More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2719 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc2719  putative cytochrome B-561 transmembrane protein  100 
 
 
195 aa  384  1e-106  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.12151 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2553  cytochrome B561  84.1 
 
 
193 aa  322  2e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.885989  normal  0.411403 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2963  cytochrome B561  82.56 
 
 
193 aa  317  5e-86  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2818  cytochrome B561  65.36 
 
 
183 aa  206  2e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4185  cytochrome B561  55.68 
 
 
189 aa  199  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3802  cytochrome B561  56.9 
 
 
186 aa  198  5e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0629  cytochrome B561  56.9 
 
 
186 aa  197  7e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0714  cytochrome B561  54.05 
 
 
186 aa  197  9e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.657411  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0230  cytochrome B561  54.05 
 
 
186 aa  197  9e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0681  cytochrome B561  54.05 
 
 
186 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.400799  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2671  cytochrome B561  57.39 
 
 
186 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.107362  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0605  cytochrome B561  54.75 
 
 
186 aa  194  5.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3997  putative cytochrome b-561 membrane protein  54.05 
 
 
186 aa  191  7e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.50922  normal  0.334764 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5858  cytochrome B561  55.49 
 
 
184 aa  189  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0706  cytochrome B561  54.05 
 
 
186 aa  190  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.404491  normal  0.794115 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2064  putative cytochrome b-561 membrane protein  54.14 
 
 
184 aa  188  5e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.913396  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2955  cytochrome B561  64.09 
 
 
188 aa  182  2.0000000000000003e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.593019  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2532  cytochrome B561  54.02 
 
 
206 aa  169  3e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3336  cytochrome B561  56.32 
 
 
187 aa  164  8e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2565  putative cytochrome b561  56.32 
 
 
187 aa  164  8e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0295  putative cytochrome b561  56.32 
 
 
187 aa  164  8e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2380  cytochrome b561, putative  56.32 
 
 
187 aa  164  8e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.283145  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3379  cytochrome B561  56.32 
 
 
187 aa  164  8e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3370  putative [Ni] hydrogenase, b-type cytochrome subunit  56.32 
 
 
187 aa  164  8e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1157  putative cytochrome b561  56.32 
 
 
187 aa  164  8e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3152  cytochrome B561  49.15 
 
 
197 aa  164  1.0000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.159258  normal  0.591352 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1271  cytochrome b561, putative  55.81 
 
 
187 aa  160  9e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1861  cytochrome B561  46.89 
 
 
178 aa  157  1e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.846018  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3507  cytochrome B561  49.71 
 
 
185 aa  154  6e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.563423 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1521  cytochrome B561  44.19 
 
 
182 aa  152  2.9999999999999998e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1026  cytochrome B561  48.09 
 
 
188 aa  149  2e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0459  cytochrome B561  46.24 
 
 
189 aa  148  5e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2794  cytochrome B561  47.67 
 
 
174 aa  145  3e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2228  cytochrome B561  43.52 
 
 
197 aa  142  3e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000575966  hitchhiker  0.00851734 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3506  putative cytochrome b-561 membrane protein  51.41 
 
 
186 aa  140  9.999999999999999e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.456908  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3580  cytochrome B561  48.55 
 
 
172 aa  134  8e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1029  cytochrome b561  47.34 
 
 
181 aa  129  2.0000000000000002e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.145738  normal  0.0105144 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1738  hypothetical protein  37.21 
 
 
186 aa  130  2.0000000000000002e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0392514  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0418  cytochrome B561  38.82 
 
 
196 aa  125  3e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.134853  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3682  cytochrome B561  40.66 
 
 
188 aa  125  4.0000000000000003e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.388705  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0603  cytochrome B561  42.44 
 
 
188 aa  125  5e-28  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1636  hypothetical protein  41.24 
 
 
184 aa  123  2e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0965469  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0483  cytochrome B561  40.59 
 
 
183 aa  123  2e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1617  hypothetical protein  41.52 
 
 
176 aa  120  9.999999999999999e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5031  cytochrome B561  40.59 
 
 
183 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.416621  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4982  cytochrome B561  40 
 
 
183 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4855  cytochrome B561  40 
 
 
183 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.745808  normal  0.0891705 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0471  cytochrome B561  44.07 
 
 
209 aa  119  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2073  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  35.88 
 
 
213 aa  118  6e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.636056  normal  0.331643 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1612  hypothetical protein  40.35 
 
