238 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2358 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009720  Xaut_0318  phosphoenolpyruvate carboxylase  53.64 
 
 
926 aa  896  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.56738  normal  0.211574 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1041  phosphoenolpyruvate carboxylase  58.93 
 
 
930 aa  1011  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2286  phosphoenolpyruvate carboxylase  66.36 
 
 
994 aa  1204  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2889  phosphoenolpyruvate carboxylase  59.71 
 
 
949 aa  1015  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.695135  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3091  phosphoenolpyruvate carboxylase  58.33 
 
 
982 aa  1061  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.723203  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2707  phosphoenolpyruvate carboxylase  46.6 
 
 
936 aa  733  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.136783 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2454  phosphoenolpyruvate carboxylase  47.79 
 
 
946 aa  761  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.302733  normal  0.778298 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2376  phosphoenolpyruvate carboxylase  59.6 
 
 
949 aa  1012  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2426  phosphoenolpyruvate carboxylase  65.96 
 
 
1009 aa  1187  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1373  phosphoenolpyruvate carboxylase  57.06 
 
 
947 aa  993  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.333226  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2469  phosphoenolpyruvate carboxylase  65.27 
 
 
998 aa  1184  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.792272  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2167  phosphoenolpyruvate carboxylase  90.12 
 
 
1002 aa  1801  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.524225  normal  0.617309 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2408  phosphoenolpyruvate carboxylase  47.79 
 
 
946 aa  761  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1814  phosphoenolpyruvate carboxylase  65.96 
 
 
994 aa  1186  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.594671  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3081  phosphoenolpyruvate carboxylase  47.52 
 
 
889 aa  721  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.134099  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2000  phosphoenolpyruvate carboxylase  58.93 
 
 
951 aa  1044  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.277994  decreased coverage  0.000144828 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2750  phosphoenolpyruvate carboxylase  76.84 
 
 
1009 aa  1402  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.251385  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2691  phosphoenolpyruvate carboxylase  54.92 
 
 
929 aa  934  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3003  phosphoenolpyruvate carboxylase  61.05 
 
 
934 aa  1031  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.371181  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2999  phosphoenolpyruvate carboxylase  66.36 
 
 
994 aa  1204  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1819  Phosphoenolpyruvate carboxylase  56.14 
 
 
923 aa  952  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.218615 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2233  phosphoenolpyruvate carboxylase  59.16 
 
 
949 aa  1041  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.380618  normal  0.0228414 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0868  phosphoenolpyruvate carboxylase  66.63 
 
 
1004 aa  1209  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2430  phosphoenolpyruvate carboxylase  66.06 
 
 
1009 aa  1193  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.76585  normal  0.238617 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0763  phosphoenolpyruvate carboxylase  59.11 
 
 
950 aa  1063  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.09332e-07 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3135  phosphoenolpyruvate carboxylase  46.28 
 
 
929 aa  736  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.365231  normal  0.570221 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2928  phosphoenolpyruvate carboxylase  53.59 
 
 
928 aa  902  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.410794  normal  0.863251 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0138  phosphoenolpyruvate carboxylase  56.72 
 
 
932 aa  938  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.497432 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2180  phosphoenolpyruvate carboxylase  67.83 
 
 
1030 aa  1201  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.235371  hitchhiker  0.000906218 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1068  phosphoenolpyruvate carboxylase  65.83 
 
 
1075 aa  1209  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1972  phosphoenolpyruvate carboxylase  53.22 
 
 
936 aa  914  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3706  phosphoenolpyruvate carboxylase  45.69 
 
 
937 aa  724  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.625576  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1436  phosphoenolpyruvate carboxylase  60.11 
 
 
920 aa  1009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2572  phosphoenolpyruvate carboxylase  90.22 
 
 
1001 aa  1791  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.374778 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1599  phosphoenolpyruvate carboxylase  66.36 
 
 
994 aa  1204  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.737727  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2448  phosphoenolpyruvate carboxylase  47.79 
 
 
946 aa  761  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1075  phosphoenolpyruvate carboxylase  66.36 
 
 
1024 aa  1204  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1069  phosphoenolpyruvate carboxylase  66.26 
 
 
994 aa  1201  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.954175  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1876  phosphoenolpyruvate carboxylase  52.36 
 
 
933 aa  887  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.209652 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2691  phosphoenolpyruvate carboxylase  56.79 
 
 
937 aa  961  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0841  Phosphoenolpyruvate carboxylase  49.79 
 
 
939 aa  713  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1759  phosphoenolpyruvate carboxylase  56.78 
 
 
918 aa  935  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2335  phosphoenolpyruvate carboxylase  65.47 
 
 
998 aa  1187  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.361608 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0699  phosphoenolpyruvate carboxylase  71.33 
 
 
1006 aa  1374  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2278  phosphoenolpyruvate carboxylase  54.92 
 
 
928 aa  925  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.307465  normal  0.35007 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1228  phosphoenolpyruvate carboxylase  66.26 
 
 
1085 aa  1201  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.774396  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0871  phosphoenolpyruvate carboxylase  66.16 
 
 
1088 aa  1207  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0707  Phosphoenolpyruvate carboxylase  41.75 
 
 
884 aa  660  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0729  phosphoenolpyruvate carboxylase  66.36 
 
 
994 aa  1204  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3592  phosphoenolpyruvate carboxylase  53.28 
 
