More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1230 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1230  hypothetical protein  100 
 
 		 246 aa  497  1e-140  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00965516  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1074  Silent information regulator protein Sir2  91.27 
 
 		 249 aa  437  9.999999999999999e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.269668  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1166  Silent information regulator protein Sir2  91.27 
 
 		 249 aa  437  9.999999999999999e-123  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00563616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2070  silent information regulator protein Sir2  72.41 
 
 		 260 aa  350  8e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2090  silent information regulator protein Sir2  68.91 
 
 		 244 aa  348  6e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.34038  normal  0.342768 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3017  silent information regulator protein Sir2  56.12 
 
 		 245 aa  256  2e-67  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.234408 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2262  silent information regulator protein Sir2  56.52 
 
 		 260 aa  244  9e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.477016  normal  0.695636 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1612  Silent information regulator protein Sir2  56.52 
 
 		 260 aa  244  9.999999999999999e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.391649  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4025  silent information regulator protein Sir2  55.13 
 
 		 284 aa  244  9.999999999999999e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.235336 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1904  silent information regulator protein Sir2  51.65 
 
 		 258 aa  233  2.0000000000000002e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0865072 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1341  silent information regulator protein Sir2  55.17 
 
 		 233 aa  228  6e-59  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0895566  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1593  silent information regulator protein Sir2  51.53 
 
 		 248 aa  228  7e-59  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33150  transcriptional regulator Sir2 family protein  50.2 
 
 		 243 aa  216  2.9999999999999998e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.419253  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1959  NAD-dependent deacetylase  53.22 
 
 		 269 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0793  NAD-dependent deacetylase  51.98 
 
 		 251 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000283822 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2870  silent information regulator protein Sir2  50.83 
 
 		 258 aa  213  1.9999999999999998e-54  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.921414  normal  0.0955445 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4244  cobalamin biosynthetic protein  53.11 
 
 		 250 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0601  silent information regulator protein Sir2  47.95 
 
 		 249 aa  211  7e-54  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.496175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3171  silent information regulator protein Sir2  46.34 
 
 		 249 aa  211  1e-53  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1992  Silent information regulator protein Sir2  48.63 
 
 		 264 aa  209  2e-53  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0299  silent information regulator protein Sir2  52.79 
 
 		 249 aa  210  2e-53  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.769715 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49820  cobalamin biosynthetic protein  53.11 
 
 		 250 aa  210  2e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1260  silent information regulator protein Sir2  50 
 
 		 247 aa  208  6e-53  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0543594  decreased coverage  0.000122982 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0872  NAD-dependent deacetylase  50.41 
 
 		 251 aa  206  2e-52  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05780  NAD-dependent protein deacetylase, SIR2 family  49.79 
 
 		 251 aa  205  5e-52  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.577627 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1314  Silent information regulator protein Sir2  45.64 
 
 		 273 aa  205  6e-52  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.170903  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0457  silent information regulator protein Sir2  43.32 
 
 		 266 aa  204  9e-52  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.489877  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0910  Silent information regulator protein Sir2  48.26 
 
 		 248 aa  204  1e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.44654  hitchhiker  0.00105872 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1963  NAD-dependent deacetylase  50.43 
 
 		 246 aa  202  5e-51  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0033  silent information regulator protein Sir2  47.06 
 
 		 262 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.483046 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5402  Sir2 family transcriptional regulator  47.48 
 
 		 262 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00282783 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2323  Silent information regulator protein Sir2  49.78 
 
 		 256 aa  199  1.9999999999999998e-50  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.687351  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11175  NAD-dependent deacetylase  48.5 
 
 		 237 aa  199  3e-50  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2348  silent information regulator protein Sir2  44.76 
 
 		 252 aa  196  3e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06290  NAD-dependent protein deacetylase, SIR2 family  46.27 
 
 		 306 aa  194  1e-48  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0975292  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1777  silent information regulator protein Sir2  42.92 
 
 		 242 aa  193  2e-48  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1597  silent information regulator protein Sir2  47.84 
 
 		 244 aa  192  4e-48  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0202  Silent information regulator protein Sir2  43.91 
 
 		 245 aa  191  9e-48  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.000903537  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3557  silent information regulator protein Sir2  46.35 
 
 		 244 aa  189  2.9999999999999997e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.252048  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4062  NAD-dependent deacetylase  48.26 
 
 		 237 aa  187  2e-46  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2040  silent information regulator protein Sir2  47.83 
 
 		 241 aa  187  2e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.383265  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4137  NAD-dependent deacetylase  48.26 
 
 		 237 aa  187  2e-46  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4291  NAD-dependent deacetylase  47.83 
 
 		 237 aa  185  7e-46  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2038  Silent information regulator protein Sir2  46.84 
 
 		 245 aa  183  2.0000000000000003e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1594  silent information regulator protein Sir2  42.17 
 
 		 259 aa  184  2.0000000000000003e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2134  NAD-dependent deacetylase  46.98 
 
 		 236 aa  182  4.0000000000000006e-45  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.626555  normal  0.354887 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1261  silent information regulator protein Sir2  45.25 
 
 		 259 aa  181  9.000000000000001e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000136292 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4570  NAD-dependent deacetylase  46.98 
 
 		 236 aa  181  1e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.245056 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1627  Sir2 family transcriptional regulator  46.91 
 
 		 255 aa  178  7e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0442  NAD-dependent deacetylase  41.98 
 
