More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1975 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc1975  putative transmembrane permease ABC transporter protein  100 
 
 
274 aa  542  1e-153  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0858668  normal  0.303514 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2129  ABC-2 type transporter, NodJ family  89.38 
 
 
273 aa  439  9.999999999999999e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.164134  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1805  ABC-2 type transporter, NodJ family  91.24 
 
 
273 aa  422  1e-117  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2458  ABC transporter  74.81 
 
 
285 aa  366  1e-100  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00504776  normal  0.235465 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2296  ABC-2 type transporter, NodJ  76.98 
 
 
289 aa  358  4e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1767  ABC-2 type transporter, NodJ family  70.3 
 
 
275 aa  349  2e-95  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2476  ligolipopolysacharide ABC exporter inner membrane subunit NodJ family protein  70.87 
 
 
275 aa  342  2.9999999999999997e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.631988  normal  0.99645 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1635  ABC transporter  70.87 
 
 
275 aa  338  8e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.87707  normal  0.731172 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2486  ABC transporter, permease NodJ  67.32 
 
 
278 aa  333  3e-90  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0681495  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1491  ABC transporter  65.31 
 
 
277 aa  330  2e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.898445  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1511  ABC transporter  65.79 
 
 
277 aa  328  5.0000000000000004e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0121444  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0361  ABC transporter, permease NodJ  63.81 
 
 
278 aa  328  6e-89  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.185962  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1219  ABC transporter, permease NodJ  63.81 
 
 
278 aa  328  6e-89  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.65632  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2007  ABC transporter, permease NodJ  63.81 
 
 
278 aa  328  6e-89  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1839  nodulation ABC transporter NodJ  63.81 
 
 
278 aa  328  6e-89  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1853  nodulation ABC transporter NodJ  63.81 
 
 
278 aa  328  6e-89  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0800  ABC transporter, permease NodJ  63.81 
 
 
278 aa  328  6e-89  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.481965  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1704  ABC transporter, permease NodJ  63.81 
 
 
278 aa  328  6e-89  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1642  ABC transporter  64.94 
 
 
279 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1115  ABC transporter  65.68 
 
 
277 aa  326  2.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1595  ABC transporter  65.68 
 
 
277 aa  326  2.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.333658  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1572  ABC transporter  65.68 
 
 
277 aa  325  4.0000000000000003e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4733  ABC efflux pump, inner membrane subunit, NodJ  67.32 
 
 
277 aa  323  1e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.18693  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7719  ABC transporter  56.69 
 
 
263 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.428101  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6188  ABC transporter  56.92 
 
 
262 aa  298  9e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.657692  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4030  ABC-2 type transporter, NodJ family  56.3 
 
 
263 aa  295  6e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3828  ABC transporter  55.51 
 
 
262 aa  292  4e-78  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4165  ABC-2 type transporter, NodJ  56.08 
 
 
256 aa  279  4e-74  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.343594  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0276  ABC-2 type transporter, NodJ  58.57 
 
 
261 aa  256  3e-67  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.664635  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5040  ABC-2 type transporter, NodJ family  56.07 
 
 
262 aa  255  5e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1093  ABC transporter  55.74 
 
 
267 aa  255  5e-67  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.367707  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3557  ABC transporter  50.19 
 
 
273 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0929254  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3305  ABC transporter  50 
 
 
258 aa  251  9.000000000000001e-66  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4965  ABC-2 type transporter, NodJ family  52.61 
 
 
281 aa  250  1e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.285071  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0689  ABC-2 type transporter, NodJ family  53.28 
 
 
262 aa  251  1e-65  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0447972 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0239  ABC transporter  51.26 
 
 
277 aa  250  2e-65  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0121647  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1143  ABC transporter  51.19 
 
 
280 aa  245  4.9999999999999997e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4260  ABC transporter  50.19 
 
 
271 aa  239  2.9999999999999997e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3574  ABC transporter  50.71 
 
 
284 aa  238  9e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4920  ABC-2 type transporter, NodJ family  55.97 
 
 
262 aa  238  9e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1938  ABC-2 type transporter, NodJ family  56.47 
 
 
253 aa  236  3e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0482  ABC-2 type transporter, NodJ family  49.2 
 
 
269 aa  236  4e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.634279  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3712  ABC transporter  49.4 
 
 
269 aa  235  6e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0632  ABC transporter  52.61 
 
 
274 aa  232  6e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2836  ABC-2 type transporter, NodJ family  51.1 
 
 
258 aa  216  2e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3235  ABC-2 type transporter, permease protein, NodJ family  51.1 
 
 
258 aa  216  2e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1483  ABC transporter, permease NodJ  45.16 
 
 
254 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.291941  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2120  ABC-2 type transporter, NodJ family  46.25 
 
 
282 aa  191  1e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0875  hypothetical protein  42.86 
 
 
255 aa  187  2e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.699807  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1716  ABC transporter, inner membrane subunit  36.07 
 
 
263 aa  165  9e-40  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0390  ABC-2 type transporter  34.51 
 
 
255 aa  160  2e-38  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0411  putative NodJ  34.12 
 
