More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc3296 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008391  Bamb_4547  L-serine dehydratase 1  68.55 
 
 
461 aa  637  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3164  L-serine dehydratase 1  97.38 
 
 
458 aa  894  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3251  L-serine ammonia-lyase  79.48 
 
 
462 aa  733  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0995  L-serine ammonia-lyase  68.11 
 
 
490 aa  636  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4002  L-serine ammonia-lyase  79.27 
 
 
462 aa  732  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1863  L-serine ammonia-lyase  67.9 
 
 
504 aa  635  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3056  L-serine ammonia-lyase  79.27 
 
 
462 aa  733  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.541658  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3490  L-serine dehydratase 1  97.16 
 
 
458 aa  893  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3321  L-serine ammonia-lyase  78.83 
 
 
462 aa  723  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3884  L-serine dehydratase 1  79.48 
 
 
462 aa  756  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4393  L-serine ammonia-lyase  69.28 
 
 
458 aa  647  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.215998 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0396  L-serine ammonia-lyase  67.9 
 
 
545 aa  635  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0131  L-serine ammonia-lyase  79.48 
 
 
462 aa  733  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4831  L-serine ammonia-lyase  68.4 
 
 
462 aa  640  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1084  L-serine dehydratase 1  68.43 
 
 
472 aa  656  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0052  L-serine ammonia-lyase  78.83 
 
 
462 aa  752  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0129  L-serine dehydratase 1  79.27 
 
 
462 aa  728  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0142  L-serine dehydratase 1  79.05 
 
 
462 aa  724  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5152  L-serine dehydratase 1  69.63 
 
 
461 aa  644  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3314  L-serine ammonia-lyase  79.27 
 
 
462 aa  733  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.544154  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1429  L-serine ammonia-lyase  70.41 
 
 
463 aa  652  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3215  L-serine dehydratase 1  69.63 
 
 
529 aa  642  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2913  L-serine dehydratase 1  79.05 
 
 
462 aa  724  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33030  L-serine dehydratase  69.72 
 
 
458 aa  642  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.518916  hitchhiker  0.000319155 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1546  L-serine ammonia-lyase  79.27 
 
 
462 aa  733  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3483  L-serine ammonia-lyase  87.34 
 
 
458 aa  804  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3931  L-serine ammonia-lyase  79.48 
 
 
462 aa  733  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.706313  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1955  L-serine ammonia-lyase  68.11 
 
 
504 aa  637  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0082  L-serine ammonia-lyase  74.73 
 
 
489 aa  690  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3333  L-serine ammonia-lyase  87.12 
 
 
458 aa  805  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5127  L-serine dehydratase 1  69.63 
 
 
461 aa  644  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0329  L-serine dehydratase 1  70.36 
 
 
463 aa  657  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1024  L-serine dehydratase 1  67.97 
 
 
458 aa  636  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.846352 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3503  L-serine dehydratase 1  69.2 
 
 
461 aa  648  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0155  L-serine dehydratase 1  79.05 
 
 
462 aa  725  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0992  L-serine dehydratase 1  67.97 
 
 
458 aa  636  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4231  L-serine dehydratase 1  68.41 
 
 
458 aa  637  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2808  L-serine dehydratase  70.37 
 
 
469 aa  649  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.255142  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0045  L-serine dehydratase  70.5 
 
 
461 aa  658  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.388959 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3296  L-serine dehydratase  100 
 
 
458 aa  936  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0987  L-serine dehydratase 1  67.97 
 
 
458 aa  636  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0139  L-serine dehydratase 1  79.27 
 
 
462 aa  724  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0141  L-serine dehydratase 1  79.27 
 
 
462 aa  728  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5070  L-serine dehydratase 1  68.55 
 
 
461 aa  637  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3334  L-serine dehydratase 1  67.97 
 
 
462 aa  641  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.503028 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3015  L-serine dehydratase 1  78.19 
 
 
462 aa  753  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0485  L-serine ammonia-lyase  69.41 
 
 
461 aa  644  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2991  L-serine ammonia-lyase  79.27 
 
 
462 aa  733  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1601  L-serine ammonia-lyase  67.24 
 
 
464 aa  634  1e-180  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4547  L-serine ammonia-lyase  68.25 
 
 
462 aa  628  1e-179  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26040  L-serine dehydratase  68.63 
 
 
458 aa  627  1e-178  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5047  L-serine dehydratase 1  66.38 
 
 
464 aa  627  1e-178  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.533739  normal  0.269496 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3225  L-serine dehydratase 1  66.94 
 
 
475 aa  620  1e-176  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.319975 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4369  L-serine ammonia-lyase  68.09 
 
 
464 aa  615  1e-175  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0215032  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0112  L-serine dehydratase 1  67.16 
 
