  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3957  putative periplasmic substrate-binding protein  71.12 
 
 		 379 aa  530  1e-149  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.877185  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3886  Extracellular ligand-binding receptor  68.95 
 
 		 382 aa  525  1e-148  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0050  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  68.42 
 
 		 382 aa  521  1e-147  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.143388  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3017  extracellular ligand-binding receptor  68.97 
 
 		 382 aa  520  1e-146  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3414  extracellular ligand-binding receptor  58.84 
 
 		 378 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0938732  normal  0.686919 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5197  extracellular ligand-binding receptor  58.84 
 
 		 378 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.308157  normal  0.258081 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4669  extracellular ligand-binding receptor  58.84 
 
 		 378 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.969731 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0339  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  58.05 
 
 		 428 aa  464  1e-129  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.824912 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4960  extracellular ligand-binding receptor  58.31 
 
 		 392 aa  462  1e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00971777 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3058  extracellular ligand-binding receptor  58.31 
 
 		 392 aa  462  1e-129  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5309  extracellular ligand-binding receptor  58.31 
 
 		 392 aa  462  1e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.186665 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2471  Extracellular ligand-binding receptor  54.84 
 
 		 371 aa  412  1e-114  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0270  extracellular ligand-binding receptor  53.95 
 
 		 460 aa  380  1e-104  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.186259  normal  0.56965 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2729  extracellular ligand-binding receptor  51.14 
 
 		 400 aa  358  9.999999999999999e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2319  Extracellular ligand-binding receptor  51.69 
 
 		 401 aa  356  3.9999999999999996e-97  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.405352  hitchhiker  0.00559033 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2709  Extracellular ligand-binding receptor  51.41 
 
 		 401 aa  353  2.9999999999999997e-96  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2553  extracellular ligand-binding receptor  48.75 
 
 		 386 aa  352  4e-96  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1539  Extracellular ligand-binding receptor  49.74 
 
 		 383 aa  352  5.9999999999999994e-96  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2938  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  49.6 
 
 		 383 aa  352  8e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.679208  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0112  extracellular ligand-binding receptor  48.53 
 
 		 381 aa  352  8.999999999999999e-96  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4327  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  48 
 
 		 402 aa  350  3e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2867  extracellular ligand-binding receptor  50.28 
 
 		 401 aa  349  4e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.867317  normal  0.705839 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2945  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  51.27 
 
 		 377 aa  348  6e-95  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.994918 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0393  Extracellular ligand-binding receptor  47.73 
 
 		 381 aa  348  9e-95  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2901  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  50.42 
 
 		 376 aa  345  7e-94  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.971399  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3407  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  50.42 
 
 		 380 aa  345  8.999999999999999e-94  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.251793  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1639  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  50.42 
 
 		 380 aa  345  8.999999999999999e-94  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.516456  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2962  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  50.42 
 
 		 380 aa  345  8.999999999999999e-94  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.49524  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4914  extracellular ligand-binding receptor  46.79 
 
 		 375 aa  345  8.999999999999999e-94  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.113346  normal  0.710388 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3912  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  50.42 
 
 		 380 aa  344  1e-93  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0051  outative extracellular ligand binding protein  50.42 
 
 		 380 aa  344  1e-93  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3158  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  50.14 
 
 		 380 aa  345  1e-93  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3831  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  50.42 
 
 		 380 aa  344  1e-93  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0588  extracellular ligand-binding receptor  49.43 
 
 		 399 aa  344  2e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.833048  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2166  extracellular ligand-binding receptor  50.13 
 
 		 376 aa  343  2.9999999999999997e-93  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.179903  normal  0.0643115 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1769  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  49.86 
 
 		 380 aa  342  4e-93  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0660  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  49.86 
 
 		 380 aa  342  4e-93  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.792803  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0805  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  49.86 
 
 		 380 aa  342  4e-93  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.351699  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1102  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  49.86 
 
 		 380 aa  342  4e-93  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.391264  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1178  outative extracellular ligand binding protein  49.86 
 
 		 380 aa  342  4e-93  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2389  outative extracellular ligand binding protein  50.14 
 
