More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1173 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010084  Bmul_1214  extracellular solute-binding protein  61.39 
 
 
627 aa  726    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.454357 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1173  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  100 
 
 
625 aa  1276    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000592479  normal  0.415148 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2109  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  60.7 
 
 
936 aa  737    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.556934  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3204  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  60.7 
 
 
650 aa  735    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0292064  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1607  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  60.7 
 
 
650 aa  735    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00266452  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1383  extracellular solute-binding protein  57.65 
 
 
640 aa  721    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.138715  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2129  extracellular solute-binding protein  69.34 
 
 
627 aa  904    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.641802  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1964  extracellular solute-binding protein  61.63 
 
 
627 aa  732    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2635  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  61.53 
 
 
686 aa  729    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.63534  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1014  extracellular solute-binding protein family 5  85.76 
 
 
628 aa  1107    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.517437  normal  0.0342428 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5371  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  60.95 
 
 
623 aa  719    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.970504 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1382  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  60.7 
 
 
650 aa  735    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.417398  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2501  extracellular solute-binding protein family 5  59.25 
 
 
613 aa  737    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0677964  normal  0.0181569 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1978  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  61.78 
 
 
686 aa  740    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00175999  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1104  extracellular solute-binding protein family 5  56.93 
 
 
622 aa  674    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2493  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  61.46 
 
 
650 aa  728    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.409062  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1108  extracellular solute-binding protein family 5  85.6 
 
 
628 aa  1114    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.762365 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1636  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  59.35 
 
 
654 aa  748    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.106746  normal  0.365226 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1237  extracellular solute-binding protein  56.74 
 
 
622 aa  698    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.469932  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2081  extracellular solute-binding protein  61.39 
 
 
624 aa  719    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2146  extracellular solute-binding protein  68.49 
 
 
661 aa  883    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.155446  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6015  extracellular solute-binding protein  61.56 
 
 
624 aa  723    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2062  extracellular solute-binding protein  61.39 
 
 
624 aa  721    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.389023  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2547  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  61.46 
 
 
650 aa  728    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.524722  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2094  extracellular solute-binding protein  61.36 
 
 
627 aa  731    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2017  extracellular solute-binding protein  51.32 
 
 
604 aa  624  1e-177  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2420  extracellular solute-binding protein  50.74 
 
 
601 aa  622  1e-177  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0712361  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3254  extracellular solute-binding protein  52.44 
 
 
643 aa  616  1e-175  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2741  extracellular solute-binding protein family 5  52.18 
 
 
598 aa  613  9.999999999999999e-175  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.982648  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2128  extracellular solute-binding protein  51.16 
 
 
603 aa  601  1e-170  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.603606  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2993  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  50.57 
 
 
625 aa  598  1e-170  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.17711  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1448  extracellular solute-binding protein family 5  49.92 
 
 
651 aa  597  1e-169  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2973  extracellular solute-binding protein  49.19 
 
 
609 aa  588  1e-167  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3814  extracellular solute-binding protein  50.08 
 
 
650 aa  590  1e-167  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0812118 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1810  extracellular solute-binding protein  50.09 
 
 
624 aa  573  1.0000000000000001e-162  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0607685  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5001  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  48.26 
 
 
640 aa  569  1e-161  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.95388  normal  0.138491 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1918  extracellular solute-binding protein family 5  49.74 
 
 
624 aa  569  1e-161  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.141115  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1725  extracellular solute-binding protein  49.24 
 
 
624 aa  562  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0449384  normal  0.081167 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2153  extracellular solute-binding protein  47.2 
 
 
597 aa  563  1.0000000000000001e-159  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.453344 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6368  extracellular solute-binding protein  49.24 
 
 
624 aa  561  1e-158  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.230744  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1710  extracellular solute-binding protein  49.24 
 
 
624 aa  561  1e-158  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0393  extracellular solute-binding protein family 5  48.73 
 
 
658 aa  555  1e-157  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.305694  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1539  extracellular solute-binding protein  45.22 
 
 
617 aa  541  9.999999999999999e-153  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.738539 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1277  extracellular solute-binding protein  47.05 
 
 
641 aa  508  9.999999999999999e-143  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000168 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1538  extracellular solute-binding protein  44.16 
 
 
609 aa  484  1e-135  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3486  ABC transporter periplasmic binding protein  41.55 
 
 
615 aa  467  9.999999999999999e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3472  extracellular solute-binding protein  42.65 
 
 
611 aa  464  1e-129  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1718  extracellular solute-binding protein  41.68 
 
 
611 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.359306  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1348  extracellular solute-binding protein family 5  44.11 
 
 
603 aa  462  9.999999999999999e-129  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0798387  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0180  extracellular solute-binding protein family 5  44.35 
 
 
607 aa  456  1e-127  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0115715  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4147  peptide ABC transporter, periplamic peptide-binding protein  41.36 
 