 		 257 aa  174  8e-43  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.869498  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2230  NAD-dependent deacetylase  47.75 
 
 		 242 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0952  Silent information regulator protein Sir2  44.57 
 
 		 265 aa  174  9.999999999999999e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.393847 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0584  transcriptional regulator, Sir2 family  48.7 
 
 		 230 aa  171  1e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0511686  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0527  Silent information regulator protein Sir2  43.05 
 
 		 230 aa  171  1e-41  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1372  NAD-dependent deacetylase  42.53 
 
 		 242 aa  168  6e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000000473909  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3172  silent information regulator protein Sir2  41.38 
 
 		 244 aa  167  2e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0751  silent information regulator protein Sir2  43.91 
 
 		 248 aa  166  4e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000031386  normal  0.92086 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4675  transcriptional regulator, Sir2 family  43.84 
 
 		 256 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.186649  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1968  Silent information regulator protein Sir2  43.35 
 
 		 229 aa  163  2.0000000000000002e-39  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.00937822  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0285  Silent information regulator protein Sir2  40.27 
 
 		 247 aa  163  3e-39  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2614  Silent information regulator protein Sir2  41.37 
 
 		 248 aa  160  1e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.727744  normal  0.849017 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4163  silent information regulator protein Sir2  38.71 
 
 		 256 aa  159  4e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.146558 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1764  NAD-dependent deacetylase  44.94 
 
 		 250 aa  158  1e-37  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.670653  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2032  Silent information regulator protein Sir2  41.33 
 
 		 235 aa  157  2e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.375007  normal  0.693202 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0362  NAD-dependent deacetylase  43.48 
 
 		 231 aa  157  2e-37  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2032  silent information regulator protein Sir2  36.75 
 
 		 256 aa  157  2e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.242203  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2748  NAD-dependent deacetylase  45.58 
 
 		 233 aa  156  3e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.608759 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1622  NAD-dependent deacetylase  42.92 
 
 		 276 aa  156  3e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2473  NAD-dependent deacetylase  40.64 
 
 		 276 aa  155  4e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.126045  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2781  NAD-dependent deacetylase  40.66 
 
 		 276 aa  155  6e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0690424  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1096  NAD-dependent deacetylase  41.33 
 
 		 245 aa  154  9e-37  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2952  silent information regulator protein Sir2  40.17 
 
 		 264 aa  152  4e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00521347 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1330  NAD-dependent deacetylase  41.96 
 
 		 253 aa  152  4e-36  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.211112  normal  0.636269 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3938  silent information regulator protein Sir2  44.64 
 
 		 237 aa  152  7e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.137348 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1585  NAD-dependent deacetylase  40.17 
 
 		 237 aa  150  1e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.118792  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2081  Silent information regulator protein Sir2  43.75 
 
 		 259 aa  150  2e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0787745  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0294  Silent information regulator protein Sir2  41.94 
 
 		 249 aa  150  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.4176  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1211  Silent information regulator protein Sir2  37.33 
 
 		 230 aa  150  2e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000184843  hitchhiker  0.000443834 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1116  NAD-dependent deacetylase  39.62 
 
 		 259 aa  149  4e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4088  silent information regulator protein Sir2  40 
 
 		 244 aa  149  4e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000992713  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0371  silent information regulator protein Sir2  42.86 
 
 		 226 aa  149  4e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.157699 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02284  NAD-dependent deacetylase  37.5 
 
 		 243 aa  149  4e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0747  silent information regulator protein Sir2  36.68 
 
 		 244 aa  149  5e-35  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00199209  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003486  NAD-dependent protein deacetylase of SIR2 family  38.36 
 
 		 243 aa  148  6e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.657573  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1466  NAD-dependent deacetylase  39.15 
 
 		 235 aa  148  7e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01118  NAD-dependent deacetylase  41.23 
 
 		 279 aa  148  8e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2527  Silent information regulator protein Sir2  41.23 
 
 		 279 aa  148  8e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000048723  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01126  hypothetical protein  41.23 
 
 		 279 aa  148  8e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2481  NAD-dependent deacetylase  41.23 
 
 		 279 aa  148  8e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0142081  normal  0.162011 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1242  NAD-dependent deacetylase  41.23 
 
 		 279 aa  148  8e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00135045  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1500  NAD-dependent deacetylase  41.23 
 
 		 273 aa  148  9e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000250063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2006  NAD-dependent deacetylase  41.23 
 
 		 273 aa  148  9e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.423996  normal  0.175546 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2203  NAD-dependent deacetylase  41.23 
 
 		 273 aa  148  9e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3228  silent information regulator protein Sir2  37.98 
 
 		 273 aa  147  1.0000000000000001e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.120892  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5448  Silent information regulator protein Sir2  43.85 
 
 		 229 aa  147  1.0000000000000001e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.664721  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2817  silent information regulator protein Sir2  44.97 
 
 		 225 aa  147  1.0000000000000001e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0265  silent information regulator protein Sir2  43.48 
 
 		 232 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.708691  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3344  silent information regulator protein Sir2  39.34 
 
 		 261 aa  146  3e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.460999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2058  NAD-dependent deacetylase  39.61 
 
 		 242 aa  145  4.0000000000000006e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1145  NAD-dependent deacetylase  40.61 
 
 		 254 aa  145  4.0000000000000006e-34  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.350609 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>