More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2521 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2521  DNA-binding protein HU-beta  100 
 
 		 94 aa  180  5.0000000000000004e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0944475  normal  0.0105947 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2793  histone family protein DNA-binding protein  100 
 
 		 94 aa  180  5.0000000000000004e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2386  histone family protein DNA-binding protein  100 
 
 		 94 aa  180  5.0000000000000004e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.405821  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4039  HU family DNA-binding protein  83.52 
 
 		 93 aa  125  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4749  histone-like DNA-binding protein  83.52 
 
 		 93 aa  125  1.0000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.188687 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1743  histone family protein DNA-binding protein  68.13 
 
 		 106 aa  126  1.0000000000000001e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2026  histone family protein DNA-binding protein  67.03 
 
 		 106 aa  124  4.0000000000000003e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000760647  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0004  DNA-binding protein HU-alpha  62.37 
 
 		 126 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0004  DNA-binding protein HU-alpha  64.44 
 
 		 92 aa  114  5e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2913  DNA-binding protein HU, form B  64.44 
 
 		 92 aa  114  5e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.5361  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0004  DNA-binding protein HU-alpha  64.44 
 
 		 92 aa  114  5e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1629  DNA-binding protein HU, form B  64.44 
 
 		 92 aa  114  5e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3397  DNA-binding protein HU, form B  64.44 
 
 		 92 aa  114  5e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.218557  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3067  histone family protein DNA-binding protein  65.56 
 
 		 92 aa  114  5e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0353619 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2972  DNA-binding protein HU-alpha  64.44 
 
 		 92 aa  114  5e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4504  DNA-binding protein HU-alpha  64.44 
 
 		 92 aa  114  6e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.806931 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3933  histone family protein DNA-binding protein  64.44 
 
 		 92 aa  114  6e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0084  histone family protein DNA-binding protein  64.44 
 
 		 92 aa  113  8.999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3247  histone-like DNA-binding protein  64.44 
 
 		 92 aa  113  8.999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.704477 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0065  histone family protein DNA-binding protein  64.44 
 
 		 92 aa  113  8.999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0005  histone-like DNA-binding protein  64.44 
 
 		 92 aa  113  8.999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.129264  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0055  histone family protein DNA-binding protein  64.44 
 
 		 92 aa  113  8.999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0066  histone family protein DNA-binding protein  64.44 
 
 		 92 aa  113  8.999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0065  histone family protein DNA-binding protein  64.44 
 
 		 92 aa  113  8.999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1666  histone family protein DNA-binding protein  63.64 
 
 		 90 aa  112  1.0000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2879  histone family protein DNA-binding protein  63.64 
 
 		 90 aa  112  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2697  histone family protein DNA-binding protein  60.44 
 
 		 105 aa  110  7.000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.651283 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2621  histone family protein DNA-binding protein  62.5 
 
 		 90 aa  108  2.0000000000000002e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.348082  normal  0.0833374 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1187  histone family protein DNA-binding protein  62.5 
 
 		 90 aa  108  2.0000000000000002e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1633  histone family protein DNA-binding protein  60.23 
 
 		 90 aa  107  6e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3065  nucleoid protein Hbs  61.36 
 
 		 90 aa  107  7.000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.135138  normal  0.394857 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1789  histone family protein DNA-binding protein  61.36 
 
 		 90 aa  107  8.000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.970942  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1674  histone-like DNA-binding protein  62.5 
 
 		 90 aa  106  1e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.171237 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1909  histone family protein DNA-binding protein  57.95 
 
 		 90 aa  105  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.715849  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2248  histone-like DNA-binding protein  58.24 
 
 		 112 aa  104  4e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.117837  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1014  histone family protein DNA-binding protein  59.09 
 
 		 90 aa  103  7e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.385833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2292  nucleoid protein Hbs  59.09 
 
 		 90 aa  103  7e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.337722  normal  0.315371 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4266  histone family protein DNA-binding protein  56.18 
 
 		 93 aa  103  7e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.598481  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2337  histone-like DNA-binding protein  61.36 
 
 		 90 aa  102  1e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.0000000498066  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3359  histone-like DNA-binding protein HU-beta (NS1)  57.78 
 
 		 92 aa  102  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3555  histone family protein DNA-binding protein  57.78 
 
 		 92 aa  102  2e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3231  histone family protein DNA-binding protein  57.78 
 
 		 92 aa  102  2e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0860  histone family protein DNA-binding protein  56.82 
 
 		 90 aa  100  7e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0124999  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0508  DNA-binding protein HU  50.55 
 
 		 94 aa  99.8  1e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000000377509  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3392  HU family DNA-binding protein  58.24 
 
 		 92 aa  99.8  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000680811  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1726  histone family protein DNA-binding protein  59.09 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.00000000326644  hitchhiker  0.00672024 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3538  HU family DNA-binding protein  58.24 
 
 		 92 aa  99.8  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00490432  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1641  DNA-binding protein HU  50.55 
 
 		 94 aa  99.8  1e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  7.02248e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2285  histone family protein DNA-binding protein  55.68 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0556838  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1956  nucleoid protein Hbs  55.68 
 
 		 90 aa  99  2e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.582961  normal  0.45981 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1412  histone-like DNA-binding protein  59.34 
 
 		 91 aa  99.4  2e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000000277772  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1551  histone-like DNA-binding protein  54.55 
 
