278 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1449 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc1449  hypothetical protein  100 
 
 
212 aa  435  1e-121  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1329  hypothetical protein  91.04 
 
 
212 aa  406  1.0000000000000001e-112  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.243068 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1394  hypothetical protein  91.04 
 
 
212 aa  406  1.0000000000000001e-112  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.44027  normal  0.102541 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1571  hypothetical protein  82.08 
 
 
211 aa  364  1e-100  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.794785 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1848  hypothetical protein  81.13 
 
 
211 aa  357  5e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.361359  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4406  hypothetical protein  68.72 
 
 
210 aa  305  2.0000000000000002e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.798286 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0318  Radical SAM domain protein  69.19 
 
 
210 aa  305  3e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3115  organic radical activating enzyme-like protein  68.72 
 
 
210 aa  300  8.000000000000001e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.369286  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3056  organic radical activating enzyme-like protein  68.25 
 
 
210 aa  299  2e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.133958  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6469  organic radical activating-like protein  67.77 
 
 
210 aa  299  2e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3173  organic radical activating enzyme-like protein  68.25 
 
 
210 aa  299  2e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.655462  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3134  organic radical activating enzyme-like protein  67.77 
 
 
210 aa  298  3e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.260686 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2504  organic radical activating enzymes-like  67.77 
 
 
210 aa  298  3e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.160261  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3118  organic radical activating enzymes-like protein  67.77 
 
 
210 aa  298  3e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.174394  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0153  hypothetical protein  67.3 
 
 
210 aa  297  8e-80  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2364  hypothetical protein  67.3 
 
 
210 aa  297  8e-80  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0357  GntS  67.3 
 
 
210 aa  297  8e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.386025  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2285  hypothetical protein  67.3 
 
 
210 aa  297  8e-80  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0162  organic radical activating protein  67.3 
 
 
210 aa  297  8e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.495618  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2794  hypothetical protein  67.3 
 
 
210 aa  297  8e-80  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0044  radical SAM domain-containing protein  66.82 
 
 
210 aa  297  9e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0172  hypothetical protein  67.3 
 
 
210 aa  297  9e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.196863  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2619  hypothetical protein  69.34 
 
 
210 aa  296  1e-79  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.350576  normal  0.864443 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0138  hypothetical protein  66.35 
 
 
210 aa  295  3e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.620978  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3243  hypothetical protein  68.69 
 
 
210 aa  295  3e-79  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.474711  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3844  hypothetical protein  69.01 
 
 
212 aa  292  2e-78  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.621065  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1418  radical SAM domain-containing protein  63.43 
 
 
217 aa  291  5e-78  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1837  hypothetical protein  66.2 
 
 
212 aa  289  2e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0997579  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1494  hypothetical protein  67.92 
 
 
211 aa  287  8e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3380  hypothetical protein  65.09 
 
 
212 aa  287  9e-77  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.186456 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2614  organic radical activating-like protein  64.93 
 
 
211 aa  287  9e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0017  radical SAM domain-containing protein  67.77 
 
 
209 aa  285  2.9999999999999996e-76  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.015175  normal  0.941948 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0526  hypothetical protein  66.98 
 
 
211 aa  284  5e-76  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.313091  normal  0.440749 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3149  hypothetical protein  64.59 
 
 
210 aa  284  8e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.105264  normal  0.179882 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1045  hypothetical protein  65.09 
 
 
211 aa  283  2.0000000000000002e-75  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0321486  normal  0.408994 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4095  hypothetical protein  65.73 
 
 
212 aa  280  9e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1198  hypothetical protein  64.62 
 
 
210 aa  280  1e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.792067  normal  0.949639 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1382  hypothetical protein  65.09 
 
 
210 aa  280  2e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.41745  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1082  hypothetical protein  65.4 
 
 
210 aa  278  4e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0796738  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1354  hypothetical protein  64.15 
 
 
210 aa  276  1e-73  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.129459 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2645  hypothetical protein  63.21 
 
 
210 aa  276  1e-73  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0718  radical SAM domain-containing protein  64.29 
 
 
209 aa  274  8e-73  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.525319  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1300  hypothetical protein  64.15 
 
 
210 aa  273  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.946675 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2757  organic radical activating-like protein  65.4 
 
 
211 aa  273  2.0000000000000002e-72  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3395  hypothetical protein  66.35 
 
 
211 aa  272  3e-72  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.709482  normal  0.257118 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2298  hypothetical protein  66.04 
 
 
210 aa  272  3e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.959397  normal  0.58951 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3190  hypothetical protein  66.82 
 
 
211 aa  270  1e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.241224  normal  0.132805 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6747  radical SAM domain-containing protein  66.82 
 
 
210 aa  266  2e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.922703  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2177  radical SAM domain-containing protein  61.72 
 
 
211 aa  265  2.9999999999999995e-70  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.401056 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1382  hypothetical protein  64.79 
 
