More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc3079 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc3079  composite two component sensor histidine kinase and response regulator hybrid transcription regulator protein  100 
 
 
994 aa  1972    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0449118  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3011  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  59.19 
 
 
1436 aa  1008    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.701044  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3358  multi-sensor hybrid histidine kinase  59.62 
 
 
1436 aa  1011    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.504651  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0358  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.22 
 
 
1485 aa  526  1e-148  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0633  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.34 
 
 
1480 aa  513  1e-144  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.461456  normal  0.141694 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4067  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.51 
 
 
1490 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4255  PAS/PAC sensor, hybrid histidine kinase  37.16 
 
 
1418 aa  499  1e-140  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.377123  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4605  histidine protein kinase  39.2 
 
 
1309 aa  481  1e-134  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.292459  normal  0.0589738 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4640  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.37 
 
 
1194 aa  476  1e-132  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0814409  normal  0.0127622 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4701  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.44 
 
 
1237 aa  452  1e-125  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.473456  normal  0.0283242 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5844  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.57 
 
 
948 aa  376  1e-102  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2675  sensor histidine kinase/response regulator  38.75 
 
 
651 aa  315  1.9999999999999998e-84  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5724  two-component regulatory system sensory histidine kinase  30.66 
 
 
784 aa  310  6.999999999999999e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0288  Hpt sensor hybrid histidine kinase  31.76 
 
 
1141 aa  302  2e-80  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0366  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.98 
 
 
1266 aa  300  9e-80  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.926091  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2762  PAS sensor protein  29.79 
 
 
1135 aa  300  1e-79  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.449168  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2718  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.46 
 
 
1255 aa  295  2e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0403107 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4445  response regulator/sensor histidine kinase  31.45 
 
 
1141 aa  289  2e-76  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0474  sensor histidine kinase/response regulator  37.56 
 
 
639 aa  287  7e-76  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0878  sensor histidine kinase/response regulator  37.4 
 
 
654 aa  287  8e-76  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.599003  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1402  sensor histidine kinase/response regulator  37.4 
 
 
654 aa  287  8e-76  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0684  sensor histidine kinase/response regulator  37.4 
 
 
654 aa  287  8e-76  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.439765  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0960  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.82 
 
 
1245 aa  287  9e-76  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1617  Signal transduction histidine kinase  37.62 
 
 
644 aa  286  2.0000000000000002e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0601  Signal transduction histidine kinase-like protein  27.59 
 
 
1442 aa  286  2.0000000000000002e-75  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0738  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  39.42 
 
 
925 aa  285  3.0000000000000004e-75  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0678  ammonium transporter  35.11 
 
 
1322 aa  284  6.000000000000001e-75  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.760367  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2952  sensory box histidine kinase/response regulator  31.08 
 
 
1763 aa  284  6.000000000000001e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.684028  normal  0.230032 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0647  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.13 
 
 
1064 aa  283  1e-74  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1639  response regulator/sensor histidine kinase  37.24 
 
 
693 aa  282  2e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1795  sensor histidine kinase/response regulator  37.24 
 
 
654 aa  282  2e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1958  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.45 
 
 
816 aa  282  2e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.952692  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0316  response regulator, histidine kinase  34.07 
 
 
891 aa  280  1e-73  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.304506  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0715  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.45 
 
 
1767 aa  280  1e-73  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1730  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.52 
 
 
833 aa  277  7e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1768  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.21 
 
 
1033 aa  275  2.0000000000000002e-72  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.046039  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3307  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.27 
 
 
1767 aa  275  2.0000000000000002e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0139  histidine kinase  34.19 
 
 
1064 aa  276  2.0000000000000002e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2858  signal transduction histidine kinase-like protein  36.93 
 
 
1001 aa  274  5.000000000000001e-72  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.920291  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3350  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal:Hpt  35.88 
 
 
923 aa  274  6e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.634179 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02943  two-component system sensor protein  35.62 
 
 
727 aa  274  7e-72  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00726909  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0937  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal:Hpt  32.88 
 
 
852 aa  273  1e-71  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.661814  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0240  Hpt sensor hybrid histidine kinase  32.87 
 
 
1005 aa  272  2e-71  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2216  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.39 
 
 
812 aa  272  2e-71  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.368148  normal  0.0314025 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1204  sensory box histidine kinase/response regulator  36.43 
 
 
1177 aa  271  5e-71  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3200  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.7 
 
 
1768 aa  271  5.9999999999999995e-71  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3920  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  37.73 
 
 
758 aa  271  5.9999999999999995e-71  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4142  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.99 
 