 		 103 aa  98.2  3e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00525571  normal  0.659297 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2657  nucleoid protein Hbs  53.93 
 
 		 91 aa  97.4  6e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000194133  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4958  histone-like DNA-binding protein  56.82 
 
 		 103 aa  97.1  7e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.674818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6397  DNA-binding protein Hu-beta  53.33 
 
 		 144 aa  97.1  7e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0822  DNA-binding protein HU-beta  56.82 
 
 		 98 aa  97.1  7e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.172487  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1608  histone-like DNA-binding protein  56.82 
 
 		 96 aa  95.9  1e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  5.49082e-20  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2014  histone family protein DNA-binding protein  56.82 
 
 		 90 aa  95.5  2e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000105311  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1837  histone family protein DNA-binding protein  57.47 
 
 		 90 aa  95.9  2e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00431989  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0600  histone family protein DNA-binding protein  55.68 
 
 		 90 aa  95.1  3e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0007  histone-like DNA-binding protein  60.24 
 
 		 98 aa  95.1  3e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7326  histone family protein DNA-binding protein  53.41 
 
 		 92 aa  94.7  4e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.076405 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3512  histone-like DNA-binding protein  56.32 
 
 		 99 aa  94.4  5e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.848806  normal  0.0177296 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2303  histone family protein DNA-binding protein  54.55 
 
 		 90 aa  94  6e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0561689  hitchhiker  0.000233767 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3466  histone family protein DNA-binding protein  54.55 
 
 		 90 aa  94  6e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.360259  hitchhiker  0.000212777 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2463  histone family protein DNA-binding protein  54.55 
 
 		 90 aa  94  6e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0228112  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4353  histone family protein DNA-binding protein  54.55 
 
 		 90 aa  93.6  7e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1772  histone-like DNA-binding protein  53.41 
 
 		 90 aa  94  7e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000757515  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3731  histone family protein DNA-binding protein  54.55 
 
 		 90 aa  94  7e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1905  histone family protein DNA-binding protein  54.55 
 
 		 90 aa  93.6  7e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.173408  hitchhiker  0.000216257 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09623  probable DNA-binding protein HU  56.18 
 
 		 90 aa  93.6  8e-19  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.355669  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3249  histone-like DNA-binding protein  54.02 
 
 		 90 aa  93.6  8e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4682  histone family protein DNA-binding protein  55.68 
 
 		 92 aa  93.2  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0505442  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2058  histone-like DNA-binding protein  53.41 
 
 		 90 aa  92.8  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.954956  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0956  DNA-binding protein HU-alpha  55.68 
 
 		 92 aa  93.2  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.667832  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2043  histone-like DNA-binding protein  52.27 
 
 		 90 aa  93.2  1e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0430  histone family protein DNA-binding protein  55.68 
 
 		 90 aa  93.2  1e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.719598  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1364  histone family protein DNA-binding protein  54.55 
 
 		 90 aa  93.2  1e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0022  DNA-binding protein HU  51.14 
 
 		 90 aa  92  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00102315  hitchhiker  0.000567997 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0115  histone family protein DNA-binding protein  52.87 
 
 		 95 aa  92.4  2e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.552761  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0500  histone family protein DNA-binding protein  53.41 
 
 		 90 aa  92.4  2e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000759527 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1430  histone family protein DNA-binding protein  52.27 
 
 		 90 aa  92  2e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000153062  normal  0.144736 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1900  histone family protein DNA-binding protein  51.14 
 
 		 90 aa  92.4  2e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0802524 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3261  transcriptional regulator HU subunit beta  52.27 
 
 		 90 aa  91.7  3e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1866  histone family protein DNA-binding protein  48.86 
 
 		 90 aa  92  3e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0187787  hitchhiker  0.00274705 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0139  histone family protein DNA-binding protein  57.95 
 
 		 90 aa  91.7  3e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1957  histone-like DNA-binding protein  52.27 
 
 		 91 aa  91.7  3e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000024611  normal  0.388646 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1180  histone-like DNA-binding protein  48.86 
 
 		 90 aa  92  3e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  2.95654e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1533  histone family protein DNA-binding protein  48.86 
 
 		 90 aa  91.7  3e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.753498  normal  0.353479 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1051  transcriptional regulator HU subunit beta  52.27 
 
 		 90 aa  91.7  3e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.593082  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2063  HU family DNA-binding protein  51.14 
 
 		 91 aa  91.3  4e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.832344  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0355  histone-like DNA-binding protein  53.26 
 
 		 94 aa  91.3  4e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00204011  normal  0.390975 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0576  histone family protein DNA-binding protein  52.27 
 
 		 90 aa  90.9  5e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0418926 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1227  HU family DNA-binding protein  54.55 
 
 		 90 aa  91.3  5e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000165625  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3132  DNA-binding protein HU  53.26 
 
 		 94 aa  90.9  6e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.246817  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1714  DNA-binding protein HU-beta  48.86 
 
 		 90 aa  90.9  6e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.606946  normal  0.0324854 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0942  histone family protein DNA-binding protein  52.27 
 
 		 90 aa  90.9  6e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3532  histone family protein DNA-binding protein  54.55 
 
 		 90 aa  90.5  6e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4407  histone family protein DNA-binding protein  53.26 
 
 		 94 aa  90.9  6e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000192025  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0135  histone family protein DNA-binding protein  51.69 
 
 		 91 aa  90.9  6e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00267128  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>