37 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0873 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0873  putative bacteriophage-related transmembrane protein  100 
 
 		 1366 aa  2698    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00870949 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3197  phage tape measure protein  67.76 
 
 		 1318 aa  1744    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2670  prophage LambdaMc01, tail tape measure protein, putative  72.72 
 
 		 1343 aa  1921    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4710  phage tape measure protein  79.27 
 
 		 513 aa  680    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.262419 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0280  phage tape measure protein  33.02 
 
 		 530 aa  172  6e-41  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1198  lambda family phage tail tape measure protein  34.72 
 
 		 1075 aa  171  7e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00101212 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2225  lambda family phage tail tape measure protein  34.41 
 
 		 1095 aa  169  2.9999999999999998e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2237  tail length tape measure protein  40.24 
 
 		 1080 aa  167  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000550584 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2173  tail length tape measure protein  40.24 
 
 		 1080 aa  159  3e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0499654 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1549  tail length tape measure protein  40.24 
 
 		 1080 aa  159  3e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0203252  hitchhiker  0.00310541 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2883  tail length tape measure protein  40.24 
 
 		 1080 aa  159  3e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000541295 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1030  bacteriophage tail tape meausure protein  37.1 
 
 		 1282 aa  153  2e-35  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.519663 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1688  hypothetical protein  35.25 
 
 		 1354 aa  145  7e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1056  hypothetical protein  34.38 
 
 		 1366 aa  143  1.9999999999999998e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.414557  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0657  gp21  33.22 
 
 		 1056 aa  144  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000011896 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2890  phage tape measure protein  37.41 
 
 		 1137 aa  143  3e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.132683 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4099  phage tape measure protein  37.41 
 
 		 1137 aa  143  3e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00245804 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4084  lambda family phage tail tape measure protein  35.87 
 
 		 1251 aa  143  3e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.622569  normal  0.0282318 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3876  phage tape measure protein  31.31 
 
 		 1380 aa  141  7e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.147169 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2675  phage tape measure protein  36.32 
 
 		 1644 aa  127  1e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2489  phage tape measure protein  40.57 
 
 		 1527 aa  125  7e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1000  phage tape measure protein  29.93 
 
 		 991 aa  120  1.9999999999999998e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.734571  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0819  tape measure domain-containing protein  35.27 
 
 		 1451 aa  120  1.9999999999999998e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.060992  normal  0.0141632 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4046  tail tape measure protein  38.91 
 
 		 1222 aa  117  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.374256  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1990  tail component of prophage protein  31.69 
 
 		 915 aa  117  2.0000000000000002e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1761  phage tape measure protein  30.2 
 
 		 921 aa  116  3e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.337369 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3596  phage tape measure protein  34.91 
 
 		 632 aa  114  1.0000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0625908  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1471  hypothetical protein  31.4 
 
 		 668 aa  107  2e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.509764  normal  0.142446 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1615  hypothetical protein  30.92 
 
 		 671 aa  104  1e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.545679 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2488  phage tape measure protein  28.41 
 
 		 611 aa  104  1e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1441  phage tape measure protein  33.33 
 
 		 706 aa  90.9  2e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1321  phage tape measure protein  28.22 
 
 		 760 aa  86.7  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.459452  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0788  phage tape measure protein  24.57 
 
 		 866 aa  77.8  0.000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3933  lambda family phage tail tape measure protein  29.58 
 
 		 1104 aa  75.1  0.000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1517  putative phage HK97 tail length tape measure-related protein  36.67 
 
 		 924 aa  50.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.813512  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3992  hypothetical protein  36.46 
 
 		 738 aa  47  0.003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2177  hypothetical protein  36.11 
 
 		 620 aa  46.2  0.005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.502286 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>