108 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0839 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002977  MCA2648  hypothetical protein  65.84 
 
 		 755 aa  1009    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0839  hypothetical protein  100 
 
 		 765 aa  1553    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.469557  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3229  hypothetical protein  79.08 
 
 		 759 aa  1232    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000988084 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3221  hypothetical protein  73.46 
 
 		 760 aa  1160    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.038701  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0879  hypothetical protein  41.52 
 
 		 738 aa  503  1e-141  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3437  hypothetical protein  47.11 
 
 		 462 aa  386  1e-105  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.95376  normal  1 
 
 
-
 
NC_011893  Mnod_8782  hypothetical protein  46.31 
 
 		 482 aa  377  1e-103  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.242638  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5167  hypothetical protein  46.29 
 
 		 472 aa  365  1e-99  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1974  hypothetical protein  44.8 
 
 		 485 aa  350  4e-95  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1166  hypothetical protein  44.49 
 
 		 467 aa  347  5e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1354  hypothetical protein  41.35 
 
 		 470 aa  335  2e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0809995  normal  0.479035 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3701  P4 family phage/plasmid primase  38.77 
 
 		 798 aa  320  7.999999999999999e-86  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010373  M446_7040  hypothetical protein  40.65 
 
 		 450 aa  313  7.999999999999999e-84  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.445259 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2847  P4 family phage/plasmid primase  38.44 
 
 		 717 aa  309  2.0000000000000002e-82  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.318392  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1986  P4 family phage/plasmid primase  38.22 
 
 		 717 aa  307  5.0000000000000004e-82  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2865  P4 family phage/plasmid primase  37.99 
 
 		 717 aa  306  1.0000000000000001e-81  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0870344  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2070  TOPRIM domain-containing protein  51.79 
 
 		 716 aa  298  2e-79  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0458393 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2601  TOPRIM domain-containing protein  51.13 
 
 		 712 aa  296  1e-78  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1239  TOPRIM domain-containing protein  51.13 
 
 		 712 aa  295  2e-78  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0951779 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1304  TOPRIM domain-containing protein  51.13 
 
 		 712 aa  295  2e-78  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.973795  normal  0.159231 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2841  TOPRIM domain-containing protein  50.81 
 
 		 712 aa  293  6e-78  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.44654 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2766  TOPRIM domain-containing protein  50.81 
 
 		 720 aa  292  2e-77  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.172125 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1367  P4 family phage/plasmid primase  37.34 
 
 		 524 aa  290  8e-77  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.357272  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0135  hypothetical protein  47.52 
 
 		 479 aa  283  1e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3115  P4 family phage/plasmid primase  38.65 
 
 		 695 aa  280  8e-74  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00327339  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2797  P4 family phage/plasmid primase  37.1 
 
 		 782 aa  278  3e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0842  hypothetical protein  37.78 
 
 		 526 aa  276  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.464315  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1323  hypothetical protein  37.78 
 
 		 526 aa  276  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.103734  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6272  P4 family phage/plasmid primase  34.28 
 
 		 725 aa  272  1e-71  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.613455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1244  putative Phage / plasmid primase P4  39.6 
 
 		 749 aa  269  2e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.372159  normal  0.928701 
 
 
-
 
NC_002978  WD0609  regulatory protein RepA, putative  44.44 
 
 		 731 aa  252  2e-65  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0582  regulatory protein RepA, putative  42.41 
 
 		 682 aa  248  3e-64  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.401609  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0490  phage/plasmid primase, P4 family  30.63 
 
 		 882 aa  239  2e-61  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.958319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3729  P4 family phage/plasmid primase  35.27 
 
 		 874 aa  239  2e-61  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3780  P4 family phage/plasmid primase  35.27 
 
 		 874 aa  239  2e-61  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0448  Phage-plasmid primase P4-like  33.19 
 
 		 746 aa  238  3e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0927  P4 family phage/plasmid primase  33.19 
 
 		 746 aa  238  3e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1180  P4 family phage/plasmid primase  34.91 
 
 		 843 aa  234  5e-60  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000898776  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1160  hypothetical protein  34.88 
 
 		 842 aa  229  1e-58  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0104949  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2363  P4 family phage/plasmid primase  31.21 
 
 		 900 aa  210  7e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.134439  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3426  P4 family phage/plasmid primase  32.81 
 
 		 857 aa  206  1e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00902831  normal  0.0299262 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1000  Phage/plasmid primase P4-like  28.34 
 
 		 723 aa  192  2e-47  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.760681  hitchhiker  0.00622147 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4888  P4 family phage/plasmid primase  28.77 
 
 		 697 aa  183  8.000000000000001e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100684  normal  0.121248 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0874  nucleoside triphosphatase, D5 family  29.45 
 
 		 774 aa  183  1e-44  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2199  P4 family phage/plasmid primase  31.56 
 
 		 554 aa  183  1e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2196  P4 family phage/plasmid primase  30.56 
 
 		 955 aa  178  4e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.319674  hitchhiker  0.00463191 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6606  putative Phage / plasmid primase P4  29.24 
 
 		 624 aa  171  5e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1465  hypothetical protein  27.47 
 
 		 770 aa  169  1e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.237309  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0983  P4 family phage/plasmid primase  36.11 
 
 		 612 aa  168  4e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0353  P4 family phage/plasmid primase  34.01 
 
