More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0918 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0918  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase B protein  100 
 
 		 372 aa  752    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.841841  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0859  lytic murein transglycosylase B  87.43 
 
 		 374 aa  660    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0788  lytic murein transglycosylase B  87.97 
 
 		 374 aa  675    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.297958 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2556  lytic murein transglycosylase B  67.48 
 
 		 368 aa  497  1e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0732  lytic murein transglycosylase B  67.59 
 
 		 408 aa  497  1e-139  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.351039  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0417  murein transglycosylase domain-containing protein  62.39 
 
 		 474 aa  426  1e-118  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2983  murein transglycosylase domain-containing protein  62.2 
 
 		 458 aa  425  1e-118  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2873  lytic murein transglycosylase B  62.2 
 
 		 431 aa  425  1e-118  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0861868  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0937  murein transglycosylase domain-containing protein  62.2 
 
 		 431 aa  425  1e-118  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2561  murein transglycosylase domain-containing protein  62.39 
 
 		 431 aa  425  1e-118  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0212  murein transglycosylase domain-containing protein  62.39 
 
 		 433 aa  425  1e-118  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2248  lytic murein transglycosylase B  61.89 
 
 		 444 aa  422  1e-117  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2936  lytic murein transglycosylase B  61.89 
 
 		 452 aa  423  1e-117  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1647  murein transglycosylase domain-containing protein  62.27 
 
 		 456 aa  424  1e-117  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1015  lytic murein transglycosylase B  60.86 
 
 		 405 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4169  lytic murein transglycosylase B  60.55 
 
 		 405 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.743519  normal  0.778166 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0936  lytic murein transglycosylase B  61.47 
 
 		 406 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0577  lytic murein transglycosylase B  60.55 
 
 		 405 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.686082  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0932  lytic murein transglycosylase B  61.66 
 
 		 448 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0755  lytic murein transglycosylase B  60.43 
 
 		 462 aa  411  1e-114  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0991  putative murein transglycosylase  60.24 
 
 		 409 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2992  lytic murein transglycosylase B  59.33 
 
 		 392 aa  402  1e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.106271  hitchhiker  0.00132596 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1056  lytic murein transglycosylase B  61.11 
 
 		 321 aa  393  1e-108  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1242  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase B protein  43.61 
 
 		 366 aa  270  2.9999999999999997e-71  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00209703  normal  0.108974 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2160  lytic murein transglycosylase B  43.02 
 
 		 361 aa  265  8e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000203112  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3012  lytic murein transglycosylase B  44.3 
 
 		 354 aa  263  4e-69  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2520  lytic murein transglycosylase B  44.2 
 
 		 347 aa  261  1e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.160631  normal  0.119321 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0509  lytic murein transglycosylase B  43.09 
 
 		 422 aa  255  8e-67  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1294  lytic murein transglycosylase B  38.97 
 
 		 417 aa  246  3e-64  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00378747 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3149  lytic murein transglycosylase B  39.39 
 
 		 366 aa  242  6e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.378967 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2545  lytic murein transglycosylase B  45.61 
 
 		 356 aa  240  2e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.336249  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1216  lytic murein transglycosylase B  40.85 
 
 		 363 aa  239  5.999999999999999e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2306  lytic murein transglycosylase B  39.88 
 
 		 357 aa  236  4e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.450131  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2817  lytic murein transglycosylase B  39.88 
 
 		 357 aa  236  4e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0510457  normal  0.280732 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2383  lytic murein transglycosylase B  41.51 
 
 		 392 aa  234  1.0000000000000001e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.455496  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2099  lytic murein transglycosylase B  40.59 
 
 		 365 aa  230  3e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.342273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3033  murein hydrolase B  41.61 
 
 		 359 aa  229  4e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.986861  hitchhiker  0.00384978 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3140  murein hydrolase B  41.61 
 
 		 359 aa  229  5e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0011218 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5017  murein hydrolase B  42.73 
 
 		 371 aa  229  5e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80747  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3399  murein hydrolase B  40.98 
 
 		 361 aa  229  5e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4363  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  41.19 
 
 		 335 aa  229  6e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.116504  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2951  murein hydrolase B  41.61 
 
 		 359 aa  229  6e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3017  murein hydrolase B  41.61 
 
 		 359 aa  229  7e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0248786  hitchhiker  0.00000130232 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3380  lytic murein transglycosylase B  41.75 
 
 		 363 aa  229  9e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0518683  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4968  lytic murein transglycosylase B  40.57 
 
 		 336 aa  228  1e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.763775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2982  murein hydrolase B  41.3 
 
 		 359 aa  227  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000956693 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2077  lytic murein transglycosylase B  42.68 
 
 		 390 aa  225  8e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0554951 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08410  lytic murein transglycosylase B  38.5 
 
 		 342 aa  224  1e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.562186  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12080  soluble lytic transglycosylase B  40.51 
 
 		 340 aa  224  1e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.254776  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2708  murein hydrolase B  40.72 
 