 
212 aa  265  4e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.980113  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1221  hypothetical protein  64.79 
 
 
212 aa  265  5e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.175586  normal  0.688566 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0922  hypothetical protein  65.42 
 
 
210 aa  263  1e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4381  hypothetical protein  58.9 
 
 
237 aa  259  2e-68  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2382  hypothetical protein  65.4 
 
 
210 aa  258  4e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.133119  hitchhiker  0.000954776 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0107  organic radical activating enzyme  57.8 
 
 
218 aa  257  9e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1403  organic radical activating-like protein  61.9 
 
 
210 aa  255  3e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.962415  normal  0.246336 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0539  Radical SAM domain protein  62.94 
 
 
198 aa  253  1.0000000000000001e-66  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.559214  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1081  hypothetical protein  67.61 
 
 
222 aa  254  1.0000000000000001e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.587808 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0794  hypothetical protein  53.92 
 
 
218 aa  249  2e-65  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1410  radical SAM domain protein  64.11 
 
 
211 aa  249  2e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.562176 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2039  hypothetical protein  60.09 
 
 
215 aa  248  3e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1115  radical SAM domain-containing protein  61.14 
 
 
209 aa  248  5e-65  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1161  Radical SAM domain protein  64.32 
 
 
210 aa  247  1e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.228018  normal  0.479979 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2104  hypothetical protein  55.3 
 
 
216 aa  242  1.9999999999999999e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00607165 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6594  radical SAM domain-containing protein  65.4 
 
 
210 aa  239  2e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.721327  normal  0.108065 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0597  hypothetical protein  61.86 
 
 
216 aa  238  2.9999999999999997e-62  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1124  radical SAM domain protein  57.14 
 
 
224 aa  223  1e-57  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0318  queuosine biosynthesis protein QueE  42.04 
 
 
233 aa  142  4e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.321571  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2111  Radical SAM domain protein  38.05 
 
 
211 aa  114  1.0000000000000001e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1057  hypothetical protein  35.56 
 
 
197 aa  111  8.000000000000001e-24  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0622294 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2236  organic radical activating protein  36.16 
 
 
205 aa  105  4e-22  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1782  organic radical activating enzyme  37.27 
 
 
216 aa  100  2e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.330721  normal  0.904053 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2116  radical activating enzyme  33.19 
 
 
222 aa  99  5e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.054229  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0635  radical SAM domain-containing protein  33.33 
 
 
195 aa  98.6  7e-20  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1855  radical activating enzyme  33.19 
 
 
222 aa  98.2  8e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.328449  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6932  hypothetical protein  35.51 
 
 
209 aa  97.4  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.465455 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1878  Radical SAM domain protein  30.09 
 
 
192 aa  97.1  2e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.315788  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2162  radical activating enzyme  33.33 
 
 
222 aa  96.7  2e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.221208  normal  0.837279 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1319  Radical SAM domain protein  31.36 
 
 
210 aa  95.1  7e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1332  hypothetical protein  34.84 
 
 
206 aa  94.7  9e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2599  organic radical activating protein  37.33 
 
 
205 aa  94  1e-18  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.836809  normal  0.140596 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2254  radical activating enzyme  34.05 
 
 
222 aa  94.4  1e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.499803  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4540  hypothetical protein  34.05 
 
 
222 aa  94.4  1e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2049  radical activating enzyme  33.33 
 
 
222 aa  93.2  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.341171  normal  0.258883 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2268  radical activating enzyme  34.21 
 
 
222 aa  94  2e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00320351  normal  0.189151 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2058  radical activating enzyme  32.64 
 
 
222 aa  93.2  2e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00725057  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0088  hypothetical protein  33.95 
 
 
193 aa  92.8  3e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1917  radical activating enzyme  32.64 
 
 
222 aa  92.4  4e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0152798  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2067  Radical SAM domain protein  33.33 
 
 
207 aa  91.7  8e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0974345  normal  0.133919 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2163  radical activating enzyme  33.33 
 
 
222 aa  91.3  1e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00224373  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29591  putative organic radical activating protein  32.92 
 
 
226 aa  90.1  2e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1145  radical activating enzyme  30.91 
 
 
205 aa  90.5  2e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.723359 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0487  radical SAM domain-containing protein  31.16 
 
 
210 aa  89.7  3e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2501  radical activating enzyme  31.91 
 
 
222 aa  89  5e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02724  radical activating enzyme  31.38 
 
 
224 aa  88.6  6e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2348  radical SAM domain-containing protein  34.18 
 
 
222 aa  88.6  6e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0536039  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1715  organic radical activating enzyme  32.72 
 
 
205 aa  88.2  7e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0221743  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1116  hypothetical protein  30.45 
 
 
205 aa  88.2  7e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18221  putative organic radical activating protein  29.75 
 
 
226 aa  88.2  9e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2947  hypothetical protein  29.36 
 
 
226 aa  87.8  1e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.500667  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>