More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2136 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2136  porin signal peptide protein  100 
 
 		 352 aa  707    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.101357  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2271  porin  63.55 
 
 		 355 aa  420  1e-116  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0154536  hitchhiker  0.000000413543 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2999  porin Gram-negative type  56.07 
 
 		 354 aa  364  1e-99  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.959541  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2589  porin Gram-negative type  57.06 
 
 		 358 aa  363  2e-99  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2314  porin  54.08 
 
 		 350 aa  334  2e-90  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.224998 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2760  putative porin signal peptide protein  53.45 
 
 		 353 aa  325  7e-88  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.102409  normal  0.556039 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1236  outer membrane porin lipoprotein transmembrane  44.85 
 
 		 369 aa  255  7e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1174  porin  42.02 
 
 		 363 aa  248  1e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2592  outer membrane porin protein  40 
 
 		 371 aa  239  5e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1352  outer membrane porin  40 
 
 		 371 aa  239  5e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0561388  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1437  outer membrane porin  40 
 
 		 371 aa  239  5e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.817141  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1412  porin  40.27 
 
 		 371 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.170387  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1242  putative outer membrane porin  40 
 
 		 371 aa  239  6.999999999999999e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0486  putative outer membrane porin  40 
 
 		 371 aa  239  6.999999999999999e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.278408  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1086  putative outer membrane porin  40 
 
 		 371 aa  239  6.999999999999999e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0213  putative outer membrane porin  40 
 
 		 371 aa  239  6.999999999999999e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5754  porin  40.86 
 
 		 368 aa  239  8e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.363123  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4550  porin  40.86 
 
 		 368 aa  239  8e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.537681 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1296  outer membrane protein (porin)  40.57 
 
 		 368 aa  238  1e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.066565  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3975  porin  40.57 
 
 		 369 aa  238  1e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0863036  normal  0.0262262 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4439  porin  40.57 
 
 		 369 aa  238  2e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.989602  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2933  porin  42.01 
 
 		 365 aa  236  6e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.435653 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4097  porin  40.29 
 
 		 367 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.334732  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3818  porin  41.03 
 
 		 369 aa  229  6e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2167  OmpC family outer membrane porin  40.9 
 
 		 369 aa  226  4e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000159789  hitchhiker  0.00000436019 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0843  OmpC family outer membrane porin  39.57 
 
 		 375 aa  226  6e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0712597 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3611  porin  38.5 
 
 		 370 aa  225  7e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5307  porin Gram-negative type  38.29 
 
 		 361 aa  226  7e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6806  OmpC family outer membrane porin  39.37 
 
 		 383 aa  222  6e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1091  putative outer membrane porin  40.32 
 
 		 363 aa  222  8e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.432467  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1583  putative outer membrane porin  40.43 
 
 		 362 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0360665  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3014  putative outer membrane porin  40.43 
 
 		 362 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000144829  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0743  outer membrane porin, putative  40.43 
 
 		 362 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000425296  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1244  porin  40.43 
 
 		 362 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.289233  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2270  putative outer membrane porin  40.43 
 
 		 362 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1086  putative outer membrane porin  40.43 
 
 		 362 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.420468  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5737  outer membrane protein (porin)-like  39.37 
 
 		 359 aa  220  3e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0160198  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0880  outer membrane protein (porin)-like protein  40.11 
 
 		 360 aa  220  3e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1798  outer membrane protein (porin)-like  39.66 
 
 		 359 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.660059  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0884  porin  40.16 
 
 		 362 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.273334  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2410  outer membrane protein (porin)-like protein  39.66 
 
 		 359 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.08631  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2414  outer membrane protein (porin)-like protein  39.66 
 
 		 358 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.200003  decreased coverage  0.00381795 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2455  outer membrane protein (porin)-like protein  39.26 
 
 		 361 aa  217  2e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00019464  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2320  outer membrane protein (porin)-like protein  39.26 
 
 		 360 aa  216  4e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0798185  normal  0.76892 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3132  porin  34.46 
 
 		 376 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.011649  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1119  outer membrane porin, OmpC family  39.4 
 
 		 383 aa  199  6e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.561071  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3394  OmpC family outer membrane porin  40 
 
