158 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1312 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc1312  hypothetical protein  100 
 
 
208 aa  423  1e-118  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1248  protein of unknown function DUF47  93.75 
 
 
208 aa  400  1e-110  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.108583  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1187  protein of unknown function DUF47  93.75 
 
 
208 aa  400  1e-110  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0873064  normal  0.0562102 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1974  hypothetical protein  80.29 
 
 
208 aa  348  3e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0570237  normal  0.103523 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2001  hypothetical protein  79.81 
 
 
208 aa  345  2e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0916  hypothetical protein  69.23 
 
 
208 aa  296  2e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  normal  0.265186 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2396  inorganic phosphate transporter  68.75 
 
 
208 aa  291  3e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.333431  normal  0.154826 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1791  protein of unknown function DUF47  68.27 
 
 
208 aa  290  1e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0557964 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2184  hypothetical protein  67.31 
 
 
208 aa  286  1e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.390365  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1405  hypothetical protein  67.31 
 
 
208 aa  287  1e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.80224 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2285  hypothetical protein  67.31 
 
 
208 aa  286  2e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1162  hypothetical protein  67.31 
 
 
208 aa  286  2e-76  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2411  hypothetical protein  67.31 
 
 
208 aa  286  2e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.644101  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1889  hypothetical protein  67.31 
 
 
208 aa  286  2e-76  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.336902  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0007  hypothetical protein  67.31 
 
 
208 aa  286  2e-76  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0582837  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1399  hypothetical protein  67.31 
 
 
208 aa  286  2e-76  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.238771  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2246  hypothetical protein  67.31 
 
 
208 aa  286  2e-76  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0649417  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5169  hypothetical protein  66.83 
 
 
208 aa  285  4e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1869  hypothetical protein  66.83 
 
 
208 aa  284  6e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1892  hypothetical protein  66.83 
 
 
208 aa  284  6e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  4.97448e-05  hitchhiker  6.94622e-09 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6210  hypothetical protein  66.83 
 
 
208 aa  284  6e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.528851  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1778  hypothetical protein  66.35 
 
 
208 aa  283  1e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1806  hypothetical protein  65.87 
 
 
208 aa  281  3e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.49421  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1469  protein of unknown function DUF47  56.54 
 
 
214 aa  240  1e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5349  hypothetical protein  56.07 
 
 
215 aa  237  1e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0593  hypothetical protein  55.77 
 
 
208 aa  236  3e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1686  hypothetical protein  55.14 
 
 
215 aa  235  4e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3016  hypothetical protein  54.67 
 
 
215 aa  231  8e-60  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.25831  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1880  hypothetical protein  53.74 
 
 
215 aa  226  2e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.690061  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1151  hypothetical protein  51.87 
 
 
215 aa  226  2e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2707  protein of unknown function DUF47  52.8 
 
 
215 aa  226  3e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3359  hypothetical protein  52.8 
 
 
215 aa  226  3e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.312394 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1398  hypothetical protein  53.74 
 
 
215 aa  224  7e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1122  hypothetical protein  52.36 
 
 
212 aa  221  9e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  1.12514e-07  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0677  hypothetical protein  53.27 
 
 
215 aa  218  4e-56  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0558  protein of unknown function DUF47  41.12 
 
 
215 aa  171  7e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1405  hypothetical protein  41.59 
 
 
215 aa  169  4e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3584  hypothetical protein  41.35 
 
 
206 aa  163  2e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0575149  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3132  hypothetical protein  42.18 
 
 
205 aa  160  9e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  1.31524e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3782  protein of unknown function DUF47  40.76 
 
 
205 aa  159  4e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.287695  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3866  protein of unknown function DUF47  40.76 
 
 
205 aa  157  9e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4136  hypothetical protein  40 
 
 
205 aa  155  3e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00579708  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0586  protein of unknown function DUF47  41.98 
 
 
205 aa  154  7e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0141186  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4377  hypothetical protein  39.71 
 
 
211 aa  153  1e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.552455  normal  0.0605917 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0388  hypothetical protein  39.81 
 
 
205 aa  151  6e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4227  hypothetical protein  40.67 
 
 
211 aa  151  6e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4383  protein of unknown function DUF47  40.67 
 
 
211 aa  149  2e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0340167  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4360  protein of unknown function DUF47  40.67 
 
 
211 aa  150  2e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_31  hypothetical protein  37.44 
 
 
219 aa  146  3e-34  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0030  hypothetical protein  37.93 
 
 
209 aa  145  4e-34  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0033  hypothetical protein  37.44 
 
