More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2804 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010622  Bphy_2638  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  79.51 
 
 
407 aa  672    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0430  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  81.86 
 
 
403 aa  678    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.897908  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0223  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  80.85 
 
 
394 aa  666    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000260212  normal  0.80957 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3633  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  78.52 
 
 
396 aa  666    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0677479  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2804  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  100 
 
 
400 aa  835    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.276973  normal  0.329365 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3511  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  81.86 
 
 
403 aa  678    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2636  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  96.77 
 
 
402 aa  764    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.514202  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0205  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  81.09 
 
 
394 aa  671    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000182543  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3473  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  81.86 
 
 
403 aa  678    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.281363  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2509  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  91.09 
 
 
350 aa  667    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.311533  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2940  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  94.25 
 
 
394 aa  777    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.100724  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1975  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  87.32 
 
 
376 aa  637    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0400777  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3510  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  87.77 
 
 
376 aa  670    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3680  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  80.44 
 
 
403 aa  669    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2469  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  74.45 
 
 
408 aa  640    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00438288  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1154  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  87.6 
 
 
377 aa  672    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3348  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  78.02 
 
 
400 aa  657    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.443517  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1106  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  76.21 
 
 
406 aa  652    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00154398  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0523  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  77.43 
 
 
411 aa  665    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.885023 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0565  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  80.44 
 
 
403 aa  669    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.218324  hitchhiker  0.000257704 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1500  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  86.16 
 
 
363 aa  643    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.656036  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3087  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  94.5 
 
 
395 aa  776    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3213  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  78.08 
 
 
403 aa  655    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.126363  normal  0.0105971 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0113  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  82.14 
 
 
382 aa  665    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.967769  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3046  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  97.26 
 
 
402 aa  773    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0955  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  75.12 
 
 
391 aa  642    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3435  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  77.43 
 
 
415 aa  668    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00871681  normal  0.016373 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2788  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  86.76 
 
 
396 aa  669    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.432936  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0498  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  81.17 
 
 
403 aa  672    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.134097  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1289  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  81.86 
 
 
403 aa  678    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3274  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  81.86 
 
 
403 aa  678    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2943  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  78.52 
 
 
396 aa  666    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0596  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  82.14 
 
 
382 aa  665    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.636491  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0523  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  81.17 
 
 
403 aa  672    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.165447 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0383  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  88.17 
 
 
402 aa  640    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0181778 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0863  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  78.5 
 
 
387 aa  649    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.661297  normal  0.0191751 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3386  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  77.06 
 
 
387 aa  642    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1495  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  75.43 
 
 
399 aa  632  1e-180  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.730303  normal 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4674  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  93.98 
 
 
328 aa  603  1.0000000000000001e-171  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2265  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  78.82 
 
 
374 aa  581  1.0000000000000001e-165  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.247043  hitchhiker  0.00000000794033 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2639  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  78.82 
 
 
380 aa  582  1.0000000000000001e-165  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.118987  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2614  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  64.23 
 
 
408 aa  547  1e-154  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0975444  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1441  Ribonucleoside-diphosphate reductase  63.92 
 
 
412 aa  547  1e-154  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2528  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  62.26 
 
 
412 aa  538  9.999999999999999e-153  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.506084  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1637  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  63.64 
 
 
403 aa  536  1e-151  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0261483  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0435  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  62.75 
 
 
401 aa  533  1e-150  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1737  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  62.75 
 
 
401 aa  533  1e-150  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1739  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  67.9 
 
 
367 aa  526  1e-148  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1739  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  67.61 
 
 
367 aa  524  1e-147  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33300  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  59.38 
 
 
416 aa  518  1e-146  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1209  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  58.37 
 
 
415 aa  515  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3152  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  67.06 
 
 
416 aa  513  1e-144  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.284704 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49470  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  67.06 
 
 
415 aa  513  1e-144  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0051562  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4225  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  67.06 
 
 
415 aa  513  1e-144  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1177  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  67.35 
 
 
416 aa  508  1e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.726447  normal  0.0669106 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1661  ribonucleoside-diphosphate reductase, beta subunit  67.06 
 
 
415 aa  511  1e-143  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1191  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  67.35 
 
 
416 aa  509  1e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.149701  normal  0.511312 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3721  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  66.76 
 