 		 364 aa  224  2e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.102119  hitchhiker  0.00940641 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4823  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  40.57 
 
 		 335 aa  223  4e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2985  murein hydrolase B  40.43 
 
 		 361 aa  223  4e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.26128  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0977  murein hydrolase B  41.23 
 
 		 361 aa  223  4e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3176  murein hydrolase B  40.43 
 
 		 361 aa  223  4e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.417908  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02551  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  40.43 
 
 		 361 aa  222  7e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.253106  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0988  lytic murein transglycosylase B  40.12 
 
 		 361 aa  222  7e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.232611  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02516  hypothetical protein  40.43 
 
 		 361 aa  222  7e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.360268  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3948  murein hydrolase B  40.43 
 
 		 361 aa  222  7e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.315849  normal  0.782651 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1108  soluble lytic transglycosylase B  40.19 
 
 		 336 aa  222  8e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.490976  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1351  murein hydrolase B  40.72 
 
 		 364 aa  222  8e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.720495  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2837  murein hydrolase B  40.12 
 
 		 361 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.359796  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1011  murein hydrolase B  40.12 
 
 		 361 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000289241 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2824  murein hydrolase B  39.81 
 
 		 361 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0997605  hitchhiker  0.00000822387 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57730  murein hydrolase B  42.28 
 
 		 367 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1464  murein hydrolase B  39.71 
 
 		 364 aa  219  7e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4680  lytic murein transglycosylase B  39.94 
 
 		 336 aa  217  2e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0724  lytic murein transglycosylase B  38.39 
 
 		 362 aa  217  2.9999999999999998e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3333  murein hydrolase B  40.12 
 
 		 356 aa  216  4e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4805  lytic murein transglycosylase B  39.31 
 
 		 348 aa  216  5e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.785804  normal  0.425937 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0616  lytic murein transglycosylase B  38.27 
 
 		 336 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.573967  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4858  lytic murein transglycosylase B  39.31 
 
 		 336 aa  216  7e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.080736  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1269  lytic murein transglycosylase B  38.57 
 
 		 381 aa  215  9.999999999999999e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.282145  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3237  murein hydrolase B  39.94 
 
 		 383 aa  215  9.999999999999999e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3330  murein hydrolase B  39.33 
 
 		 381 aa  212  7e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3339  Zn-finger, DksA/TraR C4 type  38.02 
 
 		 341 aa  211  1e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000917071  normal  0.0196691 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3796  lytic murein transglycosylase B  38.37 
 
 		 336 aa  212  1e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.38332  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0174  lytic murein transglycosylase B  40.97 
 
 		 330 aa  207  3e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.35243  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2709  lytic murein transglycosylase B  42.68 
 
 		 344 aa  206  4e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.31024  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2634  lytic murein transglycosylase B  37.42 
 
 		 329 aa  199  5e-50  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2114  murein hydrolase B  38.08 
 
 		 373 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1972  lytic murein transglycosylase B  38.67 
 
 		 341 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1835  hypothetical protein  35.24 
 
 		 338 aa  194  2e-48  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2590  lytic murein transglycosylase B  38.28 
 
 		 329 aa  194  2e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.164218  normal  0.320646 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0697  lytic murein transglycosylase B  36.01 
 
 		 337 aa  194  3e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0681454  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3179  murein hydrolase B  39.18 
 
 		 382 aa  193  5e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1838  hypothetical protein  35.24 
 
 		 338 aa  192  6e-48  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3151  lytic murein transglycosylase B  39.33 
 
 		 332 aa  191  2e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000109427  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1010  lytic murein transglycosylase B  38.71 
 
 		 327 aa  188  1e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0993  lytic murein transglycosylase B  33.33 
 
 		 354 aa  184  3e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000510709  normal  0.159999 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3710  lytic murein transglycosylase B  37.5 
 
 		 337 aa  183  5.0000000000000004e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000626578  hitchhiker  0.000372275 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1166  membrane-bound lytic transglycosylase, putative  32.78 
 
 		 354 aa  181  1e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1558  lytic murein transglycosylase B  33.13 
 
 		 372 aa  181  2e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000667171  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3487  lytic murein transglycosylase B  37.46 
 
 		 339 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.153409  hitchhiker  0.0000000197037 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0853  lytic murein transglycosylase B  36.16 
 
 		 336 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000114292  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0989  lytic murein transglycosylase B  32.88 
 
 		 354 aa  179  8e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000275469  normal  0.0108965 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1054  lytic murein transglycosylase B  34.64 
 
 		 354 aa  179  8e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000218585  hitchhiker  0.0074183 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3319  lytic murein transglycosylase B  32.7 
 
 		 356 aa  178  1e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000245768  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1090  lytic murein transglycosylase B  33.42 
 
 		 356 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00257265  hitchhiker  0.00000204091 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3277  lytic murein transglycosylase B  33.97 
 
 		 356 aa  176  4e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000759763  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2871  lytic murein transglycosylase B  33.76 
 
 		 354 aa  176  5e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000283207  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>