More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2321 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc2321  dehydrogenase/reductase oxidoreductase protein  100 
 
 
275 aa  562  1.0000000000000001e-159  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.195083 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6118  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  86.18 
 
 
275 aa  488  1e-137  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.304156  normal  0.200034 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.15 
 
 
260 aa  244  1.9999999999999999e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.756544 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6469  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.58 
 
 
263 aa  234  1.0000000000000001e-60  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0477636 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.47 
 
 
261 aa  232  6e-60  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000076045 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1795  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.53 
 
 
264 aa  229  3e-59  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.711928  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.08 
 
 
261 aa  229  4e-59  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0351  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.25 
 
 
291 aa  227  1e-58  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1836  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.27 
 
 
260 aa  221  8e-57  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.69 
 
 
257 aa  216  4e-55  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000620196  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1011  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.03 
 
 
258 aa  211  9e-54  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.968961  hitchhiker  0.00922057 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.47 
 
 
264 aa  209  3e-53  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1889  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.08 
 
 
264 aa  204  1e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0188274  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0188  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.3 
 
 
262 aa  203  2e-51  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.3 
 
 
262 aa  203  2e-51  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3538  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.74 
 
 
259 aa  202  6e-51  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0177311  normal  0.151964 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0177  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.91 
 
 
262 aa  202  6e-51  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.721122 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.15 
 
 
269 aa  201  7e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.377978 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.45 
 
 
271 aa  198  7e-50  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.708878  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.91 
 
 
271 aa  191  8e-48  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.61951 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3938  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.13 
 
 
262 aa  186  4e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.93 
 
 
273 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.127379  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1809  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.56 
 
 
263 aa  183  3e-45  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18580  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  41.02 
 
 
258 aa  176  3e-43  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.489964  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08440  putative short chain alcohol dehydrogenase  41.41 
 
 
266 aa  176  3e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000229698 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4109  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.7 
 
 
269 aa  176  4e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00421935 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11577  ketoacyl reductase  46.12 
 
 
267 aa  174  9.999999999999999e-43  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0799  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.92 
 
 
266 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.22 
 
 
264 aa  170  2e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000179752 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.24 
 
 
286 aa  169  6e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00749167  decreased coverage  0.00042824 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2906  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.6 
 
 
257 aa  168  9e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2585  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38 
 
 
257 aa  168  1e-40  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4202  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.07 
 
 
344 aa  165  5.9999999999999996e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0350  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  41.3 
 
 
259 aa  165  6.9999999999999995e-40  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000771311  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3911  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 
267 aa  164  2.0000000000000002e-39  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.322734  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.34 
 
 
263 aa  162  6e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.19807  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05256  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.16 
 
 
259 aa  161  1e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3974  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 
264 aa  160  2e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.036497  normal  0.609933 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1572  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 
263 aa  160  2e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.577459 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3113  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.68 
 
 
262 aa  160  2e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.999856 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 
272 aa  160  3e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.605078  normal  0.514892 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5106  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 
262 aa  159  4e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.311622  normal  0.753041 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1969  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.27 
 
 
260 aa  158  7e-38  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0041  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.22 
 
 
257 aa  156  3e-37  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1611  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.74 
 
 
262 aa  156  3e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0497  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.29 
 
 
360 aa  155  7e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0601  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  36.58 
 
 
258 aa  155  1e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.1 
 
 
259 aa  154  1e-36  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.996462  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01284  dehydrogenase  38.89 
 
 
266 aa  153  2.9999999999999998e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1096  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.77 
 
 
256 aa  153  2.9999999999999998e-36  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3579  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.95 
 
 
258 aa  152  5.9999999999999996e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.392131  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2692  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.34 
 
 
267 aa  151  1e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000430049  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6133  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.98 
 
 
263 aa  151  1e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4572  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
258 aa  150  2e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.25 
 
 
266 aa  150  2e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5008  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.72 
 
 
298 aa  149  5e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0468951  hitchhiker  0.00252787 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0523  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.04 
 
 
255 aa  147  2.0000000000000003e-34  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.66 
 
 
255 aa  147  2.0000000000000003e-34  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000634692  hitchhiker  0.00117931 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4085  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 
267 aa  147  3e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4161  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 
267 aa  147  3e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.209625  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
267 aa  146  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.294207 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3621  short-chain dehydrogenase  38.42 
 
 
258 aa  145  5e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.58 
 
 
292 aa  145  7.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.858349  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1382  hypothetical protein  34.62 
 
 
259 aa  144  1e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1378  hypothetical protein  34.75 
 
 
259 aa  145  1e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4423  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38 
 
 
276 aa  144  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.235547  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.49 
 
 
260 aa  144  1e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0516  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
263 aa  144  2e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2686  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 
258 aa  143  4e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00673203  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4770  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.85 
 
 
266 aa  142  4e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.228735 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3249  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
258 aa  142  6e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.559348 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1006  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.9 
 
 
257 aa  142  7e-33  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3794  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.54 
 
 
262 aa  142  9e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3329  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.51 
 
 
256 aa  141  9.999999999999999e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.227726  hitchhiker  0.00265893 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.42 
 
 
261 aa  141  9.999999999999999e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000113464  decreased coverage  0.000120518 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2063  short-chain dehydrogenase  34.5 
 
 
261 aa  141  9.999999999999999e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0247773  normal  0.17766 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3131  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.94 
 
 
258 aa  140  3e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.859893  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2064  oxidoreductase ( short-chain dehydrogenase)  35.91 
 
 
264 aa  140  3e-32  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.694867  normal  0.0846624 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3912  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 
266 aa  139  3.9999999999999997e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3990  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.19 
 
 
266 aa  139  4.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2864  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.24 
 
 
289 aa  137  1e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.327148 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0423  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.27 
 
 
259 aa  137  1e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.83571  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2122  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.37 
 
 
249 aa  135  5e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.617745 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2681  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.76 
 
 
261 aa  135  8e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1269  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.9 
 
 
294 aa  135  8e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.618635  normal  0.87927 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6941  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.43 
 
 
259 aa  134  9.999999999999999e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5163  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.82 
 
 
258 aa  134  9.999999999999999e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8914  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.21 
 
 
255 aa  134  9.999999999999999e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.505504 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2195  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 
250 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.92313 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.17 
 
 
265 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.162957 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6207  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.23 
 
 
277 aa  134  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2814  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.74 
 
 
260 aa  133  3e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.563613  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0189  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.37 
 
 
267 aa  133  3e-30  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000709968  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1833  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
252 aa  133  3.9999999999999996e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.092001  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4948  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 
253 aa  133  3.9999999999999996e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.623441 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.41 
 
 
259 aa  133  3.9999999999999996e-30  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.82399  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0666  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.89 
 
 
343 aa  133  3.9999999999999996e-30  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.019294  hitchhiker  0.000464867 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0353  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30.36 
 
 
265 aa  132  5e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.45647  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2448  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.63 
 
 
257 aa  132  6e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38500  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  37.35 
 
 
253 aa  132  6.999999999999999e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>