35 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1904 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1904  putative transcriptional activator transcription regulator protein  100 
 
 		 82 aa  168  2e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00444501  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0173  transcriptional activator Ogr/delta  53.75 
 
 		 82 aa  92  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4868  transcriptional activator Ogr/delta  53.75 
 
 		 82 aa  89.4  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.547602  normal  0.181017 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3117  transcriptional activator Ogr/delta  55.93 
 
 		 88 aa  73.6  0.0000000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2195  Phage transcriptional activator, Ogr/Delta  47.46 
 
 		 97 aa  70.1  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0964  putative bacteriophage transcriptional activator-related transcription regulator protein  47.37 
 
 		 73 aa  63.2  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.809217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2617  transcriptional activator Ogr/delta  38.82 
 
 		 107 aa  62.4  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00204522  hitchhiker  0.000000000237412 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2583  transcriptional activator Ogr/delta  38.82 
 
 		 107 aa  62.4  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000206926  hitchhiker  0.0000460899 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1628  transcriptional activator Ogr/delta  38.82 
 
 		 106 aa  61.2  0.000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.350137  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4132  hypothetical protein  38.24 
 
 		 87 aa  56.2  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3704  transcriptional activator Ogr/delta  38.24 
 
 		 87 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.04056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1733  phage transcriptional activator, Ogr/delta  38.24 
 
 		 87 aa  56.2  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000208403  normal  0.718201 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1860  transcriptional activator Ogr/delta  38.24 
 
 		 91 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0672856  normal  0.0226752 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1361  hypothetical protein  39.68 
 
 		 87 aa  55.5  0.0000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0949  phage transcriptional activator, Ogr/Delta  42.59 
 
 		 72 aa  49.7  0.00001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.429231  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00857  hypothetical protein  42.59 
 
 		 83 aa  50.1  0.00001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00851  prophage P2 OGR-like protein  42.59 
 
 		 83 aa  50.1  0.00001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2486  phage transcriptional activator, Ogr/Delta  42.59 
 
 		 72 aa  49.7  0.00001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2750  transcriptional activator Ogr/delta  42.59 
 
 		 72 aa  49.7  0.00001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00364612 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0692  phage transcriptional activator, Ogr/delta  34.62 
 
 		 81 aa  44.3  0.0005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2306  transcriptional activator Ogr/delta  37.5 
 
 		 71 aa  44.7  0.0005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.580847  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2353  transcriptional activator Ogr/delta  37.5 
 
 		 71 aa  44.7  0.0005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000465197  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2194  phage transcriptional activator, Ogr/Delta  37.5 
 
 		 71 aa  44.7  0.0005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0741  putative phage zinc-binding transcriptional activator  40.68 
 
 		 77 aa  44.7  0.0005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2956  phage transcriptional activator, Ogr/delta  32.86 
 
 		 81 aa  43.9  0.0008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000761798 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1360  phage transcriptional activator, Ogr/delta  37.5 
 
 		 71 aa  43.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2939  zinc-finger protein  29.27 
 
 		 89 aa  42.7  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  decreased coverage  6.930430000000001e-29 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0856  transcriptional activator Ogr/delta  36.49 
 
 		 72 aa  42.7  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000414293  hitchhiker  0.000248698 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2888  transcriptional activator Ogr/delta  40 
 
 		 88 aa  42  0.003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2666  transcriptional activator Ogr/delta  32.91 
 
 		 80 aa  42  0.003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.058976  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3475  DNA-binding transcriptional regulator  32.86 
 
 		 72 aa  41.6  0.004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.100837  normal  0.103795 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0718  transcriptional activator Ogr/delta  30 
 
 		 82 aa  41.2  0.005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05018  hypothetical protein  27.27 
 
 		 83 aa  40.8  0.007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4151  putative transcriptional regulator  35.38 
 
 		 81 aa  40.4  0.009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.202641  normal  0.022006 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2802  zinc-finger protein  27.5 
 
 		 89 aa  40  0.01  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>