More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1178 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1178  lipoprotein transmembrane  100 
 
 		 319 aa  638    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0068369  normal  0.214637 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1021  Patatin  88.12 
 
 		 318 aa  559  1e-158  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.000453292  normal  0.111336 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1113  Patatin  87.19 
 
 		 318 aa  551  1e-156  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.344867  normal  0.718467 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2141  patatin  69.75 
 
 		 316 aa  418  1e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000481175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2124  patatin  69.51 
 
 		 311 aa  409  1e-113  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0232025  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1232  patatin  65.35 
 
 		 301 aa  335  3.9999999999999995e-91  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.288587  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1641  putative exported phospholipase  56.86 
 
 		 315 aa  328  9e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000163376  normal  0.216131 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2496  Patatin  56.31 
 
 		 317 aa  323  2e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000766649  normal  0.0142834 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1378  patatin  57.99 
 
 		 358 aa  320  9.999999999999999e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000417303  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1219  patatin  61.22 
 
 		 349 aa  319  3e-86  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000227608  normal  0.293429 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5366  patatin  56.54 
 
 		 308 aa  319  3e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00588033  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1983  patatin-like phospholipase  58.57 
 
 		 358 aa  318  7e-86  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00013559  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1601  patatin-like phospholipase  56.21 
 
 		 306 aa  317  2e-85  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00000189293  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2629  patatin-like phospholipase  57.86 
 
 		 474 aa  316  3e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000046656  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2542  patatin family phospholipase  57.86 
 
 		 347 aa  316  4e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0832269  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2488  patatin family phospholipase  57.86 
 
 		 347 aa  315  5e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00508161  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2089  patatin  60.53 
 
 		 302 aa  315  7e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0014749  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2104  patatin-like phospholipase  57.5 
 
 		 347 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000214716  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1959  patatin  60.15 
 
 		 302 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00223857  normal  0.276293 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6020  patatin  59.77 
 
 		 305 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0050744  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2076  patatin  59.77 
 
 		 306 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000287945  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2057  patatin  59.77 
 
 		 305 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000544738  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1377  patatin-like phospholipase  55.88 
 
 		 347 aa  286  4e-76  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00276521  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3209  patatin-like phospholipase  55.88 
 
 		 347 aa  286  4e-76  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000000473323  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0361  patatin  54.51 
 
 		 323 aa  282  5.000000000000001e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1864  patatin  53.46 
 
 		 293 aa  275  7e-73  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00450091  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1611  patatin  50.98 
 
 		 327 aa  272  5.000000000000001e-72  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000105595  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3091  patatin  57.61 
 
 		 298 aa  271  1e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0120977  normal  0.361961 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0302  patatin  54.79 
 
 		 302 aa  270  4e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1505  putative exported phospholipase  55.34 
 
 		 308 aa  265  1e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.000365604  normal  0.370586 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0051  lipoprotein  50.77 
 
 		 346 aa  263  3e-69  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.678832  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0042  patatin  51.16 
 
 		 346 aa  263  3e-69  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0035  Patatin  51.92 
 
 		 330 aa  259  4e-68  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.488757  hitchhiker  0.0000189708 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3706  patatin  49.66 
 
 		 348 aa  258  9e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0453278 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1099  Patatin  62.79 
 
 		 216 aa  258  1e-67  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2086  patatin  52.85 
 
 		 346 aa  256  3e-67  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.154282  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03596  lipoprotein  50.36 
 
 		 345 aa  252  8.000000000000001e-66  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1180  putative lipoprotein  60 
 
 		 223 aa  204  2e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0293154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1467  patatin  40.75 
 
 		 311 aa  198  1.0000000000000001e-49  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1562  Patatin  40.98 
 
 		 320 aa  193  4e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0111383  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1467  Patatin  40.98 
 
 		 320 aa  193  4e-48  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.664226  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2396  patatin  40.98 
 
 		 333 aa  192  5e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.950411  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2892  patatin  36.76 
 
 		 320 aa  179  4.999999999999999e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.679989  normal  0.123114 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1002  Patatin  38.64 
 
 		 273 aa  169  6e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.687933  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1351  Patatin  36.58 
 
 		 256 aa  167  2e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.019632  normal  0.0919184 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2467  patatin  36.29 
 
 		 324 aa  164  2.0000000000000002e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.223605  normal  0.803434 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1874  Lysophospholipase  38.28 
 
 		 262 aa  162  6e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0325  patatin-like phospholipase family protein  36.19 
 