 
176 aa  118  7e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0980  putative cytochrome b561  37.93 
 
 
177 aa  118  7e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0252  cytochrome B561  42.68 
 
 
180 aa  117  7e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0173258  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01688  cytochrome B561  38.37 
 
 
187 aa  116  1.9999999999999998e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.883966  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1610  cytochrome B561  35.88 
 
 
184 aa  116  1.9999999999999998e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.726643  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2271  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  35.29 
 
 
188 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2543  cytochrome B561  35.29 
 
 
188 aa  115  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.210551  normal  0.464909 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1179  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  35.29 
 
 
188 aa  115  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1436  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  35.29 
 
 
188 aa  115  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.887549  normal  0.160518 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1180  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  35.29 
 
 
188 aa  115  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.901054  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01053  predicted cytochrome b561  35.29 
 
 
188 aa  115  5e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.580116  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2589  cytochrome B561  35.29 
 
 
188 aa  115  5e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.806134  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01061  hypothetical protein  35.29 
 
 
188 aa  115  5e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.649815  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2179  cytochrome B561  40 
 
 
203 aa  114  1.0000000000000001e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1571  cytochrome B561  36.47 
 
 
192 aa  112  3e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.896883 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2322  cytochrome B561  41.21 
 
 
203 aa  111  6e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0686  cytochrome b561  43.6 
 
 
188 aa  111  8.000000000000001e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2703  cytochrome B561  34.64 
 
 
183 aa  110  9e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.100012  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2358  cytochrome B561  40.24 
 
 
178 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.289419  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3199  cytochrome B561  34.46 
 
 
183 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000519809  normal  0.560519 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2791  cytochrome B561  36.67 
 
 
182 aa  110  1.0000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2036  cytochrome B561  42.53 
 
 
193 aa  109  2.0000000000000002e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.625854 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3044  cytochrome B561  39.31 
 
 
190 aa  109  2.0000000000000002e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1225  YceJ  33.14 
 
 
190 aa  109  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.307715  normal  0.414708 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3056  cytochrome B561  33.9 
 
 
183 aa  109  3e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000111673  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6508  cytochrome B561  36.32 
 
 
188 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0286753 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3042  cytochrome B561  34.46 
 
 
183 aa  108  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000618987  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1322  cytochrome B561  34.46 
 
 
183 aa  108  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00114864  normal  0.0249294 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1934  cytochrome B561  41.94 
 
 
190 aa  108  5e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.48407  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5285  cytochrome B561  37.06 
 
 
183 aa  107  9.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.621373  normal  0.806427 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1538  hypothetical protein  33.15 
 
 
182 aa  107  1e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05500  hypothetical protein  38.51 
 
 
189 aa  106  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0781  cytochrome B561  34.09 
 
 
183 aa  106  2e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.231084  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1745  cytochrome B561  38.98 
 
 
406 aa  107  2e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.399847  normal  0.227689 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2517  cytochrome B561  34.71 
 
 
184 aa  106  3e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1445  hypothetical protein  33.15 
 
 
182 aa  105  3e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2549  cytochrome B561  35.2 
 
 
182 aa  105  3e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.481387  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1888  cytochrome B561  33.53 
 
 
184 aa  105  3e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.743741  hitchhiker  0.000498058 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0522  hypothetical protein  38.86 
 
 
189 aa  105  4e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.336315  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2465  putative cytochrome b561  37.57 
 
 
188 aa  105  4e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.104825 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2495  putative cytochrome B561  38.01 
 
 
188 aa  105  4e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.943457 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1177  cytochrome B561  34.09 
 
 
183 aa  105  4e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000321845  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3599  cytochrome b561 family protein  34.27 
 
 
189 aa  104  6e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.206371  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1004  cytochrome B561  37.71 
 
 
177 aa  105  6e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1178  cytochrome B561  33.52 
 
 
183 aa  104  7e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000103692  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1248  cytochrome B561  34.09 
 
 
183 aa  104  9e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00191634  normal  0.790409 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7129  putative cytochrome b561  36.26 
 
 
176 aa  104  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.815078 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0508  cytochrome B561  34.86 
 
 
191 aa  103  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1169  cytochrome b561, putative  30.86 
 
 
173 aa  102  3e-21  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.840411  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1820  cytochrome b561 family protein  33.91 
 
 
184 aa  102  5e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0593327  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2889  cytochrome B561  35.03 
 
 
183 aa  102  5e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0592122  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>