More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2394 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2394  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  100 
 
 		 313 aa  620  1e-176  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0672231 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2660  periplasmic binding protein  77.81 
 
 		 318 aa  471  1e-132  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.166696  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2202  periplasmic binding protein  76.55 
 
 		 318 aa  469  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.134078  normal  0.0623252 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  67 
 
 		 300 aa  409  1e-113  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2207  periplasmic binding protein  65.44 
 
 		 303 aa  402  1e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00190614  normal  0.612299 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2782  periplasmic binding protein  67.73 
 
 		 300 aa  401  1e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.21111  normal  0.398408 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1001  periplasmic binding protein  65.16 
 
 		 300 aa  383  1e-105  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1839  periplasmic binding protein  65.25 
 
 		 305 aa  376  1e-103  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.052226  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2455  periplasmic binding protein  65.25 
 
 		 305 aa  376  1e-103  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2450  periplasmic binding protein  65.25 
 
 		 305 aa  376  1e-103  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.962038  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3496  ABC Fe3+-hydroxamate/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  65.6 
 
 		 303 aa  371  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.590547  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5781  ABC Fe3+siderophore/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  64.52 
 
 		 304 aa  367  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.403027 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0840  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  64.16 
 
 		 339 aa  363  2e-99  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.154461  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1632  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  62.77 
 
 		 310 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.41754  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0693  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  62.77 
 
 		 310 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.387352  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0844  periplasmic binding protein  64.75 
 
 		 305 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2967  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  62.77 
 
 		 310 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.956046  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2320  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  62.77 
 
 		 310 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169217  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1041  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  62.77 
 
 		 310 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.111406  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1196  putaive vitamin B12 transport protein  62.77 
 
 		 332 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1035  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  62.41 
 
 		 310 aa  355  6.999999999999999e-97  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.439367  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2366  periplasmic binding protein  63.97 
 
 		 308 aa  345  5e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2498  periplasmic binding protein  62.46 
 
 		 310 aa  345  7e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.904872  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1578  putative vitamin B12 transport protein  51.27 
 
 		 317 aa  276  3e-73  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  44.86 
 
 		 300 aa  268  8.999999999999999e-71  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3733  periplasmic binding protein  51.62 
 
 		 321 aa  267  2e-70  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0251  periplasmic binding protein  46.91 
 
 		 300 aa  264  1e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2820  periplasmic binding protein  47.33 
 
 		 311 aa  261  6.999999999999999e-69  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00857628  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0274  periplasmic binding protein  47.24 
 
 		 296 aa  260  2e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.880805  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3205  parallel beta-helix repeat-containing protein  45.15 
 
 		 309 aa  258  8e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1460  periplasmic binding protein  45.17 
 
 		 300 aa  255  6e-67  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.77673  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1923  periplasmic binding protein  44.95 
 
 		 284 aa  253  3e-66  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0090  periplasmic binding protein  41.97 
 
 		 331 aa  236  3e-61  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.479217  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  43.86 
 
 		 287 aa  219  7e-56  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.583002  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0962  periplasmic binding protein  38.91 
 
 		 285 aa  217  2e-55  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2869  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  39.45 
 
 		 275 aa  208  1e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1492  periplasmic binding protein  44.69 
 
 		 284 aa  204  2e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.285572  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0848  periplasmic binding protein  37.31 
 
 		 274 aa  200  3e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3709  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  37.93 
 
 		 254 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004473  vitamin B12 ABC transporter B12-binding component BtuF  37.79 
 
 		 274 aa  199  6e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4079  periplasmic binding protein  37.36 
 
 		 276 aa  199  6e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000203821  normal  0.165112 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3174  periplasmic binding protein  37.31 
 
 		 274 aa  199  7e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0895  periplasmic binding protein  37.74 
 
 		 288 aa  197  3e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3272  periplasmic binding protein  37.02 
 
 		 274 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3374  periplasmic binding protein  39.3 
 
 		 278 aa  195  1e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.610729  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1017  periplasmic binding protein  38.15 
 
 		 275 aa  194  2e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1959  hypothetical protein  36.43 
 
 		 276 aa  194  2e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3358  periplasmic binding protein  38.15 
 
 		 275 aa  193  4e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1005  periplasmic binding protein  37.78 
 
 		 275 aa  192  5e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2947  periplasmic binding protein  37.74 
 
