More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1082 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1082  porin transmembrane protein  100 
 
 		 394 aa  791    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000550491  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1014  porin Gram-negative type  75.82 
 
 		 402 aa  593  1e-168  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.303268  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0949  porin Gram-negative type  72.08 
 
 		 411 aa  564  1e-160  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0379261 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3126  porin  67.37 
 
 		 394 aa  509  1e-143  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0189644  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3359  porin  53.35 
 
 		 394 aa  374  1e-102  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00120299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4157  porin  54.4 
 
 		 395 aa  371  1e-101  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.142098  decreased coverage  0.00226863 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4209  porin  54.13 
 
 		 395 aa  369  1e-101  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0172598  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4046  porin  54.03 
 
 		 398 aa  365  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.565887  normal  0.186391 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1873  outer membrane protein (porin)  53.07 
 
 		 395 aa  365  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000645139  normal  0.212155 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3564  porin  53.49 
 
 		 398 aa  362  8e-99  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.219626  normal  0.589803 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1795  OmpC family outer membrane porin  48.84 
 
 		 399 aa  326  4.0000000000000003e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.234435  hitchhiker  0.000102374 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4871  porin Gram-negative type  47.56 
 
 		 399 aa  312  5.999999999999999e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668668  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6095  porin  45.32 
 
 		 405 aa  297  2e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0168383  normal  0.319683 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0755  porin Gram-negative type  46.03 
 
 		 405 aa  296  3e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.541984 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5801  porin Gram-negative type  44.19 
 
 		 411 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00555584  normal  0.58755 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6552  porin  43.03 
 
 		 406 aa  281  1e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.961428 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4327  porin  45.1 
 
 		 399 aa  281  1e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.619831  normal  0.0648028 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1720  outer membrane porin OpcP  43.86 
 
 		 400 aa  278  9e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.34502  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1122  putative porin OpcP1  43.86 
 
 		 400 aa  278  1e-73  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.943534  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0957  porin  43.86 
 
 		 400 aa  278  1e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2281  outer membrane porin  43.86 
 
 		 400 aa  278  2e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4637  porin Gram-negative type  42.45 
 
 		 397 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.546229 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6101  porin Gram-negative type  43.75 
 
 		 406 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.353681  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7566  outer membrane protein (porin)  43.98 
 
 		 405 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0747228  normal  0.81381 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6813  porin  44.3 
 
 		 406 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0628209  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1043  porin  43.34 
 
 		 400 aa  273  3e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5024  porin  43.39 
 
 		 397 aa  273  3e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4160  porin  42.07 
 
 		 405 aa  271  1e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.396932  normal  0.277302 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0404  outer membrane protein (porin)  42.64 
 
 		 397 aa  271  1e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6035  porin  43.49 
 
 		 405 aa  271  2e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00334523  normal  0.102447 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4263  porin  41.97 
 
 		 406 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.447148  normal  0.182769 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3254  porin  41.97 
 
 		 406 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.238701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4103  porin  41.97 
 
 		 406 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0297241  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3687  porin  43.3 
 
 		 405 aa  270  4e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.413134  normal  0.481699 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5248  porin  43.52 
 
 		 421 aa  268  1e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3119  porin  43.52 
 
 		 421 aa  268  1e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1748  outer membrane protein (porin)  43.44 
 
 		 404 aa  268  2e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0278155  normal  0.501762 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5137  porin  41.65 
 
 		 397 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.918884  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3463  porin  42.52 
 
 		 445 aa  266  5.999999999999999e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2079  putative outer membrane porin  41.19 
 
 		 399 aa  265  7e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1817  putative outer membrane porin  41.19 
 
 		 399 aa  265  7e-70  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.356492  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1106  putative outer membrane porin  41.19 
 
 		 399 aa  265  7e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0815  putative outer membrane porin  41.19 
 
 		 399 aa  265  7e-70  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1789  outer membrane porin  41.29 
 
 		 399 aa  263  4e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4608  porin  41.4 
 
 		 397 aa  262  1e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0357  outer membrane porin  41.9 
 
 		 391 aa  261  2e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.614189  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1082  porin  42.31 
 
 		 405 aa  257  3e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.464174 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5550  porin  41.46 
 