 
255 aa  159  3e-38  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_354  ABC-2 type transport system, permease protein  34.12 
 
 
255 aa  159  3e-38  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.216034  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3795  ABC-2 type transporter  37.3 
 
 
268 aa  158  9e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1865  ABC-2 type transporter  38.11 
 
 
261 aa  155  9e-37  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.424245 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0666  ABC-2 type transporter  35.89 
 
 
262 aa  152  7e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.700678  normal  0.206902 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0658  ABC-2 type transporter  36.55 
 
 
256 aa  150  2e-35  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.558241  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1116  ABC-2 type transporter  35.66 
 
 
257 aa  147  3e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.517895  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1804  ABC-2 type transporter  39.11 
 
 
276 aa  145  8.000000000000001e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.128108 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4650  ABC-2 type transporter  33.47 
 
 
270 aa  143  3e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0809123  normal  0.424332 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0988  ABC-2 type transporter  35.68 
 
 
260 aa  143  3e-33  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.162248 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4127  ABC-2 type transporter  38.59 
 
 
261 aa  139  3.9999999999999997e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.492471  hitchhiker  0.00784799 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2517  hypothetical protein  36.33 
 
 
263 aa  135  5e-31  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0932407  normal  0.411033 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0462  nodulation protein J  34.98 
 
 
268 aa  134  9.999999999999999e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.266154  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1193  ABC-2 type transporter  31.33 
 
 
282 aa  119  3.9999999999999996e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000104246 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1119  ABC-2 type transporter  29.96 
 
 
282 aa  118  9.999999999999999e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.644372  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0746  ABC-2 type transporter  34.12 
 
 
269 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0827926  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1175  ABC-2 type transporter  32.94 
 
 
268 aa  105  6e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3798  ABC-2 type transporter  31.6 
 
 
269 aa  103  2e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00930131 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0745  ABC-2 type transporter  34.1 
 
 
278 aa  103  2e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.150694  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25220  ABC-type polysaccharide/polyol phosphate export systems, permease component  31.76 
 
 
266 aa  103  3e-21  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0014  ABC transporter permease  28.57 
 
 
251 aa  101  1e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.189407  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04720  ABC-2 type transporter, NodJ family  33.33 
 
 
622 aa  101  1e-20  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.161993  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0013  ABC-2 type transporter  28 
 
 
251 aa  99.8  4e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0014  ABC-2 type transporter  28 
 
 
251 aa  99.4  6e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.153169  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1765  ABC transporter protein  31.84 
 
 
256 aa  99  8e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1803  ABC-2 type transporter  33.98 
 
 
294 aa  97.1  3e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.377626 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3422  ABC-2 type transporter  33.33 
 
 
271 aa  95.9  6e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.333884  normal  0.128196 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1764  ABC transporter protein  30.74 
 
 
272 aa  95.9  6e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1802  ABC-2 type transporter  29.41 
 
 
265 aa  94.7  1e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.351886  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0388  ABC efflux pump, inner membrane subunit  29.67 
 
 
249 aa  90.9  2e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.169706  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3799  ABC-2 type transporter  32.88 
 
 
266 aa  91.3  2e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0103899 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12470  ABC-2 type transporter  32.72 
 
 
199 aa  90.5  2e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.972225  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1801  ABC-2 type transporter  29.46 
 
 
253 aa  90.5  3e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3455  ABC transporter permease  30 
 
 
239 aa  88.2  1e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3421  ABC-2 type transporter  31.14 
 
 
269 aa  87  3e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.275537  normal  0.205021 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1174  ABC-2 type transporter  28.51 
 
 
278 aa  85.5  8e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25210  ABC-type multidrug transport system, permease component  29.49 
 
 
304 aa  84.3  0.000000000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1206  ABC-2 type transporter  31.15 
 
 
243 aa  80.9  0.00000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1126  daunorubicin resistance ABC transporter, inner membrane subunit B  26.69 
 
 
254 aa  80.9  0.00000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.339371  normal  0.562201 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2157  ABC transporter protein  30.57 
 
 
284 aa  79  0.00000000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3574  ABC transporter, permease protein  23.89 
 
 
254 aa  78.2  0.0000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.426841  normal  0.115682 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1020  daunorubicin resistance ABC transporter, inner membrane subunit B  27.57 
 
 
249 aa  77.4  0.0000000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0552463  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0223  hypothetical protein  26.11 
 
 
251 aa  77.8  0.0000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.587044  normal  0.793487 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1826  ABC-2 type transporter  30.43 
 
 
233 aa  77.8  0.0000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.805602  normal  0.102256 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3801  ABC transporter, permease protein  28.7 
 
 
256 aa  76.6  0.0000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3816  ABC-2 type transporter  29.17 
 
 
258 aa  76.3  0.0000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.791577 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1192  ABC-2 type transporter  28.43 
 
 
285 aa  76.3  0.0000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000105603 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3140  ABC-2 type transporter  28.7 
 
 
262 aa  76.3  0.0000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.432553  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0795  ABC-2 type transporter  27.91 
 
 
256 aa  76.3  0.0000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>