More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1371 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1371  alanine racemase  100 
 
 		 375 aa  758    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0951593  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1244  alanine racemase  88.8 
 
 		 374 aa  690    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.43414 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1310  alanine racemase  89.07 
 
 		 374 aa  691    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.183193  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1934  alanine racemase  75.2 
 
 		 373 aa  577  1.0000000000000001e-163  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138349  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1400  alanine racemase  73.84 
 
 		 368 aa  564  1.0000000000000001e-159  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.124508  normal  0.406393 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2007  alanine racemase  68.33 
 
 		 356 aa  500  1e-140  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.954073  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3234  alanine racemase  67.78 
 
 		 356 aa  497  1e-139  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2078  alanine racemase  67.78 
 
 		 356 aa  497  1e-139  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.295306  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1575  alanine racemase  67.78 
 
 		 356 aa  497  1e-139  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.378479  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2603  alanine racemase  67.78 
 
 		 356 aa  497  1e-139  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.139768  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5348  alanine racemase  66.39 
 
 		 356 aa  494  1e-139  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.393268 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2458  alanine racemase  67.78 
 
 		 356 aa  497  1e-139  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.181694  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2514  alanine racemase  67.78 
 
 		 356 aa  497  1e-139  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1350  alanine racemase  67.78 
 
 		 356 aa  497  1e-139  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.313664  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2058  alanine racemase  66.11 
 
 		 356 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0773108  normal  0.717767 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6038  alanine racemase  66.11 
 
 		 356 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.629705  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2039  alanine racemase  66.11 
 
 		 356 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2477  alanine racemase  68.06 
 
 		 356 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0200265  hitchhiker  0.000141057 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1940  alanine racemase  66.11 
 
 		 356 aa  488  1e-137  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.466995  normal  0.712057 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1660  alanine racemase  67.22 
 
 		 356 aa  488  1e-137  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.377716  normal  0.0463479 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2071  alanine racemase  66.39 
 
 		 356 aa  489  1e-137  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1359  alanine racemase  65.83 
 
 		 363 aa  486  1e-136  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.766963  normal  0.790238 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1238  alanine racemase  65.56 
 
 		 356 aa  487  1e-136  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.40001  normal  0.661096 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3445  alanine racemase  62.26 
 
 		 373 aa  458  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1965  alanine racemase  61.99 
 
 		 373 aa  458  9.999999999999999e-129  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4504  alanine racemase  63.56 
 
 		 373 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.142172  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4288  alanine racemase  62.26 
 
 		 373 aa  457  1e-127  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4078  alanine racemase  62.26 
 
 		 373 aa  457  1e-127  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1715  alanine racemase  61.2 
 
 		 374 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3490  alanine racemase  62.57 
 
 		 373 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.541285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3976  alanine racemase  63.01 
 
 		 373 aa  437  1e-121  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.087726  normal  0.384892 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2745  alanine racemase  58.06 
 
 		 357 aa  428  1e-119  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000484932 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0961  alanine racemase  60.76 
 
 		 374 aa  425  1e-118  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.37153  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1047  alanine racemase  60.76 
 
 		 374 aa  425  1e-118  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01165  alanine racemase  59.38 
 
 		 356 aa  424  1e-117  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0105464  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2458  alanine racemase  59.1 
 
 		 356 aa  422  1e-117  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000612069  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01175  hypothetical protein  59.38 
 
 		 356 aa  424  1e-117  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0067944  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3562  alanine racemase  60.11 
 
 		 367 aa  424  1e-117  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1959  alanine racemase  59.38 
 
 		 356 aa  424  1e-117  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.148876  normal  0.720893 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2286  alanine racemase  60.49 
 
 		 374 aa  424  1e-117  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1677  alanine racemase  59.38 
 
 		 356 aa  423  1e-117  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000165096  normal  0.866269 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2435  alanine racemase  59.38 
 
 		 356 aa  424  1e-117  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0660359  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1293  alanine racemase  59.38 
 
 		 356 aa  424  1e-117  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000195233  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1335  alanine racemase  59.38 
 
 		 356 aa  424  1e-117  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000853808  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0920  alanine racemase  59.41 
 
 		 377 aa  416  9.999999999999999e-116  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0193  alanine racemase  59.24 
 
 		 364 aa  415  9.999999999999999e-116  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.326654  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0131  alanine racemase  59.89 
 
 		 365 aa  417  9.999999999999999e-116  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1940  alanine racemase  56.46 
 
 		 356 aa  412  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.277232  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1516  alanine racemase  56.18 
 
 		 356 aa  412  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0732192  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2000  alanine racemase  56.46 
 
 		 356 aa  412  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0221784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2362  alanine racemase  56.86 
 
