106 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc3217 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc3217  hypothetical protein  100 
 
 
90 aa  178  2.9999999999999997e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0242808 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5509  hypothetical protein  67.82 
 
 
87 aa  118  3e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0203  PAAR motif-containing protein  62.07 
 
 
87 aa  117  6e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00559285  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1586  PAAR motif-containing protein  62.79 
 
 
87 aa  116  9e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.160727  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0130  PAAR motif-containing protein  62.79 
 
 
87 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1693  PAAR motif-containing protein  62.07 
 
 
87 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0103  PAAR motif-containing protein  62.79 
 
 
87 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1612  PAAR motif-containing protein  62.07 
 
 
87 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0092  PAAR motif-containing protein  62.07 
 
 
87 aa  114  3e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3228  PAAR motif-containing protein  62.07 
 
 
87 aa  114  3e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3367  PAAR repeat-containing protein  70.93 
 
 
85 aa  114  5e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0098  PAAR motif-containing protein  61.63 
 
 
87 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.314734  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5205  PAAR repeat-containing protein  70.93 
 
 
85 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.0000429039  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS00394  hypothetical protein  61.63 
 
 
88 aa  101  4e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.33074  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0961  hypothetical protein  56.82 
 
 
88 aa  100  7e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.915695 
 
 
-
 
NC_003296  RS05224  hypothetical protein  56.98 
 
 
88 aa  96.7  1e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3249  PAAR repeat-containing protein  52.94 
 
 
87 aa  81.6  0.000000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0505406  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4102  hypothetical protein  56.41 
 
 
107 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.672145 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0316  hypothetical protein  51.28 
 
 
453 aa  75.9  0.0000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3252  PAAR repeat-containing protein  52.56 
 
 
86 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.447164  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2255  hypothetical protein  48.15 
 
 
89 aa  72.8  0.000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2590  PAAR repeat-containing protein  50.6 
 
 
83 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2301  PAAR repeat-containing protein  49.38 
 
 
87 aa  72  0.000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.360683  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2227  PAAR repeat-containing protein  48.19 
 
 
83 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0798766  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6434  PAAR repeat-containing protein  48.19 
 
 
83 aa  67  0.00000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2190  PAAR  45 
 
 
88 aa  66.2  0.0000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1288  PAAR repeat-containing protein  46.91 
 
 
83 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0430607 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4801  hypothetical protein  45.57 
 
 
88 aa  65.5  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0636786  normal  0.750355 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4969  PAAR  44.44 
 
 
102 aa  64.7  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2706  PAAR motif-containing protein  44.05 
 
 
88 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.61171  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1375  PAAR motif-containing protein  45.24 
 
 
88 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.573546  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0500  hypothetical protein  45.24 
 
 
88 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.714041  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1577  PAAR motif-containing protein  45.24 
 
 
88 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.18435  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1603  PAAR motif-containing protein  45.24 
 
 
88 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0657  PAAR motif-containing protein  45.24 
 
 
88 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7616  hypothetical protein  40.48 
 
 
86 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.38657 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1513  PAAR repeat-containing protein  44.05 
 
 
94 aa  63.2  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.462725  normal  0.806121 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6436  PAAR repeat-containing protein  46.34 
 
 
83 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0011  PAAR repeat-containing protein  45.78 
 
 
83 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2332  PAAR  41.46 
 
 
87 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.311814 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2996  hypothetical protein  42.5 
 
 
88 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.401348 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05511  paar motif family  42.86 
 
 
86 aa  62  0.000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0211513  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1765  PAAR motif-containing protein  44.05 
 
 
88 aa  61.2  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.847105  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0903  PAAR domain-containing protein  45 
 
 
101 aa  61.2  0.000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.357691  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3874  PAAR domain-containing protein  45 
 
 
88 aa  61.2  0.000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.626619  normal  0.0303464 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0959  PAAR repeat-containing protein  45 
 
 
88 aa  61.2  0.000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4517  PAAR repeat-containing protein  47.73 
 
 
86 aa  61.2  0.000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0631  hypothetical protein  41.46 
 
 
84 aa  58.5  0.00000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.1829 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7018  PAAR repeat-containing protein  40.7 
 
 
92 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.893923 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0943  hypothetical protein  40.26 
 
 
87 aa  57  0.00000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00127142  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1878  hypothetical protein  40.26 
 
 
87 aa  57  0.00000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0199793  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3827  PAAR repeat-containing protein  40.26 
 
 
87 aa  57  0.00000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.86819  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2000  hypothetical protein  40.26 
 
