62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0600 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0600  hypothetical protein  100 
 
 		 211 aa  413  1e-114  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0442544  normal  0.826922 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0516  protein of unknown function DUF330  63.84 
 
 		 222 aa  254  5e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0529  hypothetical protein  65.18 
 
 		 222 aa  251  5.000000000000001e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2680  putative lipoprotein  37.74 
 
 		 207 aa  103  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.208689  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0625  hypothetical protein  36.52 
 
 		 240 aa  102  4e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.435543  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1444  hypothetical protein  35.23 
 
 		 208 aa  100  2e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.753012  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2536  hypothetical protein  36.17 
 
 		 233 aa  99.4  3e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0677  hypothetical protein  39.35 
 
 		 239 aa  99.8  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0204159  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0710  hypothetical protein  39.35 
 
 		 238 aa  99.8  3e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0601  hypothetical protein  38.71 
 
 		 242 aa  98.6  6e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.391552  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3798  hypothetical protein  38.71 
 
 		 240 aa  97.8  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.860154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2675  hypothetical protein  38.06 
 
 		 243 aa  97.1  2e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.681553  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0226  hypothetical protein  38.71 
 
 		 238 aa  95.9  4e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2377  putative lipoprotein  39.35 
 
 		 256 aa  90.9  1e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0803735  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0291  putative lipoprotein  39.35 
 
 		 252 aa  90.9  1e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1153  putative lipoprotein  39.35 
 
 		 256 aa  90.9  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3341  hypothetical protein  39.35 
 
 		 239 aa  90.9  1e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.376866  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2560  putative lipoprotein  39.35 
 
 		 252 aa  90.9  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3383  hypothetical protein  39.35 
 
 		 256 aa  90.9  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3375  putative lipoprotein  38.31 
 
 		 252 aa  89.7  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.203626  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0710  protein of unknown function DUF330  36.02 
 
 		 248 aa  90.1  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0578  hypothetical protein  39.76 
 
 		 195 aa  89.7  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.410916  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1267  hypothetical protein  39.68 
 
 		 264 aa  87.8  1e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2832  hypothetical protein  32.76 
 
 		 183 aa  87.8  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.766034  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5803  hypothetical protein  34.81 
 
 		 236 aa  87.4  1e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000107973  hitchhiker  0.000892453 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5279  hypothetical protein  35.15 
 
 		 233 aa  86.7  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4001  hypothetical protein  32.77 
 
 		 250 aa  87  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6815  hypothetical protein  33 
 
 		 215 aa  87  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.655082  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2579  hypothetical protein  36.72 
 
 		 191 aa  85.1  7e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.621383 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3046  hypothetical protein  30.26 
 
 		 207 aa  84  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.796041  normal  0.0181531 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3534  hypothetical protein  29.52 
 
 		 253 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0808039  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3180  lipoprotein, putative  31.75 
 
 		 207 aa  84.3  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.131862  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2892  protein of unknown function DUF330  35.33 
 
 		 210 aa  80.5  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.529816  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2126  putative lipoprotein  33.5 
 
 		 233 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0863972  normal  0.08915 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5507  hypothetical protein  32.11 
 
 		 201 aa  71.6  0.000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0652  hypothetical protein  31.63 
 
 		 196 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.049729  normal  0.69496 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3138  hypothetical protein  29.85 
 
 		 176 aa  68.2  0.00000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44160  hypothetical protein  34.34 
 
 		 192 aa  67.8  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.266274  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2220  protein of unknown function DUF330  30.2 
 
 		 197 aa  67  0.0000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000082506 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2578  hypothetical protein  29.41 
 
 		 176 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.130696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4087  hypothetical protein  28.04 
 
 		 188 aa  64.7  0.0000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00226644  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2417  hypothetical protein  27.66 
 
 		 204 aa  62  0.000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0242841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2001  protein of unknown function DUF330  34.02 
 
 		 196 aa  58.9  0.00000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.142199  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2634  hypothetical protein  26.73 
 
 		 212 aa  57.4  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0364  putative lipoprotein  30.5 
 
 		 201 aa  56.6  0.0000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.14709  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3241  protein of unknown function DUF330  26.98 
 
 		 199 aa  55.5  0.0000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3287  hypothetical protein  27.41 
 
 		 178 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.762664 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1569  hypothetical protein  28.24 
 
 		 209 aa  53.5  0.000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.849012  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0404  hypothetical protein  28.34 
 
 		 203 aa  51.2  0.00001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6349  hypothetical protein  26.53 
 
 		 225 aa  49.7  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.238642  normal  0.295075 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1055  protein of unknown function DUF330  27.13 
 
 		 198 aa  45.4  0.0006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00963  hypothetical protein  23.66 
 
 		 182 aa  44.7  0.001  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000461465  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1982  putative lipoprotein  30.22 
 
 		 195 aa  44.7  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0024934  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00956  hypothetical protein  23.66 
 
 		 182 aa  44.7  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000276204  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2691  protein of unknown function DUF330  23.5 
 
 		 187 aa  43.9  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000327636  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1116  putative lipoprotein  23.5 
 
 		 187 aa  43.5  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000042581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1061  hypothetical protein  23.5 
 
 		 187 aa  43.9  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000240203  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2365  putative lipoprotein  23.5 
 
 		 187 aa  43.5  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0264734  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1067  hypothetical protein  23.5 
 
 		 187 aa  43.9  0.002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000185697  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2644  hypothetical protein  23.5 
 
 		 187 aa  43.9  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000251515  hitchhiker  0.00000297897 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3139  hypothetical protein  36.05 
 
 		 200 aa  43.5  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.260987  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2167  putative lipoprotein  23.12 
 
 		 187 aa  42.4  0.005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000482452  normal  0.394753 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>