 
209 aa  145  6e-34  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3130  hypothetical protein  38.05 
 
 
204 aa  137  1e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.418855  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1967  protein of unknown function DUF47  37.25 
 
 
209 aa  133  1e-30  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.0784272 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2888  Putitive phosphate transport regulator  34.31 
 
 
208 aa  131  6e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.977017 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1039  hypothetical protein  37.44 
 
 
209 aa  131  7e-30  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0589632  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1415  hypothetical protein  37.85 
 
 
214 aa  131  9e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3606  hypothetical protein  36.49 
 
 
390 aa  130  1e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.113159 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0128  protein of unknown function DUF47  35.07 
 
 
212 aa  129  2e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0716  hypothetical protein  33.65 
 
 
214 aa  129  3e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.68785 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3394  hypothetical protein  34.76 
 
 
214 aa  128  6e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.103625  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2118  protein of unknown function DUF47  37.02 
 
 
207 aa  127  1e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0140894  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5473  protein of unknown function DUF47  34.29 
 
 
213 aa  125  5e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.400135 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1484  protein of unknown function DUF47  38.73 
 
 
208 aa  125  6e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  5.48446e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0191  protein of unknown function DUF47  36.19 
 
 
213 aa  124  8e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.170479 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1677  hypothetical protein  32.7 
 
 
218 aa  124  1e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.324564  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5203  protein of unknown function DUF47  34.29 
 
 
213 aa  124  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.177281 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2334  hypothetical protein  33.33 
 
 
214 aa  123  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.590464 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2947  hypothetical protein  33.18 
 
 
214 aa  123  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.847202  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1084  Putitive phosphate transport regulator  31.75 
 
 
211 aa  122  3e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2678  protein of unknown function DUF47  34.76 
 
 
213 aa  122  5e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.509665 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0997  6Fe-6S prismane cluster-containing protein-like protein  33.5 
 
 
209 aa  122  6e-27  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.3197  normal  0.498449 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2522  protein of unknown function DUF47  33.81 
 
 
214 aa  121  6e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.244143  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2032  hypothetical protein  31.75 
 
 
215 aa  120  1e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.635616  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2577  hypothetical protein  32.06 
 
 
214 aa  120  1e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3760  putative low-affinity phosphate transport accessory protein  31.9 
 
 
214 aa  119  2e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.590376  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3162  hypothetical protein  33.49 
 
 
214 aa  119  4e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4359  protein of unknown function DUF47  34.93 
 
 
208 aa  119  4e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.547523  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0044  hypothetical protein  34.31 
 
 
209 aa  118  7e-26  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2657  hypothetical protein  34.8 
 
 
204 aa  115  4e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2384  protein of unknown function DUF47  32.37 
 
 
204 aa  114  7e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0816987  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1022  hypothetical protein  32.84 
 
 
209 aa  114  1e-24  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.808051 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0763  hypothetical protein  34.31 
 
 
209 aa  113  2e-24  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.615042  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2627  Putitive phosphate transport regulator  39.88 
 
 
203 aa  112  4e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0179  protein of unknown function DUF47  34.3 
 
 
217 aa  112  4e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5971  hypothetical protein  32.39 
 
 
214 aa  111  1e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.115846 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1747  hypothetical protein  31.75 
 
 
212 aa  110  1e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.0430129 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0891  protein of unknown function DUF47  32.68 
 
 
205 aa  109  3e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4258  hypothetical protein  33.17 
 
 
205 aa  108  5e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0449  hypothetical protein  32.85 
 
 
205 aa  107  1e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.124613  normal  0.413809 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0042  protein of unknown function DUF47  30 
 
 
207 aa  107  1e-22  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0562  hypothetical protein  30.58 
 
 
210 aa  107  1e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3022  Putative phosphate transport regulator  31.25 
 
 
206 aa  107  2e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0548  hypothetical protein  30.58 
 
 
210 aa  107  2e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1336  protein of unknown function DUF47  28.71 
 
 
211 aa  105  3e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0282  hypothetical protein  29.13 
 
 
282 aa  104  8e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.838969  normal  0.0453648 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0325  hypothetical protein  29.13 
 
 
208 aa  103  1e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00072705 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0588  protein of unknown function DUF47  31.71 
 
 
205 aa  103  2e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8017  protein of unknown function DUF47  30.52 
 
 
214 aa  102  5e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.938753  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0842  hypothetical protein  33.95 
 
 
215 aa  101  7e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3420  protein of unknown function DUF47  31.9 
 
 
210 aa  101  9e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>