 		 275 aa  192  8e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0983  periplasmic binding protein  38.15 
 
 		 275 aa  192  9e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2808  periplasmic binding protein  42.35 
 
 		 265 aa  187  1e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3729  periplasmic binding protein  35.66 
 
 		 294 aa  188  1e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.234745  normal  0.0538393 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0990  vitamin B12-transporter protein BtuF  39.38 
 
 		 280 aa  185  7e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.224128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3326  vitamin B12-transporter protein BtuF  39.38 
 
 		 280 aa  185  8e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3455  vitamin B12-transporter protein BtuF  39.38 
 
 		 280 aa  185  9e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00921  ABC-type Fe3+-siderophore transporter  34.35 
 
 		 275 aa  183  4.0000000000000006e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0719  periplasmic binding protein  36.05 
 
 		 274 aa  182  6e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2853  periplasmic binding protein  36.23 
 
 		 294 aa  179  4e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06810  Periplasmic binding protein  37.02 
 
 		 282 aa  179  5.999999999999999e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.251258  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1056  hypothetical protein  40.23 
 
 		 265 aa  178  9e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1133  periplasmic binding protein  35.16 
 
 		 349 aa  177  3e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11530  hypothetical protein  39.84 
 
 		 265 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2161  periplasmic binding protein  34.51 
 
 		 299 aa  168  9e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0786  vitamin B12-transporter protein BtuF  36.61 
 
 		 268 aa  167  2.9999999999999998e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.172682 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1039  periplasmic binding protein  41.25 
 
 		 272 aa  166  6.9999999999999995e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  34.64 
 
 		 309 aa  162  8.000000000000001e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  37.55 
 
 		 296 aa  157  2e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5009  periplasmic binding protein  38.15 
 
 		 266 aa  156  4e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.756494 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3846  periplasmic binding protein  36.22 
 
 		 264 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.907593  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1178  vitamin B12-transporter protein BtuF  35.38 
 
 		 275 aa  154  1e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01625  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  33.96 
 
 		 308 aa  153  2.9999999999999998e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3099  vitamin B12-transporter protein BtuF  35.18 
 
 		 276 aa  151  1e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0570  periplasmic binding protein  38.06 
 
 		 270 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  30.86 
 
 		 328 aa  151  1e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1163  putative vitamin B12 transport protein BtuF  28.73 
 
 		 294 aa  150  3e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.543729  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0524  periplasmic binding protein  35.86 
 
 		 270 aa  148  9e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0245  vitamin B12-transporter protein BtuF  35.74 
 
 		 266 aa  148  9e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.168683  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0229  vitamin B12-transporter protein BtuF  35.74 
 
 		 262 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0226  vitamin B12-transporter protein BtuF  35.74 
 
 		 262 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0243  vitamin B12-transporter protein BtuF  35.74 
 
 		 262 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0227  vitamin B12-transporter protein BtuF  35.74 
 
 		 262 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.482155  normal  0.717087 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  35.21 
 
 		 287 aa  146  5e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  32.97 
 
 		 351 aa  143  3e-33  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0606  periplasmic binding protein  36.11 
 
 		 303 aa  143  3e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00157  vitamin B12-transporter protein BtuF  35.04 
 
 		 266 aa  143  4e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.35571  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00156  hypothetical protein  35.04 
 
 		 266 aa  143  4e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.316454  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0168  vitamin B12-transporter protein BtuF  35.04 
 
 		 266 aa  143  4e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3444  periplasmic binding protein  35.04 
 
 		 266 aa  142  5e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0163  vitamin B12-transporter protein BtuF  35.04 
 
 		 266 aa  142  5e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0162  vitamin B12-transporter protein BtuF  35.04 
 
 		 266 aa  142  5e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3501  vitamin B12-transporter protein BtuF  35.04 
 
 		 266 aa  142  5e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0170  vitamin B12-transporter protein BtuF  35.04 
 
 		 266 aa  142  5e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0698  vitamin B12-transporter protein BtuF  33.59 
 
 		 265 aa  140  1.9999999999999998e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0577  periplasmic binding protein  35.46 
 
 		 270 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  31.43 
 
 		 337 aa  139  6e-32  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  31.88 
 
 		 341 aa  139  7e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  30.11 
 
 		 338 aa  138  1e-31  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  30.11 
 
 		 338 aa  138  1e-31  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  30.4 
 
 		 318 aa  138  1e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>