More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1372 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007510  Bcep18194_A5347  DNA repair protein RadA  81.52 
 
 
458 aa  734  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.42403 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0500  DNA repair protein RadA  71.65 
 
 
454 aa  648  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.81715  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1574  DNA repair protein RadA  81.52 
 
 
458 aa  733  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.700761  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2513  DNA repair protein RadA  81.52 
 
 
458 aa  733  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.167746  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1349  DNA repair protein RadA  81.52 
 
 
458 aa  733  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.517323  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1461  DNA repair protein RadA  74.83 
 
 
454 aa  655  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.421655  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1245  DNA repair protein RadA  95.83 
 
 
456 aa  857  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.579553 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1987  DNA repair protein RadA  74.29 
 
 
453 aa  689  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.355792 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2476  DNA repair protein RadA  83.26 
 
 
458 aa  751  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0409258  hitchhiker  2.51063e-05 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2008  DNA repair protein RadA  81.74 
 
 
458 aa  734  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.480875  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1933  DNA repair protein RadA  88.79 
 
 
471 aa  776  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.922552  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1239  DNA repair protein RadA  81.52 
 
 
458 aa  733  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.873439 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1358  DNA repair protein RadA  83.04 
 
 
458 aa  748  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.156859  normal  0.874233 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2602  DNA repair protein RadA  81.3 
 
 
458 aa  729  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0200982  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1939  DNA repair protein RadA  81.96 
 
 
458 aa  735  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.763295 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2057  DNA repair protein RadA  81.74 
 
 
458 aa  732  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.168969  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2457  DNA repair protein RadA  81.52 
 
 
458 aa  733  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.108981  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3235  DNA repair protein RadA  81.52 
 
 
458 aa  733  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.150478  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1332  DNA repair protein RadA  71.9 
 
 
453 aa  642  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.909582  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2070  DNA repair protein RadA  81.96 
 
 
458 aa  735  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2038  DNA repair protein RadA  81.96 
 
 
458 aa  733  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1311  DNA repair protein RadA  95.83 
 
 
456 aa  855  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4932  DNA repair protein RadA  78.7 
 
 
457 aa  710  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6039  DNA repair protein RadA  81.74 
 
 
458 aa  730  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.667951  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0251  DNA repair protein RadA  69.55 
 
 
462 aa  652  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.336717  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0138  DNA repair protein RadA  71.96 
 
 
475 aa  653  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.822754  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1401  DNA repair protein RadA  85.93 
 
 
455 aa  777  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.227517  normal  0.278439 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1372  DNA repair protein RadA  100 
 
 
456 aa  913  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.232721  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2077  DNA repair protein RadA  81.52 
 
 
458 aa  733  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0646051  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2252  DNA repair protein RadA  70.34 
 
 
472 aa  647  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.130347  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3556  DNA repair protein RadA  75.33 
 
 
457 aa  675  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1661  DNA repair protein RadA  83.26 
 
 
458 aa  749  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0578663  normal  0.050684 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0200  DNA repair protein RadA  71.18 
 
 
465 aa  649  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0917  DNA repair protein RadA  72.37 
 
 
456 aa  639  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0180  DNA repair protein RadA  71.21 
 
 
460 aa  632  1e-180  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1803  DNA repair protein RadA  71.43 
 
 
452 aa  631  1e-180  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0199  DNA repair protein RadA  71.21 
 
 
460 aa  632  1e-180  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0965  DNA repair protein RadA  73.07 
 
 
450 aa  624  1e-177  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0314  DNA repair protein RadA  69.4 
 
 
476 aa  619  1e-176  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0262  DNA repair protein RadA  71.74 
 
 
459 aa  620  1e-176  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0797  DNA repair protein RadA  70.59 
 
 
459 aa  613  1e-174  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0497  DNA repair protein RadA  74.88 
 
 
422 aa  598  1e-170  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0756  DNA repair protein RadA  62.81 
 
 
453 aa  575  1e-163  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.752  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4275  DNA repair protein RadA  62.47 
 
 
455 aa  571  1e-162  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.783093  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4638  DNA repair protein RadA  62.42 
 
 
456 aa  570  1e-161  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.854791  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60990  DNA repair protein RadA  61.92 
 
 
453 aa  570  1e-161  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4885  DNA repair protein RadA  62.08 
 
 
455 aa  568  1e-161  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0423  DNA repair protein RadA  63.03 
 
 
448 aa  571  1e-161  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4640  DNA repair protein RadA  62.08 
 
 
455 aa  570  1e-161  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5249  DNA repair protein RadA  61.92 
 
 
453 aa  568  1e-161  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4506  DNA repair protein RadA  62.2 
 