 
462 aa  603  1e-171  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0095  L-serine ammonia-lyase  67.16 
 
 
462 aa  603  1e-171  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3047  L-serine dehydratase 1  63.04 
 
 
460 aa  599  1e-170  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01684  L-serine ammonia-lyase  63.48 
 
 
468 aa  597  1e-169  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.737007  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16840  L-serine ammonia-lyase  63.83 
 
 
458 aa  597  1e-169  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.128912  normal  0.527215 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6246  L-serine dehydratase 1  65.36 
 
 
455 aa  597  1e-169  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.187309  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3700  L-serine ammonia-lyase  62.96 
 
 
457 aa  591  1e-168  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0518  L-serine dehydratase 1  65.3 
 
 
465 aa  594  1e-168  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.166535  decreased coverage  0.000152397 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2603  L-serine dehydratase 1  67.1 
 
 
473 aa  594  1e-168  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0430  L-serine dehydratase 1  64.44 
 
 
465 aa  593  1e-168  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6183  L-serine dehydratase 1  63.97 
 
 
457 aa  585  1e-166  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3591  L-serine dehydratase 1  61.26 
 
 
475 aa  585  1e-166  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6540  L-serine dehydratase 1  63.48 
 
 
459 aa  580  1e-164  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00743621  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1754  L-serine ammonia-lyase  65 
 
 
458 aa  576  1e-163  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.120711  normal  0.244789 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0302  L-serine ammonia-lyase  66.95 
 
 
462 aa  568  1e-161  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0679  L-serine dehydratase 1  62.28 
 
 
460 aa  566  1e-160  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0423  L-serine dehydratase 1  61.28 
 
 
470 aa  565  1e-160  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.149927  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3620  L-serine dehydratase 1  61.96 
 
 
467 aa  561  1e-159  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.294532  normal  0.0574017 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2892  L-serine dehydratase 1  61.44 
 
 
458 aa  563  1e-159  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.14665  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01946  L-serine dehydratase 1  60.65 
 
 
457 aa  558  1e-158  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0568801  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2874  L-serine dehydratase 1  62.31 
 
 
457 aa  555  1e-157  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.30844  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1625  L-serine dehydratase 1  59.69 
 
 
458 aa  553  1e-156  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0594859  normal  0.120267 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2248  L-serine dehydratase 1  59.26 
 
 
458 aa  550  1e-155  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2295  L-serine ammonia-lyase  58.75 
 
 
458 aa  548  1e-155  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1725  L-serine ammonia-lyase  58.75 
 
 
458 aa  548  1e-155  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0395889 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1304  L-serine dehydratase 1  60 
 
 
476 aa  548  1e-155  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00039374  normal  0.309635 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1804  L-serine ammonia-lyase  59.04 
 
 
458 aa  550  1e-155  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.731285 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3144  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, single chain form  60.48 
 
 
458 aa  545  1e-154  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2900  L-serine dehydratase 1  60.61 
 
 
458 aa  545  1e-154  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1325  L-serine ammonia-lyase  59.48 
 
 
458 aa  547  1e-154  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.138393 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2570  L-serine dehydratase 1  60.43 
 
 
458 aa  547  1e-154  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2402  L-serine dehydratase 1  58.82 
 
 
458 aa  542  1e-153  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000825911  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2171  L-serine dehydratase 1  58.75 
 
 
458 aa  543  1e-153  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.633035  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3280  L-serine dehydratase 1  59.35 
 
 
460 aa  541  1e-153  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.984034 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1625  L-serine dehydratase 1  58.91 
 
 
457 aa  541  1e-152  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.701794  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18870  L-serine ammonia-lyase  61.56 
 
 
457 aa  538  1e-152  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00891964  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1806  L-serine dehydratase 1  58.53 
 
 
458 aa  539  1e-152  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0700873  normal  0.0255188 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1942  L-serine dehydratase 1  58.82 
 
 
458 aa  540  1e-152  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0383387  normal  0.499337 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2406  L-serine dehydratase 1  58.82 
 
 
458 aa  540  1e-152  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2417  L-serine dehydratase 1  58.82 
 
 
458 aa  540  1e-152  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2524  L-serine dehydratase 1  58.82 
 
 
458 aa  540  1e-152  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.418304  normal  0.713619 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0920  L-serine ammonia-lyase  60.22 
 
 
458 aa  535  1e-151  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2838  L-serine ammonia-lyase  58.39 
 
 
458 aa  537  1e-151  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.947815  hitchhiker  1.07679e-05 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1946  L-serine dehydratase 1  58.32 
 
 
458 aa  536  1e-151  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2711  L-serine dehydratase 1  59.96 
 
 
458 aa  532  1e-150  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.468733 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6165  L-serine dehydratase  61.3 
 
 
485 aa  530  1e-149  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.137181  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>