 
916 aa  270  1e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1056  two component hybrid sensor histidine kinase  34.74 
 
 
1014 aa  270  1e-70  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1616  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.5 
 
 
1240 aa  270  1e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.98218  normal  0.696471 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3706  Hpt sensor hybrid histidine kinase  35.42 
 
 
738 aa  269  2e-70  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1040  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  33.58 
 
 
934 aa  268  2.9999999999999995e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.301921  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1598  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.96 
 
 
964 aa  268  2.9999999999999995e-70  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.349888 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0859  sensory box histidine kinase/response regulator  33.21 
 
 
1765 aa  268  4e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02212  Signal transduction histidine kinase  30.77 
 
 
1054 aa  268  5e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3409  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.51 
 
 
2654 aa  267  8.999999999999999e-70  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3142  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.57 
 
 
1771 aa  266  1e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000544  hypothetical protein  32.3 
 
 
828 aa  266  1e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2502  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.47 
 
 
957 aa  266  1e-69  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000217317 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1596  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.62 
 
 
705 aa  266  1e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4059  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.58 
 
 
1326 aa  265  2e-69  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.129878 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3419  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.21 
 
 
1767 aa  265  3e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2078  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.33 
 
 
990 aa  264  4.999999999999999e-69  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.553649  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3847  Hpt sensor hybrid histidine kinase  33.97 
 
 
921 aa  264  6e-69  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3355  hybrid sensory histidine kinase BarA  34.37 
 
 
937 aa  264  6.999999999999999e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0869798  hitchhiker  0.00259338 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0965  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  30.64 
 
 
1331 aa  264  8e-69  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0384  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.33 
 
 
1692 aa  264  8e-69  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4016  putative PAS/PAC sensor protein  33.05 
 
 
1626 aa  263  8.999999999999999e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0538  ATP-binding region, ATPase-like protein  27.31 
 
 
1233 aa  263  1e-68  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0484  multi-sensor histidine kinase  33.82 
 
 
1255 aa  263  1e-68  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.908962 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3018  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  34.13 
 
 
955 aa  263  1e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0433784  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2953  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.13 
 
 
1202 aa  263  1e-68  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.999143  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2798  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  31.81 
 
 
949 aa  262  2e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000245809  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0066  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
721 aa  261  3e-68  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2575  sensor histidine kinase/response regulator  36.15 
 
 
850 aa  261  4e-68  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2511  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  33.33 
 
 
948 aa  261  4e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0476144 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2456  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  33.33 
 
 
948 aa  261  4e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.290959  normal  0.1829 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4963  two-component sensor response receiver component, histidine kinase  32.03 
 
 
1122 aa  261  4e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.341676 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1180  hybrid sensory histidine kinase BarA  32.71 
 
 
929 aa  261  4e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.175711  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003637  hypothetical protein  30.05 
 
 
1055 aa  261  5.0000000000000005e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0357  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.33 
 
 
1310 aa  261  6e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.464939  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2369  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.01 
 
 
1316 aa  260  7e-68  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2407  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  33.33 
 
 
948 aa  260  8e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000239257  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2497  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  33.33 
 
 
948 aa  260  8e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0147984  normal  0.803827 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00475  two-component system sensor histidine kinase-response regulator hybridprotein  31.06 
 
 
1364 aa  260  1e-67  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.679058  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3314  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.92 
 
 
1582 aa  260  1e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.660804  hitchhiker  0.0000234203 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2615  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  33.33 
 
 
915 aa  259  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.544475 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2367  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  32.47 
 
 
949 aa  259  2e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000101959  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3702  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.55 
 
 
1234 aa  259  2e-67  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2519  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  32.47 
 
 
949 aa  259  2e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000827535  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1440  histidine kinase  32.47 
 
 
949 aa  258  3e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00541515  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0720  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  32.47 
 
 
949 aa  258  3e-67  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00107574  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0286  histidine kinase  32.96 
 
 
885 aa  258  3e-67  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0913  PAS sensor protein  31.14 
 
 
2035 aa  258  3e-67  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.271495  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3358  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  32.47 
 
 
949 aa  258  4e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00504503  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1432  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  32.3 
 
 
949 aa  257  6e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0516926  hitchhiker  0.00218938 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0987  histidine kinase  27.98 
 
 
938 aa  257  6e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.718308  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2359  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  32.3 
 
 
949 aa  257  6e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000000333746  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34990  integral membrane hybrid histidine protein kinase  35.45 
 
 
914 aa  257  7e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1505  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.98 
 
 
818 aa  257  8e-67  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>