More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1578 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1578  translation initiation factor IF-3  100 
 
 		 178 aa  360  5.0000000000000005e-99  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1976  translation initiation factor IF-3  87.86 
 
 		 173 aa  315  2e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0830  translation initiation factor IF-3  80.37 
 
 		 169 aa  271  5.000000000000001e-72  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.124767  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3024  translation initiation factor IF-3  73.84 
 
 		 173 aa  270  8.000000000000001e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1161  translation initiation factor 3  83.12 
 
 		 154 aa  267  5.9999999999999995e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.41261  normal  0.930143 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1778  translation initiation factor IF-3  83.33 
 
 		 156 aa  266  1e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.843423 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1453  translation initiation factor IF-3  83.33 
 
 		 156 aa  265  2e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0525841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4616  translation initiation factor 3  83.33 
 
 		 156 aa  265  2e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00507113  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0994  translation initiation factor IF-3  83.33 
 
 		 156 aa  265  2e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1476  translation initiation factor IF-3  83.33 
 
 		 156 aa  265  2e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.348442  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2755  translation initiation factor IF-3  81.41 
 
 		 156 aa  265  4e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.22658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1400  translation initiation factor IF-3  83.33 
 
 		 156 aa  265  4e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0821028  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1360  translation initiation factor IF-3  83.33 
 
 		 156 aa  265  4e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.485624  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1557  translation initiation factor IF-3  82.05 
 
 		 156 aa  263  8.999999999999999e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1372  translation initiation factor 3  80.77 
 
 		 156 aa  263  1e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0696405  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1713  translation initiation factor IF-3  81.41 
 
 		 156 aa  259  1e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.225755  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1095  translation initiation factor IF-3  81.41 
 
 		 156 aa  259  1e-68  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.171775  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1891  translation initiation factor IF-3  81.41 
 
 		 156 aa  259  1e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.210834  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1538  translation initiation factor IF-3  81.41 
 
 		 156 aa  259  1e-68  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2594  translation initiation factor IF-3  81.41 
 
 		 156 aa  259  1e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1736  translation initiation factor IF-3  81.41 
 
 		 156 aa  259  1e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0964  translation initiation factor IF-3  80.77 
 
 		 156 aa  258  3e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.698743  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0201  translation initiation factor IF-3  80.77 
 
 		 156 aa  258  3e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00116998  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1009  translation initiation factor IF-3  78.53 
 
 		 169 aa  251  3e-66  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1008  translation initiation factor 3  75.48 
 
 		 155 aa  247  6e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0442083  hitchhiker  0.00912814 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2853  translation initiation factor IF-3  71.07 
 
 		 174 aa  240  7e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0116753 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0488  translation initiation factor IF-3  73.55 
 
 		 184 aa  239  1e-62  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.270402  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2103  translation initiation factor 3  70.44 
 
 		 177 aa  238  2.9999999999999997e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.286317  normal  0.133955 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2858  translation initiation factor 3  69.81 
 
 		 173 aa  235  2e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.357759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3090  translation initiation factor IF-3  67.3 
 
 		 179 aa  231  4.0000000000000004e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.639467  normal  0.0869717 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2399  translation initiation factor 3  70 
 
 		 205 aa  228  4e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.414773  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2613  translation initiation factor IF-3  63.37 
 
 		 172 aa  224  6e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0154974  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1924  translation initiation factor IF-3  66.67 
 
 		 180 aa  223  9e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000676935  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1914  translation initiation factor IF-3  66.67 
 
 		 180 aa  223  9e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.119522  normal  0.223345 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01676  hypothetical protein  66.67 
 
 		 180 aa  223  9e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0101258  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4615  translation initiation factor IF-3  70.91 
 
 		 205 aa  223  1e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.550189  hitchhiker  0.00733617 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2466  translation initiation factor IF-3  62.42 
 
 		 177 aa  222  2e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00240261  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1968  translation initiation factor IF-3  62.42 
 
 		 183 aa  222  2e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00361564  hitchhiker  0.00796429 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3224  translation initiation factor IF-3  62.42 
 
 		 183 aa  222  2e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.51494 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3480  translation initiation factor IF-3  62.42 
 
 		 183 aa  222  2e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0422454  normal  0.0155112 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2181  translation initiation factor IF-3  68.82 
 
 		 180 aa  220  8e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0268784  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1871  translation initiation factor IF-3  66.88 
 
 		 181 aa  220  9.999999999999999e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1889  translation initiation factor IF-3  68.82 
 
 		 180 aa  219  9.999999999999999e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1952  translation initiation factor IF-3  68.24 
 
 		 180 aa  220  9.999999999999999e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.26259  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2769  translation initiation factor IF-3  63.86 
 
 		 178 aa  219  1.9999999999999999e-56  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2642  translation initiation factor IF-3  63.86 
 
 		 178 aa  219  1.9999999999999999e-56  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2218  translation initiation factor IF-3  60 
 
 		 182 aa  219  1.9999999999999999e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000264089  normal  0.129164 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2676  translation initiation factor 3  73.33 
 
 		 137 aa  218  3.9999999999999997e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.233816 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2052  translation initiation factor IF-3  68.24 
 
 		 180 aa  218  3.9999999999999997e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0593383  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2242  translation initiation factor IF-3  64.02 
 
