More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1078 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  100 
 
 
255 aa  507  1e-143  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0945  GntR domain protein  73.66 
 
 
251 aa  352  5e-96  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.280817  normal  0.0677412 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1010  GntR domain protein  73.25 
 
 
251 aa  348  5e-95  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1804  GntR family transcriptional regulator  57.2 
 
 
247 aa  267  1e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00283289  hitchhiker  0.0098314 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4862  GntR domain protein  57.5 
 
 
247 aa  266  2e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.105448 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6525  GntR domain-containing protein  56.97 
 
 
253 aa  266  3e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.0260964 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2141  GntR domain-containing protein  57.26 
 
 
253 aa  263  3e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1046  GntR domain-containing protein  56.85 
 
 
253 aa  260  2e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1043  GntR domain-containing protein  56.85 
 
 
253 aa  260  2e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4276  GntR family transcriptional regulator  56.02 
 
 
253 aa  257  2e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0786169  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1164  GntR domain-containing protein  56.07 
 
 
249 aa  256  3e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0685  GntR-like  56.07 
 
 
249 aa  256  3e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1140  GntR domain-containing protein  56.07 
 
 
249 aa  256  3e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2589  GntR family transcriptional regulator  55.08 
 
 
270 aa  240  2e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000313005  normal  0.0123827 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1727  GntR domain protein  55.31 
 
 
273 aa  238  5e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  9.57079e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4550  transcriptional regulator, GntR family  50.41 
 
 
249 aa  236  3e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4228  transcriptional regulator GntR  51.93 
 
 
249 aa  236  4e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2818  GntR domain-containing protein  50.64 
 
 
249 aa  229  4e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325191  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0823  GntR family transcriptional regulator  51.49 
 
 
274 aa  229  4e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.691508  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2313  GntR domain-containing protein  51.3 
 
 
249 aa  228  9e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146544  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3305  GntR family transcriptional regulator  51.98 
 
 
251 aa  226  2e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3714  GntR family transcriptional regulator  55.19 
 
 
247 aa  226  3e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421261  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3603  GntR family transcriptional regulator  50.87 
 
 
254 aa  226  3e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180217  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3102  GntR domain-containing protein  50.87 
 
 
249 aa  226  4e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.616915  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3110  GntR family transcriptional regulator  49.59 
 
 
268 aa  225  6e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.371117  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0833  GntR family transcriptional regulator  53.63 
 
 
272 aa  224  1e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0464324 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1995  GntR family transcriptional regulator  53.28 
 
 
268 aa  223  2e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00626171  normal  0.663234 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1795  GntR domain protein  53.04 
 
 
272 aa  223  2e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.02855  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4100  GntR domain protein  52.86 
 
 
236 aa  219  5e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05190  Transcriptional regulatory protein, GntR family  50.64 
 
 
252 aa  211  9e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1590  GntR domain-containing protein  49.15 
 
 
273 aa  208  7e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.884635  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0971  GntR family transcriptional regulator  48.09 
 
 
248 aa  206  3e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0558982  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0253  GntR domain-containing protein  49.19 
 
 
262 aa  204  9e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6565  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1885  GntR domain-containing protein  44.96 
 
 
248 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3118  transcriptional regulator GntR  45.53 
 
 
237 aa  189  3e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3283  transcriptional regulator, GntR family  45.73 
 
 
237 aa  189  4e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3254  transcriptional regulator, GntR family  46.43 
 
 
244 aa  187  1e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.785  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1116  GntR domain-containing protein  50 
 
 
244 aa  186  2e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0661  GntR domain-containing protein  45.81 
 
 
232 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.2652  normal  0.118681 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4759  GntR family transcriptional regulator  45.41 
 
 
259 aa  173  2e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  8.56086e-05  hitchhiker  0.00798136 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4768  GntR domain-containing protein  45.98 
 
 
233 aa  172  4e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.907496  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4633  GntR domain-containing protein  45.98 
 
 
233 aa  172  4e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.320715  hitchhiker  0.000883916 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3719  GntR family transcriptional regulator  45.98 
 
 
237 aa  172  5e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.589527 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3539  regulatory protein GntR, HTH  44.58 
 
 
260 aa  165  6e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5082  GntR domain-containing protein  41.1 
 
 
250 aa  161  9e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.992616  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4745  GntR domain-containing protein  42.67 
 
 
249 aa  152  3e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00100625 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5664  GntR domain protein  39.21 
 
 
248 aa  146  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0098751  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6605  GntR domain protein  38.57 
 
 
246 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00449422 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  37.02 
 
