132 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc3229 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002977  MCA2648  hypothetical protein  68.82 
 
 		 755 aa  1034    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0839  hypothetical protein  79.08 
 
 		 765 aa  1232    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.469557  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3229  hypothetical protein  100 
 
 		 759 aa  1541    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000988084 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3221  hypothetical protein  81.82 
 
 		 760 aa  1280    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.038701  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0879  hypothetical protein  41.91 
 
 		 738 aa  521  1e-146  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011893  Mnod_8782  hypothetical protein  47.03 
 
 		 482 aa  380  1e-104  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.242638  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3437  hypothetical protein  47.67 
 
 		 462 aa  381  1e-104  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.95376  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1166  hypothetical protein  45.6 
 
 		 467 aa  352  2e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5167  hypothetical protein  45.64 
 
 		 472 aa  350  7e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1354  hypothetical protein  42.79 
 
 		 470 aa  342  1e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0809995  normal  0.479035 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1974  hypothetical protein  43.94 
 
 		 485 aa  326  9e-88  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010373  M446_7040  hypothetical protein  41.59 
 
 		 450 aa  317  4e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.445259 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3701  P4 family phage/plasmid primase  40.66 
 
 		 798 aa  310  9e-83  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1986  P4 family phage/plasmid primase  40.14 
 
 		 717 aa  307  4.0000000000000004e-82  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2847  P4 family phage/plasmid primase  39.68 
 
 		 717 aa  306  6e-82  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.318392  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2865  P4 family phage/plasmid primase  38.86 
 
 		 717 aa  301  3e-80  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0870344  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1367  P4 family phage/plasmid primase  39.04 
 
 		 524 aa  299  1e-79  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.357272  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2766  TOPRIM domain-containing protein  53.82 
 
 		 720 aa  293  6e-78  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.172125 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1239  TOPRIM domain-containing protein  53.82 
 
 		 712 aa  293  1e-77  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0951779 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1304  TOPRIM domain-containing protein  53.82 
 
 		 712 aa  292  1e-77  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.973795  normal  0.159231 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2601  TOPRIM domain-containing protein  53.47 
 
 		 712 aa  292  2e-77  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2841  TOPRIM domain-containing protein  53.47 
 
 		 712 aa  291  3e-77  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.44654 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2070  TOPRIM domain-containing protein  53.36 
 
 		 716 aa  290  7e-77  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0458393 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0135  hypothetical protein  48.43 
 
 		 479 aa  286  7e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2797  P4 family phage/plasmid primase  38.3 
 
 		 782 aa  280  7e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3115  P4 family phage/plasmid primase  39.7 
 
 		 695 aa  277  6e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00327339  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6272  P4 family phage/plasmid primase  35.02 
 
 		 725 aa  274  4.0000000000000004e-72  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.613455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1244  putative Phage / plasmid primase P4  41.01 
 
 		 749 aa  271  4e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.372159  normal  0.928701 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0842  hypothetical protein  36.79 
 
 		 526 aa  270  5e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.464315  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1323  hypothetical protein  36.79 
 
 		 526 aa  270  5e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.103734  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0609  regulatory protein RepA, putative  43.48 
 
 		 731 aa  242  2e-62  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0582  regulatory protein RepA, putative  43.71 
 
 		 682 aa  241  4e-62  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.401609  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0448  Phage-plasmid primase P4-like  38.07 
 
 		 746 aa  240  8e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0927  P4 family phage/plasmid primase  38.07 
 
 		 746 aa  240  8e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3729  P4 family phage/plasmid primase  34.87 
 
 		 874 aa  239  9e-62  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3780  P4 family phage/plasmid primase  34.87 
 
 		 874 aa  239  9e-62  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0490  phage/plasmid primase, P4 family  30.82 
 
 		 882 aa  236  2.0000000000000002e-60  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.958319  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1180  P4 family phage/plasmid primase  33.33 
 
 		 843 aa  225  2e-57  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000898776  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1160  hypothetical protein  33.12 
 
 		 842 aa  219  1e-55  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0104949  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2363  P4 family phage/plasmid primase  34.49 
 
 		 900 aa  204  4e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.134439  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3426  P4 family phage/plasmid primase  33.26 
 
 		 857 aa  202  1.9999999999999998e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00902831  normal  0.0299262 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1000  Phage/plasmid primase P4-like  28.77 
 
 		 723 aa  194  7e-48  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.760681  hitchhiker  0.00622147 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2199  P4 family phage/plasmid primase  32.5 
 
 		 554 aa  186  1.0000000000000001e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4888  P4 family phage/plasmid primase  35.53 
 
 		 697 aa  183  1e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100684  normal  0.121248 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0874  nucleoside triphosphatase, D5 family  27.97 
 
 		 774 aa  175  1.9999999999999998e-42  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2196  P4 family phage/plasmid primase  33.11 
 
 		 955 aa  174  6.999999999999999e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.319674  hitchhiker  0.00463191 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0983  P4 family phage/plasmid primase  39.06 
 
 		 612 aa  170  9e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0353  P4 family phage/plasmid primase  35.35 
 
 		 613 aa  169  1e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.764732  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6606  putative Phage / plasmid primase P4  32.81 
 
 		 624 aa  163  9e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1475  phage DNA polymerase  30.64 
 