 
611 aa  457  1e-127  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3719  extracellular solute-binding protein  41.61 
 
 
611 aa  457  1e-127  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0280101  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2060  extracellular solute-binding protein  43.66 
 
 
615 aa  456  1e-127  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163136  normal  0.391933 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41130  putative binding protein component of ABC transporter  42 
 
 
615 aa  458  1e-127  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0597  extracellular solute-binding protein  42.9 
 
 
633 aa  451  1e-125  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3717  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  43.81 
 
 
618 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1758  extracellular solute-binding protein  42.74 
 
 
618 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.316004  normal  0.0569954 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1759  extracellular solute-binding protein  41.6 
 
 
609 aa  442  1e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.358749  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29650  oligopeptide ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  40.55 
 
 
613 aa  443  1e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000703906  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3716  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  41.34 
 
 
609 aa  442  9.999999999999999e-123  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0289  ABC transporter extracellular solute-binding protein  39.4 
 
 
606 aa  439  9.999999999999999e-123  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37880  putative binding protein component of ABC transporter  41.98 
 
 
602 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00173754  normal  0.230207 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2181  extracellular solute-binding protein  41.4 
 
 
613 aa  436  1e-121  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3166  extracellular solute-binding protein  41.93 
 
 
615 aa  438  1e-121  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2274  extracellular solute-binding protein  41.56 
 
 
600 aa  436  1e-121  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0514  extracellular solute-binding protein family 5  42.35 
 
 
617 aa  433  1e-120  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.772903  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0249  extracellular solute-binding protein  42.86 
 
 
670 aa  431  1e-119  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3471  extracellular solute-binding protein  41.48 
 
 
609 aa  428  1e-118  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.640162  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1719  extracellular solute-binding protein  41.46 
 
 
646 aa  425  1e-117  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.244782  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4146  peptide ABC transporter, periplamic peptide-binding protein  41.46 
 
 
609 aa  424  1e-117  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3718  extracellular solute-binding protein  41.61 
 
 
590 aa  425  1e-117  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.357391  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3485  putative solute-binding protein  39.81 
 
 
626 aa  422  1e-117  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1616  extracellular solute-binding protein  43.27 
 
 
621 aa  421  1e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2061  extracellular solute-binding protein  39.97 
 
 
616 aa  419  1e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.409615  normal  0.170665 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2182  extracellular solute-binding protein  39.64 
 
 
610 aa  422  1e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1770  extracellular solute-binding protein  42.32 
 
 
635 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.235807  normal  0.035612 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41110  putative solute-binding protein  39.65 
 
 
609 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0288  extracellular solute-binding protein  40.17 
 
 
631 aa  414  1e-114  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3073  extracellular solute-binding protein  38.82 
 
 
622 aa  412  1e-114  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0515  extracellular solute-binding protein family 5  41.34 
 
 
626 aa  410  1e-113  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0015  extracellular solute-binding protein  39.09 
 
 
622 aa  406  1.0000000000000001e-112  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.440164  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1615  extracellular solute-binding protein  40.7 
 
 
627 aa  406  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.316028 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29640  oligopeptide ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  39.87 
 
 
609 aa  405  1e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113024  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3535  twin-arginine translocation pathway signal  41.34 
 
 
631 aa  405  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.10202  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0448  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  38.46 
 
 
628 aa  400  9.999999999999999e-111  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0189227  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1946  extracellular solute-binding protein  40.26 
 
 
611 aa  401  9.999999999999999e-111  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.185407  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0139  extracellular solute-binding protein  38.11 
 
 
627 aa  398  1e-109  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2902  extracellular solute-binding protein  38.19 
 
 
622 aa  397  1e-109  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.19921  normal  0.272453 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3741  extracellular solute-binding protein  39.27 
 
 
623 aa  397  1e-109  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0248  extracellular solute-binding protein  39.14 
 
 
626 aa  395  1e-109  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4214  extracellular solute-binding protein family 5  42.23 
 
 
631 aa  397  1e-109  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.159532  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3914  extracellular solute-binding protein family 5  39.09 
 
 
630 aa  396  1e-109  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0010  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  38.47 
 
 
622 aa  395  1e-108  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.427067  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7054  oligopeptide ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  38.26 
 
 
614 aa  393  1e-108  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.334122  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1506  extracellular solute-binding protein  39.64 
 
 
604 aa  393  1e-108  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0138783 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0421  extracellular solute-binding protein family 5  40.64 
 
 
641 aa  395  1e-108  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.427516  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7055  oligopeptide ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  39.9 
 
 
614 aa  392  1e-108  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0391894  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0845  extracellular solute-binding protein  40 
 
 
638 aa  394  1e-108  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0910462 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3729  extracellular solute-binding protein  40.24 
 
 
605 aa  394  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3640  extracellular solute-binding protein  40.6 
 
 
615 aa  394  1e-108  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.133111 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>