 		 275 aa  160  3e-38  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1250  Patatin  39.75 
 
 		 315 aa  159  5e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2403  patatin  34.15 
 
 		 335 aa  154  2e-36  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.661464 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10170  Patatin  33.33 
 
 		 260 aa  154  2.9999999999999998e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.794259  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_266  patatin-like phospholipase  34.73 
 
 		 275 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0164  patatin  35.96 
 
 		 300 aa  153  4e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0304  patatin  34.8 
 
 		 275 aa  153  4e-36  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2630  patatin  33.74 
 
 		 263 aa  150  2e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000390545  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1673  Patatin  35.22 
 
 		 316 aa  150  2e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.797589  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2082  patatin  34.91 
 
 		 316 aa  150  3e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00726346  normal  0.98017 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2087  hypothetical protein  33.7 
 
 		 334 aa  150  4e-35  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1397  patatin  35 
 
 		 728 aa  150  4e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4020  patatin  35.67 
 
 		 728 aa  149  5e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0160946 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4514  patatin  35 
 
 		 751 aa  148  9e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3827  Patatin  36.1 
 
 		 253 aa  149  9e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000306968  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1174  patatin  41.11 
 
 		 287 aa  147  3e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3803  patatin  35.15 
 
 		 727 aa  146  5e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.799265  hitchhiker  0.00000293733 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3754  patatin  33.72 
 
 		 263 aa  145  6e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.517458  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0430  patatin-like phospholipase  37.5 
 
 		 753 aa  145  6e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.622197  normal  0.410505 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1014  hypothetical protein  34.95 
 
 		 292 aa  145  7.0000000000000006e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0981  hypothetical protein  34.95 
 
 		 292 aa  145  8.000000000000001e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3839  phospholipase  33.72 
 
 		 263 aa  145  9e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.756458  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4137  phospholipase  33.72 
 
 		 263 aa  145  9e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.866358  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3942  phospholipase, patatin family  33.72 
 
 		 263 aa  145  9e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3973  phospholipase, putative  33.72 
 
 		 263 aa  145  1e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.533695  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1816  patatin  36.43 
 
 		 728 aa  145  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3669  patatin-like phospholipase  33.33 
 
 		 263 aa  145  1e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0414578  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3686  patatin-like phospholipase  33.72 
 
 		 263 aa  145  1e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.239904  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4039  phospholipase, patatin family  33.72 
 
 		 263 aa  145  1e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000244848  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0765  phospholipase, putative  32.94 
 
 		 272 aa  145  1e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.557245  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3593  patatin  43.68 
 
 		 335 aa  145  1e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.0017391  normal  0.0781992 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5123  Patatin  34.44 
 
 		 354 aa  144  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2063  patatin  42.56 
 
 		 327 aa  144  2e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.340331  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2202  hypothetical protein  33.66 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02066  Alpha-beta superfamily hydrolase  41.94 
 
 		 341 aa  144  3e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.191393  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2084  Patatin  38 
 
 		 250 aa  143  3e-33  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1896  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0062  hypothetical protein  35.45 
 
 		 286 aa  143  3e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.968802  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4028  phospholipase, patatin family  33.33 
 
 		 263 aa  144  3e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0568187  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1960  hypothetical protein  33.55 
 
 		 300 aa  143  4e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0838  Patatin  33.44 
 
 		 667 aa  143  5e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.507854 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0605  patatin  34.97 
 
 		 767 aa  142  8e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.37871  normal  0.778619 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1338  Patatin  34.51 
 
 		 280 aa  141  9.999999999999999e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1211  phospholipase, patatin family  34.16 
 
 		 263 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000104019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0503  patatin  36.88 
 
 		 748 aa  142  9.999999999999999e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2248  patatin  36.43 
 
 		 346 aa  140  1.9999999999999998e-32  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000483093  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20870  hypothetical protein  35.88 
 
 		 728 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.817283  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5351  patatin  35.28 
 
 		 803 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.346462  normal  0.119871 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3431  patatin  35.28 
 
 		 803 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.805545  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4937  patatin  35.28 
 
 		 803 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000295709 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4178  patatin  42.49 
 
 		 323 aa  139  7e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.222124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1791  hypothetical protein  35.22 
 
 		 728 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0455  patatin  42.93 
 
 		 323 aa  139  8.999999999999999e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5557  patatin  38.91 
 
 		 323 aa  139  8.999999999999999e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>