114 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1284 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1284  hypothetical protein  100 
 
 		 248 aa  462  1e-129  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0623013  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1112  putative transmembrane protein  79.03 
 
 		 247 aa  348  6e-95  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.75356  normal  0.859222 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1205  hypothetical protein  80.24 
 
 		 247 aa  335  5e-91  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.50447  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2036  hypothetical protein  52.51 
 
 		 255 aa  205  4e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.424115 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2033  transmembrane protein  53.33 
 
 		 251 aa  186  4e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0461  putative transmembrane protein  42.23 
 
 		 239 aa  156  3e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1355  putative transmembrane protein  41.37 
 
 		 239 aa  143  2e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.0550104 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0203  hypothetical protein  35.62 
 
 		 230 aa  107  2e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1290  hypothetical protein  38.33 
 
 		 236 aa  107  2e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0252  hypothetical protein  40.83 
 
 		 223 aa  102  5e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0282  hypothetical protein  33.47 
 
 		 232 aa  96.7  3e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2482  hypothetical protein  36.92 
 
 		 221 aa  92  7e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1473  hypothetical protein  36.2 
 
 		 273 aa  92  8e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.068517  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1792  hypothetical protein  34.04 
 
 		 229 aa  91.3  1e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2066  integral membrane protein  31.3 
 
 		 220 aa  90.5  2e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0850  hypothetical protein  28.5 
 
 		 211 aa  87.8  1e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0945  hypothetical protein  34.39 
 
 		 272 aa  86.7  3e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1290  hypothetical protein  34.21 
 
 		 274 aa  85.1  9e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2424  hypothetical protein  35.9 
 
 		 220 aa  84.3  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1310  hypothetical protein  35.06 
 
 		 235 aa  83.2  0.000000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1049  hypothetical protein  39.44 
 
 		 223 aa  81.3  0.00000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1988  hypothetical protein  29.8 
 
 		 249 aa  80.9  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02062  integral membrane protein  32.9 
 
 		 219 aa  79.7  0.00000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.157996  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02296  hypothetical protein  27.23 
 
 		 225 aa  79.3  0.00000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2923  hypothetical protein  36.52 
 
 		 225 aa  79  0.00000000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.226057  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0771  hypothetical protein  32.75 
 
 		 344 aa  77.8  0.0000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000418366  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1952  hypothetical protein  30.26 
 
 		 230 aa  77  0.0000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0932  hypothetical protein  32.19 
 
 		 231 aa  75.9  0.0000000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.748857  normal  0.699875 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1844  hypothetical protein  31.17 
 
 		 230 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.106534  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2013  hypothetical protein  30.7 
 
 		 230 aa  74.7  0.000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000381426 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1962  hypothetical protein  30.7 
 
 		 230 aa  74.7  0.000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00784562 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2163  hypothetical protein  31.14 
 
 		 230 aa  74.7  0.000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.434143  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2213  hypothetical protein  31.14 
 
 		 230 aa  74.7  0.000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.113796  normal  0.262784 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2357  hypothetical protein  30.26 
 
 		 234 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2114  hypothetical protein  30.7 
 
 		 230 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.141432  normal  0.255263 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0375  hypothetical protein  26.58 
 
 		 221 aa  73.9  0.000000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.767045  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4494  hypothetical protein  31.14 
 
 		 230 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2208  hypothetical protein  31.14 
 
 		 230 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0224679  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1992  hypothetical protein  30.87 
 
 		 230 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0778906  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003474  membrane protein  28.14 
 
 		 225 aa  73.9  0.000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.551919  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1922  hypothetical protein  27.39 
 
 		 226 aa  73.2  0.000000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2221  hypothetical protein  30.7 
 
 		 235 aa  73.6  0.000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000192671  normal  0.249817 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2418  hypothetical protein  32.17 
 
 		 230 aa  72.8  0.000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0165025  decreased coverage  0.000000160717 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1046  hypothetical protein  30.39 
 
 		 224 aa  72  0.000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.165842  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2221  hypothetical protein  29.71 
 
 		 230 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.157963  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2218  hypothetical protein  31.65 
 
 		 230 aa  70.1  0.00000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2297  ferric reductase domain-containing protein protein transmembrane component domain-containing protein  32 
 
 		 410 aa  70.5  0.00000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1570  membrane protein  28.06 
 
 		 224 aa  70.1  0.00000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.403322  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1798  hypothetical protein  34.23 
 
 		 230 aa  69.3  0.00000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.442592  normal  0.18393 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2541  hypothetical protein  25.23 
 
 		 233 aa  68.9  0.00000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.832454  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1666  hypothetical protein  24.23 
 
 		 219 aa  67.4  0.0000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.809334  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2414  hypothetical protein  33.33 
 
