188 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2148 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2148  LysM domain/BON superfamily protein  100 
 
 		 160 aa  327  3e-89  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00099645  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1944  LysM domain/BON superfamily protein  76.88 
 
 		 161 aa  241  3e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.123188  normal  0.0308749 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2267  LysM domain/BON superfamily protein  76.25 
 
 		 161 aa  239  1e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0461572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0917  LysM domain/BON superfamily protein  65.24 
 
 		 166 aa  206  7e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1297  transport-associated protein  61.11 
 
 		 156 aa  199  9.999999999999999e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.451371  normal  0.073309 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0952  LysM domain/BON superfamily protein  61.59 
 
 		 167 aa  193  9e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.954636  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0533  peptidoglycan-binding LysM  60.49 
 
 		 162 aa  191  4e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.235675  normal  0.091629 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0549  Peptidoglycan-binding LysM  59.26 
 
 		 162 aa  187  4e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0662  putative cell wall turnover protein  53.66 
 
 		 185 aa  170  7.999999999999999e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02210  hypothetical protein  53.37 
 
 		 166 aa  170  1e-41  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4170  peptidoglycan-binding LysM  55.83 
 
 		 163 aa  169  1e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.301843  normal  0.177746 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1755  peptidoglycan-binding LysM  52.44 
 
 		 195 aa  160  6e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.273127 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0453  LysM domain/BON superfamily protein  55.62 
 
 		 158 aa  158  2e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5181  LysM domain/BON superfamily protein  53.37 
 
 		 156 aa  150  5e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.556952  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6198  LysM domain/BON superfamily protein  52.76 
 
 		 156 aa  150  1e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0206564  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1881  LysM domain/BON superfamily protein  52.76 
 
 		 156 aa  150  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.168616  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1904  LysM domain/BON superfamily protein  52.15 
 
 		 156 aa  148  4e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000169778 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0302  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  47.47 
 
 		 155 aa  146  1.0000000000000001e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1818  LysM domain/BON superfamily protein  52.44 
 
 		 156 aa  144  4.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1393  LysM domain/BON superfamily protein  50.92 
 
 		 156 aa  144  4.0000000000000006e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2667  LysM domain/BON superfamily protein  49.38 
 
 		 158 aa  144  5e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000146101  normal  0.333538 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1790  LysM domain/BON superfamily protein  52.44 
 
 		 156 aa  144  7.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68400  LysM domain/BON superfamily protein  46.84 
 
 		 145 aa  141  4e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00863438  normal  0.536726 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5918  LysM domain/BON superfamily protein  46.84 
 
 		 145 aa  141  4e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4948  Peptidoglycan-binding LysM  51.85 
 
 		 153 aa  140  8e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5404  LysM domain protein  46.54 
 
 		 146 aa  139  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4943  LysM domain/BON superfamily protein  47.17 
 
 		 146 aa  138  3e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2992  LysM domain/BON superfamily protein  45.28 
 
 		 149 aa  136  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.021376 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2975  LysM domain/BON superfamily protein  45.28 
 
 		 149 aa  136  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.870465  normal  0.0673181 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2940  LysM domain/BON superfamily protein  45.28 
 
 		 149 aa  136  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.137331 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2908  LysM domain/BON superfamily protein  45.28 
 
 		 149 aa  136  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3097  LysM domain/BON superfamily protein  45.28 
 
 		 149 aa  136  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.507543  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02521  hypothetical protein  43.4 
 
 		 149 aa  133  9e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2945  LysM domain/BON superfamily protein  43.4 
 
 		 149 aa  133  9e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02485  hypothetical protein  43.4 
 
 		 149 aa  133  9e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3907  LysM domain/BON superfamily protein  43.4 
 
 		 149 aa  133  9e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.979345  normal  0.391605 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2800  LysM domain/BON superfamily protein  43.4 
 
 		 149 aa  133  9e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3216  LysM domain/BON superfamily protein  43.4 
 
 		 149 aa  133  9e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1018  Peptidoglycan-binding LysM  43.4 
 
 		 149 aa  132  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2785  LysM domain/BON superfamily protein  43.4 
 
 		 149 aa  132  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.267708 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1041  LysM domain/BON superfamily protein  43.4 
 
 		 149 aa  132  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2836  LysM domain/BON superfamily protein  45.28 
 
 		 148 aa  131  3e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00380861 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0459  LysM domain/BON superfamily protein  44.58 
 
 		 168 aa  131  5e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2004  LysM domain/BON superfamily protein  45.68 
 
 		 161 aa  130  6e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0518  LysM domain/BON superfamily protein  42.51 
 
 		 168 aa  130  1.0000000000000001e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000100124  decreased coverage  0.00200043 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0523  LysM domain/BON superfamily protein  41.92 
 
 		 168 aa  129  2.0000000000000002e-29  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000072506  hitchhiker  0.00844539 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0258  LysM domain/BON superfamily protein  43.4 
 
 		 146 aa  127  6e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0155386 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0273  LysM domain/BON superfamily protein  43.4 
 
 		 146 aa  127  6e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0283  LysM domain/BON superfamily protein  42.77 
 
 		 146 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4952  LysM domain/BON superfamily protein  42.77 
 
 		 150 aa  124  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.182933  hitchhiker  0.0000184292 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2006  Peptidoglycan-binding LysM  45.62 
 
