More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1223 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc1223  putative serine protease transmembrane protein  100 
 
 
304 aa  610  1e-173  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00070103  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1067  HflC protein  94.74 
 
 
304 aa  567  1e-161  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277873  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1159  HflC protein  94.41 
 
 
304 aa  566  1e-160  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.712281 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2098  HflC protein  71.62 
 
 
300 aa  454  1e-127  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2078  hypothetical protein  74.04 
 
 
303 aa  451  1e-125  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0674  HflC protein  61.48 
 
 
289 aa  372  1e-102  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1283  HflC protein  61.84 
 
 
289 aa  369  1e-101  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.368114  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2977  hypothetical protein  56.75 
 
 
295 aa  343  1e-93  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1988  putative serine protease transmembrane protein  53.9 
 
 
296 aa  340  1e-92  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0922969  normal  0.083656 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0444  HflC protein  57.54 
 
 
292 aa  340  1e-92  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.653206  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2860  HflC protein  56.08 
 
 
295 aa  339  2.9999999999999998e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3382  HflC protein  58.19 
 
 
293 aa  338  5e-92  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1178  HflC protein  54.36 
 
 
301 aa  331  9e-90  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.7077 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0072  HflC protein  54.83 
 
 
302 aa  328  5.0000000000000004e-89  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.055112  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2299  HflC protein  53.79 
 
 
299 aa  324  1e-87  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0783703  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1098  HflC protein  55.22 
 
 
301 aa  324  1e-87  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0604  hypothetical protein  57.19 
 
 
293 aa  322  5e-87  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.256149 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2600  HflC protein  53.21 
 
 
300 aa  312  3.9999999999999997e-84  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.558304  normal  0.617958 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1432  HflC protein  56.72 
 
 
299 aa  311  6.999999999999999e-84  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.200171  normal  0.890554 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5011  HflC protein  53.72 
 
 
296 aa  311  9e-84  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.315968  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1880  HflC protein  54.51 
 
 
299 aa  310  2e-83  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.476846  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1586  HflC protein  55.39 
 
 
294 aa  309  5e-83  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.258127  unclonable  0.000000224598 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2195  HflC protein  53.79 
 
 
301 aa  307  1.0000000000000001e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1091  HflC protein  52.14 
 
 
284 aa  278  1e-73  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0900  HflC protein  45.45 
 
 
289 aa  253  3e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.219855  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0576  HflC protein  48.63 
 
 
298 aa  252  7e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.484979  hitchhiker  0.000000000249888 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1941  HflC protein  44.36 
 
 
294 aa  246  2e-64  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4167  HflC protein  45.17 
 
 
292 aa  246  4e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000744211  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0800  HflC protein  43.39 
 
 
292 aa  245  6.999999999999999e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00875081  hitchhiker  0.00773647 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0569  HflC protein  42.52 
 
 
292 aa  242  7e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000254764  normal  0.126336 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0601  HflC protein  43.96 
 
 
297 aa  241  2e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000974479  hitchhiker  0.00702769 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3429  HflC protein  43.96 
 
 
297 aa  241  2e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00841397  normal  0.0439963 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0606  hflC protein  43.73 
 
 
297 aa  239  4e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0663  HflC protein  43.19 
 
 
302 aa  239  5e-62  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0721748  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3202  HflC protein  43.24 
 
 
298 aa  238  8e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.11004  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3537  HflC protein  42.71 
 
 
292 aa  238  9e-62  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000127879  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0600  HflC protein  43.29 
 
 
297 aa  237  2e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00172359  hitchhiker  0.00000122116 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3981  HflC protein  42.07 
 
 
294 aa  235  7e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.515796  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00652  Membrane protease, stomatin/prohibitin family protein  41.89 
 
 
293 aa  233  2.0000000000000002e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07570  membrane bound protease regulator HflC  45.32 
 
 
287 aa  233  3e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1602  FtsH protease activity modulator HflC  45.79 
 
 
300 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.155202  normal  0.359083 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1828  HflC protein  43.1 
 
 
300 aa  232  8.000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.540549  normal  0.180131 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3764  HflC protein  42.37 
 
 
297 aa  231  1e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000648597  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0561  HflC protein  42.37 
 
 
297 aa  231  1e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000351984  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3890  HflC protein  42.37 
 
 
297 aa  231  1e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000138111  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3707  HflC protein  42.37 
 
 
297 aa  231  1e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000572982  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2587  HflC-like protein  45.11 
 
 
304 aa  230  3e-59  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0635076  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5105  membrane protein, HflC  43.1 
 
