More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2444 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc2444  DNA repair protein RadC  100 
 
 
224 aa  451  1.0000000000000001e-126  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.418589  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2322  DNA repair protein RadC  86.16 
 
 
224 aa  400  1e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0102136 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2712  DNA repair protein RadC  86.61 
 
 
224 aa  399  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2138  DNA repair protein RadC  62.16 
 
 
224 aa  276  2e-73  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.574311  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02940  DNA repair protein RadC  61.71 
 
 
224 aa  267  8e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2732  DNA repair protein RadC  59.38 
 
 
228 aa  266  2.9999999999999995e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4376  DNA repair protein RadC  61.16 
 
 
224 aa  265  4e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0839768 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2588  DNA repair protein RadC  58.56 
 
 
224 aa  263  1e-69  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.16454 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0100  DNA repair protein RadC  61.71 
 
 
223 aa  261  4.999999999999999e-69  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.234069  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1254  DNA repair protein RadC  60.54 
 
 
225 aa  259  3e-68  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.700963  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0236  DNA repair protein RadC  59.01 
 
 
224 aa  258  7e-68  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5539  DNA repair protein RadC  56.25 
 
 
224 aa  254  7e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856956  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6095  DNA repair protein RadC  58.93 
 
 
224 aa  251  6e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.872274  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2664  DNA repair protein RadC  58.48 
 
 
224 aa  250  1e-65  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.649783  hitchhiker  0.0000127675 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0315  DNA repair protein RadC  56.31 
 
 
224 aa  249  2e-65  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.220116  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70230  DNA repair protein RadC  58.56 
 
 
224 aa  249  3e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2155  DNA repair protein RadC  57.82 
 
 
223 aa  248  4e-65  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.365065  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3678  DEAD/DEAH box helicase-like  55.41 
 
 
224 aa  248  5e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00158019  normal  0.0453807 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2291  DNA repair protein RadC  57.21 
 
 
242 aa  248  6e-65  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0121519 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0086  DNA repair protein RadC  55.36 
 
 
224 aa  245  4e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0186  DNA repair protein RadC  54.05 
 
 
226 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.953222  hitchhiker  0.000000662884 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0358  DNA repair protein RadC  58.11 
 
 
224 aa  241  5e-63  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2301  DNA repair protein RadC  56.31 
 
 
224 aa  241  5e-63  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0528  DNA repair protein RadC  58.11 
 
 
224 aa  241  5e-63  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.204187  unclonable  0.0000000000301239 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5194  DNA repair protein RadC  54.05 
 
 
235 aa  240  1e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0102732  normal  0.30357 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3339  DNA repair protein RadC  54.95 
 
 
224 aa  239  2e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0155907  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0624  DNA repair protein RadC  54.05 
 
 
224 aa  239  2.9999999999999997e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000507049 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0222  DNA repair protein RadC  54.02 
 
 
224 aa  238  5e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5284  DNA repair protein RadC  54.05 
 
 
226 aa  238  5.999999999999999e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2972  DNA repair protein RadC  57.21 
 
 
224 aa  237  1e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0458817  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3564  DNA repair protein RadC  52.68 
 
 
224 aa  236  2e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.469153  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3142  DNA repair protein RadC  58.48 
 
 
226 aa  234  1.0000000000000001e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00442306  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0948  DNA repair protein RadC  54.05 
 
 
244 aa  233  1.0000000000000001e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.455823  normal  0.486956 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5335  DNA repair protein RadC  53.6 
 
 
226 aa  232  3e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00550179 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0046  DNA repair protein RadC  52.25 
 
 
224 aa  232  3e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.178856  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3252  DNA repair protein RadC  50.43 
 
 
234 aa  228  5e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00653  DNA repair protein RadC  52.25 
 
 
224 aa  228  7e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001821  DNA repair protein RadC  52.7 
 
 
224 aa  226  2e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000198963  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0585  DNA repair protein RadC  51.15 
 
 
242 aa  226  3e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.92591 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3450  DNA repair protein RadC  52.12 
 
 
238 aa  226  3e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.268052  normal  0.632907 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0327  DNA repair protein RadC  51.8 
 
 
225 aa  225  4e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000320995  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2777  DNA repair protein RadC  51.69 
 
 
238 aa  224  7e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1654  DNA repair protein RadC  49.79 
 
 
237 aa  223  2e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0794365  normal  0.385806 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3481  DNA repair protein RadC  51.35 
 
 
233 aa  223  3e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000421033  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3828  DNA repair protein RadC  48.65 
 
 
225 aa  222  3e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.760529  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3148  DNA repair protein RadC  51.15 
 
 
259 aa  221  8e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.886628  normal  0.925448 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0818  DNA repair protein RadC  49.31 
 
 
253 aa  221  8e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.84629 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4033  DNA repair protein RadC  56.05 
 
 
225 aa  220  9.999999999999999e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0326  DNA repair protein RadC  49.1 
 
 
225 aa  218  5e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0170314  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0192  DNA repair protein RadC  47.75 
 