 		 154 aa  124  8.000000000000001e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.899391  normal  0.48043 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0282  LysM domain/BON superfamily protein  43.4 
 
 		 146 aa  123  9e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.301772 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2427  LysM domain/BON superfamily protein  45 
 
 		 156 aa  110  7.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2264  LysM domain/BON superfamily protein  45 
 
 		 156 aa  110  7.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.189234  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2304  LysM domain/BON superfamily protein  45 
 
 		 156 aa  110  7.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2167  LysM domain/BON superfamily protein  44.38 
 
 		 156 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.420767  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2044  LysM domain/BON superfamily protein  40.12 
 
 		 143 aa  104  6e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3255  LysM domain/BON superfamily protein  37.13 
 
 		 157 aa  98.2  4e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2489  peptidoglycan-binding LysM  35.2 
 
 		 219 aa  67.8  0.00000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3686  Peptidoglycan-binding LysM  53.06 
 
 		 97 aa  61.6  0.000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4237  peptidoglycan-binding LysM  43.64 
 
 		 1910 aa  61.2  0.000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.618664  normal  0.182755 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2273  Peptidoglycan-binding LysM  52.94 
 
 		 546 aa  58.5  0.00000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000673972  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1358  peptidoglycan-binding LysM  29.11 
 
 		 230 aa  58.2  0.00000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000598649  hitchhiker  5.9516e-20 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0262  Peptidoglycan-binding LysM  27.63 
 
 		 318 aa  57.4  0.00000007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2195  peptidoglycan-binding LysM  46.15 
 
 		 238 aa  57.4  0.00000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000396131  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0490  peptidoglycan-binding LysM  53.06 
 
 		 291 aa  57  0.0000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000000860962  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0233  peptidoglycan-binding LysM  32.2 
 
 		 242 aa  56.6  0.0000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5282  Peptidoglycan-binding LysM  42.59 
 
 		 552 aa  55.5  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.772795 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0285  peptidoglycan-binding LysM  42.86 
 
 		 1095 aa  55.5  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4742  peptidoglycan-binding LysM  42.59 
 
 		 511 aa  55.5  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5209  Peptidoglycan-binding LysM  42.59 
 
 		 511 aa  55.8  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.263437 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2328  peptidoglycan-binding LysM  42.86 
 
 		 234 aa  55.1  0.0000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000346433  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1464  LysM domain-containing protein  47.06 
 
 		 229 aa  54.3  0.0000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.026138  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2152  Peptidoglycan-binding LysM  52.08 
 
 		 334 aa  53.9  0.0000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1548  peptidoglycan-binding LysM  51.06 
 
 		 1051 aa  53.9  0.0000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.637066  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4527  peptidoglycan-binding LysM  32.73 
 
 		 123 aa  53.9  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.292703  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0939  peptidoglycan-binding LysM  47.92 
 
 		 309 aa  52.8  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.013426  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0461  peptidoglycan-binding LysM  47.92 
 
 		 439 aa  52  0.000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.520913  normal  0.0203741 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2795  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  49.15 
 
 		 233 aa  51.6  0.000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.683971  normal  0.0904413 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4963  peptidoglycan-binding LysM  43.1 
 
 		 380 aa  51.2  0.000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.867782  normal  0.121696 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0473  peptidoglycan-binding LysM  48.98 
 
 		 234 aa  51.2  0.000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4808  Peptidoglycan-binding LysM  51.02 
 
 		 235 aa  51.2  0.000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0991  peptidoglycan-binding LysM  42.86 
 
 		 339 aa  50.8  0.000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0156975  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1623  Peptidoglycan-binding LysM  41.18 
 
 		 232 aa  50.8  0.000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000375126  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11314  hypothetical protein  30.19 
 
 		 456 aa  51.2  0.000007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4719  peptidoglycan-binding LysM  44.23 
 
 		 1079 aa  50.8  0.000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0537  peptidoglycan-binding LysM  44.9 
 
 		 394 aa  50.1  0.00001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000201658  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2166  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  29.27 
 
 		 954 aa  50.4  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.16902  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0072  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  40.82 
 
 		 334 aa  50.1  0.00001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.859252  normal  0.733338 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0033  LysM domain-containing protein  29.76 
 
 		 378 aa  49.3  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1112  peptidoglycan-binding LysM  42 
 
 		 322 aa  49.7  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2328  Transglycosylase domain protein  48.98 
 
 		 256 aa  49.3  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00483486  hitchhiker  0.000113604 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1636  Peptidoglycan-binding LysM  45.83 
 
 		 451 aa  49.7  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3586  peptidoglycan-binding LysM  41.67 
 
 		 352 aa  48.1  0.00004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0589826  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0025  peptidoglycan-binding LysM  30.95 
 
 		 374 aa  48.5  0.00004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0409  LysM domain-containing protein  38.33 
 
 		 333 aa  48.1  0.00005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000322112  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0032  peptidoglycan-binding LysM  32.5 
 
 		 362 aa  48.1  0.00005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2902  Peptidoglycan-binding LysM  41.18 
 
 		 230 aa  48.1  0.00005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000393442  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3954  hypothetical protein  38.18 
 
 		 405 aa  48.1  0.00005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10149  normal  0.332371 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2497  Curculin domain protein (mannose-binding) lectin  46.94 
 
 		 190 aa  48.1  0.00005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>