 		 613 aa  167  9e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.764732  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0072  phage/plasmid DNA primase, putative  30.56 
 
 		 757 aa  154  5e-36  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.612885  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1475  phage DNA polymerase  29.97 
 
 		 788 aa  153  1e-35  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3752  primase P4-like protein  34.16 
 
 		 799 aa  130  6e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0810  hypothetical protein  41.99 
 
 		 930 aa  114  5e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2662  Phage/plasmid primase P4-like protein  27.6 
 
 		 632 aa  106  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2911  P4 family phage/plasmid primase  26.45 
 
 		 769 aa  105  2e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0217  P4 family phage/plasmid primase  26.32 
 
 		 486 aa  105  2e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.01089  unclonable  0.0000111311 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1052  plasmid/phage primase  25.4 
 
 		 828 aa  104  7e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0990831  normal  1 
 
 
-
 
NC_010374  M446_7054  hypothetical protein  41.18 
 
 		 739 aa  103  9e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.601581  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5359  P4 family phage/plasmid primase  23.35 
 
 		 531 aa  102  2e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00485157  hitchhiker  0.00000000000000190106 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0642  Phage or plasmid primase P4-like  26.55 
 
 		 540 aa  102  4e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0349968  n/a   
 
 
-
 
NC_011888  Mnod_7731  protein of unknown function DUF927  41.08 
 
 		 841 aa  101  4e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0665  P4 family phage/plasmid primase  24.56 
 
 		 463 aa  96.3  2e-18  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1538  hypothetical protein  44.63 
 
 		 272 aa  94.4  8e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2474  TOPRIM domain protein  30.22 
 
 		 834 aa  80.9  0.00000000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0200102  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4214  hypothetical protein  35.27 
 
 		 845 aa  77.8  0.0000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.363466  normal  0.433142 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2546  hypothetical protein  31.06 
 
 		 838 aa  76.6  0.000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.990216 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1684  hypothetical protein  28.5 
 
 		 606 aa  69.3  0.0000000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.521904  hitchhiker  0.00120785 
 
 
-
 
NC_011732  PCC7424_5581  primase P4  21.62 
 
 		 1000 aa  68.9  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0727  hypothetical protein  31.78 
 
 		 847 aa  68.6  0.0000000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3095  P4 family phage/plasmid primase  26.47 
 
 		 486 aa  66.2  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.406256  normal  0.59304 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0187  putative DNA primase/helicase  30.43 
 
 		 788 aa  66.6  0.000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02077  hypothetical protein  27.88 
 
 		 979 aa  64.7  0.000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.777801  n/a   
 
 
-
 
NC_013208  Aaci_3149  phage/plasmid primase, P4 family  26.6 
 
 		 1061 aa  63.5  0.00000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1734  P4 family phage/plasmid primase  31.01 
 
 		 624 aa  62.8  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4492  phage/plasmid primase, P4 family  21.85 
 
 		 1172 aa  63.2  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5782  P4 family phage/plasmid primase  25.26 
 
 		 978 aa  62.4  0.00000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4533  P4 family phage/plasmid primase  21.85 
 
 		 1172 aa  62  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0819  phage DNA polymerase  22.99 
 
 		 501 aa  61.6  0.00000006  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.020371  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1612  virulence-associated E family protein  26.52 
 
 		 892 aa  61.2  0.00000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.631807 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1315  Phage/plasmid primase P4-like  22.15 
 
 		 771 aa  60.1  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0533  phage DNA primase-like protein  27.66 
 
 		 636 aa  60.1  0.0000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0606801  n/a   
 
 
-
 
NC_013749  Htur_5275  phage/plasmid primase, P4 family  22.09 
 
 		 1285 aa  60.1  0.0000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.413265  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6192  hypothetical protein  35.58 
 
 		 344 aa  57.4  0.0000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00206516  normal  0.0205982 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1691  zinc finger CHC2-family protein  33.87 
 
 		 351 aa  56.2  0.000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5628  P4 family phage/plasmid primase  21.02 
 
 		 1145 aa  56.6  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000865428 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2117  hypothetical protein  25.58 
 
 		 610 aa  54.7  0.000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3447  hypothetical protein  34.67 
 
 		 597 aa  54.3  0.000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0479  ATPase-like protein  28.57 
 
 		 1039 aa  52.8  0.00002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1079  DNA primase small subunit  28.57 
 
 		 1036 aa  52.4  0.00003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1978  hypothetical protein  33.33 
 
 		 718 aa  51.6  0.00006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.440247  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0621  gp61  28.83 
 
 		 610 aa  51.2  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.934548  decreased coverage  0.000000719384 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1298  hypothetical protein  28.99 
 
 		 732 aa  50.8  0.00009  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0564  ATPase-like  19.83 
 
 		 902 aa  50.4  0.0001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0661178  normal  0.572377 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1121  zinc finger, CHC2-family protein  31.6 
 
 		 277 aa  49.7  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.196086  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0710  P4 family phage/plasmid primase  21.88 
 
 		 775 aa  49.7  0.0002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3066  hypothetical protein  35.87 
 
 		 346 aa  49.3  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.43309  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0022  ATPase-like protein  21.94 
 
 		 548 aa  48.9  0.0004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3269  P4 family phage/plasmid primase  21.88 
 
 		 775 aa  48.9  0.0004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.592172  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0060  hypothetical protein  33.53 
 
 		 895 aa  48.5  0.0004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.130043  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>