 		 279 aa  67.4  0.0000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1841  hypothetical protein  27.23 
 
 		 219 aa  67.8  0.0000000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1371  hypothetical protein  28.05 
 
 		 225 aa  66.2  0.0000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.538624  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1093  hypothetical protein  31.58 
 
 		 239 aa  66.2  0.0000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1229  hypothetical protein  33.94 
 
 		 219 aa  65.5  0.0000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0538  hypothetical protein  31.65 
 
 		 239 aa  65.5  0.0000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2119  heavy metal transport/detoxification protein  28.37 
 
 		 621 aa  64.7  0.000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1485  hypothetical protein  23.71 
 
 		 219 aa  64.3  0.000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1009  hypothetical protein  31.58 
 
 		 239 aa  64.3  0.000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0675  hypothetical protein  32.91 
 
 		 226 aa  63.5  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3048  hypothetical protein  31.74 
 
 		 219 aa  63.5  0.000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2083  hypothetical protein  27.31 
 
 		 225 aa  62  0.000000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.000000109984  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1815  hypothetical protein  28.39 
 
 		 228 aa  61.6  0.00000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.42452  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2489  integral membrane protein  28.17 
 
 		 228 aa  61.2  0.00000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0864666 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1191  Ferric reductase domain protein transmembrane component domain protein  32.64 
 
 		 409 aa  60.8  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.330139  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2017  hypothetical protein  25.74 
 
 		 229 aa  59.7  0.00000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5319  hypothetical protein  32.31 
 
 		 253 aa  59.7  0.00000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0811669 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1158  hypothetical protein  64 
 
 		 236 aa  59.7  0.00000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.115759  normal  0.102701 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0373  hypothetical protein  24.65 
 
 		 220 aa  59.3  0.00000006  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0686  hypothetical protein  29.95 
 
 		 238 aa  58.9  0.00000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3422  hypothetical protein  35.96 
 
 		 249 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.6315  normal  0.0560665 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1245  hypothetical protein  30.23 
 
 		 228 aa  58.2  0.0000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0238  hypothetical protein  34.3 
 
 		 393 aa  58.2  0.0000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.563587 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3785  hypothetical protein  35.68 
 
 		 227 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0684997  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0720  hypothetical protein  32.63 
 
 		 214 aa  58.2  0.0000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0477616  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44460  hypothetical protein  35.21 
 
 		 227 aa  57  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0118688  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1994  hypothetical protein  35.75 
 
 		 227 aa  56.2  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.31903  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2784  hypothetical protein  29.63 
 
 		 238 aa  55.8  0.0000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.484233  normal  0.649515 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3557  hypothetical protein  33.02 
 
 		 232 aa  55.5  0.0000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0172503  normal  0.774445 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1939  hypothetical protein  30.65 
 
 		 225 aa  55.5  0.0000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.172428  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0800  hypothetical protein  29.17 
 
 		 263 aa  55.5  0.0000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.181094  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1095  hypothetical protein  40.85 
 
 		 186 aa  55.1  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.598703  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1143  hypothetical protein  25.69 
 
 		 226 aa  55.1  0.000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00632883  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1574  hypothetical protein  24.23 
 
 		 224 aa  54.7  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0185  hypothetical protein  25.5 
 
 		 232 aa  54.7  0.000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000266535  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0792  hypothetical protein  27.35 
 
 		 288 aa  53.5  0.000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2612  hypothetical protein  45.33 
 
 		 227 aa  53.1  0.000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.471108  normal  0.594742 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0400  hypothetical protein  28.12 
 
 		 297 aa  52.8  0.000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.686075  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1224  hypothetical protein  36.13 
 
 		 220 aa  52  0.000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.042848  normal  0.766858 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3828  hypothetical protein  35.1 
 
 		 227 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1532  hypothetical protein  45.21 
 
 		 261 aa  50.1  0.00003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19930  hypothetical protein  41.25 
 
 		 289 aa  50.1  0.00003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0727  hypothetical protein  28.57 
 
 		 249 aa  49.7  0.00004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.227366  normal  0.944442 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1814  hypothetical protein  33.8 
 
 		 227 aa  49.7  0.00005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1831  hypothetical protein  30 
 
 		 233 aa  48.1  0.0001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.177382 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1959  hypothetical protein  25.89 
 
 		 423 aa  48.1  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.178526  normal  0.959874 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1176  hypothetical protein  33.53 
 
 		 223 aa  48.1  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.526094  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1849  heavy metal transport/detoxification protein  26.77 
 
 		 499 aa  48.1  0.0001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1605  hypothetical protein  45.07 
 
 		 198 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.100156  normal  0.0122342 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>