 
933 aa  910  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.795293 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2536  Phosphoenolpyruvate carboxylase  46.62 
 
 
921 aa  737  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0366441  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3412  phosphoenolpyruvate carboxylase  67.29 
 
 
994 aa  1201  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2358  phosphoenolpyruvate carboxylase  100 
 
 
985 aa  1991  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0606223  normal  0.223721 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3665  phosphoenolpyruvate carboxylase  58.95 
 
 
970 aa  1037  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1684  phosphoenolpyruvate carboxylase  53.73 
 
 
929 aa  910  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.56004  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0759  phosphoenolpyruvate carboxylase  38.03 
 
 
931 aa  639  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2367  Phosphoenolpyruvate carboxylase  46.58 
 
 
945 aa  751  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1714  phosphoenolpyruvate carboxylase  57.73 
 
 
957 aa  1018  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.686661  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5753  phosphoenolpyruvate carboxylase  67.9 
 
 
1008 aa  1186  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.61686  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0760  phosphoenolpyruvate carboxylase  38.23 
 
 
940 aa  610  1e-173  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1084  phosphoenolpyruvate carboxylase  38.49 
 
 
929 aa  606  1e-172  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1759  phosphoenolpyruvate carboxylase  42.47 
 
 
905 aa  602  1e-170  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0399  Phosphoenolpyruvate carboxylase  40.29 
 
 
933 aa  598  1e-169  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.917347  normal  0.991386 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4237  phosphoenolpyruvate carboxylase  40.27 
 
 
929 aa  598  1e-169  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.582668  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2136  Phosphoenolpyruvate carboxylase  39.68 
 
 
906 aa  594  1e-168  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0875  Phosphoenolpyruvate carboxylase  39.49 
 
 
947 aa  582  1e-165  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.127499  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1883  phosphoenolpyruvate carboxylase  38.34 
 
 
929 aa  572  1e-161  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0308  Phosphoenolpyruvate carboxylase  38.2 
 
 
931 aa  571  1e-161  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1558  Phosphoenolpyruvate carboxylase  38.34 
 
 
929 aa  572  1e-161  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0614036  unclonable  1.74255e-10 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2753  phosphoenolpyruvate carboxylase  38.4 
 
 
952 aa  566  1e-160  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0770  phosphoenolpyruvate carboxylase  37.13 
 
 
957 aa  569  1e-160  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.815806  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0304  phosphoenolpyruvate carboxylase  40.17 
 
 
931 aa  563  1e-159  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1521  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.05 
 
 
929 aa  560  1e-158  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0630  phosphoenolpyruvate carboxylase  37.5 
 
 
939 aa  552  1e-156  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0739788  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0561  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.8 
 
 
932 aa  553  1e-156  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00597332 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0998  Phosphoenolpyruvate carboxylase  35.89 
 
 
938 aa  552  1e-155  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2377  phosphoenolpyruvate carboxylase  37.84 
 
 
938 aa  545  1e-153  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.439412 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2121  Phosphoenolpyruvate carboxylase  37.55 
 
 
946 aa  544  1e-153  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.180736 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1822  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.19 
 
 
926 aa  526  1e-148  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.389962  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1138  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.53 
 
 
926 aa  522  1e-146  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.118011  normal  0.338902 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4721  Phosphoenolpyruvate carboxylase  36.84 
 
 
896 aa  507  1e-142  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1468  Phosphoenolpyruvate carboxylase  35.59 
 
 
898 aa  505  1e-141  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3689  phosphoenolpyruvate carboxylase  36.35 
 
 
900 aa  503  1e-141  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1661  Phosphoenolpyruvate carboxylase  37.67 
 
 
938 aa  503  1e-141  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0396  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.99 
 
 
997 aa  499  1e-140  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.411219  normal  0.654727 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4447  Phosphoenolpyruvate carboxylase  37.96 
 
 
945 aa  500  1e-140  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0883  phosphoenolpyruvate carboxylase  38.01 
 
 
972 aa  497  1e-139  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.3209  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0828  phosphoenolpyruvate carboxylase  38.16 
 
 
928 aa  496  1e-139  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.891362  normal  0.27066 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1933  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.75 
 
 
995 aa  498  1e-139  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0472  Phosphoenolpyruvate carboxylase  36.56 
 
 
898 aa  495  1e-138  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2291  phosphoenolpyruvate carboxylase  38.68 
 
 
883 aa  493  1e-137  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20211  phosphoenolpyruvate carboxylase  37.49 
 
 
994 aa  491  1e-137  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1147  phosphoenolpyruvate carboxylase  37.49 
 
 
994 aa  491  1e-137  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2220  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.06 
 
 
1018 aa  493  1e-137  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0767995 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4375  Phosphoenolpyruvate carboxylase  36.19 
 
 
896 aa  491  1e-137  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0553395  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07300  Phosphoenolpyruvate carboxylase  36.1 
 
 
942 aa  488  1e-136  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04694  phosphoenolpyruvate carboxylase  36.39 
 
 
896 aa  486  1e-136  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.510612  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0614  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.58 
 
 
954 aa  485  1e-135  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2494  Phosphoenolpyruvate carboxylase  36.85 
 
 
897 aa  484  1e-135  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_22741  phosphoenolpyruvate carboxylase  38.62 
 
 
1002 aa  486  1e-135  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.114136 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>