 
299 aa  229  4e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.173706  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1715  HflC protein  42.41 
 
 
299 aa  229  4e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.90323  normal  0.244778 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6275  HflC protein  43.1 
 
 
299 aa  229  4e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.364844  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1804  HflC protein  43.1 
 
 
299 aa  229  4e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.266909  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1742  HflC protein  42.07 
 
 
299 aa  228  7e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3308  HflC protein  43.73 
 
 
292 aa  228  1e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3277  HflC protein  44.07 
 
 
297 aa  227  2e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000125944  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1412  band 7 protein  45.33 
 
 
304 aa  226  3e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.667221  hitchhiker  0.0000177218 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0328  HflC protein  42.12 
 
 
295 aa  226  4e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.791365  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4939  hflC protein  43.97 
 
 
289 aa  225  8e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.744013  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3235  HflC protein  40.82 
 
 
288 aa  224  1e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.0000478035  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2533  band 7 protein  44.3 
 
 
300 aa  223  3e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00510027  hitchhiker  0.0000246325 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0575  hypothetical protein  43.62 
 
 
289 aa  223  4e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0526  hypothetical protein  42.96 
 
 
289 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0925485  normal  0.267523 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1471  band 7 protein  41.41 
 
 
299 aa  219  3e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0967739  normal  0.234957 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0488  HflC protein  40.77 
 
 
295 aa  220  3e-56  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3022  hflC protein  41.44 
 
 
308 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000029647  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2664  protease subunit HflC  42.91 
 
 
291 aa  218  1e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2774  HflC protein  39.06 
 
 
294 aa  216  2.9999999999999998e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1280  HflC protein  38.85 
 
 
297 aa  216  4e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.393692  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5670  protease subunit HflC  43.06 
 
 
289 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2766  HflC protein  39.5 
 
 
291 aa  213  1.9999999999999998e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.147962  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65270  protease subunit HflC  42.71 
 
 
289 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0638  HflC protein  45.39 
 
 
289 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0112821 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1980  hflC protein  43.28 
 
 
287 aa  211  9e-54  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4682  HflC protein  44.11 
 
 
289 aa  211  9e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2242  HflC protein  43.79 
 
 
299 aa  209  5e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.564384  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4891  HflC protein  43.66 
 
 
289 aa  206  3e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.191561  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4767  HflC protein  43.66 
 
 
289 aa  206  3e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4528  HflC protein  38 
 
 
325 aa  206  4e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.788095 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4943  HflC protein  43.31 
 
 
289 aa  205  8e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00429597 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2459  HflC protein  36.99 
 
 
290 aa  204  1e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.118766 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2629  HflC protein  41.46 
 
 
293 aa  203  2e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  unclonable  0.00000000000539146 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0070  ftsH protease activity modulator HflC  43.79 
 
 
299 aa  203  3e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.216158  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1337  ftsH protease activity modulator HflC  43.79 
 
 
299 aa  203  3e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.127713  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2346  HflC protein  43.79 
 
 
299 aa  203  3e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2219  HflC protein  43.79 
 
 
299 aa  203  3e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2181  HflC protein  43.79 
 
 
299 aa  203  3e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1826  ftsH protease activity modulator HflC  43.79 
 
 
299 aa  203  3e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002262  HflC protein  36.28 
 
 
326 aa  200  1.9999999999999998e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00114995  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1088  HflC protein  36.81 
 
 
328 aa  199  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.11718 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02635  HflC protein  39.86 
 
 
282 aa  199  3.9999999999999996e-50  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00091  serine protease  34.38 
 
 
326 aa  195  6e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1887  hflC protein  38.67 
 
 
290 aa  195  8.000000000000001e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0578137  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1562  HflC protein  38.67 
 
 
290 aa  195  8.000000000000001e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000166482 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2675  HflC protein  38.73 
 
 
284 aa  194  1e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0148023 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0434  FtsH protease regulator HflC  35.95 
 
 
335 aa  194  1e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.476328  unclonable  0.0000000374568 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3718  FtsH protease regulator HflC  35.87 
 
 
331 aa  193  3e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0820553  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0358  FtsH protease regulator HflC  36.86 
 
 
334 aa  193  3e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.470776  hitchhiker  0.00397927 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2202  hypothetical protein  38.44 
 
 
293 aa  193  4e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3650  FtsH protease regulator HflC  35.54 
 
 
334 aa  192  7e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0696  FtsH protease regulator HflC  35.54 
 
 
334 aa  192  7e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3795  FtsH protease regulator HflC  35.54 
 
 
334 aa  192  7e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>