 
456 aa  567  1e-160  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0794  DNA repair protein RadA  62.31 
 
 
477 aa  566  1e-160  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4644  DNA repair protein RadA  62.2 
 
 
456 aa  567  1e-160  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.592741 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4298  DNA repair protein RadA  62.86 
 
 
455 aa  560  1e-158  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41070  DNA repair protein RadA  61.92 
 
 
453 aa  560  1e-158  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.51547  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0841  DNA repair protein RadA  61.32 
 
 
457 aa  549  1e-155  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1385  DNA repair protein RadA  61.49 
 
 
447 aa  549  1e-155  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.674348  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0589  DNA repair protein RadA  60.53 
 
 
451 aa  543  1e-153  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.268839  hitchhiker  1.37134e-16 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01540  DNA repair protein RadA  59.04 
 
 
464 aa  535  1e-151  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.850923  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4991  DNA repair protein RadA  57.93 
 
 
460 aa  532  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4830  DNA repair protein RadA  57.71 
 
 
460 aa  530  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0731  DNA repair protein RadA  58.46 
 
 
463 aa  530  1e-149  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0646  DNA repair protein RadA  58.46 
 
 
463 aa  530  1e-149  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4937  DNA repair protein RadA  57.71 
 
 
460 aa  530  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0575  DNA repair protein RadA  57.46 
 
 
451 aa  529  1e-149  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4903  DNA repair protein RadA  57.71 
 
 
460 aa  530  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4938  DNA repair protein RadA  57.27 
 
 
460 aa  526  1e-148  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.664332 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02991  DNA repair protein RadA  56.42 
 
 
455 aa  527  1e-148  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4936  DNA repair protein RadA  57.27 
 
 
460 aa  526  1e-148  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04230  hypothetical protein  57.27 
 
 
460 aa  526  1e-148  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0839  DNA repair protein RadA  57.3 
 
 
458 aa  526  1e-148  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3667  DNA repair protein RadA  57.27 
 
 
460 aa  526  1e-148  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.696085 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1582  DNA repair protein RadA  57.24 
 
 
451 aa  528  1e-148  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  6.55938e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0548  DNA repair protein RadA  57.8 
 
 
461 aa  526  1e-148  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.342744 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5903  DNA repair protein RadA  57.27 
 
 
460 aa  526  1e-148  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4624  DNA repair protein RadA  57.27 
 
 
460 aa  526  1e-148  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4989  DNA repair protein RadA  57.49 
 
 
460 aa  526  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.541639  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4988  DNA repair protein RadA  57.27 
 
 
460 aa  526  1e-148  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0510  DNA repair protein RadA  57.33 
 
 
458 aa  526  1e-148  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.150975  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3609  DNA repair protein RadA  57.27 
 
 
460 aa  526  1e-148  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04265  predicted repair protein  57.27 
 
 
460 aa  526  1e-148  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1145  DNA repair protein RadA  58.77 
 
 
458 aa  521  1e-147  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2246  DNA repair protein RadA  56.57 
 
 
450 aa  519  1e-146  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0225  DNA repair protein RadA  58.02 
 
 
456 aa  520  1e-146  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0406  DNA repair protein RadA  57.99 
 
 
454 aa  520  1e-146  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.509389  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0825  DNA repair protein RadA  56.61 
 
 
460 aa  519  1e-146  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3492  DNA repair protein RadA  56.61 
 
 
460 aa  519  1e-146  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3621  DNA repair protein RadA  56.61 
 
 
460 aa  519  1e-146  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0827  DNA repair protein RadA  56.04 
 
 
482 aa  519  1e-146  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1280  DNA repair protein RadA  56.86 
 
 
454 aa  518  1e-145  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0667  DNA repair protein RadA  56.04 
 
 
461 aa  516  1e-145  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0626  DNA repair protein RadA  55.29 
 
 
459 aa  516  1e-145  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.478337  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2274  DNA repair protein RadA  55.9 
 
 
450 aa  516  1e-145  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002636  DNA repair protein RadA  55.29 
 
 
459 aa  515  1e-145  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00949545  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1110  DNA repair protein RadA  55.95 
 
 
454 aa  513  1e-144  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1049  DNA repair protein RadA  55.95 
 
 
454 aa  513  1e-144  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.357607 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1045  DNA repair protein RadA  55.95 
 
 
454 aa  513  1e-144  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.665867  normal  0.0445974 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2814  DNA repair protein RadA  56.17 
 
 
454 aa  513  1e-144  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1226  DNA repair protein RadA  55.73 
 
 
454 aa  512  1e-144  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1487  DNA repair protein RadA  56.28 
 
 
481 aa  510  1e-143  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.652724  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>