51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc3239 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc3239  putative excisionase protein  100 
 
 		 153 aa  308  1e-83  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0263514 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2639  hypothetical protein  64.71 
 
 		 153 aa  209  1e-53  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.690971  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1614  excisionase domain protein  59.48 
 
 		 154 aa  191  4e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.177236  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0234  DNA binding domain protein, excisionase family  59.48 
 
 		 154 aa  190  5e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.844329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4162  DNA binding domain-containing protein  49.35 
 
 		 155 aa  147  4e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0766794  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0695  DNA binding domain-containing protein  49.68 
 
 		 153 aa  143  7.0000000000000006e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0623453  normal  0.505933 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4367  DNA binding domain-containing protein  48.28 
 
 		 155 aa  143  1e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.264021  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2344  excisionase/Xis, DNA-binding  46.9 
 
 		 156 aa  134  7.000000000000001e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000412399  unclonable  0.000000144936 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1265  DNA binding domain-containing protein  46.9 
 
 		 156 aa  134  7.000000000000001e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3464  DNA binding domain protein, excisionase family  44.44 
 
 		 157 aa  132  1.9999999999999998e-30  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3385  DNA binding domain-containing protein  44.44 
 
 		 150 aa  131  3.9999999999999996e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3752  DNA binding domain protein, excisionase family  42.96 
 
 		 153 aa  130  6.999999999999999e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.152724  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3978  DNA binding domain-containing protein  42.36 
 
 		 150 aa  126  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.382776 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4151  excisionase domain-containing protein  44.22 
 
 		 157 aa  124  5e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4435  DNA binding domain-containing protein  35.95 
 
 		 149 aa  123  1e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.901637  normal  0.560095 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4630  DNA binding domain-containing protein  45.63 
 
 		 109 aa  100  8e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3279  DNA binding domain-containing protein  38.1 
 
 		 149 aa  98.2  3e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.746198  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04840  DNA-binding protein, excisionase family  42.62 
 
 		 157 aa  95.9  2e-19  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.287147  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1776  excisionase/Xis, DNA-binding  43.75 
 
 		 97 aa  95.5  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.666085  normal  0.0963925 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3924  DNA binding domain-containing protein  36.17 
 
 		 152 aa  90.5  8e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4424  excisionase/Xis, DNA-binding  40 
 
 		 152 aa  89.7  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.412812  normal  0.513103 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1504  DNA binding domain protein, excisionase family  37.67 
 
 		 151 aa  86.7  1e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.018572  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20770  DNA-binding protein, excisionase family  42.86 
 
 		 170 aa  86.7  1e-16  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7903  DNA binding domain protein, excisionase family  37.04 
 
 		 151 aa  82.4  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1635  DNA binding domain protein, excisionase family  39.22 
 
 		 184 aa  81.6  0.000000000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0047  DNA binding domain, excisionase family  50 
 
 		 136 aa  81.3  0.000000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.509276  normal  0.343664 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0338  DNA binding domain-containing protein  38.1 
 
 		 153 aa  80.5  0.000000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13782  excisionase  41.49 
 
 		 130 aa  78.2  0.00000000000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.696326 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03470  DNA-binding protein, excisionase family  42.5 
 
 		 178 aa  75.9  0.0000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.417608 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1856  excisionase/Xis, DNA-binding  41.98 
 
 		 174 aa  72.4  0.000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1445  DNA binding domain protein, excisionase family  35.78 
 
 		 203 aa  68.9  0.00000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4763  excisionase/Xis, DNA-binding  33.98 
 
 		 158 aa  67.4  0.00000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.180211 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3272  DNA binding domain protein, excisionase family  36.11 
 
 		 143 aa  65.9  0.0000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0072  DNA binding domain protein, excisionase family  36.21 
 
 		 141 aa  65.1  0.0000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2993  DNA binding domain protein, excisionase family  39.53 
 
 		 180 aa  64.7  0.0000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3800  DNA binding domain protein, excisionase family  35.48 
 
 		 171 aa  62.4  0.000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3978  DNA binding domain-containing protein  33.33 
 
 		 158 aa  62.8  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.27938 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8221  DNA binding domain-containing protein  36.56 
 
 		 149 aa  62.8  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2889  putative RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG subfamily  36.71 
 
 		 167 aa  59.3  0.00000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12334  excisionase  37.35 
 
 		 114 aa  58.9  0.00000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0793  DNA binding domain protein, excisionase family  50 
 
 		 178 aa  57.4  0.00000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4008  DNA binding domain-containing protein  32.94 
 
 		 132 aa  56.6  0.0000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1587  DNA binding domain-containing protein  38.71 
 
 		 166 aa  50.8  0.000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0804  regulatory protein MerR  33.77 
 
 		 132 aa  49.7  0.00001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0848  DNA binding domain protein, excisionase family  34.74 
 
 		 127 aa  47.4  0.00008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01190  DNA-binding protein, excisionase family  47.62 
 
 		 164 aa  44.3  0.0007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1601  DNA binding domain protein, excisionase family  33.9 
 
 		 128 aa  43.9  0.0007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5538  DNA binding domain-containing protein  40.82 
 
 		 64 aa  43.9  0.0009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1031  excisionase/Xis, DNA-binding  40.82 
 
 		 64 aa  43.5  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.126715 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6306  DNA binding domain-containing protein  37.5 
 
 		 64 aa  43.1  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10758  transcriptional regulator  51.35 
 
 		 168 aa  41.2  0.005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  2.03304e-31  normal  0.354677 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>