 		 166 aa  218  5e-56  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.0000466118  hitchhiker  0.00531509 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2002  translation initiation factor 3  68.67 
 
 		 153 aa  217  7.999999999999999e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0112753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0471  translation initiation factor IF-3  60.48 
 
 		 171 aa  214  5e-55  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.973019  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20430  translation initiation factor IF-3  61.82 
 
 		 177 aa  214  5e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1319  translation initiation factor IF-3  62.8 
 
 		 190 aa  213  9.999999999999999e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0918782  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2379  translation initiation factor IF-3  62.42 
 
 		 177 aa  213  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0845211  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2163  translation initiation factor IF-3  62.42 
 
 		 177 aa  213  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000118732  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1932  translation initiation factor IF-3  62.42 
 
 		 177 aa  213  9.999999999999999e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00133999  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1449  translation initiation factor IF-3  70.44 
 
 		 178 aa  213  9.999999999999999e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1149  translation initiation factor IF-3  60.49 
 
 		 202 aa  212  1.9999999999999998e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1337  translation initiation factor IF-3  67.3 
 
 		 171 aa  212  1.9999999999999998e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1937  translation initiation factor IF-3  56.8 
 
 		 194 aa  211  3.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0510424  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0588  translation initiation factor IF-3  56.8 
 
 		 194 aa  211  3.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.954262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0333  translation initiation factor IF-3  57.4 
 
 		 194 aa  211  4.9999999999999996e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.392305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1887  translation initiation factor 3  67.3 
 
 		 160 aa  208  3e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.729735  normal  0.011077 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1713  translation initiation factor IF-3  65.9 
 
 		 183 aa  207  8e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000356147  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28660  translation initiation factor IF-3  60.61 
 
 		 177 aa  207  9e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000259634 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0428  translation initiation factor IF-3  62.82 
 
 		 156 aa  206  1e-52  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2185  translation initiation factor IF-3  64.07 
 
 		 180 aa  206  2e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000180897  normal  0.0386823 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2221  translation initiation factor IF-3  64.07 
 
 		 180 aa  206  2e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000103984  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2505  translation initiation factor IF-3  60 
 
 		 177 aa  205  2e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.99075  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2804  translation initiation factor IF-3  54.86 
 
 		 180 aa  204  4e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2908  translation initiation factor IF-3  61.27 
 
 		 185 aa  204  5e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447885  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4267  translation initiation factor IF-3  57.06 
 
 		 178 aa  204  7e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2109  translation initiation factor IF-3  53.14 
 
 		 219 aa  203  1e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.0000273336  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1977  translation initiation factor IF-3  59.39 
 
 		 177 aa  202  2e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.269445  normal  0.0568676 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1937  translation initiation factor IF-3  54.97 
 
 		 174 aa  202  3e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.413665  normal  0.0464847 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0207  translation initiation factor IF-3  55.36 
 
 		 173 aa  201  4e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4532  translation initiation factor IF-3  56.44 
 
 		 204 aa  201  5e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.199562 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0641  translation initiation factor IF-3  52 
 
 		 175 aa  201  6e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0129727 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0218  translation initiation factor IF-3  54.44 
 
 		 200 aa  199  9.999999999999999e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2150  translation initiation factor IF-3  54.6 
 
 		 173 aa  199  1.9999999999999998e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.235978  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2490  translation initiation factor IF-3  61.68 
 
 		 180 aa  197  9e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000196048  hitchhiker  0.0000835818 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1516  translation initiation factor IF-3  55.76 
 
 		 172 aa  196  2.0000000000000003e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.027432  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2031  translation initiation factor IF-3  61.9 
 
 		 173 aa  195  2.0000000000000003e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00250222  hitchhiker  0.0000245728 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1141  initiation factor 3  66.45 
 
 		 152 aa  196  2.0000000000000003e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116617  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0671  translation initiation factor IF-3  55.83 
 
 		 192 aa  195  3e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.395911  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1759  translation initiation factor IF-3  60.12 
 
 		 183 aa  195  3e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00206313  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01384  translation initiation factor IF-3  56.05 
 
 		 159 aa  194  5.000000000000001e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1800  translation initiation factor 3  57.32 
 
 		 163 aa  194  7e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00939294  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3158  translation initiation factor IF-3  54.27 
 
 		 173 aa  193  9e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2262  translation initiation factor IF-3  63.06 
 
 		 158 aa  193  9e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000757605  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0215  translation initiation factor IF-3  54.55 
 
 		 198 aa  193  1e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.62616e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4742  translation initiation factor IF-3  50 
 
 		 176 aa  193  1e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.676759  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0069  translation initiation factor IF-3  52.76 
 
 		 171 aa  192  2e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.097761 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0077  translation initiation factor IF-3  52.15 
 
 		 171 aa  192  2e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.646828  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1624  translation initiation factor IF-3  50.57 
 
 		 176 aa  192  2e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0101313 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1269  translation initiation factor 3  56.02 
 
 		 225 aa  191  3e-48  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.628011  normal  0.508823 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0803  translation initiation factor IF-3  54.6 
 
 		 178 aa  191  4e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0041  translation initiation factor IF-3  54.6 
 
 		 192 aa  191  4e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0425  translation initiation factor IF-3  53.89 
 
 		 171 aa  191  6e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00000964088  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>