235 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc3277 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc3277  hypothetical protein  100 
 
 
195 aa  379  1e-104  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.78794  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3475  protein of unknown function UPF0029  94.3 
 
 
194 aa  356  1e-97  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3148  protein of unknown function UPF0029  93.26 
 
 
194 aa  352  2e-96  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2244  hypothetical protein  73.16 
 
 
194 aa  276  9e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.891523  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6009  protein of unknown function UPF0029  72.63 
 
 
239 aa  275  3e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.69631 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3825  hypothetical protein  72.22 
 
 
245 aa  274  5e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0366225  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1832  hypothetical protein  71.35 
 
 
195 aa  272  2e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.971114  normal  0.273639 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5111  hypothetical protein  71.07 
 
 
213 aa  273  2e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.335458  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4192  hypothetical protein  74.09 
 
 
195 aa  271  4e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.343369 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4174  hypothetical protein  74.09 
 
 
195 aa  271  4e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.388301  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3325  hypothetical protein  74.09 
 
 
195 aa  271  4e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0536454  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3848  hypothetical protein  70.26 
 
 
290 aa  271  5e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.128299  normal  0.727016 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3596  hypothetical protein  70.47 
 
 
195 aa  270  1e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.466647  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4071  hypothetical protein  69.95 
 
 
195 aa  269  2e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0233425  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1146  hypothetical protein  72.4 
 
 
204 aa  267  6e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.283771  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4412  hypothetical protein  71.13 
 
 
195 aa  256  1e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1720  hypothetical protein  73.96 
 
 
196 aa  256  1e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0445948  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1010  hypothetical protein  73.96 
 
 
196 aa  256  1e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.114802  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0289  hypothetical protein  73.96 
 
 
303 aa  256  2e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0488253  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1307  hypothetical protein  73.96 
 
 
303 aa  256  2e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.441803  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0279  hypothetical protein  73.44 
 
 
303 aa  254  7e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.941808  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1805  hypothetical protein  73.96 
 
 
303 aa  246  2e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3042  hypothetical protein  56.02 
 
 
200 aa  205  4e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1630  protein of unknown function UPF0029  57.59 
 
 
197 aa  203  1e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329042  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2244  hypothetical protein  57.59 
 
 
222 aa  203  1e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0518  protein of unknown function UPF0029  58.64 
 
 
197 aa  201  7e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4011  hypothetical protein  56.02 
 
 
218 aa  198  5e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.798676 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2434  hypothetical protein  54.12 
 
 
206 aa  193  1e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.206546  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5286  protein of unknown function UPF0029  56.19 
 
 
196 aa  186  2e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1379  hypothetical protein  52.69 
 
 
199 aa  184  7e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.262935  normal  0.051322 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3648  hypothetical protein  58.33 
 
 
197 aa  181  5e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.987474  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3817  hypothetical protein  52.91 
 
 
212 aa  176  2e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.670579  normal  0.106539 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0035  hypothetical protein  43.09 
 
 
198 aa  150  2e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  1.27558e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0264  hypothetical protein  43.15 
 
 
204 aa  143  1e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00131939  normal  0.0250602 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2867  hypothetical protein  43.2 
 
 
201 aa  137  1e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2481  hypothetical protein  38.89 
 
 
219 aa  137  1e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2192  hypothetical protein  40 
 
 
198 aa  135  3e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0246  hypothetical protein  37.5 
 
 
211 aa  135  5e-31  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3931  hypothetical protein  40 
 
 
203 aa  134  6e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.457043  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1914  hypothetical protein  40 
 
 
203 aa  134  6e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00064118  normal  0.0316098 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0285  hypothetical protein  40 
 
 
203 aa  134  6e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.725e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2174  hypothetical protein  42.42 
 
 
201 aa  134  9e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.279701  normal  0.249309 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03138  hypothetical protein  41.72 
 
 
206 aa  131  8e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0030  hypothetical protein  40.91 
 
 
198 aa  130  2e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  1.64661e-05  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0023  hypothetical protein  40.91 
 
 
198 aa  129  2e-29  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.132491  normal  0.0840592 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2891  hypothetical protein  35.82 
 
 
205 aa  129  3e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.373114  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1318  hypothetical protein  32.81 
 
 
212 aa  128  5e-29  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0492765  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3899  hypothetical protein  40.64 
 
 
204 aa  125  4e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00283954  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0134  protein of unknown function UPF0029  35.23 
 
 
207 aa  125  5e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  6.70968e-07  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3126  hypothetical protein  39.36 
 