 		 383 aa  192  6e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.126338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1313  OmpC family outer membrane porin  34.1 
 
 		 399 aa  178  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0122268  normal  0.936999 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6941  outer membrane protein (porin)  37.29 
 
 		 373 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  unclonable  0.00000000000310318  normal  0.643054 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7242  outer membrane protein (porin)  34.73 
 
 		 372 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.264722  normal  0.33817 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6127  porin  32.97 
 
 		 355 aa  144  2e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000616948  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  35.03 
 
 		 355 aa  142  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  35.03 
 
 		 355 aa  142  9.999999999999999e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4787  porin  33.15 
 
 		 357 aa  130  3e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0681178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1639  porin  35.38 
 
 		 367 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0946277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  33.33 
 
 		 355 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6332  porin  33.87 
 
 		 365 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00191281  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2100  porin  34.57 
 
 		 367 aa  125  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4962  porin Gram-negative type  32.65 
 
 		 354 aa  124  3e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0589815  normal  0.0680007 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2783  porin Gram-negative type  32.65 
 
 		 354 aa  124  3e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0106499  normal  0.0987784 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  32.11 
 
 		 358 aa  123  6e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0947  outer membrane porin  34.24 
 
 		 363 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.651765  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1131  porin  34.24 
 
 		 363 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0109  putative outer membrane porin  34.24 
 
 		 363 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  32.04 
 
 		 352 aa  122  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1505  putative outer membrane porin  34.24 
 
 		 363 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0794813  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1728  porin  33.24 
 
 		 363 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1032  outer membrane porin  34.24 
 
 		 363 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3704  outer membrane porin  33.33 
 
 		 363 aa  121  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0181941 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2273  outer membrane porin protein  34.24 
 
 		 449 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1084  porin transmembrane protein  32.39 
 
 		 364 aa  120  3e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00229533  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02059  porin signal peptide protein  33.43 
 
 		 347 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000217082  normal  0.648974 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4344  porin  32.9 
 
 		 371 aa  119  6e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4768  porin  30.29 
 
 		 384 aa  119  7e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4363  porin  33.33 
 
 		 392 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.357316  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5311  porin  30.11 
 
 		 386 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1628  porin  31.42 
 
 		 354 aa  117  3.9999999999999997e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2863  porin Gram-negative type  34.35 
 
 		 374 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.180964 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1770  outer membrane protein (porin)  34.38 
 
 		 363 aa  116  5e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.170315  normal  0.0138453 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3115  outer membrane protein (porin)  33.78 
 
 		 374 aa  116  5e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5137  porin  33.94 
 
 		 368 aa  116  6.9999999999999995e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3663  porin  34.3 
 
 		 363 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.107889  normal  0.482694 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3210  porin Gram-negative type  32.31 
 
 		 368 aa  116  6.9999999999999995e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5230  outer membrane protein, (porin)  31.69 
 
 		 348 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.430005 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3276  porin  33.62 
 
 		 363 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0390165  normal  0.139851 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4241  porin  33.62 
 
 		 363 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0294588  normal  0.0402554 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0218  OmpC family outer membrane porin  31.72 
 
 		 392 aa  114  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000219093  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4125  porin  33.62 
 
 		 363 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0517462  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3938  porin  32.29 
 
 		 363 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3097  porin  32.79 
 
 		 402 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6406  porin Gram-negative type  31.63 
 
 		 381 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2059  porin Gram-negative type  33.33 
 
 		 351 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.806422 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4230  outer membrane porin  32.96 
 
 		 379 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000540205  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5999  porin  30.17 
 
 		 352 aa  110  3e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.565883  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3091  outer membrane porin signal peptide protein  31.78 
 
 		 376 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314497  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4265  porin Gram-negative type  31.86 
 
 		 348 aa  110  5e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.505475 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4137  porin  33.88 
 
 		 363 aa  110  5e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0387994  normal  0.314302 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5510  porin  31.53 
 
 		 372 aa  109  8.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.913776  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5115  porin Gram-negative type  31.23 
 
 		 335 aa  109  8.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0274682 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6772  porin Gram-negative type  32.1 
 
 		 377 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00264492  normal  0.103826 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>