More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2723 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc2723  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  100 
 
 
370 aa  765    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2364  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  82.6 
 
 
383 aa  637    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2967  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  91.62 
 
 
370 aa  716    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.775442  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2821  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  87.85 
 
 
362 aa  672    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0632832  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3396  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  82.6 
 
 
383 aa  637    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0278  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  82.6 
 
 
383 aa  637    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1140  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  82.6 
 
 
383 aa  637    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1257  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  78.07 
 
 
386 aa  635    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2958  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  87.43 
 
 
359 aa  667    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2557  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  90.81 
 
 
370 aa  707    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.74343 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2544  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  82.6 
 
 
383 aa  637    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2686  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  83.19 
 
 
381 aa  640    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.541362  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3389  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  82.6 
 
 
383 aa  637    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0735578  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0591  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  82.35 
 
 
384 aa  634    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3354  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  82.6 
 
 
383 aa  637    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4010  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  82.45 
 
 
381 aa  631  1e-180  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0617  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  81.77 
 
 
389 aa  631  1e-180  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.452305  normal  0.496257 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0689  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  80.75 
 
 
383 aa  629  1e-179  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.21577  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0665  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  78.42 
 
 
391 aa  625  1e-178  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2545  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  79.68 
 
 
384 aa  623  1e-177  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3784  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  82.14 
 
 
383 aa  617  1e-175  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0214  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  77.63 
 
 
391 aa  596  1e-169  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0698  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  77.63 
 
 
391 aa  596  1e-169  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1796  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  76.19 
 
 
370 aa  587  1e-166  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.334328  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1513  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  75.35 
 
 
370 aa  580  1e-164  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.702789 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3413  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  71 
 
 
370 aa  550  1e-155  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.599463  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4068  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  69.58 
 
 
379 aa  547  1e-154  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3756  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  68.42 
 
 
384 aa  541  1e-153  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3566  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  67.17 
 
 
396 aa  535  1e-151  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.786297  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3817  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  67.02 
 
 
394 aa  536  1e-151  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.709755 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4724  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  69.86 
 
 
378 aa  536  1e-151  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0431  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  68.56 
 
 
380 aa  532  1e-150  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4559  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  66.84 
 
 
421 aa  528  1e-149  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.888392  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0387  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  68.02 
 
 
369 aa  523  1e-147  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.582851  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0804  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  67.57 
 
 
372 aa  515  1.0000000000000001e-145  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2115  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  66.29 
 
 
360 aa  513  1e-144  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0297  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  67.03 
 
 
370 aa  504  1e-141  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.188258 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3291  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  65.93 
 
 
365 aa  488  1e-137  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2243  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  67.31 
 
 
363 aa  487  1e-136  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0143164  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1212  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  65.29 
 
 
365 aa  478  1e-134  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0851  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  66.48 
 
 
358 aa  469  1.0000000000000001e-131  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.760596 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1942  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  59.78 
 
 
372 aa  441  9.999999999999999e-123  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.925496  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3190  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  58.66 
 
 
376 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.127789  normal  0.150501 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1869  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  60.06 
 
 
368 aa  440  9.999999999999999e-123  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.63083  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1785  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  61.62 
 
 
371 aa  434  1e-121  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1612  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  58.82 
 
 
371 aa  436  1e-121  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3358  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  58.38 
 
 
376 aa  437  1e-121  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.125199  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2154  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  59.78 
 
 
368 aa  437  1e-121  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.00771219  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2851  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  58.82 
 
 
371 aa  436  1e-121  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.602222 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28360  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  59.05 
 
 
372 aa  436  1e-121  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1720  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  58.82 
 
 
371 aa  436  1e-121  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2062  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  58.26 
 
 
377 aa  434  1e-121  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000391472  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2040  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  56.83 
 
 
391 aa  434  1e-120  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.527359  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2063  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  59.22 
 
 
370 aa  433  1e-120  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.558348  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2022  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  58.54 
 
 
367 aa  432  1e-120  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.339115  normal  0.173824 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1819  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  57.5 
 
 
374 aa  432  1e-120  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.12881 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4014  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  57.22 
 
 
374 aa  430  1e-119  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.152317  normal  0.181813 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2399  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  56.51 
 
 
370 aa  429  1e-119  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00300816  normal  0.0915996 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1950  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  58.26 
 
 
368 aa  428  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1335  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  58.26 
 
 
368 aa  428  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0776821 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1351  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  58.26 
 
 
368 aa  428  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.573011 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2132  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  58.26 
 
 
368 aa  428  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00442281 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3596  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  57.3 
 
 
374 aa  430  1e-119  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3619  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  56.67 
 
 
374 aa  426  1e-118  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.313741  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2538  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  57.3 
 
 
398 aa  427  1e-118  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1560  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  56.55 
 
 
371 aa  424  1e-118  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000033565  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1313  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  58.31 
 
 
368 aa  427  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.626036  normal  0.352748 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2581  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  57.38 
 
 
375 aa  427  1e-118  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.615519  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1828  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  57.5 
 
 
377 aa  426  1e-118  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.963946  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1603  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  57.26 
 
 
372 aa  427  1e-118  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000041777  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1678  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  57.26 
 
 
372 aa  427  1e-118  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00625352  normal  0.128723 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3418  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  56.39 
 
 
374 aa  425  1e-118  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30150  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  57.38 
 
 
375 aa  426  1e-118  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1747  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  57.26 
 
 
372 aa  426  1e-118  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1992  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  57.42 
 
 
368 aa  424  1e-118  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.987691 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1762  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  57.38 
 
 
392 aa  424  1e-118  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.31241  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01131  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  57.42 
 
 
368 aa  424  1e-117  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.457011  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2514  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  57.42 
 
 
368 aa  424  1e-117  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0085264  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1594  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  57.42 
 
 
368 aa  424  1e-117  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000779038 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2633  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  56.42 
 
 
372 aa  421  1e-117  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2470  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  57.42 
 
 
368 aa  424  1e-117  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0646  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  57.1 
 
 
372 aa  424  1e-117  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.733011  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2478  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  56.7 
 
 
392 aa  421  1e-117  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000132355  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1253  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  57.42 
 
 
368 aa  424  1e-117  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.854018  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2471  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  56.7 
 
 
392 aa  421  1e-117  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000882731  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02368  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  56.82 
 
 
369 aa  422  1e-117  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00392033  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1873  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  56.7 
 
 
372 aa  422  1e-117  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000192838  hitchhiker  0.0000114036 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2444  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  57.58 
 
 
384 aa  422  1e-117  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1311  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  57.14 
 
 
368 aa  423  1e-117  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.817312  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1296  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  57.42 
 
 
368 aa  424  1e-117  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01139  hypothetical protein  57.42 
 
 
368 aa  424  1e-117  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.390847  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1646  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  57.42 
 
 
369 aa  418  1e-116  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.306942  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1683  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  55.74 
 
 
383 aa  418  1e-116  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.438884  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2260  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  57.26 
 
 
372 aa  420  1e-116  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2591  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  56.7 
 
 
392 aa  421  1e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000333561  normal  0.0605714 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2233  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  56.42 
 
 
372 aa  421  1e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000103547  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0963  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  57.14 
 
 
367 aa  419  1e-116  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.410035  normal  0.0653928 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1948  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  57.5 
 
 
377 aa  417  9.999999999999999e-116  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0310002  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1881  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  55.56 
 
 
372 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000181944 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2379  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  55.99 
 
 
396 aa  413  1e-114  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.246032  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>