 
209 aa  125  5e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5502  protein of unknown function UPF0029  41.88 
 
 
209 aa  124  7e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4232  hypothetical protein  38.62 
 
 
203 aa  124  1e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0996008  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0899  protein of unknown function UPF0029  39.18 
 
 
211 aa  124  1e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  1.86376e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3745  hypothetical protein  40.56 
 
 
204 aa  123  2e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00302159  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3242  protein of unknown function UPF0029  37.82 
 
 
213 aa  122  3e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02100  hypothetical protein  41.15 
 
 
196 aa  122  4e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.482389 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4042  hypothetical protein  39.68 
 
 
203 aa  122  5e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0955788  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2757  hypothetical protein  40.1 
 
 
213 aa  121  6e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0021  hypothetical protein  37.04 
 
 
204 aa  121  6e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0775164  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3045  protein of unknown function UPF0029  36.87 
 
 
211 aa  120  2e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0019281  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1191  hypothetical protein  36.32 
 
 
211 aa  119  2e-26  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.952586  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3734  hypothetical protein  35.05 
 
 
212 aa  117  1e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0248  hypothetical protein  40.1 
 
 
196 aa  117  1e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.895952  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0638  hypothetical protein  38.89 
 
 
194 aa  117  1e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000134379 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0944  hypothetical protein  39.89 
 
 
242 aa  117  1e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.404461 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5305  hypothetical protein  35.05 
 
 
211 aa  116  2e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0084  protein of unknown function UPF0029  39.55 
 
 
212 aa  116  2e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4991  hypothetical protein  36.5 
 
 
211 aa  116  2e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0674  hypothetical protein  36.73 
 
 
197 aa  116  2e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0770  hypothetical protein  35.71 
 
 
197 aa  115  3e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.634391  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_8747  predicted protein  40.22 
 
 
190 aa  115  3e-25  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.336863  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5318  conserved hypothetical protein TIGR00257  34.54 
 
 
211 aa  115  3e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4570  hypothetical protein  37.11 
 
 
194 aa  115  4e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  5.82787e-07  normal  0.0106541 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1725  protein of unknown function UPF0029  36.73 
 
 
204 aa  115  4e-25  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5431  hypothetical protein  34.54 
 
 
211 aa  115  5e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5046  hypothetical protein  34.54 
 
 
211 aa  115  5e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1310  hypothetical protein  36.87 
 
 
205 aa  114  6e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00619746  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1820  hypothetical protein  39.27 
 
 
198 aa  114  7e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0596118  normal  0.317873 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5363  conserved hypothetical protein TIGR00257  34.54 
 
 
211 aa  114  9e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0361  hypothetical protein  32.49 
 
 
210 aa  114  9e-25  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4891  hypothetical protein  34.54 
 
 
211 aa  114  9e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0405  hypothetical protein  35.71 
 
 
208 aa  114  9e-25  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4876  hypothetical protein  34.54 
 
 
211 aa  114  9e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5287  conserved hypothetical protein TIGR00257  34.54 
 
 
211 aa  114  9e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.48336e-11 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5641  hypothetical protein TIGR00257  34.02 
 
 
211 aa  112  2e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.989891  hitchhiker  2.66179e-13 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1849  protein of unknown function UPF0029  43.46 
 
 
206 aa  113  2e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0124  hypothetical protein  39.56 
 
 
206 aa  113  2e-24  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000265032 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0682  hypothetical protein  34.69 
 
 
193 aa  112  3e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  3.48018e-11  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0017  hypothetical protein  36.56 
 
 
208 aa  112  4e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2969  hypothetical protein  36.9 
 
 
200 aa  112  4e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.44743  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1527  hypothetical protein  30.48 
 
 
194 aa  110  1e-23  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0020  hypothetical protein  33.16 
 
 
204 aa  110  1e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0592  protein of unknown function UPF0029  43.68 
 
 
210 aa  110  2e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.655997 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0593  hypothetical protein  38.33 
 
 
194 aa  109  2e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.195431  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3177  protein of unknown function UPF0029  38.83 
 
 
274 aa  109  2e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0633  hypothetical protein  38.33 
 
 
194 aa  109  2e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  1.02941e-11  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4229  hypothetical protein  36.51 
 
 
204 aa  109  2e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  2.19511e-05  normal  0.021598 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2078  hypothetical protein  33.33 
 
 
219 aa  109  2e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11160  conserved hypothetical protein TIGR00257  42.86 
 
 
233 aa  109  2e-23  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.9655  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2225  protein of unknown function UPF0029  38.22 
 
 
195 aa  109  3e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>