 
245 aa  140  3e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.85286e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3177  GntR family transcriptional regulator  41.03 
 
 
251 aa  139  4e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5703  transcriptional regulator GntR family  39.48 
 
 
246 aa  138  7e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1886  GntR domain-containing protein  43.42 
 
 
242 aa  138  7e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4518  GntR family transcriptional regulator  40.43 
 
 
234 aa  138  8e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2473  GntR family transcriptional regulator  42.79 
 
 
240 aa  138  9e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0031  GntR family transcriptional regulator  42.99 
 
 
230 aa  135  6e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1877  GntR domain protein  40.43 
 
 
236 aa  135  7e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.380896  normal  0.264595 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2815  GntR domain-containing protein  39.21 
 
 
264 aa  132  6e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336695  normal  0.311573 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1691  GntR domain protein  39.74 
 
 
236 aa  132  7e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.148925  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0037  GntR domain protein  42.33 
 
 
234 aa  132  7e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1624  GntR domain-containing protein  38.03 
 
 
238 aa  130  2e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.276308  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1948  GntR family transcriptional regulator  40.09 
 
 
255 aa  130  2e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0263216  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  38.6 
 
 
233 aa  130  3e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3321  GntR domain-containing protein  40.43 
 
 
240 aa  129  4e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.580884  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1428  GntR family transcriptional regulator  37.89 
 
 
245 aa  128  8e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138717  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3372  GntR domain-containing protein  38.53 
 
 
299 aa  128  1e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0035  GntR family transcriptional regulator  38.39 
 
 
233 aa  127  2e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.840145  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5064  regulatory protein GntR HTH  41.38 
 
 
242 aa  126  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3401  GntR domain-containing protein  42.8 
 
 
233 aa  125  5e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.334761  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26860  GntR family regulatory protein  37.33 
 
 
241 aa  125  7e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5344  GntR domain protein  38.82 
 
 
242 aa  123  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.509013 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3664  GntR family transcriptional regulator  42.37 
 
 
249 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.514259  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1834  GntR family transcriptional regulator  36.32 
 
 
247 aa  123  3e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0450394  normal  0.0643045 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3757  GntR domain-containing protein  36.05 
 
 
235 aa  123  3e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.560097  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3306  GntR domain-containing protein  39.08 
 
 
253 aa  121  1e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4435  GntR domain-containing protein  33.48 
 
 
229 aa  121  1e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4031  GntR domain-containing protein  37.17 
 
 
243 aa  120  2e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  33.91 
 
 
239 aa  120  2e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0023  GntR family transcriptional regulator  36.96 
 
 
246 aa  119  3e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0020  GntR family transcriptional regulator  36.96 
 
 
246 aa  119  3e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1275  GntR domain protein  32.46 
 
 
241 aa  119  4e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1362  GntR domain protein  37.79 
 
 
231 aa  119  5e-26  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.971171  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4274  GntR domain protein  32.59 
 
 
229 aa  118  8e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.556367 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5347  transcriptional regulator GntR family  35.48 
 
 
242 aa  118  1e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7351  transcriptional regulator GntR family  38.11 
 
 
284 aa  118  1e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.307061  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5903  GntR family transcriptional regulator  36.94 
 
 
288 aa  117  2e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.210517  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5113  GntR family transcriptional regulator  36.04 
 
 
274 aa  117  2e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6767  GntR domain protein  35.68 
 
 
240 aa  116  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5148  GntR domain protein  39.82 
 
 
258 aa  116  3e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.178203  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4447  GntR family transcriptional regulator  40.26 
 
 
252 aa  117  3e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.614266  normal  0.249195 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2188  GntR domain-containing protein  34.07 
 
 
240 aa  115  5e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.030411  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  36.36 
 
 
250 aa  115  6e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5742  GntR domain protein  35.32 
 
 
233 aa  115  6e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.343946  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0356  GntR domain-containing protein  35.38 
 
 
238 aa  115  1e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3584  GntR-like  34.93 
 
 
275 aa  113  2e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2173  GntR family transcriptional regulator  33.61 
 
 
234 aa  113  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.727858  normal  0.299603 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0020  GntR family transcriptional regulator  33.64 
 
 
256 aa  113  3e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.321852  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1596  GntR domain-containing protein  35.4 
 
 
236 aa  113  3e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.387143  hitchhiker  2.32868e-06 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4884  GntR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
258 aa  113  3e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0447  GntR-like  36.29 
 
 
264 aa  113  4e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0563  GntR domain protein  35.47 
 
 
241 aa  113  4e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>