 		 409 aa  250  3e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.117112  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1266  porin  41.83 
 
 		 386 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.162269 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1240  porin  41.83 
 
 		 386 aa  245  8e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.382217  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1338  porin  41.58 
 
 		 386 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0334295 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1357  porin  41.58 
 
 		 386 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0495362  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0875  porin  41.58 
 
 		 386 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2894  OmpC family outer membrane porin  40.05 
 
 		 387 aa  239  5e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.33569  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2103  outer membrane protein (porin)  42.29 
 
 		 385 aa  237  3e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.938895  normal  0.317864 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1937  porin  41.38 
 
 		 386 aa  237  3e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0139631 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3119  outer membrane porin  41.81 
 
 		 430 aa  236  4e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0341441  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1453  outer membrane porin  41.81 
 
 		 430 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2350  putative outer membrane porin  42.46 
 
 		 430 aa  236  6e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3234  outer membrane porin  41.81 
 
 		 430 aa  236  6e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.283288  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1367  putative outer membrane porin  42.46 
 
 		 430 aa  236  6e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1085  putative outer membrane porin  42.46 
 
 		 430 aa  236  6e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.376652  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2059  putative outer membrane porin  42.46 
 
 		 390 aa  236  7e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4500  outer membrane protein, (porin)  40.59 
 
 		 386 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.048827  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6063  porin  42.07 
 
 		 390 aa  233  3e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5837  porin  41.56 
 
 		 390 aa  231  1e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.543767 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6078  porin  42.41 
 
 		 390 aa  230  3e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4600  porin  41.4 
 
 		 386 aa  230  3e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.447707  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0745  outer membrane porin  41.62 
 
 		 430 aa  227  2e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.812329  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2416  outer membrane porin  41.62 
 
 		 430 aa  227  2e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.163493  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2277  outer membrane porin  41.62 
 
 		 384 aa  227  3e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3374  porin  40.43 
 
 		 385 aa  226  4e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6621  porin  41.42 
 
 		 390 aa  226  7e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.112273  normal  0.393887 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1882  putative outer membrane porin  41.35 
 
 		 384 aa  225  1e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.400971  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1698  putative outer membrane porin  41.35 
 
 		 384 aa  225  1e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0554  putative outer membrane porin  41.35 
 
 		 384 aa  225  1e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.830781  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1674  putative outer membrane porin  41.35 
 
 		 411 aa  225  1e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.264148  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7685  outer membrane protein (porin)  41.64 
 
 		 390 aa  224  2e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.350624 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3547  porin  40.27 
 
 		 385 aa  224  3e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.251126  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3981  porin  40.27 
 
 		 385 aa  224  3e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.886193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0477  porin  39.8 
 
 		 385 aa  223  4.9999999999999996e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0452  porin  39.8 
 
 		 385 aa  223  6e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.14543  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6141  porin  41.16 
 
 		 390 aa  223  6e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.593112 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5776  porin  41.16 
 
 		 390 aa  223  6e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.524151  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4385  porin  40 
 
 		 385 aa  222  8e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.375427  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5348  porin  40.05 
 
 		 388 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.118369 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4447  porin Gram-negative type  41.19 
 
 		 393 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.257562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0519  porin  39.44 
 
 		 383 aa  219  6e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.680874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3634  outer membrane protein, (porin)  39.3 
 
 		 383 aa  219  7e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3876  porin  40.16 
 
 		 385 aa  219  7.999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.311637  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2562  outer membrane porin, putative  38.71 
 
 		 386 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.98462  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3221  putative outer membrane porin  38.71 
 
 		 386 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3555  outer membrane porin  38.83 
 
 		 436 aa  218  1e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.525449  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3561  outer membrane porin  38.71 
 
 		 386 aa  218  1e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1107  outer membrane porin OpcP  38.83 
 
 		 436 aa  218  1e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1342  putative outer membrane porin  38.71 
 
 		 386 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3536  outer membrane porin  38.71 
 
 		 386 aa  218  1e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2847  porin  38.82 
 
 		 389 aa  219  1e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6734  outer membrane protein (porin)  39.06 
 
 		 394 aa  218  2e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0780973  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0768  OmpC family outer membrane porin  40.15 
 
 		 393 aa  217  2e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>