 
175 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0577978  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0056  PAAR repeat-containing protein  39.02 
 
 
88 aa  55.8  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5741  PAAR repeat-containing protein  39.76 
 
 
94 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0643815  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01943  hypothetical protein  38.82 
 
 
89 aa  55.1  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.309937 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0479  hypothetical protein  41.03 
 
 
188 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000400722  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0211  PAAR repeat-containing protein  38.82 
 
 
93 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0016  PAAR  44.44 
 
 
86 aa  54.7  0.0000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2589  hypothetical protein  40.51 
 
 
87 aa  55.1  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.254981  normal  0.133425 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0644  bacteriophage GP29 protein  43.59 
 
 
173 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3671  hypothetical protein  41.56 
 
 
176 aa  54.7  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0119  hypothetical protein  41.56 
 
 
175 aa  53.9  0.0000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.435332  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44930  hypothetical protein  41.77 
 
 
86 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00624733  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03514  paar motif family  43.24 
 
 
133 aa  52  0.000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3238  PAAR repeat-containing protein  46.99 
 
 
85 aa  50.8  0.000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.198697  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0990  hypothetical protein  36.14 
 
 
93 aa  50.8  0.000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.880013 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3920  PAAR repeat-containing protein  36.59 
 
 
92 aa  50.4  0.000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1796  PAAR repeat-containing protein  39.53 
 
 
85 aa  50.4  0.000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.618362 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03898  paar motif family  42.86 
 
 
137 aa  50.4  0.000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.356089  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2610  hypothetical protein  45.78 
 
 
85 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.408788  normal  0.0150385 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3115  PAAR repeat-containing protein  45.78 
 
 
85 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0213  bacteriophage GP29 protein  41.03 
 
 
178 aa  49.3  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.225853  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3540  hypothetical protein  40.79 
 
 
89 aa  48.9  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.93294  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1195  PAAR repeat-containing protein  40.74 
 
 
135 aa  48.5  0.00003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0890388  normal  0.0215751 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2104  PAAR motif-containing protein  40.24 
 
 
141 aa  48.1  0.00004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1677  PAAR repeat-containing protein  40.23 
 
 
91 aa  47.4  0.00007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.954396  hitchhiker  0.00616072 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3483  PAAR repeat-containing protein  34.15 
 
 
92 aa  47.4  0.00007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.22158  normal  0.485236 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1845  PAAR repeat-containing protein  39.51 
 
 
135 aa  46.6  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.101109  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1358  hypothetical protein  38.37 
 
 
177 aa  46.2  0.0002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.290649  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1327  PAAR motif-containing protein  39.78 
 
 
141 aa  45.8  0.0002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.620595  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0546  hypothetical protein  39.78 
 
 
141 aa  45.8  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0609  PAAR motif-containing protein  39.78 
 
 
141 aa  45.8  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.364602  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1112  PAAR repeat-containing protein  36.25 
 
 
137 aa  45.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0059  PAAR repeat-containing protein  35.87 
 
 
99 aa  45.1  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2340  PAAR motif-containing protein  38.71 
 
 
141 aa  45.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5089  hypothetical protein  37.97 
 
 
152 aa  45.1  0.0004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1728  PAAR motif-containing protein  38.71 
 
 
140 aa  45.1  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1928  PAAR motif-containing protein  38.46 
 
 
141 aa  44.7  0.0004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.252232  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1554  PAAR motif-containing protein  38.71 
 
 
140 aa  45.1  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1531  PAAR motif-containing protein  38.46 
 
 
141 aa  44.7  0.0005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2330  PAAR motif-containing protein  39.02 
 
 
141 aa  44.3  0.0006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2496  PAAR motif-containing protein  38.46 
 
 
141 aa  43.9  0.0007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.433555  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2381  PAAR motif-containing protein  38.46 
 
 
141 aa  43.9  0.0007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0897  PAAR/S-type pyocin domain-containing protein  55.88 
 
 
510 aa  43.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3868  hypothetical protein  55.88 
 
 
512 aa  43.5  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0748992  normal  0.0167221 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0952  S-type pyocin domain-containing protein  55.88 
 
 
510 aa  43.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3774  hypothetical protein  37.33 
 
 
194 aa  42.7  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.801042  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53640  hypothetical protein  39.62 
 
 
172 aa  42.4  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0232155  hitchhiker  0.000303708 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4805  YD repeat-containing protein  31.17 
 
 
1229 aa  41.6  0.004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.739306  normal  0.809733 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>