 
415 aa  508  1e-143  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.215489 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4295  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  67.06 
 
 
416 aa  510  1e-143  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.706948  normal  0.958774 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4238  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  67.35 
 
 
416 aa  508  1e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0667  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  58.1 
 
 
420 aa  506  9.999999999999999e-143  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0871304  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2459  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  67.26 
 
 
423 aa  504  1e-141  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.955756  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2887  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  59 
 
 
391 aa  493  9.999999999999999e-139  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.395919  normal  0.0685019 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3664  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  58.25 
 
 
416 aa  493  9.999999999999999e-139  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2702  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  63.06 
 
 
369 aa  494  9.999999999999999e-139  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4609  Ribonucleoside-diphosphate reductase  62.92 
 
 
360 aa  488  1e-137  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.384071 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1009  Ribonucleoside-diphosphate reductase  65.2 
 
 
398 aa  488  1e-136  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.746585  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3002  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  64.39 
 
 
354 aa  484  1e-136  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.371001  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3158  Ribonucleoside-diphosphate reductase  62.76 
 
 
358 aa  479  1e-134  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.380157  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3518  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  60.59 
 
 
386 aa  477  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0483754 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2638  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  60.66 
 
 
373 aa  474  1e-133  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.66937  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16400  ribonucleotide reductase, beta subunit  60.63 
 
 
349 aa  468  9.999999999999999e-131  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.876136  normal  0.394425 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2103  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  61.36 
 
 
354 aa  468  9.999999999999999e-131  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.197754 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0430  Ribonucleoside-diphosphate reductase  61.52 
 
 
347 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0215  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  58.88 
 
 
346 aa  423  1e-117  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.0959296  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2574  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  58.58 
 
 
342 aa  424  1e-117  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2622  Ribonucleoside-diphosphate reductase  57.65 
 
 
353 aa  412  1e-114  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00719466  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2337  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  49.38 
 
 
330 aa  342  8e-93  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2656  Ribonucleoside-diphosphate reductase  48.45 
 
 
330 aa  331  2e-89  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.840275  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3460  amino acid adenylation  40.3 
 
 
368 aa  275  8e-73  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00848931 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3856  ribonucleoside-diphosphate reductase  40.99 
 
 
352 aa  268  1e-70  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.468759  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1715  Ribonucleoside-diphosphate reductase  37.39 
 
 
364 aa  243  3.9999999999999997e-63  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.957793  normal  0.0111265 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1725  ribonucleoside-diphosphate reductase  35.19 
 
 
348 aa  207  3e-52  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21930  ribonucleotide reductase, beta subunit  34.88 
 
 
365 aa  204  2e-51  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.113756  normal  0.84337 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4876  ribonucleoside-diphosphate reductase  33.64 
 
 
350 aa  197  3e-49  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0340967 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2041  Ribonucleoside-diphosphate reductase  33.33 
 
 
331 aa  196  8.000000000000001e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.202371  normal  0.0413781 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4387  ribonucleoside-diphosphate reductase  33.02 
 
 
350 aa  195  1e-48  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.86185  normal  0.405922 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6268  Ribonucleoside-diphosphate reductase  33.33 
 
 
331 aa  190  2.9999999999999997e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0689361 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5565  Ribonucleoside-diphosphate reductase  31.47 
 
 
338 aa  189  7e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0738  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  33.33 
 
 
338 aa  181  2e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00633879  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0013  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  30.5 
 
 
340 aa  174  2.9999999999999996e-42  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0207  Ribonucleoside-diphosphate reductase  30.25 
 
 
339 aa  172  1e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0212  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  31.43 
 
 
329 aa  168  1e-40  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0119093  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0029  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  30.09 
 
 
340 aa  164  3e-39  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.000949111  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0297  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  30.21 
 
 
340 aa  164  3e-39  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.382781  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0052  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  28.66 
 
 
353 aa  163  4.0000000000000004e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0950688  normal  0.0372679 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0229  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  29.85 
 
 
340 aa  162  1e-38  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0256  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  29.85 
 
 
340 aa  162  1e-38  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2093  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  29.62 
 
 
340 aa  162  1e-38  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0282  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  29.51 
 
 
340 aa  161  2e-38  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>