 		 356 aa  414  1e-114  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.166545  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2530  alanine racemase region  58.76 
 
 		 366 aa  409  1e-113  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0253  alanine racemase  60.59 
 
 		 369 aa  410  1e-113  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.501756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1331  alanine racemase  56.18 
 
 		 356 aa  410  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000221405  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1944  alanine racemase  55.9 
 
 		 356 aa  408  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0640294  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0229  alanine racemase  60.06 
 
 		 366 aa  404  1e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0176  alanine racemase  59.24 
 
 		 365 aa  403  1e-111  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0488  alanine racemase  56.38 
 
 		 374 aa  402  1e-111  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4337  alanine racemase  58.87 
 
 		 371 aa  402  1e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.355342  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0194  alanine racemase  58.7 
 
 		 365 aa  401  9.999999999999999e-111  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0311  alanine racemase  55.26 
 
 		 367 aa  384  1e-105  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2115  alanine racemase  56.7 
 
 		 357 aa  369  1e-101  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000357535  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1986  alanine racemase region  53.54 
 
 		 370 aa  353  2e-96  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.334037 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0919  alanine racemase  50.27 
 
 		 374 aa  350  2e-95  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0923  alanine racemase  50.54 
 
 		 381 aa  348  8e-95  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.288368  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1331  alanine racemase  52.08 
 
 		 357 aa  348  1e-94  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2100  alanine racemase  52.81 
 
 		 367 aa  347  3e-94  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.83671  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1359  alanine racemase  46.91 
 
 		 356 aa  311  2e-83  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0759  alanine racemase  48.32 
 
 		 358 aa  310  2e-83  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000059584  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0247  alanine racemase  47.21 
 
 		 362 aa  306  3e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3995  alanine racemase  50.14 
 
 		 361 aa  306  3e-82  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3916  alanine racemase  46.65 
 
 		 358 aa  301  9e-81  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3277  alanine racemase  47.63 
 
 		 358 aa  301  9e-81  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.323363  unclonable  0.00000258476 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0747  alanine racemase  47.51 
 
 		 358 aa  301  9e-81  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00105431  hitchhiker  0.000194512 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0103  alanine racemase, catabolic  47.06 
 
 		 357 aa  300  3e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0693  alanine racemase  46.93 
 
 		 358 aa  300  4e-80  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00658355  hitchhiker  0.000391995 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3637  alanine racemase  47.21 
 
 		 358 aa  300  4e-80  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000125734  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0738  alanine racemase  47.21 
 
 		 358 aa  299  6e-80  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0231981  decreased coverage  0.0000000000814721 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0717  alanine racemase  47.21 
 
 		 358 aa  298  8e-80  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00955236  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0714  alanine racemase  46.93 
 
 		 358 aa  298  1e-79  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000257815  hitchhiker  0.000596589 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3247  alanine racemase  46.93 
 
 		 358 aa  297  2e-79  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000012106  hitchhiker  0.0000136882 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0522  alanine racemase  46.74 
 
 		 363 aa  296  6e-79  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000197654  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69990  alanine racemase  48.32 
 
 		 357 aa  295  6e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3057  alanine racemase  46.58 
 
 		 364 aa  295  1e-78  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0113499  normal  0.425267 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2629  alanine racemase  48.06 
 
 		 364 aa  293  2e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.962151  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0237  alanine racemase  46.5 
 
 		 357 aa  293  4e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5269  alanine racemase  46.22 
 
 		 357 aa  293  5e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5179  alanine racemase  46.22 
 
 		 357 aa  292  8e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.266317 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5321  alanine racemase  45.94 
 
 		 357 aa  291  1e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.274538 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6076  alanine racemase  48.32 
 
 		 368 aa  291  2e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3580  alanine racemase  45.33 
 
 		 358 aa  290  4e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000398757  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5524  alanine racemase  44.82 
 
 		 365 aa  289  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.250088 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0763  alanine racemase  45.4 
 
 		 358 aa  289  6e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.347962  unclonable  0.0000000000881438 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47960  alanine racemase  46.91 
 
 		 361 aa  286  5e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4206  alanine racemase  45.13 
 
 		 358 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0248673  decreased coverage  0.000000273108 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0201  alanine racemase  44.13 
 
 		 357 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00394182 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1082  alanine racemase  40.9 
 
 		 364 aa  282  5.000000000000001e-75  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00790418  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3345  alanine racemase  44.65 
 
 		 372 aa  282  6.000000000000001e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2783  alanine racemase  43.89 
 
 		 375 aa  281  2e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000262761  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00017  alanine racemase  44.63 
 
 		 366 aa  280  2e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>