 		 372 aa  342  5e-93  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5105  extracellular ligand-binding receptor  49.58 
 
 		 381 aa  342  5e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140418  decreased coverage  0.00222912 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1598  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  49.3 
 
 		 378 aa  342  5.999999999999999e-93  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0186  extracellular ligand-binding receptor  49.58 
 
 		 380 aa  342  7e-93  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000207737 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1940  putative secreted substrate binding protein  50.28 
 
 		 375 aa  340  2e-92  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.15659  normal  0.0532415 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3506  extracellular ligand-binding receptor  47.5 
 
 		 388 aa  340  2e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2411  extracellular ligand-binding receptor  48.52 
 
 		 376 aa  340  2.9999999999999998e-92  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.32979  normal  0.572085 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2441  putative amino acid-binding periplasmic ABC transporter protein  51.64 
 
 		 336 aa  339  4e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.217727  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3989  extracellular ligand-binding receptor  47.22 
 
 		 388 aa  340  4e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.143637 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0205  extracellular ligand-binding receptor  49.01 
 
 		 380 aa  339  5e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2101  Extracellular ligand-binding receptor  47.51 
 
 		 380 aa  338  9.999999999999999e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1730  extracellular ligand-binding receptor  49 
 
 		 393 aa  337  1.9999999999999998e-91  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.145058  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0192  extracellular ligand-binding receptor  48.73 
 
 		 380 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2140  extracellular ligand-binding receptor  47.84 
 
 		 382 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.250679  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5889  extracellular ligand-binding receptor  46.76 
 
 		 382 aa  335  5e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3381  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  49.01 
 
 		 380 aa  336  5e-91  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2733  Extracellular ligand-binding receptor  49.43 
 
 		 401 aa  334  1e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.464024  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6628  extracellular ligand-binding receptor  48.73 
 
 		 384 aa  334  2e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.733405 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6393  extracellular ligand-binding receptor  47.11 
 
 		 383 aa  334  2e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2119  extracellular ligand-binding receptor  47.73 
 
 		 376 aa  333  2e-90  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00221988  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2829  extracellular ligand-binding receptor  48.73 
 
 		 391 aa  334  2e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.617546  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6079  extracellular ligand-binding receptor  48.19 
 
 		 384 aa  333  2e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.829496  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0260  extracellular ligand-binding receptor  48.73 
 
 		 380 aa  334  2e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.962079 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0278  extracellular ligand-binding receptor  48.73 
 
 		 391 aa  334  2e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730585  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6148  extracellular ligand-binding receptor  49.01 
 
 		 384 aa  333  4e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.392362 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1548  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  46.05 
 
 		 408 aa  333  4e-90  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5783  extracellular ligand-binding receptor  49.01 
 
 		 384 aa  333  4e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4492  extracellular ligand-binding receptor  45.31 
 
 		 388 aa  332  9e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.531817 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4469  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  49.16 
 
 		 404 aa  331  1e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3654  extracellular ligand-binding receptor  46.37 
 
 		 399 aa  331  1e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.131877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0821  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  48.3 
 
 		 399 aa  331  1e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5831  extracellular ligand-binding receptor  48.16 
 
 		 384 aa  331  1e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.468117  normal  0.310951 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6057  extracellular ligand-binding receptor  48.16 
 
 		 384 aa  331  1e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1592  leucine-specific binding precursor transmembrane protein  46.13 
 
 		 380 aa  330  2e-89  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4277  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  47.23 
 
 		 515 aa  331  2e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0628932  normal  0.928843 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6456  extracellular ligand-binding receptor  46.84 
 
 		 383 aa  330  2e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.411469  normal  0.286463 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3428  extracellular ligand-binding receptor  46.11 
 
 		 388 aa  330  2e-89  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1165  extracellular ligand-binding receptor  46.83 
 
 		 461 aa  330  3e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.439455  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0686  extracellular ligand-binding receptor  46.83 
 
 		 461 aa  330  3e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1141  extracellular ligand-binding receptor  46.83 
 
 		 382 aa  329  4e-89  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>