 		 788 aa  162  2e-38  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1465  hypothetical protein  29.85 
 
 		 770 aa  161  4e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.237309  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0072  phage/plasmid DNA primase, putative  31.5 
 
 		 757 aa  157  5.0000000000000005e-37  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.612885  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3752  primase P4-like protein  29.91 
 
 		 799 aa  129  2.0000000000000002e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2662  Phage/plasmid primase P4-like protein  27.73 
 
 		 632 aa  120  7.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0810  hypothetical protein  33.55 
 
 		 930 aa  118  5e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1052  plasmid/phage primase  25.21 
 
 		 828 aa  114  7.000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0990831  normal  1 
 
 
-
 
NC_010374  M446_7054  hypothetical protein  41.76 
 
 		 739 aa  110  8.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.601581  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5359  P4 family phage/plasmid primase  24.84 
 
 		 531 aa  107  6e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00485157  hitchhiker  0.00000000000000190106 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2911  P4 family phage/plasmid primase  25.21 
 
 		 769 aa  102  3e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0642  Phage or plasmid primase P4-like  28.35 
 
 		 540 aa  100  1e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0349968  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0217  P4 family phage/plasmid primase  26.39 
 
 		 486 aa  99  3e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.01089  unclonable  0.0000111311 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0665  P4 family phage/plasmid primase  23.67 
 
 		 463 aa  97.4  8e-19  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1538  hypothetical protein  44.12 
 
 		 272 aa  94.4  7e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011888  Mnod_7731  protein of unknown function DUF927  39.53 
 
 		 841 aa  92.8  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2474  TOPRIM domain protein  30.2 
 
 		 834 aa  82.4  0.00000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0200102  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4214  hypothetical protein  37.13 
 
 		 845 aa  81.6  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.363466  normal  0.433142 
 
 
-
 
NC_011732  PCC7424_5581  primase P4  21.62 
 
 		 1000 aa  77  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2546  hypothetical protein  32.07 
 
 		 838 aa  76.6  0.000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.990216 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0727  hypothetical protein  33.5 
 
 		 847 aa  72.8  0.00000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1684  hypothetical protein  28.86 
 
 		 606 aa  72  0.00000000004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.521904  hitchhiker  0.00120785 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0187  putative DNA primase/helicase  32.37 
 
 		 788 aa  70.9  0.00000000008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3095  P4 family phage/plasmid primase  25.68 
 
 		 486 aa  68.9  0.0000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.406256  normal  0.59304 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5628  P4 family phage/plasmid primase  22.76 
 
 		 1145 aa  68.9  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000865428 
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4533  P4 family phage/plasmid primase  22.77 
 
 		 1172 aa  67.8  0.0000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4492  phage/plasmid primase, P4 family  22.9 
 
 		 1172 aa  67.8  0.0000000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2117  hypothetical protein  27.06 
 
 		 610 aa  66.6  0.000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3447  hypothetical protein  26.89 
 
 		 597 aa  65.5  0.000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013208  Aaci_3149  phage/plasmid primase, P4 family  26.6 
 
 		 1061 aa  65.1  0.000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1315  Phage/plasmid primase P4-like  22.12 
 
 		 771 aa  63.5  0.00000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1978  hypothetical protein  37.3 
 
 		 718 aa  63.5  0.00000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.440247  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1734  P4 family phage/plasmid primase  31.01 
 
 		 624 aa  62  0.00000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02077  hypothetical protein  33.33 
 
 		 979 aa  62  0.00000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.777801  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0819  phage DNA polymerase  22.94 
 
 		 501 aa  62  0.00000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.020371  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0533  phage DNA primase-like protein  27.66 
 
 		 636 aa  59.7  0.0000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0606801  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6192  hypothetical protein  40 
 
 		 344 aa  59.3  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00206516  normal  0.0205982 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5782  P4 family phage/plasmid primase  24.84 
 
 		 978 aa  58.9  0.0000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1691  zinc finger CHC2-family protein  35.2 
 
 		 351 aa  57.8  0.0000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0320  putative nucleoside triphosphatase, D5 family  19.79 
 
 		 777 aa  55.1  0.000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.382888 
 
 
-
 
NC_013749  Htur_5275  phage/plasmid primase, P4 family  21.39 
 
 		 1285 aa  54.7  0.000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.413265  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0534  hypothetical protein  32.77 
 
 		 354 aa  53.1  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.341601  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1532  hypothetical protein  33.33 
 
 		 344 aa  52.8  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0877036 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0191  hypothetical protein  44.16 
 
 		 348 aa  53.1  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.271456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1087  AAA ATPase  28.7 
 
 		 590 aa  53.1  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3066  hypothetical protein  35.64 
 
 		 346 aa  52.4  0.00003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.43309  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0621  gp61  29.14 
 
 		 610 aa  52.8  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.934548  decreased coverage  0.000000719384 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0479  ATPase-like protein  27.27 
 
 		 1039 aa  51.6  0.00005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1079  DNA primase small subunit  27.92 
 
 		 1036 aa  50.8  0.00008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7718  hypothetical protein  35.29 
 
 		 353 aa  50.8  0.00009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.731705 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2129  hypothetical protein  35.29 
 
 		 353 aa  50.8  0.0001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.247766  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1298  hypothetical protein  29.55 
 
 		 732 aa  50.1  0.0001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>