 
224 aa  218  5e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000306509  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1733  DNA repair protein RadC  52.63 
 
 
239 aa  218  6e-56  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.112707  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5833  DNA repair protein RadC  52.58 
 
 
257 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.727825 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3837  DNA repair protein RadC  48.65 
 
 
225 aa  217  1e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00013144  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0056  DNA repair protein RadC  49.55 
 
 
225 aa  216  2e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.183755  normal  0.0623388 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0281  DNA repair protein RadC  52.02 
 
 
234 aa  215  5e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.257156  normal  0.0922067 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2597  DNA repair protein RadC  51.8 
 
 
224 aa  211  7e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000367988  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1789  DNA repair protein  48.2 
 
 
224 aa  211  9e-54  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.582251  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0376  DNA repair protein RadC  50 
 
 
225 aa  210  1e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000147811  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3773  DNA repair protein RadC  48.51 
 
 
237 aa  210  2e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2695  DNA repair protein RadC  55.91 
 
 
222 aa  209  3e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0402  DNA repair protein RadC  50 
 
 
225 aa  208  4e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000130829  hitchhiker  0.000000000166485 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0377  DNA repair protein RadC  50 
 
 
225 aa  208  4e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000108999  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0388  DNA repair protein RadC  50 
 
 
225 aa  208  4e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000131294  hitchhiker  0.0000732355 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0462  DNA repair protein RadC  50 
 
 
225 aa  207  7e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000108191  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1917  DNA repair protein RadC  47.98 
 
 
237 aa  207  1e-52  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3597  DNA repair protein RadC  50.45 
 
 
225 aa  207  1e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0215962  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2646  DNA repair protein RadC  53.08 
 
 
278 aa  206  2e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1020  DNA repair protein RadC  53.08 
 
 
278 aa  206  2e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.569834  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0794  DNA repair protein RadC  51.66 
 
 
256 aa  206  2e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.132133 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2526  DNA repair protein RadC  49.77 
 
 
257 aa  206  2e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2230  DNA repair protein RadC  53.08 
 
 
278 aa  206  2e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1139  DNA repair protein RadC  53.08 
 
 
278 aa  206  2e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.437404  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2099  DNA repair protein RadC  53.08 
 
 
278 aa  206  2e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.208076  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0984  DNA repair protein RadC  53.08 
 
 
278 aa  206  2e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.299924  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0979  DNA repair protein RadC  53.08 
 
 
278 aa  206  2e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1890  DNA repair protein RadC  49.77 
 
 
257 aa  206  2e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2501  DNA repair protein RadC  49.77 
 
 
257 aa  206  2e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.970207  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1904  DNA repair protein RadC  51.77 
 
 
226 aa  206  3e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000968261 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0359  DNA repair protein RadC  50.45 
 
 
225 aa  206  3e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.088498  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3770  DNA repair protein RadC  50.45 
 
 
225 aa  206  3e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.625851  normal  0.642753 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4248  DNA repair protein RadC  50 
 
 
225 aa  205  4e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0385  DNA repair protein RadC  48.2 
 
 
225 aa  205  4e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00103198  hitchhiker  0.000000153707 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0781  DNA repair protein RadC  53.08 
 
 
262 aa  204  1e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.527544  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4155  DNA repair protein RadC  46.33 
 
 
222 aa  202  2e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000385869  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0061  DNA repair protein RadC  46.33 
 
 
222 aa  202  2e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000000803057  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0055  DNA repair protein RadC  46.33 
 
 
222 aa  202  2e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00110117  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3960  DNA repair protein RadC  46.33 
 
 
221 aa  202  3e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0193359  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4842  DNA repair protein RadC  46.61 
 
 
227 aa  201  9e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000109613  hitchhiker  0.0000409278 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02919  DNA repair protein RadC  48.2 
 
 
225 aa  201  9.999999999999999e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3928  DNA repair protein RadC  46.45 
 
 
221 aa  199  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0713663  hitchhiker  0.00154722 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4561  DNA repair protein RadC  45.05 
 
 
225 aa  199  3e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000169917  hitchhiker  0.00000617306 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1834  DNA repair protein RadC  48.42 
 
 
227 aa  199  3e-50  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4116  DNA repair protein RadC  46.45 
 
 
221 aa  199  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00598559  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4055  DNA repair protein RadC  46.45 
 
 
221 aa  199  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.298214  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4009  DNA repair protein RadC  46.45 
 
 
221 aa  199  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.273398  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3946  DNA repair protein RadC  46.45 
 
 
221 aa  199  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0929037  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2119  DNA repair protein RadC  48.42 
 
 
227 aa  198  5e-50  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00049  DNA repair protein RadC  45.05 
 
 
225 aa  198  6e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00103184  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0695  DNA repair protein RadC  56.82 
 
 
222 aa  197  7e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.63774 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3847  DNA repair protein RadC  45.97 
 
 
222 aa  197  7e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  5.55148e-20  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>