44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1195 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1195  hypothetical protein  100 
 
 		 501 aa  1018    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.282348  normal  0.538855 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2536  Carbohydrate-selective porin OprB  66.74 
 
 		 498 aa  651    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.761533 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1131  Carbohydrate-selective porin OprB  76.61 
 
 		 446 aa  717    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.778341 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4992  Carbohydrate-selective porin OprB  66.95 
 
 		 498 aa  654    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000230615  hitchhiker  0.00966153 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1039  Carbohydrate-selective porin OprB  76.39 
 
 		 462 aa  714    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.661938 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7274  hypothetical protein  53.19 
 
 		 693 aa  456  1e-127  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1454  hypothetical protein  48.8 
 
 		 665 aa  437  1e-121  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236827  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3415  putative outer membrane protein of unknown function  52.33 
 
 		 680 aa  430  1e-119  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.154801  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4249  Carbohydrate-selective porin OprB  50.24 
 
 		 670 aa  412  1e-113  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3564  carbohydrate-selective porin OprB  48.56 
 
 		 724 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7453  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  45.25 
 
 		 710 aa  380  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0722321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0567  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  47.06 
 
 		 661 aa  372  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.284083 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1552  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  45.22 
 
 		 598 aa  367  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0187168  normal  0.160619 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0473  Carbohydrate-selective porin OprB  46.34 
 
 		 689 aa  364  2e-99  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.693985  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7486  OmpA domain-containing protein  45.93 
 
 		 662 aa  360  3e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661615  normal  0.200783 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0329  carbohydrate-selective porin OprB  43.75 
 
 		 674 aa  359  8e-98  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0352  carbohydrate-selective porin OprB  40.62 
 
 		 492 aa  345  1e-93  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0411  hypothetical protein  41.39 
 
 		 499 aa  339  7e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0423  carbohydrate-selective porin OprB  44.93 
 
 		 692 aa  338  9.999999999999999e-92  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3545  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  43.11 
 
 		 437 aa  322  9.999999999999999e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.339839 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3804  carbohydrate-selective porin OprB  42.07 
 
 		 708 aa  321  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0335542 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2951  Carbohydrate-selective porin OprB  42.82 
 
 		 482 aa  318  1e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1665  Carbohydrate-selective porin OprB  42.82 
 
 		 482 aa  318  1e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1331  carbohydrate-selective porin OprB  40.27 
 
 		 494 aa  318  1e-85  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2010  carbohydrate-selective porin OprB  41.82 
 
 		 703 aa  317  3e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.10211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3166  Carbohydrate-selective porin OprB  43.72 
 
 		 482 aa  317  4e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.390986  hitchhiker  0.000000000149961 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1972  Carbohydrate-selective porin OprB  43.93 
 
 		 703 aa  315  9.999999999999999e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0983998 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1590  Carbohydrate-selective porin OprB  40.73 
 
 		 476 aa  313  3.9999999999999997e-84  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2286  Carbohydrate-selective porin OprB  41.82 
 
 		 703 aa  313  3.9999999999999997e-84  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.725177 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6797  Carbohydrate-selective porin OprB  38.15 
 
 		 458 aa  295  1e-78  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0647  Carbohydrate-selective porin OprB  38.27 
 
 		 472 aa  285  1.0000000000000001e-75  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0703  carbohydrate-selective porin OprB  37.91 
 
 		 471 aa  285  1.0000000000000001e-75  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4280  carbohydrate-selective porin OprB  40.24 
 
 		 478 aa  285  2.0000000000000002e-75  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2120  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  35.35 
 
 		 490 aa  250  5e-65  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0794  Carbohydrate-selective porin OprB  29.76 
 
 		 473 aa  184  4.0000000000000006e-45  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.00000000000421873  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1395  Carbohydrate-selective porin OprB  29.46 
 
 		 471 aa  177  3e-43  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.567539  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3768  Carbohydrate-selective porin OprB  24.83 
 
 		 476 aa  57.8  0.0000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS06177  hypothetical protein  43.08 
 
 		 116 aa  56.2  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1112  hypothetical protein  24.53 
 
 		 490 aa  54.7  0.000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.503741  normal  0.220663 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3661  Carbohydrate-selective porin OprB  24.13 
 
 		 476 aa  51.2  0.00004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0779  carbohydrate-selective porin OprB  21.5 
 
 		 467 aa  46.2  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000860096  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1632  putative porin B precursor outer (glucose porin) transmembrane protein  26.42 
 
 		 456 aa  44.7  0.004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4912  Carbohydrate-selective porin OprB  23.08 
 
 		 456 aa  43.9  0.006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00363735  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3835  Carbohydrate-selective porin OprB  23.08 
 
 		 456 aa  43.9  0.006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.899229 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>